test/jalview/gui/SeqPanelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertNull;
  25 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  26
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.bin.Jalview;
  30 import jalview.commands.EditCommand;
  31 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  32 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  33 import jalview.datamodel.Alignment;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.Sequence;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.gui.SeqPanel.MousePos;
  39 import jalview.io.DataSourceType;
  40 import jalview.io.FileLoader;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42
  43 import java.awt.Event;
  44 import java.awt.EventQueue;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46 import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
  47
  48 import javax.swing.JLabel;
  49
  50 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  51 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  52 import org.testng.annotations.Test;
  53
  54 import junit.extensions.PA;
  55
  56 public class SeqPanelTest
  57 {
  58   AlignFrame af;
  59
  60   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  61   public void setUpJvOptionPane()
  62   {
  63     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  64     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  65   }
  66   @Test(groups = "Functional")
  67   public void testSetStatusReturnsNearestResiduePosition()
  68   {
  69     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AACDE");
  70     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AA--E");
  71     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  72     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  73             al.getHeight());
  74     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
  75
  76     // Test either side of gap
  77     assertEquals(
  78             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  79                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
  80     assertEquals(((JLabel) PA.getValue(alignFrame, "statusBar")).getText(),
  81             "Sequence 2 ID: Seq2 Residue: ALA (2)");
  82     assertEquals(
  83             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  84                     visAl.getSequenceAt(1), 4, 1), 3);
  85     assertEquals(((JLabel) PA.getValue(alignFrame, "statusBar")).getText(),
  86             "Sequence 2 ID: Seq2 Residue: GLU (3)");
  87     // no status message at a gap, returns next residue position to the right
  88     assertEquals(
  89             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  90                     visAl.getSequenceAt(1), 2, 1), 3);
  91     assertEquals(((JLabel) PA.getValue(alignFrame, "statusBar")).getText(),
  92             "Sequence 2 ID: Seq2");
  93     assertEquals(
  94             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  95                     visAl.getSequenceAt(1), 3, 1), 3);
  96     assertEquals(((JLabel) PA.getValue(alignFrame, "statusBar")).getText(),
  97             "Sequence 2 ID: Seq2");
  98   }
  99
 100   @Test(groups = "Functional")
 101   public void testAmbiguousAminoAcidGetsStatusMessage()
 102   {
 103     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDE");
 104     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AB--E");
 105     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
 106     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
 107             al.getHeight());
 108     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
 109
 110     assertEquals(
 111             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
 112                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
 113     assertEquals(((JLabel) PA.getValue(alignFrame, "statusBar")).getText(),
 114             "Sequence 2 ID: Seq2 Residue: B (2)");
 115   }
 116
 117   @Test(groups = "Functional")
 118   public void testGetEditStatusMessage()
 119   {
 120     assertNull(SeqPanel.getEditStatusMessage(null));
 121
 122     EditCommand edit = new EditCommand(); // empty
 123     assertNull(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit));
 124
 125     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { new Sequence("a", "b") };
 126
 127     // 1 gap
 128     edit.addEdit(edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 1, 1, '-'));
 129     String expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gap", "1");
 130     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 131
 132     // 3 more gaps makes +4
 133     edit.addEdit(edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 1, 3, '-'));
 134     expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gaps", "4");
 135     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 136
 137     // 2 deletes makes + 2
 138     edit.addEdit(edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 2, '-'));
 139     expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gaps", "2");
 140     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 141
 142     // 2 more deletes makes 0 - no text
 143     edit.addEdit(edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 2, '-'));
 144     assertNull(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit));
 145
 146     // 1 more delete makes 1 delete
 147     edit.addEdit(edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 1, '-'));
 148     expected = MessageManager.formatMessage("label.delete_gap", "1");
 149     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 150
 151     // 1 more delete makes 2 deletes
 152     edit.addEdit(edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 1, '-'));
 153     expected = MessageManager.formatMessage("label.delete_gaps", "2");
 154     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 155   }
 156
 157   /**
 158    * Tests that simulate 'locked editing', where an inserted gap is balanced by
 159    * a gap deletion in the selection group, and vice versa
 160    */
 161   @Test(groups = "Functional")
 162   public void testGetEditStatusMessage_lockedEditing()
 163   {
 164     EditCommand edit = new EditCommand(); // empty
 165     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { new Sequence("a", "b") };
 166
 167     // 1 gap inserted, balanced by 1 delete
 168     Edit e1 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 1, 1, '-');
 169     edit.addEdit(e1);
 170     Edit e2 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 5, 1, '-');
 171     e2.setSystemGenerated(true);
 172     edit.addEdit(e2);
 173     String expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gap", "1");
 174     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 175
 176     // 2 more gaps makes +3
 177     Edit e3 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 1, 2, '-');
 178     edit.addEdit(e3);
 179     Edit e4 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 5, 2, '-');
 180     e4.setSystemGenerated(true);
 181     edit.addEdit(e4);
 182     expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gaps", "3");
 183     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 184
 185     // 2 deletes makes + 1
 186     Edit e5 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 2, '-');
 187     edit.addEdit(e5);
 188     Edit e6 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 5, 2, '-');
 189     e6.setSystemGenerated(true);
 190     edit.addEdit(e6);
 191     expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gap", "1");
 192     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 193
 194     // 1 more delete makes 0 - no text
 195     Edit e7 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 1, '-');
 196     edit.addEdit(e7);
 197     Edit e8 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 5, 1, '-');
 198     e8.setSystemGenerated(true);
 199     edit.addEdit(e8);
 200     expected = MessageManager.formatMessage("label.insert_gaps", "2");
 201     assertNull(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit));
 202
 203     // 1 more delete makes 1 delete
 204     Edit e9 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 1, '-');
 205     edit.addEdit(e9);
 206     Edit e10 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 5, 1, '-');
 207     e10.setSystemGenerated(true);
 208     edit.addEdit(e10);
 209     expected = MessageManager.formatMessage("label.delete_gap", "1");
 210     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 211
 212     // 2 more deletes makes 3 deletes
 213     Edit e11 = edit.new Edit(Action.DELETE_GAP, seqs, 1, 2, '-');
 214     edit.addEdit(e11);
 215     Edit e12 = edit.new Edit(Action.INSERT_GAP, seqs, 5, 2, '-');
 216     e12.setSystemGenerated(true);
 217     edit.addEdit(e12);
 218     expected = MessageManager.formatMessage("label.delete_gaps", "3");
 219     assertEquals(SeqPanel.getEditStatusMessage(edit), expected);
 220   }
 221
 222   public void testFindMousePosition_unwrapped()
 223   {
 224     String seqData = ">Seq1\nAACDE\n>Seq2\nAA--E\n";
 225     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
 226             DataSourceType.PASTE);
 227     AlignViewportI av = alignFrame.getViewport();
 228     av.setShowAnnotation(true);
 229     av.setWrapAlignment(false);
 230     final int charHeight = av.getCharHeight();
 231     final int charWidth = av.getCharWidth();
 232     // sanity checks:
 233     assertTrue(charHeight > 0);
 234     assertTrue(charWidth > 0);
 235     assertTrue(alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().getWidth() > 0);
 236
 237     SeqPanel testee = alignFrame.alignPanel.getSeqPanel();
 238     int x = 0;
 239     int y = 0;
 240
 241     /*
 242      * mouse at top left of unwrapped panel
 243      */
 244     MouseEvent evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y,
 245             0, 0, 0, false, 0);
 246     MousePos pos = testee.findMousePosition(evt);
 247     assertEquals(pos.column, 0);
 248     assertEquals(pos.seqIndex, 0);
 249     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 250   }
 251
 252   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 253   public void tearDown()
 254   {
 255     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 256   }
 257
 258   @Test(groups = "Functional")
 259   public void testFindMousePosition_wrapped_annotations()
 260   {
 261     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS", "true");
 262     Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "true");
 263     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 264             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 265     AlignViewportI av = alignFrame.getViewport();
 266     av.setScaleAboveWrapped(false);
 267     av.setScaleLeftWrapped(false);
 268     av.setScaleRightWrapped(false);
 269     alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
 270     waitForSwing(); // for Swing thread
 271
 272     final int charHeight = av.getCharHeight();
 273     final int charWidth = av.getCharWidth();
 274     final int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 275
 276     // sanity checks:
 277     assertTrue(charHeight > 0);
 278     assertTrue(charWidth > 0);
 279     assertTrue(alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().getWidth() > 0);
 280
 281     SeqPanel testee = alignFrame.alignPanel.getSeqPanel();
 282     int x = 0;
 283     int y = 0;
 284
 285     /*
 286      * mouse at top left of wrapped panel; there is a gap of charHeight
 287      * above the alignment
 288      */
 289     MouseEvent evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y,
 290             0, 0, 0, false, 0);
 291     MousePos pos = testee.findMousePosition(evt, "291");
 292     assertEquals(pos.column, 0);
 293     assertEquals(pos.seqIndex, -1); // above sequences
 294     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 295
 296     /*
 297      * cursor at bottom of gap above
 298      */
 299     y = charHeight - 1;
 300     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 301             false, 0);
 302     pos = testee.findMousePosition(evt);
 303     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 304     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 305
 306     /*
 307      * cursor over top of first sequence
 308      */
 309     y = charHeight;
 310     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 311             false, 0);
 312     pos = testee.findMousePosition(evt);
 313     assertEquals(pos.seqIndex, 0);
 314     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 315
 316     /*
 317      * cursor at bottom of first sequence
 318      */
 319     y = 2 * charHeight - 1;
 320     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 321             false, 0);
 322     pos = testee.findMousePosition(evt);
 323     assertEquals(pos.seqIndex, 0);
 324     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 325
 326     /*
 327      * cursor at top of second sequence
 328      */
 329     y = 2 * charHeight;
 330     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 331             false, 0);
 332     pos = testee.findMousePosition(evt);
 333     assertEquals(pos.seqIndex, 1);
 334     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 335
 336     /*
 337      * cursor at bottom of second sequence
 338      */
 339     y = 3 * charHeight - 1;
 340     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 341             false, 0);
 342     pos = testee.findMousePosition(evt);
 343     assertEquals(pos.seqIndex, 1);
 344     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 345
 346     /*
 347      * cursor at bottom of last sequence
 348      */
 349     y = charHeight * (1 + alignmentHeight) - 1;
 350     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 351             false, 0);
 352     pos = testee.findMousePosition(evt);
 353     assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 354     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 355
 356     /*
 357      * cursor below sequences, in 3-pixel gap above annotations
 358      * method reports index of nearest sequence above
 359      */
 360     y += 1;
 361     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 362             false, 0);
 363     pos = testee.findMousePosition(evt);
 364     assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 365     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 366
 367     /*
 368      * cursor still in the gap above annotations, now at the bottom of it
 369      */
 370     y += SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP - 1; // 3-1 = 2
 371     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 372             false, 0);
 373     pos = testee.findMousePosition(evt);
 374     assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 375     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 376
 377     AlignmentAnnotation[] annotationRows = av.getAlignment()
 378             .getAlignmentAnnotation();
 379     for (int n = 0; n < annotationRows.length; n++)
 380     {
 381       /*
 382        * cursor at the top of the n'th annotation
 383        */
 384       y += 1;
 385       evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 386               false, 0);
 387       pos = testee.findMousePosition(evt);
 388       assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 389       assertEquals(pos.annotationIndex, n); // over n'th annotation
 390
 391       /*
 392        * cursor at the bottom of the n'th annotation
 393        */
 394       y += annotationRows[n].height - 1;
 395       evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 396               false, 0);
 397       pos = testee.findMousePosition(evt);
 398       assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 399       assertEquals(pos.annotationIndex, n);
 400     }
 401
 402     /*
 403      * cursor in gap between wrapped widths
 404      */
 405     y += 1;
 406     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 407             false, 0);
 408     pos = testee.findMousePosition(evt);
 409     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 410     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 411
 412     /*
 413      * cursor at bottom of gap between wrapped widths
 414      */
 415     y += charHeight - 1;
 416     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 417             false, 0);
 418     pos = testee.findMousePosition(evt);
 419     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 420     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 421
 422     /*
 423      * cursor at top of first sequence, second wrapped width
 424      */
 425     y += 1;
 426     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 427             false, 0);
 428     pos = testee.findMousePosition(evt);
 429     assertEquals(pos.seqIndex, 0);
 430     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 431   }
 432
 433   @Test(groups = "Functional")
 434   public void testFindMousePosition_wrapped_scaleAbove()
 435   {
 436     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS", "true");
 437     Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "true");
 438     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 439             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 440     AlignViewportI av = alignFrame.getViewport();
 441     av.setScaleAboveWrapped(true);
 442     av.setScaleLeftWrapped(false);
 443     av.setScaleRightWrapped(false);
 444     alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
 445     waitForSwing();
 446
 447     final int charHeight = av.getCharHeight();
 448     final int charWidth = av.getCharWidth();
 449     final int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 450
 451     // sanity checks:
 452     assertTrue(charHeight > 0);
 453     assertTrue(charWidth > 0);
 454     assertTrue(alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().getWidth() > 0);
 455
 456     SeqPanel testee = alignFrame.alignPanel.getSeqPanel();
 457     int x = 0;
 458     int y = 0;
 459
 460     /*
 461      * mouse at top left of wrapped panel; there is a gap of charHeight
 462      * above the alignment
 463      */
 464     MouseEvent evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y,
 465             0, 0, 0, false, 0);
 466     MousePos pos = testee.findMousePosition(evt, "466");
 467     assertEquals(pos.column, 0);
 468     assertEquals(pos.seqIndex, -1); // above sequences
 469     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 470
 471     /*
 472      * cursor at bottom of gap above
 473      * two charHeights including scale panel
 474      */
 475     y = 2 * charHeight - 1;
 476     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 477             false, 0);
 478     pos = testee.findMousePosition(evt);
 479     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 480     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 481
 482     /*
 483      * cursor over top of first sequence
 484      */
 485     y += 1;
 486     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 487             false, 0);
 488     pos = testee.findMousePosition(evt);
 489     assertEquals(pos.seqIndex, 0);
 490     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 491
 492     /*
 493      * cursor at bottom of first sequence
 494      */
 495     y += charHeight - 1;
 496     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 497             false, 0);
 498     pos = testee.findMousePosition(evt);
 499     assertEquals(pos.seqIndex, 0);
 500     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 501
 502     /*
 503      * cursor at top of second sequence
 504      */
 505     y += 1;
 506     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 507             false, 0);
 508     pos = testee.findMousePosition(evt);
 509     assertEquals(pos.seqIndex, 1);
 510     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 511
 512     /*
 513      * cursor at bottom of second sequence
 514      */
 515     y += charHeight - 1;
 516     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 517             false, 0);
 518     pos = testee.findMousePosition(evt);
 519     assertEquals(pos.seqIndex, 1);
 520     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 521
 522     /*
 523      * cursor at bottom of last sequence
 524      * (scale + gap + sequences)
 525      */
 526     y = charHeight * (2 + alignmentHeight) - 1;
 527     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 528             false, 0);
 529     pos = testee.findMousePosition(evt);
 530     assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 531     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 532
 533     /*
 534      * cursor below sequences, in 3-pixel gap above annotations
 535      */
 536     y += 1;
 537     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 538             false, 0);
 539     pos = testee.findMousePosition(evt);
 540     assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 541     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 542
 543     /*
 544      * cursor still in the gap above annotations, now at the bottom of it
 545      * method reports index of nearest sequence above
 546      */
 547     y += SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP - 1; // 3-1 = 2
 548     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 549             false, 0);
 550     pos = testee.findMousePosition(evt);
 551     assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 552     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 553
 554     AlignmentAnnotation[] annotationRows = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 555     for (int n = 0; n < annotationRows.length; n++)
 556     {
 557       /*
 558        * cursor at the top of the n'th annotation
 559        */
 560       y += 1;
 561       evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 562               false, 0);
 563       pos = testee.findMousePosition(evt);
 564       assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 565       assertEquals(pos.annotationIndex, n); // over n'th annotation
 566
 567       /*
 568        * cursor at the bottom of the n'th annotation
 569        */
 570       y += annotationRows[n].height - 1;
 571       evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 572               false, 0);
 573       pos = testee.findMousePosition(evt);
 574       assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 575       assertEquals(pos.annotationIndex, n);
 576     }
 577
 578     /*
 579      * cursor in gap between wrapped widths
 580      */
 581     y += 1;
 582     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 583             false, 0);
 584     pos = testee.findMousePosition(evt);
 585     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 586     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 587
 588     /*
 589      * cursor at bottom of gap between wrapped widths
 590      */
 591     y += charHeight - 1;
 592     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 593             false, 0);
 594     pos = testee.findMousePosition(evt);
 595     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 596     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 597
 598     /*
 599      * cursor at top of scale, second wrapped width
 600      */
 601     y += 1;
 602     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 603             false, 0);
 604     pos = testee.findMousePosition(evt);
 605     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 606     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 607
 608     /*
 609      * cursor at bottom of scale, second wrapped width
 610      */
 611     y += charHeight - 1;
 612     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 613             false, 0);
 614     pos = testee.findMousePosition(evt);
 615     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 616     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 617
 618     /*
 619      * cursor at top of first sequence, second wrapped width
 620      */
 621     y += 1;
 622     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 623             false, 0);
 624     pos = testee.findMousePosition(evt);
 625     assertEquals(pos.seqIndex, 0);
 626     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 627   }
 628
 629   @Test(groups = "Functional")
 630   public void testFindMousePosition_wrapped_noAnnotations()
 631   {
 632     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS", "false");
 633     Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "true");
 634     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 635             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 636     AlignViewportI av = alignFrame.getViewport();
 637     av.setScaleAboveWrapped(false);
 638     av.setScaleLeftWrapped(false);
 639     av.setScaleRightWrapped(false);
 640     alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
 641     waitForSwing();
 642
 643     final int charHeight = av.getCharHeight();
 644     final int charWidth = av.getCharWidth();
 645     final int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 646
 647     // sanity checks:
 648     assertTrue(charHeight > 0);
 649     assertTrue(charWidth > 0);
 650     assertTrue(alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().getWidth() > 0);
 651
 652     SeqPanel testee = alignFrame.alignPanel.getSeqPanel();
 653     int x = 0;
 654     int y = 0;
 655
 656     /*
 657      * mouse at top left of wrapped panel; there is a gap of charHeight
 658      * above the alignment
 659      */
 660     MouseEvent evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y,
 661             0, 0, 0, false, 0);
 662     MousePos pos = testee.findMousePosition(evt, "662");
 663     assertEquals(pos.column, 0);
 664     assertEquals(pos.seqIndex, -1); // above sequences
 665     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 666
 667     /*
 668      * cursor over top of first sequence
 669      */
 670     y = charHeight;
 671     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 672             false, 0);
 673     pos = testee.findMousePosition(evt);
 674     assertEquals(pos.seqIndex, 0);
 675     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 676
 677     /*
 678      * cursor at bottom of last sequence
 679      */
 680     y = charHeight * (1 + alignmentHeight) - 1;
 681     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 682             false, 0);
 683     pos = testee.findMousePosition(evt);
 684     assertEquals(pos.seqIndex, alignmentHeight - 1);
 685     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 686
 687     /*
 688      * cursor below sequences, at top of charHeight gap between widths
 689      */
 690     y += 1;
 691     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 692             false, 0);
 693     pos = testee.findMousePosition(evt);
 694     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 695     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 696
 697     /*
 698      * cursor below sequences, at top of charHeight gap between widths
 699      */
 700     y += charHeight - 1;
 701     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 702             false, 0);
 703     pos = testee.findMousePosition(evt);
 704     assertEquals(pos.seqIndex, -1);
 705     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 706
 707     /*
 708      * cursor at the top of the first sequence, second width
 709      */
 710     y += 1;
 711     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, y, 0, 0, 0,
 712             false, 0);
 713     pos = testee.findMousePosition(evt);
 714     assertEquals(pos.seqIndex, 0);
 715     assertEquals(pos.annotationIndex, -1);
 716   }
 717
 718   @Test(groups = "Functional")
 719   public void testFindColumn_unwrapped()
 720   {
 721     Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "false");
 722     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 723             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 724     SeqPanel testee = alignFrame.alignPanel.getSeqPanel();
 725     int x = 0;
 726     final int charWidth = alignFrame.getViewport().getCharWidth();
 727     assertTrue(charWidth > 0); // sanity check
 728     assertEquals(alignFrame.getViewport().getRanges().getStartRes(), 0);
 729
 730     /*
 731      * mouse at top left of unwrapped panel
 732      */
 733     MouseEvent evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0,
 734             0, 0, 0, false, 0);
 735     assertEquals(testee.findColumn(evt), 0);
 736
 737     /*
 738      * not quite one charWidth across
 739      */
 740     x = charWidth-1;
 741     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0,
 742             0, 0, 0, false, 0);
 743     assertEquals(testee.findColumn(evt), 0);
 744
 745     /*
 746      * one charWidth across
 747      */
 748     x = charWidth;
 749     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0, 0, 0, 0,
 750             false, 0);
 751     assertEquals(testee.findColumn(evt), 1);
 752
 753     /*
 754      * two charWidths across
 755      */
 756     x = 2 * charWidth;
 757     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0, 0, 0, 0,
 758             false, 0);
 759     assertEquals(testee.findColumn(evt), 2);
 760
 761     /*
 762      * limited to last column of seqcanvas
 763      */
 764     x = 20000;
 765     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0, 0, 0, 0,
 766             false, 0);
 767     SeqCanvas seqCanvas = alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas;
 768     int w = seqCanvas.getWidth();
 769     // limited to number of whole columns, base 0
 770     int expected = w / charWidth - 1;
 771     assertEquals(testee.findColumn(evt), expected);
 772
 773     /*
 774      * hide columns 5-10 (base 1)
 775      */
 776     alignFrame.getViewport().hideColumns(4, 9);
 777     x = 5 * charWidth + 2;
 778     // x is in 6th visible column, absolute column 12, or 11 base 0
 779     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0, 0, 0, 0,
 780             false, 0);
 781     assertEquals(testee.findColumn(evt), 11);
 782   }
 783
 784   @Test(groups = "Functional")
 785   public void testFindColumn_wrapped()
 786   {
 787     Cache.applicationProperties.setProperty("WRAP_ALIGNMENT", "true");
 788     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 789             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 790     AlignViewport av = alignFrame.getViewport();
 791     av.setScaleAboveWrapped(false);
 792     av.setScaleLeftWrapped(false);
 793     av.setScaleRightWrapped(false);
 794     alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
 795     // need to wait for repaint to finish!
 796     waitForSwing();
 797     SeqPanel testee = alignFrame.alignPanel.getSeqPanel();
 798     int x = 0;
 799     final int charWidth = av.getCharWidth();
 800     assertTrue(charWidth > 0); // sanity check
 801     assertEquals(av.getRanges().getStartRes(), 0);
 802
 803     /*
 804      * mouse at top left of wrapped panel, no West (left) scale
 805      */
 806     MouseEvent evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0,
 807             0, 0, 0, false, 0);
 808     assertEquals(testee.findColumn(evt, "808"), 0);
 809
 810     /*
 811      * not quite one charWidth across
 812      */
 813     x = charWidth-1;
 814     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0,
 815             0, 0, 0, false, 0);
 816     assertEquals(testee.findColumn(evt), 0);
 817
 818     /*
 819      * one charWidth across
 820      */
 821     x = charWidth;
 822     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0, 0, 0, 0,
 823             false, 0);
 824     assertEquals(testee.findColumn(evt), 1);
 825
 826     /*
 827      * x over scale left (before drawn columns) results in -1
 828      */
 829     av.setScaleLeftWrapped(true);
 830     alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
 831     waitForSwing();
 832     SeqCanvas seqCanvas = testee.seqCanvas;
 833     int labelWidth = (int) PA.getValue(seqCanvas, "labelWidthWest");
 834     assertTrue(labelWidth > 0);
 835     x = labelWidth - 1;
 836     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0, 0, 0, 0,
 837             false, 0);
 838     assertEquals(testee.findColumn(evt), -1);
 839
 840     x = labelWidth;
 841     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0, 0, 0, 0,
 842             false, 0);
 843     assertEquals(testee.findColumn(evt), 0);
 844
 845     /*
 846      * x over right edge of last residue (including scale left)
 847      */
 848     int residuesWide = av.getRanges().getViewportWidth();
 849     assertTrue(residuesWide > 0);
 850     x = labelWidth + charWidth * residuesWide - 1;
 851     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0, 0, 0, 0,
 852             false, 0);
 853     assertEquals(testee.findColumn(evt), residuesWide - 1);
 854
 855     /*
 856      * x over scale right (beyond drawn columns) results in -1
 857      */
 858     av.setScaleRightWrapped(true);
 859     alignFrame.alignPanel.paintAlignment(false, false);
 860     waitForSwing();
 861     labelWidth = (int) PA.getValue(seqCanvas, "labelWidthEast");
 862     assertTrue(labelWidth > 0);
 863     int residuesWide2 = av.getRanges().getViewportWidth();
 864     assertTrue(residuesWide2 > 0);
 865     assertTrue(residuesWide2 < residuesWide); // available width reduced
 866     x += 1; // just over left edge of scale right
 867     evt = new MouseEvent(testee, Event.MOUSE_MOVE, 0L, 0, x, 0, 0, 0, 0,
 868             false, 0);
 869     assertEquals(testee.findColumn(evt), -1);
 870
 871     // todo add startRes offset, hidden columns
 872
 873   }
 874   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 875   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 876   {
 877     /*
 878      * use read-only test properties file
 879      */
 880     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 881     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 882   }
 883
 884   /**
 885    * waits for Swing event dispatch queue to empty
 886    */
 887   synchronized void waitForSwing()
 888   {
 889     try
 890     {
 891       EventQueue.invokeAndWait(new Runnable()
 892       {
 893         @Override
 894         public void run()
 895         {
 896         }
 897       });
 898     } catch (InterruptedException | InvocationTargetException e)
 899     {
 900       e.printStackTrace();
 901     }
 902   }
 903 }