test/jalview/ext/jmol/JmolCommandsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  30 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  31
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 public class JmolCommandsTest
  35 {
  36
  37   @Test(groups = { "Functional" })
  38   public void testGetColourBySequenceCommand_noFeatures()
  39   {
  40     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "MHRSQTRALK");
  41     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "MRLEITQSGD");
  42     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  43     AlignFrame af = new AlignFrame(al, 800, 500);
  44     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(af.getViewport());
  45     SequenceI[][] seqs = new SequenceI[][] { { seq1 }, { seq2 } };
  46     String[] files = new String[] { "seq1.pdb", "seq2.pdb" };
  47     StructureSelectionManager ssm = new StructureSelectionManager();
  48
  49     // need some mappings!
  50
  51     StructureMappingcommandSet[] commands = JmolCommands
  52             .getColourBySequenceCommand(ssm, files, seqs, sr, null, al);
  53   }
  54 }