test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.Desktop;
  29 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  30 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  31
  32 import java.io.File;
  33
  34 import org.junit.AfterClass;
  35 import org.junit.BeforeClass;
  36 import org.junit.Test;
  37
  38 public class Jalview2xmlTests
  39 {
  40
  41   /**
  42    * @throws java.lang.Exception
  43    */
  44   @BeforeClass
  45   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  46   {
  47     jalview.bin.Jalview.main(new String[] {"-props","test/src/jalview/io/testProps.jvprops"});
  48   }
  49
  50   /**
  51    * @throws java.lang.Exception
  52    */
  53   @AfterClass
  54   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  55   {
  56     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  57
  58   }
  59   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  60   {
  61     int numdsann=0;
  62     for (SequenceI sq: avp.getAlignment().getDataset().getSequences()) {
  63       if (sq.getAnnotation() != null)
  64       {
  65         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  66         {
  67           if (dssa.isValidStruc())
  68           {
  69             numdsann++;
  70           }
  71         }
  72       }
  73     }
  74     return numdsann;
  75   }
  76   @Test
  77   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  78   {
  79     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  80     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
  81     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
  82     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
  83     int olddsann=countDsAnn(af.getViewport());
  84     assertTrue("Didn't find any dataset annotations",olddsann>0);
  85     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
  86     assertTrue("Couldn't apply RNA helices colourscheme",af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  87     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
  88     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
  89     af=null;
  90     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
  91     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
  92     int newdsann=countDsAnn(af.getViewport());
  93     assertTrue("Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "+olddsann+" and now "+newdsann,olddsann==newdsann);
  94     System.out.println("Read in same number of annotations as originally present ("+olddsann+")");
  95     assertTrue("RNA helices colourscheme was not applied on import.",af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
  96   }
  97   @Test
  98   public void testTCoffeeScores() throws Exception
  99   {
 100     String inFile = "examples/uniref50.fa",inAnnot="examples/uniref50.score_ascii";
 101     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
 102     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
 103     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
 104     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null,null);
 105     assertTrue(
 106             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 107             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 108                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 109     assertTrue(
 110             "Recognise T-Coffee score from string",
 111             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 112                     .getAlignment(),
 113                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 114                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 115
 116     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 117     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 118     af=null;
 119     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
 120     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
 121     assertTrue("Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass().equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 122     System.out.println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 123   }
 124   @Test
 125   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 126   {
 127     String inFile = "examples/uniref50.fa",inAnnot="examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 128     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp").getAbsolutePath();
 129     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile, FormatAdapter.FILE);
 130     assertTrue("Didn't read input file "+inFile, af!=null);
 131     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null,null);
 132     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 133     assertTrue("Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",aa!=null && aa.length>0);
 134     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 135     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 136     cs.setSeqAssociated(true);
 137     gcs.setSeqAssociated(true);
 138     af.changeColour(cs);
 139     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 140     sg.setStartRes(57);
 141     sg.setEndRes(92);
 142     sg.cs = gcs;
 143     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 144     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 145     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 146     af.alignPanel.alignmentChanged();
 147     assertTrue("Failed to store as a project.",af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 148     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 149     af=null;
 150     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile, FormatAdapter.FILE);
 151     assertTrue("Failed to import new project", af!=null);
 152
 153     // check for group and alignment colourschemes
 154
 155     ColourSchemeI _rcs=af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 156     ColourSchemeI _rgcs=af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0).cs;
 157     assertTrue("Didn't recover global colourscheme",_rcs!=null);
 158     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",_rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 159     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 160     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",__rcs.isSeqAssociated());
 161
 162
 163     boolean diffseqcols=false,diffgseqcols=false;
 164     SequenceI[] sqs=af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 165     for (int p=0,pSize=af.getViewport().getAlignment().getWidth();p<pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols);p++)
 166     {
 167       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0])!=_rcs.findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 168       {
 169         diffseqcols = true;
 170       }
 171     }
 172     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 173     System.out.println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 174
 175     assertTrue("Didn't recover group colourscheme",_rgcs!=null);
 176     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",_rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 177     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 178     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",__rcs.isSeqAssociated());
 179
 180     for (int p=0,pSize=af.getViewport().getAlignment().getWidth();p<pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols);p++)
 181     {
 182     if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1])!=_rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 183       {
 184         diffgseqcols = true;
 185       }
 186     }
 187     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 188     System.out.println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 189   }
 190   @Test
 191   public void gatherViewsHere() throws Exception
 192   {
 193     int origCount = Desktop.getAlignframes().length;
 194     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 195     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.",af!=null);
 196     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.", Desktop.getAlignframes().length==1+origCount);
 197
 198   }
 199 }