test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  26 import static org.testng.Assert.assertSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.FeatureColourI;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.bin.Jalview;
  32 import jalview.datamodel.Alignment;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  34 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  35 import jalview.datamodel.Sequence;
  36 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  37 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.io.DataSourceType;
  40 import jalview.io.FileLoader;
  41 import jalview.io.Jalview2xmlTests;
  42 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  43 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  44 import jalview.schemes.FeatureColour;
  45 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  46 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  47 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  48 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50
  51 import java.awt.Color;
  52 import java.util.Iterator;
  53
  54 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  55 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  56 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  57 import org.testng.annotations.Test;
  58
  59 public class AlignFrameTest
  60 {
  61   AlignFrame af;
  62
  63   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  64   public void setUpJvOptionPane()
  65   {
  66     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  67     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  68   }
  69
  70   @Test(groups = "Functional")
  71   public void testHideFeatureColumns()
  72   {
  73     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  74     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  75     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
  76     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
  77             null));
  78     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  79             Float.NaN, null));
  80     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  81             Float.NaN, null));
  82     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  83     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  84             al.getHeight());
  85
  86     /*
  87      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  88      */
  89     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  90
  91     /*
  92      * hiding a feature not present does nothing
  93      */
  94     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  95     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  96
  97     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
  98             .getNumberOfRegions(), 0);
  99
 100     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 101     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 102
 103     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 104             .getNumberOfRegions(), 0);
 105
 106     /*
 107      * hiding a feature in all columns does nothing
 108      */
 109     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 110     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 111
 112     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 113             .getNumberOfRegions(), 0);
 114
 115
 116     /*
 117      * threshold Metal to hide features where score < 5
 118      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 119      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 120      */
 121     FeatureColourI fc = new FeatureColour(Color.red, Color.blue, 0f, 10f);
 122     fc.setAboveThreshold(true);
 123     fc.setThreshold(5f);
 124     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 125     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 126     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 127     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 128     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 129     int[] next = regions.next();
 130     assertEquals(next[0], 5);
 131     assertEquals(next[1], 9);
 132
 133     /*
 134      * hide a feature present in some columns
 135      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 136      * [1-3], [6-8] base zero
 137      */
 138     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 139     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 140     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 141             .getHiddenColumns().iterator();
 142     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 143             .getNumberOfRegions(), 2);
 144     next = regions.next();
 145     assertEquals(next[0], 1);
 146     assertEquals(next[1], 3);
 147     next = regions.next();
 148     assertEquals(next[0], 6);
 149     assertEquals(next[1], 8);
 150   }
 151
 152   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 153   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 154   {
 155     /*
 156      * use read-only test properties file
 157      */
 158     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 159     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 160   }
 161
 162   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 163   public void tearDown()
 164   {
 165     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 166   }
 167
 168   /**
 169    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 170    * for colour Above PID testing
 171    */
 172   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 173   public void setUp()
 174   {
 175     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 176     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 177             Boolean.TRUE.toString());
 178     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 179             DataSourceType.FILE);
 180
 181     /*
 182      * wait for Consensus thread to complete
 183      */
 184     synchronized (this)
 185     {
 186       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 187       {
 188         try
 189         {
 190           wait(50);
 191         } catch (InterruptedException e)
 192         {
 193         }
 194       }
 195     }
 196   }
 197
 198   /**
 199    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 200    * <ul>
 201    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 202    * colours</li>
 203    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 204    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 205    * Conservation)</li>
 206    * </ul>
 207    */
 208   @Test(groups = "Functional")
 209   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 210   {
 211     AlignViewport av = af.getViewport();
 212     AlignmentI al = av.getAlignment();
 213
 214     /*
 215      * Colour alignment by Buried Index
 216      */
 217     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 218     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 219     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 220     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 221     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 222
 223     /*
 224      * Apply Conservation 20%
 225      */
 226     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 227     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 228     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 229             "label.conservation_colour_increment",
 230             new String[] { "Background" }));
 231     assertTrue(sp.isForConservation());
 232     sp.valueChanged(20);
 233     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 234     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 235
 236     /*
 237      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 238      */
 239     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 240     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 241     assertFalse(sp.isForConservation());
 242     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 243             "label.percentage_identity_threshold",
 244             new String[] { "Background" }));
 245     sp.valueChanged(10);
 246     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 247     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 248     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 249
 250     /*
 251      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 252      * and 40% PID threshold
 253      */
 254     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 255     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 256     sg.setStartRes(15);
 257     sg.setEndRes(25);
 258     av.setSelectionGroup(sg);
 259
 260     /*
 261      * apply 30% Conservation to group
 262      */
 263     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 264     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 265             .toString());
 266     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 267     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 268     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 269     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 270     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 271     assertTrue(sp.isForConservation());
 272     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 273             "label.conservation_colour_increment",
 274             new String[] { sg.getName() }));
 275     sp.valueChanged(30);
 276     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 277     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 278
 279     /*
 280      * apply 40% PID threshold to group
 281      */
 282     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 283     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 284     assertFalse(sp.isForConservation());
 285     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 286             "label.percentage_identity_threshold",
 287             new String[] { sg.getName() }));
 288     sp.valueChanged(40);
 289     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 290     // conservation threshold is unchanged:
 291     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 292     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 293
 294     /*
 295      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 296      * should be unaffected
 297      */
 298     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 299     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 300     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 301     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 302     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 303     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 304     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 305     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 306     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 307
 308     /*
 309      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 310      * - group colour should change, but not colour thresholds
 311      */
 312     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 313     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 314     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 315     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 316     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 317     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 318     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 319     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 320     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 321     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 322   }
 323
 324   /**
 325    * Test residue colouring with various options
 326    * <ol>
 327    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 328    * <li>colour by Conservation applied</li>
 329    * <li>colour by Conservation removed</li>
 330    * <li>colour above PID - various values</li>
 331    * <li>colour above PID removed</li>
 332    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 333    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 334    * <li>re-add Above PID</li>
 335    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 336    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 337    * </ol>
 338    */
 339   @Test(groups = "Functional")
 340   public void testColourThresholdActions()
 341   {
 342     AlignViewport av = af.getViewport();
 343     AlignmentI al = av.getAlignment();
 344
 345     /*
 346      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 347      */
 348     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 349     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 350     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 351     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 352     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 353
 354     /*
 355      * inspect the colour of
 356      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 357      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 358      */
 359     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 360     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 361     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 362     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 363     assertEquals(c, i_original);
 364     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 365     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 366     assertEquals(c, s_original);
 367
 368     /*
 369      * colour by conservation with increment 10
 370      */
 371     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 372     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 373     assertTrue(sp.isForConservation());
 374     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 375     sp.valueChanged(10);
 376     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 377     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 378     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 379     assertEquals(c, i_faded);
 380     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 381     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 382     assertEquals(c, s_faded);
 383
 384     /*
 385      * deselect By Conservation - colour should revert
 386      */
 387     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 388     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 389     assertEquals(c, s_original);
 390
 391     /*
 392      * now Above PID, threshold = 0%
 393      * should be no change
 394      */
 395     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 396     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 397     assertFalse(sp.isForConservation());
 398     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 399     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 400     assertEquals(c, i_original);
 401     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 402     assertEquals(c, s_original);
 403
 404     /*
 405      * Above PID, threshold = 1%
 406      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 407      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 408      */
 409     sp.valueChanged(1);
 410     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 411     assertEquals(c, Color.white);
 412     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 413     assertEquals(c, s_original);
 414
 415     /*
 416      * threshold 66% - no further change yet...
 417      */
 418     sp.valueChanged(66);
 419     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 420     assertEquals(c, Color.white);
 421     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 422     assertEquals(c, s_original);
 423
 424     /*
 425      * threshold 67% - now both residues are white
 426      */
 427     sp.valueChanged(67);
 428     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 429     assertEquals(c, Color.white);
 430     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 431     assertEquals(c, Color.white);
 432
 433     /*
 434      * deselect Above PID - colours should revert
 435      */
 436     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 437     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 438     assertEquals(c, i_original);
 439     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 440     assertEquals(c, s_original);
 441
 442     /*
 443      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 444      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 445      * 16.S is coloured but faded
 446      */
 447     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 448     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 449     assertFalse(sp.isForConservation());
 450     sp.valueChanged(50);
 451     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 452     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 453     assertTrue(sp.isForConservation());
 454     sp.valueChanged(10);
 455     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 456     assertEquals(c, Color.white);
 457     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 458     assertEquals(c, s_faded);
 459
 460     /*
 461      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 462      */
 463     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 464     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 465     assertEquals(c, i_faded);
 466     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 467     assertEquals(c, s_faded);
 468
 469     /*
 470      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 471      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 472      */
 473     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 474     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 475     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 476     assertEquals(c, Color.white);
 477     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 478     assertEquals(c, s_faded);
 479
 480     /*
 481      * turn off By Conservation
 482      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 483      */
 484     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 485     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 486     assertEquals(c, Color.white);
 487     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 488     assertEquals(c, s_original);
 489
 490     /*
 491      * finally turn off Above PID to leave original colours
 492      */
 493     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 494     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 495     assertEquals(c, i_original);
 496     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 497     assertEquals(c, s_original);
 498   }
 499
 500   /**
 501    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 502    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 503    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 504    * project save and reload.
 505    *
 506    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 507    */
 508   @Test(groups = "Functional")
 509   public void testNewView_colourThresholds()
 510   {
 511     AlignViewport av = af.getViewport();
 512     AlignmentI al = av.getAlignment();
 513
 514     /*
 515      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 516      */
 517     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 518     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 519     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 520     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 521     assertFalse(sp.isForConservation());
 522     sp.valueChanged(10);
 523     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 524     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 525     assertTrue(sp.isForConservation());
 526     sp.valueChanged(20);
 527     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 528     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 529     assertTrue(rs.conservationApplied());
 530     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 531
 532     /*
 533      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 534      * and 40% PID threshold
 535      */
 536     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 537     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 538     sg.setStartRes(15);
 539     sg.setEndRes(25);
 540     av.setSelectionGroup(sg);
 541     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 542     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 543             .toString());
 544     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 545     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 546     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 547     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 548     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 549     assertTrue(sp.isForConservation());
 550     sp.valueChanged(30);
 551     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 552     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 553     assertFalse(sp.isForConservation());
 554     sp.valueChanged(40);
 555     rs = sg.getGroupColourScheme();
 556     assertTrue(rs.conservationApplied());
 557     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 558     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 559
 560     /*
 561      * set slider panel focus to the background alignment
 562      */
 563     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 564     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 565     assertTrue(sp.isForConservation());
 566     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 567             "label.conservation_colour_increment",
 568             new String[] { "Background" }));
 569
 570     /*
 571      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 572      */
 573     af.newView_actionPerformed(null);
 574     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 575     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 576     assertNotSame(av, av2);
 577     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 578     rs = av2.getResidueShading();
 579     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 580     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 581     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 582     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 583     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 584     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 585     rs = sg.getGroupColourScheme();
 586     assertTrue(rs.conservationApplied());
 587     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 588     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 589
 590     /*
 591      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 592      * and updates the new view (JAL-2385)
 593      */
 594     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 595     assertTrue(sp.isForConservation());
 596     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 597             "label.conservation_colour_increment",
 598             new String[] { "View 1" }));
 599     sp.valueChanged(22);
 600     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 601   }
 602 }