test/jalview/util/HMMProbabilityDistributionAnalyserTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5
   6 import jalview.datamodel.HMMNode;
   7 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   8 import jalview.datamodel.Sequence;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10
  11 import java.io.BufferedReader;
  12 import java.io.FileReader;
  13 import java.io.IOException;
  14 import java.util.ArrayList;
  15 import java.util.List;
  16 import java.util.Map;
  17 import java.util.Vector;
  18
  19 import org.testng.annotations.Test;
  20
  21 import junit.extensions.PA;
  22
  23 public class HMMProbabilityDistributionAnalyserTest {
  24
  25   HMMProbabilityDistributionAnalyser analyser = new HMMProbabilityDistributionAnalyser();
  26
  27   @Test
  28   public void testMoveToFile() throws IOException
  29   {
  30
  31     BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(
  32             "test/jalview/util/test_Fams_for_probability_analysis"));
  33     analyser.moveLocationBy(1, br);
  34
  35     String line = br.readLine();
  36     assertEquals(line, "# STOCKHOLM 1.0");
  37     line = br.readLine();
  38     assertEquals(line, "seq1 ATW");
  39     line = br.readLine();
  40     assertEquals(line, "seq2 ATI");
  41
  42   }
  43
  44   @Test
  45   public void testCountValidResidues()
  46   {
  47     analyser.sequences = new Vector<>();
  48     analyser.hmm = new HiddenMarkovModel();
  49     analyser.hmm.setProperty("LENG", "8");
  50
  51     List<HMMNode> nodes = new ArrayList<>();
  52     nodes.add(new HMMNode());
  53     for (int i = 1; i < 9; i++)
  54     {
  55       HMMNode node = new HMMNode();
  56       node.setResidueNumber(i - 1);
  57       nodes.add(node);
  58
  59     }
  60     PA.setValue(analyser.hmm, "nodes", nodes);
  61
  62     SequenceI[] sequence = new Sequence[] {
  63         new Sequence("seq1", "ATGWWSCF"), new Sequence("seq2", "GGMKI"),
  64         new Sequence("seq3", "--.ATccGc") };
  65     analyser.sequences.add(sequence[0]);
  66     analyser.sequences.add(sequence[1]);
  67     analyser.sequences.add(sequence[2]);
  68
  69     int count = analyser.countValidResidues();
  70     assertEquals(count, 16);
  71   }
  72
  73   @Test(priority = 0)
  74   public void testReadBinned() throws IOException
  75   {
  76     analyser.readBinned("test/jalview/util/");
  77     Map<String, Double> map = analyser.binned;
  78     assertEquals(map.get("1.8"), 4.53);
  79     assertEquals(map.get("3.4"), 2.65);
  80     assertEquals(map.get("6.4"), 10.8);
  81     assertEquals(map.get("0"), 5.4);
  82   }
  83
  84   @Test
  85   public void testReadRaw() throws IOException
  86   {
  87     analyser.readRaw("test/jalview/util/");
  88     List<ArrayList<Double>> list = analyser.raw;
  89
  90     assertEquals(list.get(0).get(0), 1.43);
  91     assertNull(list.get(0).get(2));
  92     assertEquals(list.get(1).get(1), 1.2);
  93     assertEquals(list.get(2).get(0), 5.6);
  94     assertEquals(list.get(2).get(2), 6.8);
  95
  96   }
  97
  98   @Test(priority = 1)
  99   public void testProcessData() throws IOException
 100   {
 101     analyser.keepRaw = true;
 102     BufferedReader brFam = new BufferedReader(new FileReader(
 103             "test/jalview/util/test_Fams_for_probability_analysis"));
 104     BufferedReader brHMM = new BufferedReader(new FileReader(
 105             "test/jalview/util/test_HMMs_for_probability_analysis"));
 106     analyser.readStockholm(brFam);
 107     analyser.readHMM(brHMM);
 108     analyser.processData(6);
 109     Map<String, Double> map = analyser.binned;
 110     List<ArrayList<Double>> list = analyser.raw;
 111     assertEquals(map.get("1.8"), 4.863, 0.001d);
 112     assertEquals(map.get("3.4"), 2.65);
 113     assertEquals(map.get("0"), 5.4);
 114     assertEquals(map.get("6.4"), 10.8);
 115     assertEquals(map.get("1.4"), 0.166667, 0.00001d);
 116     assertEquals(map.get("4.4"), 0.5);
 117
 118   }
 119 }