test/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  32 import jalview.io.gff.SequenceOntologyLite;
  33 import jalview.util.MapList;
  34
  35 import java.util.List;
  36
  37 import org.testng.Assert;
  38 import org.testng.annotations.AfterClass;
  39 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  40 import org.testng.annotations.Test;
  41
  42 public class EnsemblCdsTest
  43 {
  44
  45   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  46   public void setUpJvOptionPane()
  47   {
  48     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  49     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  50   }
  51
  52   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  53   public void setUp()
  54   {
  55     SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntologyLite());
  56   }
  57
  58   @AfterClass(alwaysRun = true)
  59   public void tearDown()
  60   {
  61     SequenceOntologyFactory.setInstance(null);
  62   }
  63
  64   /**
  65    * Test that the cdna part of genomic sequence is correctly identified by
  66    * 'CDS' features (or subtypes) with the desired transcript as parent
  67    */
  68   @Test(groups = "Functional")
  69   public void testGetGenomicRangesFromFeatures()
  70   {
  71     EnsemblCds testee = new EnsemblCds();
  72     SequenceI genomic = new SequenceDummy("chr7");
  73     genomic.setStart(10000);
  74     genomic.setEnd(50000);
  75     String transcriptId = "ABC123";
  76
  77     // CDS at (start+10000) length 501
  78     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 20000, 20500, 0f,
  79             null);
  80     sf.setValue("Parent", "transcript:" + transcriptId);
  81     sf.setStrand("+");
  82     genomic.addSequenceFeature(sf);
  83
  84     // CDS (sub-type) at (start + 10500) length 101
  85     sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 10500, 10600, 0f, null);
  86     sf.setValue("Parent", "transcript:" + transcriptId);
  87     sf.setStrand("+");
  88     genomic.addSequenceFeature(sf);
  89
  90     // CDS belonging to a different transcript doesn't count
  91     sf = new SequenceFeature("CDS", "", 11500, 12600, 0f, null);
  92     sf.setValue("Parent", "transcript:anotherOne");
  93     genomic.addSequenceFeature(sf);
  94
  95     // exon feature doesn't count
  96     sf = new SequenceFeature("exon", "", 10000, 50000, 0f, null);
  97     genomic.addSequenceFeature(sf);
  98
  99     // mRNA_region feature doesn't count (parent of CDS)
 100     sf = new SequenceFeature("mRNA_region", "", 10000, 50000, 0f, null);
 101     genomic.addSequenceFeature(sf);
 102
 103     MapList ranges = testee.getGenomicRangesFromFeatures(genomic,
 104             transcriptId, 23);
 105     List<int[]> fromRanges = ranges.getFromRanges();
 106     assertEquals(2, fromRanges.size());
 107     // from ranges should be sorted by start order
 108     assertEquals(10500, fromRanges.get(0)[0]);
 109     assertEquals(10600, fromRanges.get(0)[1]);
 110     assertEquals(20000, fromRanges.get(1)[0]);
 111     assertEquals(20500, fromRanges.get(1)[1]);
 112     // to range should start from given start numbering
 113     List<int[]> toRanges = ranges.getToRanges();
 114     assertEquals(1, toRanges.size());
 115     assertEquals(23, toRanges.get(0)[0]);
 116     assertEquals(624, toRanges.get(0)[1]);
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Test the method that retains features except for 'CDS' (or subtypes), or
 121    * features with parent other than the given id
 122    */
 123   @Test(groups = "Functional")
 124   public void testRetainFeature()
 125   {
 126     String accId = "ABC123";
 127     EnsemblCds testee = new EnsemblCds();
 128
 129     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 20000, 20500, 0f,
 130             null);
 131     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 132
 133     sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 20000, 20500, 0f, null);
 134     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 135
 136     // other feature with no parent is retained
 137     sf = new SequenceFeature("CDS_psequence_variantredicted", "", 20000,
 138             20500, 0f, null);
 139     assertTrue(testee.retainFeature(sf, accId));
 140
 141     // other feature with desired parent is retained
 142     sf.setValue("Parent", "transcript:" + accId);
 143     assertTrue(testee.retainFeature(sf, accId));
 144
 145     // feature with wrong parent is not retained
 146     sf.setValue("Parent", "transcript:XYZ");
 147     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Test the method that picks out 'CDS' (or subtype) features with the
 152    * accession id as parent
 153    */
 154   @Test(groups = "Functional")
 155   public void testIdentifiesSequence()
 156   {
 157     String accId = "ABC123";
 158     EnsemblCds testee = new EnsemblCds();
 159
 160     // cds with no parent not valid
 161     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("CDS", "", 1, 2, 0f, null);
 162     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 163
 164     // cds with wrong parent not valid
 165     sf.setValue("Parent", "transcript:XYZ");
 166     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 167
 168     // cds with right parent is valid
 169     sf.setValue("Parent", "transcript:" + accId);
 170     assertTrue(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 171
 172     // cds sub-type with right parent is valid
 173     sf = new SequenceFeature("CDS_predicted", "", 1, 2, 0f, null);
 174     sf.setValue("Parent", "transcript:" + accId);
 175     assertTrue(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 176
 177     // transcript not valid:
 178     sf = new SequenceFeature("transcript", "", 1, 2, 0f, null);
 179     sf.setValue("Parent", "transcript:" + accId);
 180     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 181
 182     // exon not valid:
 183     sf = new SequenceFeature("exon", "", 1, 2, 0f, null);
 184     sf.setValue("Parent", "transcript:" + accId);
 185     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 186   }
 187
 188   @Test(groups = "Functional")
 189   public void testIsValidReference() throws Exception
 190   {
 191     EnsemblSequenceFetcher esq = new EnsemblCds();
 192     Assert.assertTrue(esq.isValidReference("CCDS5863.1"));
 193     Assert.assertTrue(esq.isValidReference("ENST00000288602"));
 194     Assert.assertTrue(esq.isValidReference("ENSG00000288602"));
 195     Assert.assertTrue(esq.isValidReference("ENSP00000288602"));
 196     Assert.assertFalse(esq.isValidReference("ENST0000288602"));
 197     // non-human species have a 3 character identifier included:
 198     Assert.assertTrue(esq.isValidReference("ENSMUSG00000099398"));
 199   }
 200
 201 }