test/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBindingTest.java

   1 package jalview.ext.rbvi.chimera;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
   5
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.HashMap;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  15 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  16 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  17 import jalview.datamodel.SequenceI;
  18 import jalview.gui.AlignFrame;
  19 import jalview.gui.AlignViewport;
  20 import jalview.gui.ChimeraViewFrame;
  21 import jalview.gui.JalviewChimeraBindingModel;
  22 import jalview.io.DataSourceType;
  23 import jalview.io.FileLoader;
  24 import jalview.structure.StructureCommandI;
  25 import jalview.structure.StructureMapping;
  26 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  27 import junit.extensions.PA;
  28
  29 public class JalviewChimeraBindingTest
  30 {
  31   private AlignFrame af;
  32
  33   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  34   public void setup()
  35   {
  36     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  37             DataSourceType.FILE);
  38   }
  39
  40   @Test(groups = "Functional")
  41   public void testBuildShowStructuresCommand()
  42   {
  43     AlignViewport av = af.getViewport();
  44     PDBEntry[] pdbs = new PDBEntry[] {};
  45     StructureSelectionManager ssm = new StructureSelectionManager();
  46     SequenceI seq1 = av.getAlignment().findSequenceMatch("FER1_SPIOL")[0];
  47     assertNotNull(seq1);
  48     SequenceI seq2 = av.getAlignment().findSequenceMatch("FER2_ARATH")[0];
  49     assertNotNull(seq2);
  50     SequenceI[][] seqs = new SequenceI[][] { { seq1 }, { seq2 } };
  51     JalviewChimeraBindingModel testee = new JalviewChimeraBindingModel(
  52             new ChimeraViewFrame(),
  53             ssm, pdbs, seqs, null);
  54
  55     /*
  56      * with no structures mapped
  57      */
  58     StructureCommandI cmd = testee.buildShowStructuresCommand(av, true);
  59     assertEquals(cmd.getCommand(), "~display; ribbon; focus");
  60     cmd = testee.buildShowStructuresCommand(av, false);
  61     assertEquals(cmd.getCommand(), "~display; ribbon");
  62
  63     /*
  64      * stub out a structure with chains A and B
  65      */
  66     Map<String, List<ChimeraModel>> chimeraMaps = (Map<String, List<ChimeraModel>>) PA
  67             .getValue(testee, "chimeraMaps");
  68     ChimeraModel model0 = new ChimeraModel("1A70", ModelType.PDB_MODEL, 0,
  69             0);
  70     chimeraMaps.put("1a70.pdb", Arrays.asList(model0));
  71     ChimeraModel model1 = new ChimeraModel("4ZHO", ModelType.PDB_MODEL, 1,
  72             0);
  73     chimeraMaps.put("4zho.pdb", Arrays.asList(model1));
  74
  75     Map<String, String> chainFiles = (Map<String, String>) PA
  76             .getValue(testee, "chainFile");
  77     chainFiles.put("1A70:A", "1a70.pdb");
  78     chainFiles.put("1A70:B", "1a70.pdb");
  79     chainFiles.put("4ZHO:B", "4zho.pdb");
  80     chainFiles.put("4ZHO:C", "4zho.pdb");
  81
  82     /*
  83      * map FER1_SPIOL residues 51-100 to residues 1-50 (atoms 1-250) in 1A70
  84      * and residues 110-147 to structure residues 60-97
  85      * (in fact there is no gap, added here for test purposes)
  86      */
  87     HashMap<Integer, int[]> map = new HashMap<>();
  88     for (int pos = 51; pos <= 100; pos++)
  89     {
  90       map.put(pos, new int[] { pos - 50, 5 * (pos - 50) });
  91     }
  92     for (int pos = 110; pos <= 147; pos++)
  93     {
  94       map.put(pos, new int[] { pos - 50, 5 * (pos - 50) });
  95     }
  96     StructureMapping sm1 = new StructureMapping(seq1, "1a70.pdb", "1A70",
  97             "A", map, null);
  98     ssm.addStructureMapping(sm1);
  99
 100     /*
 101      * map FER2_ARATH residues 53-148 to residues 2-97 in 4ZHO
 102      */
 103     map = new HashMap<>();
 104     for (int pos = 53; pos <= 148; pos++)
 105     {
 106       map.put(pos, new int[] { pos - 51, 5 * (pos - 51) });
 107     }
 108     StructureMapping sm2 = new StructureMapping(seq2, "4zho.pdb", "4ZHO",
 109             "B", map, null);
 110     ssm.addStructureMapping(sm2);
 111
 112     /*
 113      * select chain A only (hide chain B)
 114      */
 115     List<String> chainsToHide = (List<String>) PA.getValue(testee, "chainsToHide");
 116     chainsToHide.add("1A70:B");
 117     chainsToHide.add("4ZHO:C");
 118     cmd = testee.buildShowStructuresCommand(av, false);
 119     assertEquals(cmd.getCommand(),
 120             "~display; ribbon; ~ribbon #0:.B; ~ribbon #1:.C");
 121
 122     /*
 123      * show alignment only, no chains hidden
 124      */
 125     chainsToHide.clear();
 126     testee.setShowAlignmentOnly(true);
 127     cmd = testee.buildShowStructuresCommand(av, false);
 128     assertEquals(cmd
 129             .getCommand(),
 130             "~display; ~ribbon; ribbon #0:1-50.A,60-97.A|#1:2-97.B");
 131
 132     /*
 133      * now with a chain hidden
 134      */
 135     chainsToHide.add("4ZHO:C");
 136     cmd = testee.buildShowStructuresCommand(av, false);
 137     String expected = "~display; ~ribbon; ribbon #0:1-50.A,60-97.A|#1:2-97.B; ~ribbon #1:.C";
 138     assertEquals(cmd.getCommand(), expected);
 139
 140     /*
 141      * hide columns in the mapped region - should not change the command (yet)
 142      */
 143     int fromCol = seq1.findIndex(60); // structure residue 10
 144     int toCol = seq1.findIndex(70); // structure residue 20
 145     av.hideColumns(fromCol - 1, toCol - 1);
 146     cmd = testee.buildShowStructuresCommand(av, false);
 147     assertEquals(cmd.getCommand(), expected);
 148
 149     /*
 150      * select 'hide hidden columns'
 151      * command should now exclude these in both mapped sequences
 152      */
 153     testee.setHideHiddenRegions(true);
 154     cmd = testee.buildShowStructuresCommand(av, false);
 155     expected = "~display; ~ribbon; ribbon #0:1-9.A,21-50.A,60-97.A|#1:2-10.B,22-97.B; ~ribbon #1:.C";
 156     assertEquals(cmd.getCommand(), expected);
 157
 158     /*
 159      * deselect 'show alignment only'
 160      * hide hidden columns is now ignored
 161      */
 162     testee.setShowAlignmentOnly(false);
 163     cmd = testee.buildShowStructuresCommand(av, false);
 164     assertEquals(cmd.getCommand(), "~display; ribbon; ~ribbon #1:.C");
 165   }
 166 }