test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  31 import jalview.api.AlignViewportI;
  32 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  33 import jalview.api.FeatureColourI;
  34 import jalview.api.ViewStyleI;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  38 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  39 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  40 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  41 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  42 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  45 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  46 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  47 import jalview.gui.AlignFrame;
  48 import jalview.gui.AlignViewport;
  49 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  50 import jalview.gui.Desktop;
  51 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  52 import jalview.gui.JvOptionPane;
  53 import jalview.gui.PCAPanel;
  54 import jalview.gui.PopupMenu;
  55 import jalview.gui.SliderPanel;
  56 import jalview.io.DataSourceType;
  57 import jalview.io.FileFormat;
  58 import jalview.io.FileLoader;
  59 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  60 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  61 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  62 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  63 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  64 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  65 import jalview.schemes.FeatureColour;
  66 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  67 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  68 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  69 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  70 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  71 import jalview.util.matcher.Condition;
  72 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  73
  74 import java.awt.Color;
  75 import java.io.File;
  76 import java.io.IOException;
  77 import java.util.ArrayList;
  78 import java.util.HashMap;
  79 import java.util.List;
  80 import java.util.Map;
  81
  82 import javax.swing.JInternalFrame;
  83
  84 import org.testng.Assert;
  85 import org.testng.AssertJUnit;
  86 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  87 import org.testng.annotations.Test;
  88
  89 @Test(singleThreaded = true)
  90 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  91 {
  92
  93   @Override
  94   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  95   public void setUpJvOptionPane()
  96   {
  97     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  98     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  99   }
 100
 101   @Test(groups = { "Functional" })
 102   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 103   {
 104     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 105     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 106             .getAbsolutePath();
 107     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 108             DataSourceType.FILE);
 109     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 110     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 111     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 112     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.RNAHelices
 113             .toString());
 114     assertTrue(
 115             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 116             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 117     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 118             "Failed to store as a project.");
 119     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 120     af = null;
 121     af = new FileLoader()
 122             .LoadFileWaitTillLoaded(tfile, DataSourceType.FILE);
 123     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 124     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 125     assertEquals(olddsann, newdsann,
 126             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 127                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 128     System.out
 129             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 130                     + olddsann + ")");
 131     assertTrue(
 132
 133     af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 134             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 135   }
 136
 137   @Test(groups = { "Functional" })
 138   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 139   {
 140     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 141     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 142             .getAbsolutePath();
 143     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 144             DataSourceType.FILE);
 145     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 146     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 147     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 148             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 149     assertNotNull(ColourSchemeProperty.getColourScheme(af.getViewport()
 150             .getAlignment(), af.getViewport().getGlobalColourScheme()
 151             .getSchemeName()), "Recognise T-Coffee score from string");
 152
 153     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 154             "Failed to store as a project.");
 155     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 156     af = null;
 157     af = new FileLoader()
 158             .LoadFileWaitTillLoaded(tfile, DataSourceType.FILE);
 159     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 160     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 161             TCoffeeColourScheme.class,
 162             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 163     System.out
 164             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 165   }
 166
 167   @Test(groups = { "Functional" })
 168   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 169   {
 170     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 171     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 172             .getAbsolutePath();
 173     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 174             DataSourceType.FILE);
 175     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 176     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 177     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 178             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 179     assertTrue(
 180
 181     aa != null && aa.length > 0,
 182             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 183     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 184             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 185     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0],
 186             null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 187     cs.setSeqAssociated(true);
 188     gcs.setSeqAssociated(true);
 189     af.changeColour(cs);
 190     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 191     sg.setStartRes(57);
 192     sg.setEndRes(92);
 193     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 194     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 195     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 196     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 197     af.alignPanel.alignmentChanged();
 198     assertTrue(af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview),
 199             "Failed to store as a project.");
 200     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 201     af = null;
 202     af = new FileLoader()
 203             .LoadFileWaitTillLoaded(tfile, DataSourceType.FILE);
 204     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 205
 206     // check for group and alignment colourschemes
 207
 208     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 209     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 210             .get(0).getColourScheme();
 211     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 212     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 213             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 214     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 215     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 216             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 217
 218     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 219     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 220     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 221             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 222     {
 223       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 224               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 225       {
 226         diffseqcols = true;
 227       }
 228     }
 229     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 230     System.out
 231             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 232
 233     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 234     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 235             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 236     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 237     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 238             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 239
 240     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 241             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 242     {
 243       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null, 0f) != _rgcs
 244               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null, 0f))
 245       {
 246         diffgseqcols = true;
 247       }
 248     }
 249     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 250     System.out
 251             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 252   }
 253
 254   @Test(groups = { "Functional" })
 255   public void gatherViewsHere() throws Exception
 256   {
 257     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 258             .getAlignFrames().length;
 259     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 260             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 261     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 262     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 263             "Didn't gather the views in the example file.");
 264
 265   }
 266
 267   /**
 268    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 269    *
 270    * @throws Exception
 271    */
 272   @Test(groups = { "Functional" })
 273   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 274   {
 275     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 276     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 277     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 278             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 279     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 280
 281     // locate Jmol viewer
 282     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 283     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 284             .findFileForPDBId("1A70");
 285     assertEquals(
 286             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 287                     .getMapping(pdbFile).length,
 288             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 289
 290   }
 291
 292   @Test(groups = { "Functional" })
 293   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 294   {
 295     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 296     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 297     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 298             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 299     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 300     AlignmentViewPanel sps = null;
 301     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 302     {
 303       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 304       {
 305         sps = ap;
 306         break;
 307       }
 308     }
 309     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 310     AlignmentAnnotation refan = null;
 311     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 312             .getAlignmentAnnotation())
 313     {
 314       if (ra.graph != 0)
 315       {
 316         refan = ra;
 317         break;
 318       }
 319     }
 320     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 321     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 322     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 323     // compare the manually added temperature factor annotation
 324     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 325     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 326             "1a70 has no annotation");
 327     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 328     {
 329       AlignmentAnnotation alaa;
 330       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 331       alaa.adjustForAlignment();
 332       if (ala.graph == refan.graph)
 333       {
 334         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 335         {
 336           sq.findPosition(p);
 337           try
 338           {
 339             assertTrue(
 340                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 341                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 342                     "Mismatch at alignment position " + p);
 343           } catch (NullPointerException q)
 344           {
 345             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 346                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 347                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 348           }
 349         }
 350       }
 351     }
 352
 353   }
 354
 355   @Test(groups = { "Functional" })
 356   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 357   {
 358     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 359             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 360     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 361     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 362     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 363     {
 364       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 365       {
 366         sps = ap;
 367       }
 368       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 369       {
 370         groups = ap;
 371       }
 372     }
 373     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 374     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 375
 376     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 377     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 378     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 379
 380     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 381     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 382             .getViewStyle()));
 383     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 384             .getViewStyle()));
 385
 386   }
 387
 388   /**
 389    * test store and recovery of expanded views
 390    *
 391    * @throws Exception
 392    */
 393   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 394   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 395   {
 396     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 397
 398     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 399             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 400     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 401     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 402
 403     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 404     // actually on the Desktop
 405     assertSame(
 406             af,
 407             Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 408             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 409
 410     Desktop.explodeViews(af);
 411
 412     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 413     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 414             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 415     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 416     try
 417     {
 418       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 419     } catch (Error e)
 420     {
 421       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 422     } catch (Exception e)
 423     {
 424       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 425     }
 426     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 427     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 428     {
 429       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 430     }
 431     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 432             DataSourceType.FILE);
 433     Assert.assertNotNull(af);
 434     Assert.assertEquals(
 435             Desktop.getAlignFrames().length,
 436             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 437     Assert.assertEquals(
 438             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 439             oldviews);
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 444    * in each view.
 445    *
 446    * @throws Exception
 447    */
 448   @Test(groups = { "Functional" })
 449   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 450   {
 451     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 452     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 453             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 454     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 455     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 456
 457     // remember reference sequence for each panel
 458     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 459
 460     /*
 461      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 462      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 463      */
 464     int n = 1;
 465     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 466     {
 467       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 468       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 469       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 470       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 471       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 472
 473       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 474       // todo refactor this to an alignment view controller
 475       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 476       av.setColourByReferenceSeq(true);
 477       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 478
 479       n++;
 480     }
 481     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 482             ".jvp");
 483     try
 484     {
 485       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 486     } catch (Throwable e)
 487     {
 488       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 489     }
 490     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 491     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 492     {
 493       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 494     }
 495
 496     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 497             DataSourceType.FILE);
 498     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 499
 500     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 501     {
 502       // check representative
 503       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 504       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 505       Assert.assertNotNull(rep,
 506               "Couldn't restore sequence representative from project");
 507       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 508       // will be different.
 509       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 510       // load/saves.
 511       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 512               rep.toString(),
 513               "Representative wasn't the same when recovered.");
 514       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 515               "Display reference sequence view setting not set.");
 516       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 517               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 518     }
 519   }
 520
 521   @Test(groups = { "Functional" })
 522   public void testIsVersionStringLaterThan()
 523   {
 524     /*
 525      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 526      * compatible
 527      */
 528     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 529     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 530     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 531     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 532             "Development Build"));
 533     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 534             "DEVELOPMENT BUILD"));
 535     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 536             "Development Build"));
 537     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 538     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 539     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 540     assertTrue(Jalview2XML
 541             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 542     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 543             "Automated Build"));
 544     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 545             "AUTOMATED BUILD"));
 546
 547     /*
 548      * same version returns true i.e. compatible
 549      */
 550     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 551     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 552     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 553     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 555
 556     /*
 557      * later version returns true
 558      */
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 560     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 561     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 562     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 563     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 564
 565     /*
 566      * earlier version returns false
 567      */
 568     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 569     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 570     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 571     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 572     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 573   }
 574
 575   /**
 576    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 577    * representative sequence) in each view.
 578    *
 579    * @throws Exception
 580    */
 581   @Test(groups = { "Functional" })
 582   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 583   {
 584     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 585     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 586             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 587     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 588     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 589     // make a second view of the alignment
 590     af.newView_actionPerformed(null);
 591
 592     /*
 593      * remember representative and hidden sequences marked
 594      * on each panel
 595      */
 596     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 597     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 598
 599     /*
 600      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 601      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 602      */
 603     int n = 1;
 604     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 605     {
 606       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 607       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 608       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 609       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 610       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 611       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 612       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 613       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 614       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 615
 616       /*
 617        * have rep sequence represent itself and the one before it
 618        * this hides the group (except for the rep seq)
 619        */
 620       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 621       sg.addSequence(repSeq, false);
 622       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 623       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 624       sg.setSeqrep(repSeq);
 625       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 626       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 627       av.setSelectionGroup(sg);
 628       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 629
 630       /*
 631        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 632        * (it does not create a group on the alignment)
 633        */
 634       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 635       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 636       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 637       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 638       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 639       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 640               .getHiddenRepSequences();
 641       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 642       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 643       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 644       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 645       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 646       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 647
 648       n++;
 649     }
 650     File tfile = File
 651             .createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps", ".jvp");
 652     try
 653     {
 654       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 655     } catch (Throwable e)
 656     {
 657       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 658     }
 659     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 660     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 661     {
 662       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 663     }
 664
 665     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 666             DataSourceType.FILE);
 667     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 668
 669     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 670     {
 671       String viewName = ap.getViewName();
 672       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 673       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 674       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 675       assertNotNull(groups);
 676       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 677       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 678               .getHiddenRepSequences();
 679       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 680       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 681       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 682               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 683                       .getDisplayId(true));
 684
 685       /*
 686        * verify hidden sequences in restored panel
 687        */
 688       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 689       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 690       assertEquals(
 691               hidden.size(),
 692               hs.getSize(),
 693               "wrong number of restored hidden sequences in "
 694                       + ap.getViewName());
 695     }
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 700    *
 701    * @throws Exception
 702    */
 703   @Test(groups = { "Functional" })
 704   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 705   {
 706     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 707     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 708     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 709             DataSourceType.FILE);
 710     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 711     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 712
 713     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 714     System.out.println();
 715     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 716     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 717     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 718     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 719     System.out.println("blah");
 720     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 721     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 722     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 723     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 724     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 725     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 726     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 727     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 728     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 729     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 730     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 731     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 732     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 733     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 734     Assert.assertEquals(seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 735             .get(0), pdbEntries[0]);
 736     Assert.assertEquals(seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 737             .get(0), pdbEntries[1]);
 738     Assert.assertEquals(seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 739             .get(0), pdbEntries[2]);
 740     Assert.assertEquals(seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 741             .get(0), pdbEntries[3]);
 742
 743     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 744     try
 745     {
 746       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 747     } catch (Throwable e)
 748     {
 749       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 750     }
 751     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 752     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 753     {
 754       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 755     }
 756
 757     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 758             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 759     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 760     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 761     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 762     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 763     System.out.println("blah");
 764     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 765     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 766     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 767     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 768     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 769     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 770     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 771     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 772     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 773
 774     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 775     // recoverable from a Jalview projects
 776     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 777     {
 778       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 779               .get(0);
 780       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 781       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 782               "Mismatch PDB ID");
 783       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 784               "Mismatch PDB ID");
 785       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 786               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 787       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 788               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 789     }
 790   }
 791
 792   /**
 793    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 794    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 795    * saved project.
 796    *
 797    * @throws IOException
 798    */
 799   @Test(groups = { "Functional" })
 800   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 801   {
 802     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 803     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 804             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 805
 806     AlignViewport av = af.getViewport();
 807     AlignmentI al = av.getAlignment();
 808
 809     /*
 810      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 811      */
 812     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 813     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 814     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 815     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 816     assertFalse(sp.isForConservation());
 817     sp.valueChanged(10);
 818     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 819     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 820     assertTrue(sp.isForConservation());
 821     sp.valueChanged(20);
 822     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 823     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 824     assertTrue(rs.conservationApplied());
 825     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 826
 827     /*
 828      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 829      * and 40% PID threshold
 830      */
 831     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 832     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 833     sg.setStartRes(15);
 834     sg.setEndRes(25);
 835     av.setSelectionGroup(sg);
 836     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 837     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 838             .toString());
 839     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 840     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 841     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 842     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 843     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 844     assertTrue(sp.isForConservation());
 845     sp.valueChanged(30);
 846     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 847     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 848     assertFalse(sp.isForConservation());
 849     sp.valueChanged(40);
 850     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 851     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 852     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 853
 854     /*
 855      * save project, close windows, reload project, verify
 856      */
 857     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 858             ".jvp");
 859     tfile.deleteOnExit();
 860     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 861     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 862     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 863             DataSourceType.FILE);
 864     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 865
 866     /*
 867      * verify alignment (background) colouring
 868      */
 869     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 870     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 871     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 872     assertTrue(rs.conservationApplied());
 873     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 874
 875     /*
 876      * verify group colouring
 877      */
 878     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 879     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 880             .getGroupColourScheme();
 881     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 882     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 883     assertTrue(rs.conservationApplied());
 884     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 885   }
 886
 887   /**
 888    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 889    *
 890    * @throws IOException
 891    */
 892   @Test(groups = { "Functional" })
 893   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 894   {
 895     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 896             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 897     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 898
 899     /*
 900      * add some features to the sequence
 901      */
 902     int score = 1;
 903     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 904     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 905     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 906     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 907     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 908
 909     /*
 910      * set colour schemes for features
 911      */
 912     FeatureRenderer fr = af.getFeatureRenderer();
 913     fr.findAllFeatures(true);
 914
 915     // type1: red
 916     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 917
 918     // type2: by label
 919     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 920     byLabel.setColourByLabel(true);
 921     fr.setColour("type2", byLabel);
 922
 923     // type3: by score above threshold
 924     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(Color.BLACK, Color.BLUE, 1,
 925             10);
 926     byScore.setAboveThreshold(true);
 927     byScore.setThreshold(2f);
 928     fr.setColour("type3", byScore);
 929
 930     // type4: by attribute AF
 931     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 932     byAF.setColourByLabel(true);
 933     byAF.setAttributeName("AF");
 934     fr.setColour("type4", byAF);
 935
 936     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 937     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(Color.BLACK, Color.BLUE,
 938             1, 10);
 939     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 940     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 941     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 942     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 943
 944     /*
 945      * set filters for feature types
 946      */
 947
 948     // filter type1 features by (label contains "x")
 949     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 950     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 951     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 952
 953     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 954     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 955     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 956     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 957     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 958
 959     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 960     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 961     filterByXY
 962             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 963     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 964             "PolyPhen"));
 965     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 966
 967     /*
 968      * save as Jalview project
 969      */
 970     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 971     tfile.deleteOnExit();
 972     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 973     assertTrue(af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview),
 974             "Failed to store as a project.");
 975
 976     /*
 977      * close current alignment and load the saved project
 978      */
 979     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 980     af = null;
 981     af = new FileLoader()
 982             .LoadFileWaitTillLoaded(filePath, DataSourceType.FILE);
 983     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 984
 985     /*
 986      * verify restored feature colour schemes and filters
 987      */
 988     fr = af.getFeatureRenderer();
 989     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
 990     assertTrue(fc.isSimpleColour());
 991     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
 992     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
 993     assertTrue(fc.isColourByLabel());
 994     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
 995     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
 996     assertNull(fc.getAttributeName());
 997     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
 998     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
 999     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1000     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1001     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1002     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1003     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1004     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1005     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1006     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1007     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1008     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1009
1010     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1011             "Label Contains x");
1012     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1013             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1014     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1015             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0.0)");
1016   }
1017
1018   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1019   {
1020     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1021             score, "grp");
1022     sf.setValue("AF", score);
1023     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1024     {
1025       {
1026         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1027       }
1028     });
1029     seq.addSequenceFeature(sf);
1030   }
1031
1032   /**
1033    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1034    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1035    *
1036    * @param seq
1037    * @param featureType
1038    * @param score
1039    */
1040   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1041   {
1042     addFeature(seq, featureType, score++);
1043     addFeature(seq, featureType, score);
1044   }
1045
1046   /**
1047    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1048    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1049    */
1050   @Test(groups = { "Functional" })
1051   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1052   {
1053     // simple project - two views on one alignment
1054     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1055             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1056     assertNotNull(af);
1057     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1058     verifyDs(af);
1059   }
1060
1061   /**
1062    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1063    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1064    * is a more complex project
1065    */
1066   @Test(groups = { "Functional" })
1067   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1068   {
1069     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1070
1071     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1072     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1073             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1074             DataSourceType.FILE);
1075     assertNotNull(af);
1076
1077     AlignmentI ds = null;
1078     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1079     {
1080       if (ds == null)
1081       {
1082         ds = verifyDs(alignFrame);
1083       }
1084       else
1085       {
1086         // check that this frame's dataset matches the last
1087         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1088       }
1089     }
1090   }
1091
1092   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1093   {
1094     AlignmentI ds = null;
1095     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1096     {
1097       if (ds == null)
1098       {
1099         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1100       }
1101       else
1102       {
1103         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1104                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1105       }
1106     }
1107     return ds;
1108   }
1109
1110   @Test(groups = "Functional")
1111   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1112   {
1113     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1114     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1115     // create a new tempfile
1116     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1117
1118     {
1119       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1120       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1121               DataSourceType.FILE);
1122       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1123       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1124       // create another for good measure
1125       af.newView("Not the PCA View", true);
1126       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(newview, "BLOSUM62",
1127               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1128
1129       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1130       pcaPanel.run();
1131
1132       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1133               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1134
1135       // now save and reload project
1136       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1137       tempfile.delete();
1138       jv2xml.saveState(tempfile);
1139       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1140               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1141     }
1142
1143     // load again.
1144     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1145     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1146             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1147     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1148     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1149     // desktop
1150     assertEquals(frames.length, 2,
1151             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1152     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1153
1154     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1155     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1156     {
1157       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1158       {
1159         restoredNewView = alignpanel;
1160       }
1161     }
1162     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1163     assertTrue(
1164             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1165                     .getAlignViewport(),
1166             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1167   }
1168 }