test/jalview/ext/ensembl/EnsemblGenomeTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  32 import jalview.io.gff.SequenceOntologyLite;
  33 import jalview.util.MapList;
  34
  35 import java.util.List;
  36
  37 import org.testng.annotations.AfterClass;
  38 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 public class EnsemblGenomeTest
  42 {
  43
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUpJvOptionPane()
  46   {
  47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  49   }
  50
  51   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  52   public void setUp()
  53   {
  54     SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntologyLite());
  55   }
  56
  57   @AfterClass(alwaysRun = true)
  58   public void tearDown()
  59   {
  60     SequenceOntologyFactory.setInstance(null);
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Test that the genomic sequence part of genomic sequence is correctly
  65    * identified by 'transcript' features (or subtypes) with the correct gene ID
  66    */
  67   @Test(groups = "Functional")
  68   public void testGetGenomicRangesFromFeatures()
  69   {
  70     EnsemblGenome testee = new EnsemblGenome();
  71     SequenceI genomic = new SequenceDummy("chr7");
  72     genomic.setStart(10000);
  73     genomic.setEnd(50000);
  74     String transcriptId = "ABC123";
  75
  76     // transcript at (start+10000) length 501
  77     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("transcript", "", 20000,
  78             20500, 0f, null);
  79     sf.setValue("ID", "transcript:" + transcriptId);
  80     sf.setStrand("+");
  81     genomic.addSequenceFeature(sf);
  82
  83     // transcript (sub-type) at (start + 10500) length 101
  84     sf = new SequenceFeature("ncRNA", "", 10500, 10600, 0f, null);
  85     sf.setValue("ID", "transcript:" + transcriptId);
  86     sf.setStrand("+");
  87     genomic.addSequenceFeature(sf);
  88
  89     // Ensembl treats NMD_transcript_variant as if transcript
  90     // although strictly it is a sequence_variant in SO
  91     sf = new SequenceFeature("NMD_transcript_variant", "", 11000, 12000,
  92             0f, null);
  93     sf.setValue("ID", "transcript:" + transcriptId);
  94     sf.setStrand("+");
  95     genomic.addSequenceFeature(sf);
  96
  97     // transcript with a different ID doesn't count
  98     sf = new SequenceFeature("transcript", "", 11500, 12600, 0f, null);
  99     sf.setValue("ID", "transcript:anotherOne");
 100     genomic.addSequenceFeature(sf);
 101
 102     // parent of transcript feature doesn't count
 103     sf = new SequenceFeature("gene_member_region", "", 10000, 50000, 0f,
 104             null);
 105     genomic.addSequenceFeature(sf);
 106
 107     MapList ranges = testee.getGenomicRangesFromFeatures(genomic,
 108             transcriptId, 23);
 109     List<int[]> fromRanges = ranges.getFromRanges();
 110     assertEquals(3, fromRanges.size());
 111     // from ranges should be sorted by start order
 112     assertEquals(10500, fromRanges.get(0)[0]);
 113     assertEquals(10600, fromRanges.get(0)[1]);
 114     assertEquals(11000, fromRanges.get(1)[0]);
 115     assertEquals(12000, fromRanges.get(1)[1]);
 116     assertEquals(20000, fromRanges.get(2)[0]);
 117     assertEquals(20500, fromRanges.get(2)[1]);
 118     // to range should start from given start numbering
 119     List<int[]> toRanges = ranges.getToRanges();
 120     assertEquals(1, toRanges.size());
 121     assertEquals(23, toRanges.get(0)[0]);
 122     assertEquals(1625, toRanges.get(0)[1]);
 123   }
 124
 125   /**
 126    * Test the method that retains features except for 'transcript' (or
 127    * sub-type), or those with parent other than the given id
 128    */
 129   @Test(groups = "Functional")
 130   public void testRetainFeature()
 131   {
 132     String accId = "ABC123";
 133     EnsemblGenome testee = new EnsemblGenome();
 134
 135     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("transcript", "", 20000,
 136             20500, 0f, null);
 137     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 138
 139     sf = new SequenceFeature("mature_transcript", "", 20000, 20500, 0f,
 140             null);
 141     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 142
 143     sf = new SequenceFeature("NMD_transcript_variant", "", 20000, 20500,
 144             0f, null);
 145     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 146
 147     // other feature with no parent is kept
 148     sf = new SequenceFeature("anything", "", 20000, 20500, 0f, null);
 149     assertTrue(testee.retainFeature(sf, accId));
 150
 151     // other feature with correct parent is kept
 152     sf.setValue("Parent", "transcript:" + accId);
 153     assertTrue(testee.retainFeature(sf, accId));
 154
 155     // other feature with wrong parent is not kept
 156     sf.setValue("Parent", "transcript:XYZ");
 157     assertFalse(testee.retainFeature(sf, accId));
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Test the method that picks out 'transcript' (or subtype) features with the
 162    * accession id as ID
 163    */
 164   @Test(groups = "Functional")
 165   public void testIdentifiesSequence()
 166   {
 167     String accId = "ABC123";
 168     EnsemblGenome testee = new EnsemblGenome();
 169
 170     // transcript with no ID not valid
 171     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("transcript", "", 1, 2, 0f,
 172             null);
 173     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 174
 175     // transcript with wrong ID not valid
 176     sf.setValue("ID", "transcript");
 177     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 178
 179     // transcript with right ID is valid
 180     sf.setValue("ID", "transcript:" + accId);
 181     assertTrue(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 182
 183     // transcript sub-type with right ID is valid
 184     sf = new SequenceFeature("ncRNA", "", 1, 2, 0f, null);
 185     sf.setValue("ID", "transcript:" + accId);
 186     assertTrue(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 187
 188     // Ensembl treats NMD_transcript_variant as if a transcript
 189     sf = new SequenceFeature("NMD_transcript_variant", "", 1, 2, 0f, null);
 190     sf.setValue("ID", "transcript:" + accId);
 191     assertTrue(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 192
 193     // gene not valid:
 194     sf = new SequenceFeature("gene", "", 1, 2, 0f, null);
 195     sf.setValue("ID", "transcript:" + accId);
 196     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 197
 198     // exon not valid:
 199     sf = new SequenceFeature("exon", "", 1, 2, 0f, null);
 200     sf.setValue("ID", "transcript:" + accId);
 201     assertFalse(testee.identifiesSequence(sf, accId));
 202   }
 203
 204 }