test/jalview/gui/CalculationChooserTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertSame;
   5
   6 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
   7 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   8 import jalview.bin.Cache;
   9
  10 import java.util.List;
  11
  12 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  13 import org.testng.annotations.Test;
  14
  15 public class CalculationChooserTest
  16 {
  17   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  18   public void setUp()
  19   {
  20     // read-only Jalview properties
  21     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  22     Cache.applicationProperties.setProperty("BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE",
  23             Boolean.FALSE.toString());
  24   }
  25
  26   @Test(groups = "Functional")
  27   public void testGetApplicableScoreModels()
  28   {
  29     ScoreModels models = ScoreModels.getInstance();
  30     ScoreModelI blosum62 = models.getBlosum62();
  31     ScoreModelI pam250 = models.getPam250();
  32     ScoreModelI dna = models.getDefaultModel(false);
  33
  34     /*
  35      * peptide models for PCA
  36      */
  37     List<ScoreModelI> filtered = CalculationChooser
  38             .getApplicableScoreModels(false, true);
  39     assertEquals(filtered.size(), 4);
  40     assertSame(filtered.get(0), blosum62);
  41     assertSame(filtered.get(1), pam250);
  42     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "PID");
  43     assertEquals(filtered.get(3).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  44
  45     /*
  46      * peptide models for Tree are the same
  47      */
  48     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(false, false);
  49     assertEquals(filtered.size(), 4);
  50     assertSame(filtered.get(0), blosum62);
  51     assertSame(filtered.get(1), pam250);
  52     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "PID");
  53     assertEquals(filtered.get(3).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  54
  55     /*
  56      * nucleotide models for PCA
  57      */
  58     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, true);
  59     assertEquals(filtered.size(), 3);
  60     assertSame(filtered.get(0), dna);
  61     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
  62     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  63
  64     /*
  65      * nucleotide models for Tree are the same
  66      */
  67     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, false);
  68     assertEquals(filtered.size(), 3);
  69     assertSame(filtered.get(0), dna);
  70     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
  71     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  72
  73     /*
  74      * enable inclusion of BLOSUM62 for nucleotide PCA (JAL-2962)
  75      */
  76     Cache.applicationProperties.setProperty("BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE",
  77             Boolean.TRUE.toString());
  78
  79     /*
  80      * nucleotide models for Tree are unchanged
  81      */
  82     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, false);
  83     assertEquals(filtered.size(), 3);
  84     assertSame(filtered.get(0), dna);
  85     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
  86     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  87
  88     /*
  89      * nucleotide models for PCA add BLOSUM62 as last option
  90      */
  91     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, true);
  92     assertEquals(filtered.size(), 4);
  93     assertSame(filtered.get(0), dna);
  94     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
  95     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  96     assertSame(filtered.get(3), blosum62);
  97   }
  98 }