test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommandsTest.java

   1 package jalview.ext.rbvi.chimera;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6 import java.awt.Color;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.LinkedHashMap;
   9 import java.util.List;
  10 import java.util.Map;
  11
  12 public class ChimeraCommandsTest
  13 {
  14   @Test
  15   public void testAddColourRange()
  16   {
  17     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
  18     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 2, 4, "A");
  19     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 8, 8, "A");
  20     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.pink, 1, 5, 7, "B");
  21     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 1, 3, 5, "A");
  22     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 1, 4, "B");
  23     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.orange, 0, 5, 9, "C");
  24
  25     // three colours mapped
  26     assertEquals(3, map.keySet().size());
  27
  28     // Red has two models, Pink and Orange one each
  29     assertEquals(2, map.get(Color.red).keySet().size());
  30     assertEquals(1, map.get(Color.orange).keySet().size());
  31     assertEquals(1, map.get(Color.pink).keySet().size());
  32
  33     // pink model 1 has two chains, red.0 / red.1 / orange.0 one each
  34     assertEquals(2, map.get(Color.pink).get(1).keySet().size());
  35     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(0).keySet().size());
  36     assertEquals(1, map.get(Color.red).get(1).keySet().size());
  37     assertEquals(1, map.get(Color.orange).get(0).keySet().size());
  38
  39     // inspect positions
  40     List<int[]> posList = map.get(Color.pink).get(1).get("A");
  41     assertEquals(2, posList.size());
  42     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  43       { 2, 4 }, posList.get(0)));
  44     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  45       { 8, 8 }, posList.get(1)));
  46
  47     posList = map.get(Color.pink).get(1).get("B");
  48     assertEquals(1, posList.size());
  49     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  50       { 5, 7 }, posList.get(0)));
  51
  52     posList = map.get(Color.red).get(0).get("B");
  53     assertEquals(1, posList.size());
  54     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  55       { 1, 4 }, posList.get(0)));
  56
  57     posList = map.get(Color.red).get(1).get("A");
  58     assertEquals(1, posList.size());
  59     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  60       { 3, 5 }, posList.get(0)));
  61
  62     posList = map.get(Color.orange).get(0).get("C");
  63     assertEquals(1, posList.size());
  64     assertTrue(Arrays.equals(new int[]
  65       { 5, 9 }, posList.get(0)));
  66   }
  67
  68   @Test
  69   public void testBuildColourCommands()
  70   {
  71
  72     Map<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>> map = new LinkedHashMap<Color, Map<Integer, Map<String, List<int[]>>>>();
  73     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 2, 5, "A");
  74     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 7, 7, "B");
  75     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 0, 9, 23, "A");
  76     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 1, 1, "A");
  77     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.blue, 1, 4, 7, "B");
  78     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 8, 8, "A");
  79     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.yellow, 1, 3, 5, "A");
  80     ChimeraCommands.addColourRange(map, Color.red, 0, 3, 5, "A");
  81
  82     // Colours should appear in the Chimera command in the order in which
  83     // they were added; within colour, by model, by chain, and positions as
  84     // added
  85     String command = ChimeraCommands.buildColourCommands(map).get(0);
  86     assertEquals(
  87             "color #0000ff #0:2-5.A,9-23.A,7.B|#1:1.A,4-7.B; color #ffff00 #1:8.A,3-5.A; color #ff0000 #0:3-5.A",
  88             command);
  89   }
  90 }