test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  24 import jalview.gui.JvOptionPane;
  25
  26 import java.util.Map;
  27
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29
  30 public class ScoreMatrixPrinter
  31 {
  32
  33   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  34   public void setUpJvOptionPane()
  35   {
  36     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  37     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  38   }
  39
  40   public void printAllMatrices()
  41   {
  42     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  43             .entrySet())
  44     {
  45       System.out.println("Matrix " + sm.getKey());
  46       System.out.println(sm.getValue().toString());
  47     }
  48   }
  49
  50   public void printHTMLMatrices()
  51   {
  52     for (Map.Entry<String, ScoreModelI> _sm : ResidueProperties.scoreMatrices
  53             .entrySet())
  54     {
  55       if (_sm.getValue() instanceof ScoreMatrix)
  56       {
  57         ScoreMatrix sm = (ScoreMatrix) _sm.getValue();
  58         System.out.println("Matrix " + _sm.getKey());
  59         System.out.println(sm.outputMatrix(true));
  60       }
  61     }
  62   }
  63
  64 }