test/jalview/schemes/ResidueColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Profile;
   8 import jalview.datamodel.ProfileI;
   9
  10 import java.awt.Color;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class ResidueColourSchemeTest
  15 {
  16   @Test(groups = "Functional")
  17   public void testAboveThreshold()
  18   {
  19     /*
  20      * make up profiles for this alignment:
  21      * AR-Q
  22      * AR--
  23      * SR-T
  24      * SR-T
  25      */
  26     ProfileI[] profiles = new ProfileI[4];
  27     profiles[0] = new Profile(4, 0, 2, "AS");
  28     profiles[1] = new Profile(4, 0, 4, "R");
  29     profiles[2] = new Profile(4, 4, 0, "");
  30     profiles[3] = new Profile(4, 1, 2, "T");
  31     ResidueColourScheme rcs = new ResidueColourScheme();
  32     rcs.setConsensus(profiles);
  33
  34     /*
  35      * no threshold
  36      */
  37     rcs.setThreshold(0, true);
  38     assertTrue(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  39     assertTrue(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  40     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 0));
  41     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  42     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  43     assertTrue(rcs.aboveThreshold('t', 3));
  44     assertFalse(rcs.aboveThreshold('Q', 3));
  45
  46     /*
  47      * with threshold, include gaps
  48      */
  49     rcs.setThreshold(60, false);
  50     assertFalse(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  51     assertFalse(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  52     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  53     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  54     assertFalse(rcs.aboveThreshold('t', 3)); // 50% < 60%
  55
  56     /*
  57      * with threshold, ignore gaps
  58      */
  59     rcs.setThreshold(60, true);
  60     assertFalse(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  61     assertFalse(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  62     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  63     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  64     assertTrue(rcs.aboveThreshold('t', 3)); // 67% > 60%
  65   }
  66
  67   /**
  68    * Test colour bleaching based on conservation score and conservation slider.
  69    * Scores of 10 or 11 should leave colours unchanged. Gap is always white.
  70    */
  71   @Test(groups = "Functional")
  72   public void testApplyConservation()
  73   {
  74     ResidueColourScheme rcs = new ResidueColourScheme();
  75
  76     // no conservation present - no fading
  77     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 12));
  78
  79     // cheat by setting conservation sequence directly
  80     // rather than calculating it - good enough for this test
  81     String consensus = "0123456789+*-";
  82     rcs.conservation = consensus.toCharArray();
  83
  84     // column out of range:
  85     assertEquals(Color.RED,
  86             rcs.applyConservation(Color.RED, consensus.length()));
  87
  88     /*
  89      * with 100% threshold, 'fade factor' is
  90      * (11-score)/10 * 100/20 = (11-score)/2
  91      * which is >= 1 for all scores i.e. all fade to white except +, *
  92      */
  93     rcs.setConservationInc(100);
  94     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 0));
  95     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 1));
  96     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 2));
  97     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 3));
  98     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 4));
  99     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 5));
 100     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 6));
 101     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 7));
 102     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 8));
 103     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 9));
 104     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 10));
 105     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 11));
 106     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 12));
 107
 108     /*
 109      * with 0% threshold, there should be no fading
 110      */
 111     rcs.setConservationInc(0);
 112     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 0));
 113     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 1));
 114     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 2));
 115     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 3));
 116     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 4));
 117     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 5));
 118     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 6));
 119     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 7));
 120     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 8));
 121     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 9));
 122     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 10));
 123     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 11));
 124     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 12)); // gap
 125
 126     /*
 127      * with 40% threshold, 'fade factor' is
 128      * (11-score)/10 * 40/20 = (11-score)/5
 129      * which is {>1, >1, >1, >1, >1, >1, 1, 0.8, 0.6, 0.4} for score 0-9
 130      * e.g. score 7 colour fades 80% of the way to white (255, 255, 255)
 131      */
 132     rcs.setConservationInc(40);
 133     Color colour = new Color(155, 105, 55);
 134     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 0));
 135     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 1));
 136     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 2));
 137     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 3));
 138     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 4));
 139     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 5));
 140     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 6));
 141     assertEquals(new Color(235, 225, 215), rcs.applyConservation(colour, 7));
 142     assertEquals(new Color(215, 195, 175), rcs.applyConservation(colour, 8));
 143     assertEquals(new Color(195, 165, 135), rcs.applyConservation(colour, 9));
 144     assertEquals(colour, rcs.applyConservation(colour, 10));
 145     assertEquals(colour, rcs.applyConservation(colour, 11));
 146     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 12));
 147   }
 148 }