utils/getdown/bin/jalview.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2
   3 declare -a ARGS=("${@}")
   4 ARG1=$1
   5
   6 # this whole next part is because there's no readlink -f in Darwin
   7 function readlinkf() {
   8   FINDFILE="$1"
   9   FILE="${FINDFILE}"
  10   PREVFILE=""
  11   C=0
  12   MAX=100 # just in case we end up in a loop
  13   FOUND=0
  14   while [ "${C}" -lt "${MAX}" -a "${FILE}" != "${PREVFILE}" -a "${FOUND}" -ne 1 ]; do
  15     PREVFILE="${FILE}"
  16     FILE="$(readlink "${FILE}")"
  17     if [ -z "${FILE}" ]; then
  18       # the readlink is empty means we've arrived at the script, let's canonicalize with pwd
  19       FILE="$(cd "$(dirname "${PREVFILE}")" &> /dev/null && pwd -P)"/"$(basename "${PREVFILE}")"
  20       FOUND=1
  21     elif [ "${FILE#/}" = "${FILE}" ]; then
  22       # FILE is not an absolute path link, we need to add the relative path to the previous dir
  23       FILE="$(dirname "${PREVFILE}")/${FILE}"
  24     fi
  25     C=$((C+1))
  26   done
  27   if [ "${FOUND}" -ne 1 ]; then
  28     echo "Could not determine path to actual file '$(basename "${FINDFILE}")'" >&2
  29     exit 1
  30   fi
  31   echo "${FILE}"
  32 }
  33
  34 ISMACOS=0
  35 if [ "$( uname -s )" = "Darwin" ]; then
  36   ISMACOS=1
  37 fi
  38
  39 declare -a JVMARGS=()
  40
  41 # set vars for being inside the macos App Bundle
  42 if [ "${ISMACOS}" = 1 ]; then
  43 # MACOS ONLY
  44   DIR="$(dirname "$(readlinkf "$0")")"
  45   APP="${DIR%.app/Contents/*}".app
  46   if [ "${APP}" = "${APP%.app}" ]; then
  47     echo "Could not find Jalview.app" >&2
  48     exit 2
  49   fi
  50   APPDIR="${APP}/Contents/Resources/app"
  51   JAVA="${APPDIR}/jre/Contents/Home/bin/java"
  52   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Xdock:icon=${APPDIR}/resource/jalview_logo.png" )
  53 else
  54 # NOT MACOS
  55   DIR="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
  56   APPDIR="${DIR%/bin}"
  57   JAVA="${APPDIR}/jre/bin/java"
  58 fi
  59
  60 SYSJAVA=java
  61 GETDOWNTXT="${APPDIR}/getdown.txt"
  62
  63 CLASSPATH=""
  64 # save an array of JAR paths in case we're in WSL (see later)
  65 declare -a JARPATHS=()
  66 if [ -e "${GETDOWNTXT}" ]; then
  67   # always check grep and sed regexes on macos -- they're not the same
  68   for JAR in $(grep -e '^code\s*=\s*' "${GETDOWNTXT}" | sed -e 's/^code\s*=\s*//;'); do
  69     [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH}:"
  70     CLASSPATH="${CLASSPATH}${APPDIR}/${JAR}"
  71     JARPATHS=( "${JARPATHS[@]}" "${APPDIR}/${JAR}" )
  72   done
  73 else
  74   echo "Cannot find getdown.txt" >&2
  75   exit 3
  76 fi
  77
  78 # WINDOWS ONLY (Cygwin or WSL)
  79 # change paths for Cygwin or Windows Subsystem for Linux (WSL)
  80 if [ "${ISMACOS}" != 1 ]; then # macos doesn't like uname -o, best to avoid
  81   if [ "$(uname -o)" = "Cygwin" ]; then
  82   # CYGWIN
  83     echo "When using relative paths in args within Cygwin, please start with './' or '../'" >&2
  84     CLASSPATH=$(cygpath -pw "${CLASSPATH}")
  85     # now for some arg paths fun. only translating paths starting with './', '../', '/' or '~'
  86     ARGS=()
  87     for ARG in "${@}"; do
  88       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
  89         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(cygpath -aw "${ARG}")" )
  90       else
  91         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
  92       fi
  93     done
  94   elif uname -r | grep Microsoft >/dev/null; then
  95   # WSL
  96     echo "When using relative paths in args within WSL, please start with './' or '../'" >&2
  97     CLASSPATH=""
  98     for JARPATH in "${JARPATHS[@]}"; do
  99       [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH};"
 100       CLASSPATH="${CLASSPATH}$(wslpath -aw "${JARPATH}")"
 101     done
 102     ARGS=()
 103     for ARG in "${@}"; do
 104       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 105         # annoyingly wslpath does not work if the file doesn't exist!
 106         ARGBASENAME="$(basename "${ARG}")"
 107         ARGDIRNAME="$(dirname "${ARG}")"
 108         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(wslpath -aw "${ARGDIRNAME}")\\${ARGBASENAME}" )
 109       else
 110         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 111       fi
 112     done
 113     JAVA="${JAVA}.exe"
 114     SYSJAVA="java.exe"
 115   fi
 116 fi
 117
 118 # Is there a bundled Java?  If not just try one in the PATH (do need .exe in WSL)
 119 if [ \! -e "${JAVA}" ]; then
 120   JAVA=$SYSJAVA
 121   echo "Cannot find bundled java, using system ${JAVA} and hoping for the best!" >&2
 122 fi
 123
 124 # check to see if $1 is set and is not start of other cli args
 125 OPEN=""
 126 if [ -n "${ARG1}" -a "${ARG1}" = "${ARG1#-}" -a "${ARG1}" != "open" ]; then
 127  # first argument exists and does not start with a "-" and is not "open"
 128  OPEN="-open"
 129 fi
 130
 131 # don't quote $OPEN (don't want it accidentally mistaken as an empty string arg!)
 132 "${JAVA}" "${JVMARGS[@]}" -cp "${CLASSPATH}" jalview.bin.Launcher ${OPEN} "${ARGS[@]}"