test/jalview/ext/archaeopteryx/AptxPhylogenyTreeTest.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5
   6 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
   7 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
   8 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   9 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  10 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  11 import org.testng.annotations.Test;
  12
  13 public class AptxPhylogenyTreeTest extends TreeViewTest
  14 {
  15   final Phylogeny inputTree = new Phylogeny();
  16
  17   final PhylogenyNode rootNode = new PhylogenyNode("root");
  18
  19   final PhylogenyNode ancestor1Node = new PhylogenyNode("ancestor 1");
  20
  21   final PhylogenyNode ancestor2Node = new PhylogenyNode("leaf 2");
  22
  23   final PhylogenyNode leaf1aNode = new PhylogenyNode("leaf 1a");
  24
  25   final PhylogenyNode leaf1bNode = new PhylogenyNode("leaf 1b");
  26
  27   final PhylogenyNode leaf1cNode = new PhylogenyNode("leaf 1c");
  28
  29   Phylogeny tree;
  30
  31   TreePanel treePanel;
  32
  33   MainFrame aptx;
  34
  35
  36   @Override
  37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  38   public void setUpTree()
  39   {
  40     ancestor1Node.addAsChild(leaf1aNode);
  41     ancestor1Node.addAsChild(leaf1bNode);
  42     ancestor1Node.addAsChild(leaf1cNode);
  43
  44     rootNode.addAsChild(ancestor1Node);
  45     rootNode.addAsChild(ancestor2Node);
  46
  47     leaf1aNode.setDistanceToParent(2);
  48     leaf1bNode.setDistanceToParent(3);
  49     leaf1cNode.setDistanceToParent(4);
  50
  51     ancestor1Node.setDistanceToParent(36);
  52     ancestor2Node.setDistanceToParent(42);
  53
  54     inputTree.setName("test");
  55     inputTree.setRoot(rootNode);
  56     inputTree.setRooted(true);
  57
  58   }
  59
  60   @Override
  61   @BeforeClass(dependsOnMethods = { "setUpJalview", "setUpTree" })
  62   public void createTreeView()
  63   {
  64     treeView = AptxInit.createUnboundInstance(inputTree);
  65     aptx = (MainFrame) treeView; // pretty ugly
  66     treePanel = aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel();
  67     tree = treePanel.getPhylogeny();
  68   }
  69
  70
  71
  72   @Test(groups = "Functional")
  73   public void testMainPanelExists()
  74   {
  75     assertTrue(aptx.getMainPanel() != null);
  76   }
  77
  78   @Test(groups = "Functional")
  79   public void testTreePanelExists()
  80   {
  81     assertTrue(treePanel != null);
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public void testTreeTitle()
  86   {
  87     assertTrue(tree.getName().equals("test"));
  88
  89   }
  90
  91   @Test(
  92     groups = "Functional",
  93     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
  94   public void testInvalidBranchName()
  95   {
  96     tree.getNode("I shouldn't exist");
  97
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public void testExistingBranchName()
 102   {
 103     tree.getNode("leaf 2");
 104
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public void testTreeLoaded()
 109   {
 110     assertTrue(tree != null);
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public void testChildNodesCount()
 115   {
 116     assertEquals(tree.getNode("ancestor 1").getNumberOfExternalNodes(), 3);
 117
 118   }
 119
 120   @Override
 121   public void testChildToParentBranchLength()
 122   {
 123     assertEquals(tree.getNode("leaf 1a").getDistanceToParent(), 2.0);
 124
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public void testNodeToRootBranchLength()
 129   {
 130     assertEquals(tree.getNode("leaf 2").getDistanceToParent(), 42.0);
 131
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public void testDistantNodeToRootBranchLength()
 136   {
 137     assertEquals(tree.getNode("leaf 1c").calculateDistanceToRoot(),
 138             4.0 + 36.0);
 139
 140   }
 141
 142
 143
 144
 145
 146
 147
 148 }