test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5
   6 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8
   9 import org.testng.annotations.Test;
  10
  11 public class AnnotationLabelsTest
  12 {
  13   @Test(groups = "Functional")
  14   public void testGetTooltip()
  15   {
  16     assertNull(AnnotationLabels.getTooltip(null));
  17
  18     /*
  19      * simple description only
  20      */
  21     AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation("thelabel", "thedesc",
  22             null);
  23     String expected = "<html>thedesc</html>";
  24     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  25
  26     /*
  27      * description needing html encoding
  28      * (no idea why '<' is encoded but '>' is not)
  29      */
  30     ann.description = "TCoffee scores < 56 and > 28";
  31     expected = "<html>TCoffee scores &lt; 56 and > 28</html>";
  32     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  33
  34     /*
  35      * description already html formatted
  36      */
  37     ann.description = "<html>hello world</html>";
  38     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), ann.description);
  39
  40     /*
  41      * simple description and score
  42      */
  43     ann.description = "hello world";
  44     ann.setScore(2.34d);
  45     expected = "<html>hello world<br/> Score: 2.34</html>";
  46     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  47
  48     /*
  49      * html description and score
  50      */
  51     ann.description = "<html>hello world</html>";
  52     ann.setScore(2.34d);
  53     expected = "<html>hello world<br/> Score: 2.34</html>";
  54     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  55
  56     /*
  57      * score, no description
  58      */
  59     ann.description = " ";
  60     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann),
  61             "<html> Score: 2.34</html>");
  62     ann.description = null;
  63     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann),
  64             "<html> Score: 2.34</html>");
  65
  66     /*
  67      * sequenceref, simple description
  68      */
  69     ann.description = "Count < 12";
  70     ann.sequenceRef = new Sequence("Seq1", "MLRIQST");
  71     ann.hasScore = false;
  72     ann.score = Double.NaN;
  73     expected = "<html>Seq1 : Count &lt; 12</html>";
  74     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  75
  76     /*
  77      * sequenceref, html description, score
  78      */
  79     ann.description = "<html>Score < 4.8</html>";
  80     ann.sequenceRef = new Sequence("Seq1", "MLRIQST");
  81     ann.setScore(-2.1D);
  82     expected = "<html>Seq1 : Score < 4.8<br/> Score: -2.1</html>";
  83     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  84
  85     /*
  86      * no score, null description
  87      */
  88     ann.description = null;
  89     ann.hasScore = false;
  90     ann.score = Double.NaN;
  91     assertNull(AnnotationLabels.getTooltip(ann));
  92
  93     /*
  94      * no score, empty description, sequenceRef
  95      */
  96     ann.description = "";
  97     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), "<html>Seq1 :</html>");
  98
  99     /*
 100      * no score, empty description, no sequenceRef
 101      */
 102     ann.sequenceRef = null;
 103     assertNull(AnnotationLabels.getTooltip(ann));
 104   }
 105
 106   @Test(groups = "Functional")
 107   public void testGetStatusMessage()
 108   {
 109     assertNull(AnnotationLabels.getStatusMessage(null, null));
 110
 111     /*
 112      * simple label
 113      */
 114     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("IUPredWS Short",
 115             "Protein disorder", null);
 116     assertEquals(AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, null),
 117             "IUPredWS Short");
 118
 119     /*
 120      * with sequence ref
 121      */
 122     aa.setSequenceRef(new Sequence("FER_CAPAA", "MIGRKQL"));
 123     assertEquals(AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, null),
 124             "FER_CAPAA : IUPredWS Short");
 125
 126     /*
 127      * with graph group (degenerate, one annotation only)
 128      */
 129     aa.graphGroup = 1;
 130     AlignmentAnnotation aa2 = new AlignmentAnnotation("IUPredWS Long",
 131             "Protein disorder", null);
 132     assertEquals(
 133             AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, new AlignmentAnnotation[]
 134             { aa, aa2 }), "FER_CAPAA : IUPredWS Short");
 135
 136     /*
 137      * graph group with two members; note labels are appended in
 138      * reverse order (matching rendering order on screen)
 139      */
 140     aa2.graphGroup = 1;
 141     assertEquals(
 142             AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, new AlignmentAnnotation[]
 143             { aa, aa2 }), "FER_CAPAA : IUPredWS Long, IUPredWS Short");
 144
 145     /*
 146      * graph group with no sequence ref
 147      */
 148     aa.sequenceRef = null;
 149     assertEquals(
 150             AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, new AlignmentAnnotation[]
 151             { aa, aa2 }), "IUPredWS Long, IUPredWS Short");
 152   }
 153 }