test/jalview/schemes/HmmerGlobalBackgroundTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.Alignment;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8 import jalview.io.DataSourceType;
   9 import jalview.io.HMMFile;
  10
  11 import java.awt.Color;
  12 import java.io.IOException;
  13 import java.net.MalformedURLException;
  14
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class HmmerGlobalBackgroundTest {
  18
  19   @Test(groups = "Functional")
  20   public void testFindColour() throws MalformedURLException, IOException
  21   {
  22     HMMFile file = new HMMFile("test/jalview/io/test_PKinase_hmm.txt",
  23             DataSourceType.FILE);
  24
  25     SequenceI hmmSeq = file.getSeqsAsArray()[0];
  26     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { hmmSeq });
  27     al.setHmmConsensus(hmmSeq);
  28     ColourSchemeI scheme = new HmmerGlobalBackground(al);
  29
  30     /*
  31      * 'A' in column 1, node 2, match emission 2.77204
  32      * e-2.77204 = 0.0625
  33      * background frequency is 0.0826
  34      * ratio is 0.757, log is negative, colour is Orange
  35      */
  36     Color actual = scheme.findColour('A', 1, null, null, 0);
  37     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  38
  39     // gap is white
  40     actual = scheme.findColour('-', 2, null, null, 0);
  41     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  42     actual = scheme.findColour(' ', 2, null, null, 0);
  43     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  44     actual = scheme.findColour('.', 2, null, null, 0);
  45     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  46
  47     /*
  48      * 'Y' in column 4, node 5, match emission 4.41426
  49      * e-4.41426 = 0.0121
  50      * background frequency is 0.0292
  51      * ratio is 0.414, log is negative, colour is Orange
  52      */
  53     actual = scheme.findColour('Y', 4, null, null, 0);
  54     assertEquals(actual, Color.ORANGE);
  55
  56     /*
  57      * 'M' in column 109, no matching node, colour is reddish
  58      */
  59     actual = scheme.findColour('M', 109, null, null, 0);
  60     assertEquals(actual, new Color(230, 0, 0));
  61
  62     /*
  63      * 'I' in column 6, node 7, match emission 1.33015
  64      * e-1.33015 = 0.2644
  65      * background frequency is 0.0593
  66      * ratio is 4.459, log is 1.495
  67      * colour is graduated 1.495/4.52 or 84/255 of the way from
  68      * white(255, 255, 255) to blue(0, 0, 255)
  69      */
  70     actual = scheme.findColour('I', 6, null, null, 0);
  71     assertEquals(actual, new Color(171, 171, 255));
  72
  73     /*
  74      * 'V' in column 14, node 15, match emission 0.44769
  75      * e-0.44769 = 0.6391
  76      * background frequency is 0.0686
  77      * ratio is 9.316, log is 2.232
  78      * colour is graduated 2.232/4.52 or 126/255 of the way from
  79      * white(255, 255, 255) to blue(0, 0, 255)
  80      */
  81     actual = scheme.findColour('V', 14, null, null, 0);
  82     assertEquals(actual, new Color(129, 129, 255));
  83
  84     /*
  85      * invalid symbol is White
  86      */
  87     actual = scheme.findColour('X', 2, null, null, 0);
  88     assertEquals(actual, Color.WHITE);
  89   }
  90
  91 }