test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  28 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.fts.api.FTSData;
  33 import jalview.jbgui.GStructureChooser.FilterOption;
  34 import jalview.ws.params.InvalidArgumentException;
  35
  36 import java.util.Collection;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  40 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  41 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  42 import org.testng.annotations.Test;
  43
  44 import junit.extensions.PA;
  45
  46 public class StructureChooserTest
  47 {
  48
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public void setUpJvOptionPane()
  51   {
  52     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  53     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  54   }
  55
  56   Sequence seq;
  57
  58   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  59   public void setUp() throws Exception
  60   {
  61     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  62             26);
  63     seq.createDatasetSequence();
  64     for (int x = 1; x < 5; x++)
  65     {
  66       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  67       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  68       seq.addDBRef(dbRef);
  69     }
  70
  71     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  72     dbRef.setId("1tim");
  73
  74     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<>();
  75     pdbIds.add(dbRef);
  76
  77     seq.setPDBId(pdbIds);
  78   }
  79
  80   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  81   public void tearDown() throws Exception
  82   {
  83     seq = null;
  84   }
  85
  86   @Test(groups = { "Functional" })
  87   public void buildQueryTest()
  88   {
  89     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  90     assertEquals("pdb_id:1tim", query);
  91     System.out.println("seq >>>> " + seq);
  92     seq.getAllPDBEntries().clear();
  93     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  94     assertEquals(
  95             "text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4 OR text:4kqy",
  96             query);
  97         seq.setDBRefs(null);
  98     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  99     assertEquals("text:4kqy", query);
 100
 101     DBRefEntry uniprotDBRef = new DBRefEntry();
 102     uniprotDBRef.setAccessionId("P12345");
 103     uniprotDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 104     seq.addDBRef(uniprotDBRef);
 105
 106     DBRefEntry pdbDBRef = new DBRefEntry();
 107     pdbDBRef.setAccessionId("1XYZ");
 108     pdbDBRef.setSource(DBRefSource.PDB);
 109     seq.addDBRef(pdbDBRef);
 110
 111     for (int x = 1; x < 5; x++)
 112     {
 113       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
 114       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
 115       seq.addDBRef(dbRef);
 116     }
 117     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
 118     assertEquals(
 119             "uniprot_accession:P12345 OR uniprot_id:P12345 OR pdb_id:1xyz",
 120             query);
 121   }
 122
 123   @Test(groups = { "Functional" })
 124   public void populateFilterComboBoxTest() throws InterruptedException
 125   {
 126     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 127     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 128     sc.populateFilterComboBox(false, false);
 129     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 130     assertEquals(2, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
 131                                   // populate filter options
 132
 133     sc.populateFilterComboBox(true, false);
 134     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 135     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
 136                                  // should be populated
 137
 138     sc.populateFilterComboBox(true, true);
 139     assertTrue(sc.getCmbFilterOption().getSelectedItem() != null);
 140     FilterOption filterOpt = (FilterOption) sc.getCmbFilterOption()
 141             .getSelectedItem();
 142     assertEquals("Cached Structures", filterOpt.getName());
 143   }
 144
 145   @Test(groups = { "Network" })
 146   public void fetchStructuresInfoTest()
 147   {
 148     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 149     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 150     sc.fetchStructuresMetaData();
 151     Collection<FTSData> ss = (Collection<FTSData>) PA.getValue(sc,
 152             "discoveredStructuresSet");
 153     assertNotNull(ss);
 154     assertTrue(ss.size() > 0);
 155
 156   }
 157
 158   @Test(groups = { "Functional" })
 159   public void sanitizeSeqNameTest()
 160   {
 161     String name = "ab_cdEF|fwxyz012349";
 162     assertEquals(name, StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 163
 164     // remove a [nn] substring
 165     name = "abcde12[345]fg";
 166     assertEquals("abcde12fg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 167
 168     // remove characters other than a-zA-Z0-9 | or _
 169     name = "ab[cd],.\t£$*!- \\\"@:e";
 170     assertEquals("abcde", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 171
 172     name = "abcde12[345a]fg";
 173     assertEquals("abcde12345afg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 174   }
 175 }