test/jalview/io/RNAMLfileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.gui.JvOptionPane;
  25
  26 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  27 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  28
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.IOException;
  31
  32 import org.testng.annotations.AfterClass;
  33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 import fr.orsay.lri.varna.utils.RNAMLParser;
  37 import groovy.lang.Sequence;
  38
  39 public class RNAMLfileTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  51   {
  52   }
  53
  54   @AfterClass(alwaysRun = true)
  55   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  56   {
  57   }
  58
  59   @Test(groups = { "Functional" })
  60   public void testRnamlToStockholmIO()
  61   {
  62     StockholmFileTest.testFileIOwithFormat(
  63             new File("examples/testdata/rna-alignment.xml"),
  64             FileFormat.Stockholm, -1, -1, true, true, true);
  65
  66   }
  67
  68   @Test(groups= {"Functional"})
  69   public void testRnamlSeqImport() throws IOException
  70   {
  71     RnamlFile parser = new RnamlFile("examples/testdata/7WKP-rna1.xml", DataSourceType.FILE);
  72     SequenceI[] seqs  = parser.getSeqsAsArray();
  73     assertNotNull(seqs);
  74     assertEquals(seqs.length,1);
  75     assertEquals(seqs[0].getEnd()-seqs[0].getStart()+1,seqs[0].getSequence().length);
  76   }
  77
  78 }