test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24 import org.testng.annotations.Test;
  25 import java.util.Map;
  26
  27 public class DnaCodonTests
  28 {
  29
  30   @Test
  31   public void testAmbiguityCodeGeneration()
  32   {
  33     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size() > 0);
  34   }
  35
  36   @Test
  37   public void testAmbiguityCodon()
  38   {
  39     for (String ac : ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
  40     {
  41       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",
  42               ResidueProperties.codonHash2.get("GG" + ac).equals("G"));
  43     }
  44   }
  45
  46   @Test
  47   public void regenerateCodonTable()
  48   {
  49     for (Map.Entry<String, String> codon : ResidueProperties.codonHash2
  50             .entrySet())
  51     {
  52       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""
  53               + codon.getKey() + "\", \"" + codon.getValue() + "\");");
  54     }
  55   }
  56
  57   @Test
  58   public void checkOldCodonagainstNewCodonTable()
  59   {
  60     // note - this test will be removed once the old codon table (including
  61     // Vectors) is removed
  62     String additional = "", failtrans = "", differentTr = "";
  63     for (String amacid : ResidueProperties.codonHash.keySet())
  64     {
  65       for (String codon : ResidueProperties.codonHash.get(amacid))
  66       {
  67         String trans = ResidueProperties.codonTranslate(codon);
  68         String oldtrans = ResidueProperties._codonTranslate(codon);
  69         if (trans == null)
  70         {
  71           additional += "\nOld translation table includes additional codons for "
  72                   + amacid + " : " + codon;
  73         }
  74         if (oldtrans == null)
  75         {
  76           failtrans += ("\nold translation routine failed for old translation entry (aa was "
  77                   + amacid + " codon was " + codon + ")");
  78         }
  79         if (!oldtrans.equals(trans))
  80         {
  81           differentTr += ("\nDifferent translation for old and new routines: "
  82                   + amacid
  83                   + " "
  84                   + codon
  85                   + " => expected "
  86                   + oldtrans
  87                   + " and got " + trans);
  88         }
  89       }
  90     }
  91     assertTrue("" + additional + "\n" + failtrans + "\n" + differentTr,
  92             additional.length() == 0 && failtrans.length() == 0
  93                     && differentTr.length() == 0);
  94   }
  95 }