test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertNull;
  28 import static org.testng.Assert.assertSame;
  29 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.IOException;
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.HashMap;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Map;
  40
  41 import javax.swing.JInternalFrame;
  42
  43 import org.testng.Assert;
  44 import org.testng.AssertJUnit;
  45 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  46 import org.testng.annotations.Test;
  47
  48 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  49 import jalview.api.AlignViewportI;
  50 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  51 import jalview.api.FeatureColourI;
  52 import jalview.api.ViewStyleI;
  53 import jalview.bin.Cache;
  54 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  55 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  56 import jalview.datamodel.Annotation;
  57 import jalview.datamodel.ContactListI;
  58 import jalview.datamodel.ContactMatrix;
  59 import jalview.datamodel.ContactMatrixI;
  60 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  61 import jalview.datamodel.GeneLocus;
  62 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  63 import jalview.datamodel.Mapping;
  64 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  65 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  66 import jalview.datamodel.Sequence.DBModList;
  67 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  68 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  69 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  70 import jalview.datamodel.SequenceI;
  71 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  72 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  73 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  74 import jalview.gui.AlignFrame;
  75 import jalview.gui.AlignViewport;
  76 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  77 import jalview.gui.Desktop;
  78 import jalview.gui.JvOptionPane;
  79 import jalview.gui.OverviewPanel;
  80 import jalview.gui.PCAPanel;
  81 import jalview.gui.PopupMenu;
  82 import jalview.gui.Preferences;
  83 import jalview.gui.SliderPanel;
  84 import jalview.io.DataSourceType;
  85 import jalview.io.FileFormat;
  86 import jalview.io.FileLoader;
  87 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  88 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  89 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  90 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  91 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  92 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  93 import jalview.schemes.FeatureColour;
  94 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  95 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  96 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  97 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  98 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  99 import jalview.util.MapList;
 100 import jalview.util.matcher.Condition;
 101 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
 102 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
 103 import jalview.ws.datamodel.MappableContactMatrixI;
 104 import jalview.ws.datamodel.alphafold.PAEContactMatrix;
 105
 106 @Test(singleThreaded = true)
 107 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
 108 {
 109
 110   @Override
 111   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 112   public void setUpJvOptionPane()
 113   {
 114     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 115     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 116   }
 117
 118   @Test(groups = { "Functional" })
 119   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 120   {
 121     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 122     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 123             .getAbsolutePath();
 124     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 125             DataSourceType.FILE);
 126     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 127     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 128     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 129     af.changeColour_actionPerformed(
 130             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 131     assertTrue(
 132             af.getViewport()
 133                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 134             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 135     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 136     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 137             "Failed to store as a project.");
 138     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 139     af = null;
 140     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 141             DataSourceType.FILE);
 142     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 143     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 144     assertEquals(olddsann, newdsann,
 145             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 146                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 147     System.out.println(
 148             "Read in same number of annotations as originally present ("
 149                     + olddsann + ")");
 150     assertTrue(
 151
 152             af.getViewport()
 153                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 154             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 155   }
 156
 157   @Test(groups = { "Functional" })
 158   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 159   {
 160     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 161             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 162     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 163             .getAbsolutePath();
 164     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 165             DataSourceType.FILE);
 166     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 167     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 168     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 169     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 170             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 171     assertNotNull(
 172             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 173                     viewport.getAlignment(),
 174                     viewport.getGlobalColourScheme().getSchemeName()),
 175             "Recognise T-Coffee score from string");
 176
 177     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 178     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 179             "Failed to store as a project.");
 180     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 181     af = null;
 182     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 183             DataSourceType.FILE);
 184     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 185     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 186             TCoffeeColourScheme.class,
 187             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 188     System.out.println(
 189             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 190   }
 191
 192   @Test(groups = { "Functional" })
 193   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 194   {
 195     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 196             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 197     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 198             .getAbsolutePath();
 199     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 200             DataSourceType.FILE);
 201     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 202     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 203     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 204             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 205     assertTrue(
 206
 207             aa != null && aa.length > 0,
 208             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 209     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 210             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 211     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 212             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 213     cs.setSeqAssociated(true);
 214     gcs.setSeqAssociated(true);
 215     af.changeColour(cs);
 216     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 217     sg.setStartRes(57);
 218     sg.setEndRes(92);
 219     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 220     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 221     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 222     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 223     af.alignPanel.alignmentChanged();
 224     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 225     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 226             "Failed to store as a project.");
 227     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 228     af = null;
 229     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 230             DataSourceType.FILE);
 231     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 232
 233     // check for group and alignment colourschemes
 234
 235     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 236     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 237             .getColourScheme();
 238     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 239     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 240             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 241     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 242     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 243             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 244
 245     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 246     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 247     for (int p = 0,
 248             pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 249                     && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 250     {
 251       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 252               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 253       {
 254         diffseqcols = true;
 255       }
 256     }
 257     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 258     System.out.println(
 259             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 260
 261     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 262     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 263             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 264     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 265     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 266             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 267
 268     for (int p = 0,
 269             pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 270                     && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 271     {
 272       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 273               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 274                       0f))
 275       {
 276         diffgseqcols = true;
 277       }
 278     }
 279     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 280     System.out.println(
 281             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 282   }
 283
 284   @Test(groups = { "Functional" })
 285   public void gatherViewsHere() throws Exception
 286   {
 287     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 288             : Desktop.getAlignFrames().length;
 289     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 290             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 291     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 292     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 293             "Didn't gather the views in the example file.");
 294
 295   }
 296
 297   /**
 298    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 299    *
 300    * @throws Exception
 301    */
 302   @Test(groups = { "Functional" })
 303   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 304   {
 305     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 306     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 307     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 308             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 309     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 310
 311     // locate Jmol viewer
 312     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 313     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 314             .findFileForPDBId("1A70");
 315     assertEquals(
 316             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 317                     .getMapping(pdbFile).length,
 318             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 319
 320   }
 321
 322   @Test(groups = { "Functional" })
 323   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 324   {
 325     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 326     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 327     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 328             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 329     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 330     AlignmentViewPanel sps = null;
 331     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 332     {
 333       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 334       {
 335         sps = ap;
 336         break;
 337       }
 338     }
 339     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 340     AlignmentAnnotation refan = null;
 341     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 342             .getAlignmentAnnotation())
 343     {
 344       if (ra.graph != 0)
 345       {
 346         refan = ra;
 347         break;
 348       }
 349     }
 350     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 351     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 352     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 353     // compare the manually added temperature factor annotation
 354     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 355     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 356             "1a70 has no annotation");
 357     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 358     {
 359       AlignmentAnnotation alaa;
 360       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 361       alaa.adjustForAlignment();
 362       if (ala.graph == refan.graph)
 363       {
 364         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 365         {
 366           sq.findPosition(p);
 367           try
 368           {
 369             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 370                     && refan.annotations[p] == null)
 371                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 372                     "Mismatch at alignment position " + p);
 373           } catch (NullPointerException q)
 374           {
 375             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 376                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 377                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 378           }
 379         }
 380       }
 381     }
 382
 383   }
 384
 385   @Test(groups = { "Functional" })
 386   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 387   {
 388     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 389             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 390     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 391     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 392     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 393     {
 394       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 395       {
 396         sps = ap;
 397       }
 398       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 399       {
 400         groups = ap;
 401       }
 402     }
 403     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 404     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 405
 406     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 407     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 408     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 409
 410     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 411     AssertJUnit.assertFalse(
 412             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 413     Assert.assertTrue(structureStyle
 414             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 415
 416   }
 417
 418   /**
 419    * test store and recovery of expanded views
 420    *
 421    * @throws Exception
 422    */
 423   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 424   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 425   {
 426     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 427
 428     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 429             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 430     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 431     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 432
 433     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 434     // actually on the Desktop
 435     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 436             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 437
 438     Desktop.explodeViews(af);
 439
 440     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 441     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 442             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 443     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 444     try
 445     {
 446       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 447     } catch (Error e)
 448     {
 449       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 450     } catch (Exception e)
 451     {
 452       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 453     }
 454     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 455     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 456     {
 457       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 458     }
 459     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 460             DataSourceType.FILE);
 461     Assert.assertNotNull(af);
 462     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 463             Desktop.getAlignmentPanels(
 464                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 465     Assert.assertEquals(Desktop
 466             .getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 467             oldviews);
 468   }
 469
 470   /**
 471    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 472    * in each view.
 473    *
 474    * @throws Exception
 475    */
 476   @Test(groups = { "Functional" })
 477   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 478   {
 479     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 480     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 481             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 482     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 483     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 484
 485     // remember reference sequence for each panel
 486     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 487
 488     /*
 489      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 490      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 491      */
 492     int n = 1;
 493     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 494     {
 495       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 496       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 497       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 498       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 499       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 500
 501       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 502       // todo refactor this to an alignment view controller
 503       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 504       av.setColourByReferenceSeq(true);
 505       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 506
 507       n++;
 508     }
 509     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 510             ".jvp");
 511     try
 512     {
 513       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 514     } catch (Throwable e)
 515     {
 516       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 517     }
 518     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 519     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 520     {
 521       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 522     }
 523
 524     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 525             DataSourceType.FILE);
 526     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 527
 528     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 529     {
 530       // check representative
 531       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 532       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 533       Assert.assertNotNull(rep,
 534               "Couldn't restore sequence representative from project");
 535       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 536       // will be different.
 537       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 538       // load/saves.
 539       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 540               rep.toString(),
 541               "Representative wasn't the same when recovered.");
 542       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 543               "Display reference sequence view setting not set.");
 544       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 545               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 546     }
 547   }
 548
 549   @Test(groups = { "Functional" })
 550   public void testIsVersionStringLaterThan()
 551   {
 552     /*
 553      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 554      * compatible
 555      */
 556     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 560             "Development Build"));
 561     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 562             "DEVELOPMENT BUILD"));
 563     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 564             "Development Build"));
 565     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 567     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 568     assertTrue(
 569             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 570     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 571             "Automated Build"));
 572     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 573             "AUTOMATED BUILD"));
 574
 575     /*
 576      * same version returns true i.e. compatible
 577      */
 578     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 579     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 580     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 581     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 582     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 583
 584     /*
 585      * later version returns true
 586      */
 587     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 588     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 589     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 590     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 591     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 592
 593     /*
 594      * earlier version returns false
 595      */
 596     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 597     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 598     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 599     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 600     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 601     /*
 602      * test for patch release versions
 603      */
 604     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.11.3.0", "2.11.2"));
 605     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.11.3.0", "2.11.4"));
 606     assertFalse(
 607             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.12.2.0b1", "2.12.2.0"));
 608     assertFalse(
 609             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.12.2.3", "2.12.2.2"));
 610
 611   }
 612
 613   /**
 614    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 615    * representative sequence) in each view.
 616    *
 617    * @throws Exception
 618    */
 619   @Test(groups = { "Functional" })
 620   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 621   {
 622     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 623     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 624             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 625     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 626     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 627     // make a second view of the alignment
 628     af.newView_actionPerformed(null);
 629
 630     /*
 631      * remember representative and hidden sequences marked
 632      * on each panel
 633      */
 634     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 635     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 636
 637     /*
 638      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 639      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 640      */
 641     int n = 1;
 642     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 643     {
 644       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 645       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 646       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 647       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 648       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 649       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 650       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 651       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 652       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 653
 654       /*
 655        * have rep sequence represent itself and the one before it
 656        * this hides the group (except for the rep seq)
 657        */
 658       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 659       sg.addSequence(repSeq, false);
 660       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 661       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 662       sg.setSeqrep(repSeq);
 663       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 664       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 665       av.setSelectionGroup(sg);
 666       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 667
 668       /*
 669        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 670        * (it does not create a group on the alignment)
 671        */
 672       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 673       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 674       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 675       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 676       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 677       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 678               .getHiddenRepSequences();
 679       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 680       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 681       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 682       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 683       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 684       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 685
 686       n++;
 687     }
 688     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 689             ".jvp");
 690     try
 691     {
 692       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 693     } catch (Throwable e)
 694     {
 695       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 696     }
 697     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 698     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 699     {
 700       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 701     }
 702
 703     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 704             DataSourceType.FILE);
 705     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 706
 707     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 708     {
 709       String viewName = ap.getViewName();
 710       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 711       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 712       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 713       assertNotNull(groups);
 714       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 715       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 716               .getHiddenRepSequences();
 717       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 718       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 719       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 720               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 721                       .getDisplayId(true));
 722
 723       /*
 724        * verify hidden sequences in restored panel
 725        */
 726       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 727       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 728       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 729               "wrong number of restored hidden sequences in "
 730                       + ap.getViewName());
 731     }
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 736    *
 737    * @throws Exception
 738    */
 739   @Test(groups = { "Functional" })
 740   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 741   {
 742     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 743     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 744     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 745             DataSourceType.FILE);
 746     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 747     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 748
 749     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 750     System.out.println();
 751     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 752     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 753     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 754     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 755     System.out.println("blah");
 756     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 757     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 758     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 759     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 760     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 761     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 762     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 763     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 764     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 765     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 766     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 767     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 768     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 769     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 770     Assert.assertEquals(
 771             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 772             pdbEntries[0]);
 773     Assert.assertEquals(
 774             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 775             pdbEntries[1]);
 776     Assert.assertEquals(
 777             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 778             pdbEntries[2]);
 779     Assert.assertEquals(
 780             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 781             pdbEntries[3]);
 782
 783     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 784     try
 785     {
 786       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 787     } catch (Throwable e)
 788     {
 789       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 790     }
 791     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 792     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 793     {
 794       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 795     }
 796
 797     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 798             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 799     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 800     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 801     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 802     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 803     System.out.println("blah");
 804     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 805     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 806     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 807     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 808     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 809     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 810     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 811     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 812     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 813
 814     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 815     // recoverable from a Jalview projects
 816     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 817     {
 818       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 819               .get(0);
 820       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 821       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 822               "Mismatch PDB ID");
 823       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 824               "Mismatch PDB ID");
 825       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 826               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 827       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 828               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 829       Assert.assertEquals(
 830               recov.getFile().toLowerCase(Locale.ENGLISH)
 831                       .lastIndexOf("pdb"),
 832               recov.getFile().length() - 3,
 833               "Recovered PDBEntry file should have PDB suffix");
 834     }
 835   }
 836
 837   /**
 838    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 839    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 840    * saved project.
 841    *
 842    * @throws IOException
 843    */
 844   @Test(groups = { "Functional" })
 845   public void testStoreAndRecoverAnnotationRowElementColours()
 846           throws IOException
 847   {
 848     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 849     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("SEQ\tMNQ",
 850             DataSourceType.PASTE);
 851
 852     AlignViewport av = af.getViewport();
 853     AlignmentI al = av.getAlignment();
 854     SequenceI fsq;
 855     fsq = al.getSequenceAt(0);
 856     Annotation annots[] = new Annotation[fsq.getLength()];
 857     AlignmentAnnotation ala = new AlignmentAnnotation("Colour", "Annots",
 858             annots);
 859     annots[0] = new Annotation(1.0f);
 860     annots[1] = new Annotation(2.0f);
 861     annots[2] = new Annotation(3.0f);
 862     annots[0].colour = Color.RED;
 863     annots[1].colour = Color.GREEN;
 864     annots[2].colour = Color.BLUE;
 865     ala.validateRangeAndDisplay();
 866     al.getSequenceAt(0).addAlignmentAnnotation(ala);
 867     al.addAnnotation(ala);
 868     /*
 869      * and colour by annotation
 870      */
 871     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(ala,
 872             af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 873     acg.setSeqAssociated(true);
 874     acg.setPredefinedColours(true);
 875     af.changeColour(acg);
 876     Color seqcol[] = new Color[3];
 877     for (int iStart = fsq.findIndex(fsq.getStart()), i = 0; i < 3; i++)
 878     {
 879       seqcol[i] = af.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas
 880               .getSequenceRenderer()
 881               .getResidueColour(fsq, iStart + i, null);
 882     }
 883     /*
 884      * save project, close windows, reload project, verify
 885      */
 886     File tfile = File.createTempFile(
 887             "testStoreAndRecoverAnnotRowElemColors", ".jvp");
 888     tfile.deleteOnExit();
 889     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 890     // Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 891     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 892             DataSourceType.FILE);
 893     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 894     /*
 895      * verify alignment annotation has colors
 896      */
 897     av = af.getViewport();
 898
 899     ColourSchemeI loadedCscheme = av.getGlobalColourScheme();
 900     Assert.assertTrue(loadedCscheme instanceof AnnotationColourGradient,
 901             "Didn't apply Annotation colour gradient");
 902     acg = (AnnotationColourGradient) loadedCscheme;
 903     assertTrue(acg.isSeqAssociated());
 904     assertTrue(acg.isPredefinedColours());
 905
 906     al = av.getAlignment();
 907     fsq = al.getSequenceAt(0);
 908     ala = fsq.getAnnotation()[0];
 909     Assert.assertNotNull(ala, "No annotation row recovered");
 910     Assert.assertNotNull(ala.annotations);
 911     for (int iStart = al.getSequenceAt(0)
 912             .findIndex(al.getSequenceAt(0).getStart()), i = 0; i < 3; i++)
 913     {
 914       Assert.assertTrue(ala.annotations[i].colour != null);
 915       Assert.assertTrue(ala.annotations[i].colour.equals(annots[i].colour));
 916       Color newseqcol = af.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas
 917               .getSequenceRenderer()
 918               .getResidueColour(fsq, iStart + i, null);
 919       Assert.assertTrue(seqcol[i].equals(newseqcol),
 920               "Sequence shading is different");
 921
 922     }
 923
 924   }
 925
 926   /**
 927    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 928    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 929    * saved project.
 930    *
 931    * @throws IOException
 932    */
 933   @Test(groups = { "Functional" })
 934   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 935   {
 936     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 937     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 938             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 939
 940     AlignViewport av = af.getViewport();
 941     AlignmentI al = av.getAlignment();
 942
 943     /*
 944      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 945      */
 946     av.setColourAppliesToAllGroups(false);
 947     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 948     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 949     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 950     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 951     assertFalse(sp.isForConservation());
 952     sp.valueChanged(10);
 953     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 954     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 955     assertTrue(sp.isForConservation());
 956     sp.valueChanged(20);
 957     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 958     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 959     assertTrue(rs.conservationApplied());
 960     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 961
 962     /*
 963      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 964      * and 40% PID threshold
 965      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 966      * is at a sequence not in the group)
 967      */
 968     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 969     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 970     sg.setStartRes(15);
 971     sg.setEndRes(25);
 972     av.setSelectionGroup(sg);
 973     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 974             null);
 975     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 976             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 977     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 978     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 979     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 980     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 981     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 982     assertTrue(sp.isForConservation());
 983     sp.valueChanged(30);
 984     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 985     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 986     assertFalse(sp.isForConservation());
 987     sp.valueChanged(40);
 988     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 989     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 990     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 991
 992     /*
 993      * save project, close windows, reload project, verify
 994      */
 995     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 996             ".jvp");
 997     tfile.deleteOnExit();
 998     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 999     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1000     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1001             DataSourceType.FILE);
1002     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
1003
1004     /*
1005      * verify alignment (background) colouring
1006      */
1007     rs = af.getViewport().getResidueShading();
1008     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
1009     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
1010     assertTrue(rs.conservationApplied());
1011     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
1012
1013     /*
1014      * verify group colouring
1015      */
1016     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
1017     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
1018             .getGroupColourScheme();
1019     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
1020     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
1021     assertTrue(rs.conservationApplied());
1022     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
1023   }
1024
1025   /**
1026    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
1027    *
1028    * @throws IOException
1029    */
1030   @Test(groups = { "Functional" })
1031   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
1032   {
1033     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1034             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
1035     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
1036
1037     /*
1038      * add some features to the sequence
1039      */
1040     int score = 1;
1041     addFeatures(seq1, "type1", score++);
1042     addFeatures(seq1, "type2", score++);
1043     addFeatures(seq1, "type3", score++);
1044     addFeatures(seq1, "type4", score++);
1045     addFeatures(seq1, "type5", score++);
1046
1047     /*
1048      * set colour schemes for features
1049      */
1050     FeatureRendererModel fr = af.getFeatureRenderer();
1051     fr.findAllFeatures(true);
1052
1053     // type1: red
1054     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
1055
1056     // type2: by label
1057     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
1058     byLabel.setColourByLabel(true);
1059     fr.setColour("type2", byLabel);
1060
1061     // type3: by score above threshold
1062     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
1063             Color.BLUE, null, 1, 10);
1064     byScore.setAboveThreshold(true);
1065     byScore.setThreshold(2f);
1066     fr.setColour("type3", byScore);
1067
1068     // type4: by attribute AF
1069     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
1070     byAF.setColourByLabel(true);
1071     byAF.setAttributeName("AF");
1072     fr.setColour("type4", byAF);
1073
1074     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
1075     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
1076             Color.BLUE, null, 1, 10);
1077     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
1078     byPolyPhen.setThreshold(3f);
1079     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
1080     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
1081
1082     /*
1083      * set filters for feature types
1084      */
1085
1086     // filter type1 features by (label contains "x")
1087     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
1088     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
1089     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
1090
1091     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
1092     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
1093     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
1094     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
1095     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
1096
1097     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
1098     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
1099     filterByXY
1100             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
1101     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
1102             "PolyPhen"));
1103     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
1104
1105     /*
1106      * save as Jalview project
1107      */
1108     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
1109     tfile.deleteOnExit();
1110     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
1111     af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview);
1112     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
1113             "Failed to store as a project.");
1114
1115     /*
1116      * close current alignment and load the saved project
1117      */
1118     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1119     af = null;
1120     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
1121             DataSourceType.FILE);
1122     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
1123
1124     /*
1125      * verify restored feature colour schemes and filters
1126      */
1127     fr = af.getFeatureRenderer();
1128     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1129     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1130     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1131     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1132     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1133     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1134     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1135     assertNull(fc.getAttributeName());
1136     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1137     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1138     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1139     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1140     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1141     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1142     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1143     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1144     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1145     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1146     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1147     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1148
1149     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1150             "Label Contains x");
1151     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1152             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1153     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1154             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0)");
1155   }
1156
1157   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1158   {
1159     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1160             score, "grp");
1161     sf.setValue("AF", score);
1162     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1163     {
1164       {
1165         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1166       }
1167     });
1168     seq.addSequenceFeature(sf);
1169   }
1170
1171   /**
1172    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1173    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1174    *
1175    * @param seq
1176    * @param featureType
1177    * @param score
1178    */
1179   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1180   {
1181     addFeature(seq, featureType, score++);
1182     addFeature(seq, featureType, score);
1183   }
1184
1185   /**
1186    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1187    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1188    */
1189   @Test(groups = { "Functional" })
1190   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1191   {
1192     // simple project - two views on one alignment
1193     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1194             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1195     assertNotNull(af);
1196     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1197     verifyDs(af);
1198   }
1199
1200   /**
1201    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1202    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1203    * is a more complex project
1204    */
1205   @Test(groups = { "Functional" })
1206   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1207   {
1208     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1209
1210     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1211     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1212             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1213             DataSourceType.FILE);
1214     assertNotNull(af);
1215
1216     AlignmentI ds = null;
1217     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1218     {
1219       if (ds == null)
1220       {
1221         ds = verifyDs(alignFrame);
1222       }
1223       else
1224       {
1225         // check that this frame's dataset matches the last
1226         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1227       }
1228     }
1229   }
1230
1231   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1232   {
1233     AlignmentI ds = null;
1234     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1235     {
1236       if (ds == null)
1237       {
1238         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1239       }
1240       else
1241       {
1242         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1243                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1244       }
1245     }
1246     return ds;
1247   }
1248
1249   @Test(groups = "Functional")
1250   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1251   {
1252     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1253     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1254     // create a new tempfile
1255     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1256
1257     {
1258       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1259       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1260               DataSourceType.FILE);
1261       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1262       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1263       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1264       // create another for good measure
1265       af.newView("Not the PCA View", true);
1266       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1267               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1268       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1269       pcaPanel.run();
1270
1271       // now switch the linked view
1272       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1273
1274       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1275               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1276
1277       // now save and reload project
1278       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1279       tempfile.delete();
1280       jv2xml.saveState(tempfile);
1281       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1282               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1283     }
1284
1285     // load again.
1286     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1287     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1288             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1289     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1290     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1291     // desktop
1292     assertEquals(frames.length, 2,
1293             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1294     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1295
1296     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1297     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1298     {
1299       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1300       {
1301         restoredNewView = alignpanel;
1302       }
1303     }
1304     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1305     assertTrue(
1306             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1307                     .getAlignViewport(),
1308             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1309   }
1310
1311   /**
1312    * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
1313    *
1314    * @throws Exception
1315    */
1316   @Test(groups = { "Functional" })
1317   public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
1318   {
1319     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1320     String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
1321     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
1322             DataSourceType.PASTE);
1323     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1324
1325     AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1326     SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1327     SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1328
1329     /*
1330      * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
1331      * and a dbref with map to gene 'locus'
1332      */
1333     DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
1334     pep.addDBRef(dbref1);
1335     Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
1336             new MapList(new int[]
1337             { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
1338     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
1339     pep.addDBRef(dbref2);
1340     Mapping locusmap = new Mapping(null,
1341             new MapList(new int[]
1342             { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
1343     DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
1344     pep.addDBRef(dbref3);
1345
1346     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
1347             ".jvp");
1348     try
1349     {
1350       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1351     } catch (Throwable e)
1352     {
1353       Assert.fail("Didn't save the state", e);
1354     }
1355     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1356
1357     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1358             DataSourceType.FILE);
1359     AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1360     SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1361     DBModList<DBRefEntry> dbrefs = rpep.getDBRefs();
1362     assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
1363     assertEquals(dbrefs.size(), 3);
1364     DBRefEntry dbRef = dbrefs.get(0);
1365     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1366     assertNull(dbRef.getMap());
1367     assertEquals(dbRef, dbref1);
1368
1369     /*
1370      * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
1371      * sequence but otherwise match the original dbrefs
1372      */
1373     dbRef = dbrefs.get(1);
1374     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1375     assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
1376     assertNotNull(dbRef.getMap());
1377     SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1378     assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
1379     // compare MapList but not map.to
1380     assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
1381
1382     /*
1383      * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
1384      */
1385     dbRef = dbrefs.get(2);
1386     assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
1387     assertEquals(dbRef, dbref3);
1388   }
1389
1390   /**
1391    * test store and recovery of Overview windows
1392    *
1393    * @throws Exception
1394    */
1395   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
1396   public void testStoreAndRecoverOverview() throws Exception
1397   {
1398     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1399
1400     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "false");
1401     Cache.setProperty(Preferences.USE_LEGACY_GAP, "false");
1402     Cache.setColourProperty(Preferences.GAP_COLOUR, Color.green);
1403     Cache.setColourProperty(Preferences.HIDDEN_COLOUR, Color.yellow);
1404     Cache.setProperty(Preferences.SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, "true");
1405
1406     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1407             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
1408
1409     /*
1410      * open and resize / reposition overview
1411      */
1412     af.overviewMenuItem_actionPerformed(null);
1413     OverviewPanel ov1 = af.alignPanel.getOverviewPanel();
1414     assertNotNull(ov1);
1415     ov1.setFrameBounds(20, 30, 200, 400);
1416     assertEquals(ov1.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa");
1417     assertTrue(ov1.isShowHiddenRegions());
1418
1419     /*
1420      * open a New View and its Overview and reposition it
1421      */
1422     af.newView_actionPerformed(null);
1423     af.overviewMenuItem_actionPerformed(null);
1424     OverviewPanel ov2 = af.alignPanel.getOverviewPanel();
1425     assertNotNull(ov2);
1426     assertNotSame(ov1, ov2);
1427     ov2.setFrameBounds(25, 35, 205, 405);
1428     assertEquals(ov1.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa Original");
1429     assertEquals(ov2.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa View 1");
1430
1431     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverOverview", ".jvp");
1432     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1433     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1434
1435     /*
1436      * change preferences (should _not_ affect reloaded Overviews)
1437      */
1438     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "true");
1439     Cache.setProperty(Preferences.USE_LEGACY_GAP, "true");
1440     Cache.setColourProperty(Preferences.GAP_COLOUR, Color.blue);
1441     Cache.setColourProperty(Preferences.HIDDEN_COLOUR, Color.orange);
1442     Cache.setProperty(Preferences.SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, "false");
1443
1444     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1445             DataSourceType.FILE);
1446
1447     /*
1448      * workaround: explicitly select View 1 (not in focus after restore)
1449      */
1450     af.tabSelectionChanged(1);
1451
1452     /*
1453      * verify restored overview for View 1
1454      */
1455     ov2 = af.alignPanel.getOverviewPanel();
1456     assertEquals(ov2.getCanvas().getGapColour(), Color.green);
1457     // 'non-legacy' colouring uses white for non-gapped residues
1458     assertEquals(ov2.getCanvas().getResidueColour(), Color.white);
1459     assertEquals(ov2.getCanvas().getHiddenColour(), Color.yellow);
1460     assertEquals(ov2.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa View 1");
1461     assertEquals(ov2.getFrameBounds(), new Rectangle(25, 35, 205, 405));
1462     assertTrue(ov2.isShowHiddenRegions());
1463
1464     /*
1465      * verify restored overview for Original view
1466      */
1467     af.tabSelectionChanged(0);
1468     ov1 = af.alignPanel.getOverviewPanel();
1469     assertEquals(ov1.getCanvas().getGapColour(), Color.green);
1470     // 'non-legacy' colouring uses white for non-gapped residues
1471     assertEquals(ov1.getCanvas().getResidueColour(), Color.white);
1472     assertEquals(ov1.getCanvas().getHiddenColour(), Color.yellow);
1473     assertEquals(ov1.getTitle(), "Overview examples/uniref50.fa Original");
1474     assertEquals(ov1.getFrameBounds(), new Rectangle(20, 30, 200, 400));
1475     assertTrue(ov1.isShowHiddenRegions());
1476   }
1477
1478   /**
1479    * Test that a view with no Overview is restored with no Overview, even if
1480    * 'Open Overview' is selected in Preferences
1481    *
1482    * @throws Exception
1483    */
1484   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
1485   public void testStoreAndRecoverNoOverview() throws Exception
1486   {
1487     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "false");
1488     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1489     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1490             ">seq1\nMATRSQFLVNF\n", DataSourceType.PASTE);
1491
1492     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverOverview", ".jvp");
1493     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1494     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1495
1496     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "true");
1497     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1498             DataSourceType.FILE);
1499
1500     assertNull(af.alignPanel.getOverviewPanel());
1501   }
1502
1503   /**
1504    * Test that a view from an older version of Jalview is restored with Overview
1505    * automatically shown when the preference is set
1506    *
1507    * @throws Exception
1508    */
1509   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
1510   public void testAutoShowOverviewForLegacyProjects() throws Exception
1511   {
1512     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1513     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "true");
1514     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1515             "examples/exampleFile.jvp", DataSourceType.FILE);
1516
1517     Cache.setProperty("SHOW_OVERVIEW", "false");
1518     assertNotNull(af.alignPanel.getOverviewPanel());
1519   }
1520
1521   /**
1522    * Test that loading example.jvp, doing some stuff, then hitting reload
1523    * doesn't leave the modified window still open
1524    *
1525    * See JAL-4127 - interactively performing the same actions and reloading
1526    * works fine, but programmatically they do not
1527    *
1528    * @throws Exception
1529    */
1530   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
1531   public void testReloadActuallyReloads() throws Exception
1532   {
1533     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1534     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1535             "examples/exampleFile.jvp", DataSourceType.FILE);
1536     af.getViewport().getColumnSelection().addElement(3);
1537     af.hideSelColumns_actionPerformed(null);
1538     af.newView("new", true);
1539     af.reload_actionPerformed(null);
1540     Thread.sleep(30);
1541     // af exists still but isn't shown
1542     assertTrue(af.isClosed());
1543   }
1544
1545   @Test(groups = { "Functional" })
1546   public void testPAEsaveRestore() throws Exception
1547   {
1548     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1549     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1550             ">seq1\nMATRSQFLVNF\n", DataSourceType.PASTE);
1551     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
1552     // PAE matrices are added as reference annotation to the dataset sequence
1553     // at least for now.
1554     SequenceI sq = al.getSequenceAt(0).getDatasetSequence();
1555     int i = sq.getLength();
1556     float[][] paevals = new float[i][i];
1557     for (i = i - 1; i >= 0; i--)
1558     {
1559       for (int j = 0; j <= i; j++)
1560       {
1561         paevals[i][j] = ((i - j < 2)
1562                 || ((i > 1 && i < 5) && (j > 1 && i < 5))) ? 1 : 0f;
1563         paevals[j][i] = paevals[i][j];
1564       }
1565     }
1566     PAEContactMatrix dummyMat = new PAEContactMatrix(sq, paevals);
1567     String content = ContactMatrix.contactToFloatString(dummyMat);
1568     Assert.assertTrue(content.contains("\t1.")); // at least one element must be 1
1569     float[][] vals = ContactMatrix.fromFloatStringToContacts(content, sq.getLength(), sq.getLength());
1570     assertEquals(vals[3][4],paevals[3][4]);
1571     dummyMat.makeGroups(0.5f, false);
1572     Assert.assertNotSame(dummyMat.getNewick(), "");
1573     AlignmentAnnotation paeCm = sq.addContactList(dummyMat);
1574     al.addAnnotation(paeCm);
1575     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPAEmatrix",
1576             ".jvp");
1577     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1578     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1579
1580     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1581             DataSourceType.FILE);
1582     AlignmentI newAl = af.getViewport().getAlignment();
1583     SequenceI newSeq = newAl.getSequenceAt(0).getDatasetSequence();
1584     // check annotation of the expected type exists
1585     Assert.assertEquals(newSeq.getAnnotation().length, 1);
1586     Assert.assertEquals(newSeq.getAnnotation()[0].graph, paeCm.graph);
1587
1588     // check a contact matrix was recovered
1589     Assert.assertEquals(newSeq.getContactMaps().size(), 1);
1590     // and can be found for the annotation on the sequence
1591     ContactMatrixI restoredMat = newSeq
1592             .getContactMatrixFor(newSeq.getAnnotation()[0]);
1593     Assert.assertNotNull(restoredMat);
1594     MapList oldMap = ((MappableContactMatrixI) dummyMat).getMapFor(sq);
1595     MapList newMap = ((MappableContactMatrixI) restoredMat).getMapFor(newSeq);
1596     Assert.assertEquals(oldMap.getFromRanges(),newMap.getFromRanges());
1597     Assert.assertEquals(oldMap.getToRanges(),newMap.getToRanges());
1598     Assert.assertEquals(oldMap.getFromRatio(),newMap.getFromRatio());
1599     Assert.assertEquals(oldMap.getToRatio(),newMap.getToRatio());
1600
1601     for (i = sq.getLength() - 1; i >= 0; i--)
1602     {
1603       ContactListI oldCM = dummyMat.getContactList(i),
1604               newCM = restoredMat.getContactList(i);
1605       for (int j = oldCM.getContactHeight(); j >= 0; j--)
1606       {
1607         double old_j=oldCM.getContactAt(j);
1608         double new_j=newCM.getContactAt(j);
1609         Assert.assertEquals(old_j,new_j);
1610       }
1611     }
1612     Assert.assertEquals(restoredMat.hasGroups(), dummyMat.hasGroups());
1613     Assert.assertEquals(restoredMat.getGroups(), dummyMat.getGroups());
1614     Assert.assertEquals(restoredMat.hasTree(), dummyMat.hasTree());
1615     Assert.assertEquals( restoredMat.getNewick(),dummyMat.getNewick());
1616
1617
1618   }
1619
1620 }