test/jalview/io/gff/InterProScanHelperTest.java

   1 package jalview.io.gff;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
   7
   8 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
   9 import jalview.datamodel.Alignment;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.Sequence;
  12 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14
  15 import java.io.IOException;
  16 import java.util.ArrayList;
  17 import java.util.List;
  18 import java.util.Map;
  19
  20 import org.testng.annotations.Test;
  21
  22 public class InterProScanHelperTest
  23 {
  24
  25   /**
  26    * Test processing one InterProScan GFF line
  27    *
  28    * @throws IOException
  29    */
  30   @Test(groups = "Functional")
  31   public void testProcessProteinMatch() throws IOException
  32   {
  33     InterProScanHelper testee = new InterProScanHelper();
  34     List<SequenceI> newseqs = new ArrayList<SequenceI>();
  35     String[] gff = "Submitted\tPfam\tprotein_match\t5\t30\t0\t+\t.\tName=PF12838;Target=Submitted 5 30;signature_desc=4Fe-4S dicluster domain;ID=match$17_5_30"
  36             .split("\\t");
  37     SequenceI seq = new Sequence("Prot1", "PQRASTGKEEDVMIWCHQN");
  38     seq.createDatasetSequence();
  39     AlignmentI align = new Alignment(new SequenceI[] {});
  40     Map<String, List<String>> set = Gff3Helper.parseNameValuePairs(gff[8]);
  41
  42     /*
  43      * this should create a mapping from Prot1/5-30 to virtual sequence
  44      * match$17_5_30 (added to newseqs) positions 1-26
  45      */
  46     testee.processProteinMatch(set, seq, gff, align, newseqs, false);
  47     assertEquals(1, newseqs.size());
  48     assertTrue(newseqs.get(0) instanceof SequenceDummy);
  49     assertEquals("match$17_5_30", newseqs.get(0).getName());
  50     assertEquals(1, align.getCodonFrames().size());
  51     AlignedCodonFrame mapping = align.getCodonFrames().iterator().next();
  52
  53     /*
  54      * 'dnaseqs' (map from) is here [Prot1]
  55      * 'aaseqs' (map to) is here [match$17_5_30]
  56      */
  57     // TODO use more suitable naming in AlignedCodonFrame
  58     assertEquals(1, mapping.getAaSeqs().length);
  59     assertSame(seq.getDatasetSequence(), mapping.getdnaSeqs()[0]);
  60     assertEquals(1, mapping.getdnaSeqs().length);
  61     assertSame(newseqs.get(0), mapping.getAaSeqs()[0]);
  62     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt().length);
  63     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getFromRanges().size());
  64     assertArrayEquals(new int[] { 5, 30 }, mapping.getdnaToProt()[0]
  65             .getFromRanges().get(0));
  66     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getToRanges().size());
  67     assertArrayEquals(new int[] { 1, 26 }, mapping.getdnaToProt()[0]
  68             .getToRanges().get(0));
  69   }
  70
  71 }