JAL-3210 BuildAllCores dependencies carefully implemented so Eclipse does not call...
[jalview.git] / build.gradle
index 3e2a029..a333e7d 100644 (file)
@@ -73,6 +73,7 @@ def libDistDir
 def compile_source_compatibility
 def compile_target_compatibility
 
+
 ext {
   getdownWebsiteDir = "${jalviewDir}/${getdown_website_dir}/${JAVA_VERSION}"
   getdownDir = ""
@@ -246,6 +247,7 @@ if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
   throw new GradleException("JAVA_VERSION=${JAVA_VERSION} not currently supported by Jalview")
 }
 
+
 sourceSets {
 
   main {
@@ -310,6 +312,7 @@ sourceSets {
   }
 }
 
+
 // clover bits
 dependencies {
   if (use_clover) {
@@ -318,11 +321,13 @@ dependencies {
   }
 }
 
+
 configurations {
   cloverRuntime
   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 }
 
+
 eclipse {
   project {
     name = eclipse_project_name
@@ -395,12 +400,13 @@ eclipse {
         }
 
         //fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["test*/*.jar"]).each {
-        sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.each {
+        sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
             // don't add dirs to classpath
-            return false // groovy "break" in .each closure
+            return false // groovy "continue" in .any closure
           }
+
           def itPath = it.toString()
           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
@@ -451,6 +457,7 @@ eclipse {
 
 }
 
+
 task cloverInstr() {
   // only instrument source, we build test classes as normal
   inputs.files files (sourceSets.main.allJava) // , fileTree(dir:"$jalviewDir/$testSourceDir", include: ["**/*.java"]))
@@ -490,7 +497,6 @@ task cloverReport {
     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
   }
 }
-
 // end clover bits
 
 
@@ -505,6 +511,7 @@ compileJava {
 
 }
 
+
 compileTestJava {
   if (use_clover) {
     dependsOn compileCloverJava
@@ -532,12 +539,14 @@ compileCloverJava {
   classpath += configurations.cloverRuntime
 }
 
+
 clean {
   doFirst {
     delete sourceSets.main.java.outputDir
   }
 }
 
+
 cleanTest {
   doFirst {
     delete sourceSets.test.java.outputDir
@@ -545,12 +554,14 @@ cleanTest {
   }
 }
 
+
 // format is a string like date.format("dd MMMM yyyy")
 def getDate(format) {
   def date = new Date()
   return date.format(format)
 }
 
+
 task setGitVals {
   def hashStdOut = new ByteArrayOutputStream()
   exec {
@@ -572,6 +583,7 @@ task setGitVals {
   outputs.upToDateWhen { false }
 }
 
+
 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
   dependsOn setGitVals
   inputs.dir("${jalviewDir}/${sourceDir}")
@@ -587,6 +599,7 @@ task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
   outputs.file(outputFile)
 }
 
+
 def buildingHTML = "${jalviewDir}/${docDir}/building.html"
 task cleanBuildingHTML(type: Delete) {
   doFirst {
@@ -594,6 +607,7 @@ task cleanBuildingHTML(type: Delete) {
   }
 }
 
+
 task convertBuildingMD(type: Exec) {
   dependsOn cleanBuildingHTML
   def buildingMD = "${jalviewDir}/${docDir}/building.md"
@@ -628,12 +642,14 @@ task convertBuildingMD(type: Exec) {
   outputs.file(buildingHTML)
 }
 
+
 clean {
   doFirst {
     delete buildingHTML
   }
 }
 
+
 task syncDocs(type: Sync) {
   dependsOn convertBuildingMD
   def syncDir = "${classes}/${docDir}"
@@ -642,8 +658,8 @@ task syncDocs(type: Sync) {
 
 }
 
-def helpFile = "${classes}/${helpDir}/help.jhm"
 
+def helpFile = "${classes}/${helpDir}/help.jhm"
 task copyHelp(type: Copy) {
   def inputDir = "${jalviewDir}/${helpParentDir}/${helpDir}"
   def outputDir = "${classes}/${helpDir}"
@@ -665,12 +681,14 @@ task copyHelp(type: Copy) {
   outputs.dir(outputDir)
 }
 
+
 task syncLib(type: Sync) {
   def syncDir = "${classes}/${libDistDir}"
   from fileTree("${jalviewDir}/${libDistDir}")
   into syncDir
 }
 
+
 task syncResources(type: Sync) {
   from "${jalviewDir}/${resourceDir}"
   include "**/*.*"
@@ -680,6 +698,7 @@ task syncResources(type: Sync) {
   }
 }
 
+
 task prepare {
   dependsOn syncResources
   dependsOn syncDocs
@@ -713,6 +732,7 @@ test {
 
 }
 
+
 task buildIndices(type: JavaExec) {
   dependsOn copyHelp
   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
@@ -732,6 +752,7 @@ task buildIndices(type: JavaExec) {
   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/TMAP")
 }
 
+
 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
   options.fork = true
   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
@@ -744,6 +765,7 @@ task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/BufferedLineReader.class")
 }
 
+
 task linkCheck(type: JavaExec) {
   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 
@@ -804,11 +826,13 @@ jar {
   outputs.file("${jalviewDir}/${packageDir}/${archiveName}")
 }
 
+
 task copyJars(type: Copy) {
   from fileTree(dir: "${classes}", include: "**/*.jar").files
   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 }
 
+
 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 task syncJars(type: Sync) {
   from fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDistDir}", include: "**/*.jar").files
@@ -818,6 +842,7 @@ task syncJars(type: Sync) {
   }
 }
 
+
 task makeDist {
   group = "build"
   description = "Put all required libraries in dist"
@@ -830,6 +855,7 @@ task makeDist {
   outputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
 }
 
+
 task cleanDist {
   dependsOn cleanPackageDir
   dependsOn cleanTest
@@ -853,6 +879,7 @@ shadowJar {
   minimize()
 }
 
+
 task getdownWebsite() {
   group = "distribution"
   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
@@ -1033,6 +1060,7 @@ task getdownWebsite() {
   outputs.dir(project.ext.getdownFilesDir)
 }
 
+
 task getdownDigest(type: JavaExec) {
   group = "distribution"
   description = "Digest the getdown website folder"
@@ -1046,6 +1074,7 @@ task getdownDigest(type: JavaExec) {
   outputs.file("${project.ext.getdownWebsiteDir}/digest2.txt")
 }
 
+
 task getdown() {
   group = "distribution"
   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
@@ -1068,6 +1097,7 @@ task getdown() {
   }
 }
 
+
 clean {
   doFirst {
     delete project.ext.getdownWebsiteDir
@@ -1075,6 +1105,7 @@ clean {
   }
 }
 
+
 install4j {
   def install4jHomeDir = "/opt/install4j"
   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
@@ -1095,6 +1126,7 @@ install4j {
   }
 }
 
+
 def install4jConf
 def macosJavaVMDir
 def macosJavaVMTgz
@@ -1163,6 +1195,7 @@ task copyInstall4jTemplate(type: Copy) {
   }
 }
 
+
 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
   group = "distribution"
   description = "Create the install4j installers"
@@ -1188,12 +1221,14 @@ task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
   outputs.dir("${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/${JAVA_VERSION}")
 }
 
+
 clean {
   doFirst {
     delete install4jConf
   }
 }
 
+
 task sourceDist (type: Tar) {
   
   def VERSION_UNDERSCORES = JALVIEW_VERSION.replaceAll("\\.", "_")
@@ -1264,6 +1299,7 @@ task sourceDist (type: Tar) {
 //  }
 }
 
+
 task helppages  {
   dependsOn copyHelp
   dependsOn pubhtmlhelp
@@ -1272,10 +1308,12 @@ task helppages  {
   outputs.dir("${helpOutputDir}")
 }
 
+
 def jalviewjsBuildDir
 def jalviewjsSiteDir
 def jalviewjsTransferSiteJsDir
 def jalviewjsTransferSiteLibDir
+def jalviewjsTransferSiteSwingJsDir
 def jalviewjsTransferSiteCoreDir
 task jalviewjsSitePath {
   def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
@@ -1283,9 +1321,11 @@ task jalviewjsSitePath {
   jalviewjsSiteDir = "${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}"
   jalviewjsTransferSiteJsDir = "${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_js"
   jalviewjsTransferSiteLibDir = "${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_lib"
+  jalviewjsTransferSiteSwingJsDir = "${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_swingjs"
   jalviewjsTransferSiteCoreDir = "${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_core"
 }
 
+
 def eclipseWorkspace
 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
   def propKey = "jalviewjs_eclipse_workspace"
@@ -1387,12 +1427,14 @@ task jalviewjsEclipsePaths {
   }
 }
 
+
 task eclipseSetup {
   dependsOn eclipseProject
   dependsOn eclipseClasspath
   dependsOn eclipseJdt
 }
 
+
 // this version (type: Copy) will delete anything in the eclipse dropins folder that isn't in fromDropinsDir
 task jalviewjsEclipseCopyDropins(type: Copy) {
   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
@@ -1405,6 +1447,7 @@ task jalviewjsEclipseCopyDropins(type: Copy) {
   into outputDir
 }
 
+
 // this eclipse -clean doesn't actually work
 task jalviewjsCleanEclipse(type: Exec) {
   dependsOn eclipseSetup
   def inputByteStream = new ByteArrayInputStream(inputString.getBytes())
   standardInput = inputByteStream
 }
+
 /* not really working yet
 jalviewjsEclipseCopyDropins.finalizedBy jalviewjsCleanEclipse
 */
 
-def jalviewjsTransferSiteUnzipDir
+
+task jalviewjsTransferUnzipSwingJs {
+  dependsOn jalviewjsSitePath
+
+  def file_zip = "${jalviewDir}/${jalviewjs_swingjs_zip}"
+
+  doLast {
+    copy {
+      from zipTree(file_zip)
+      into "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}"
+    }
+  }
+
+  inputs.file file_zip
+  outputs.dir "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}"
+}
+
+
 task jalviewjsTransferUnzipLib {
   dependsOn jalviewjsSitePath
 
   def zipFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_libjs_dir}", include: "*.zip")
-  zipFiles += "${jalviewDir}/${jalviewjs_swingjs_zip}"
 
   doLast {
     zipFiles.each { file_zip -> 
@@ -1448,6 +1508,13 @@ task jalviewjsTransferUnzipLib {
   outputs.dir "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}"
 }
 
+
+task jalviewjsTransferUnzipAllLibs {
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipLib
+}
+
+
 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
   group "JalviewJS"
   description "Create the .j2s file from the j2s.* properties"
@@ -1476,16 +1543,19 @@ task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
   outputs.file(outputFile)
 }
 
+
 task jalviewjsEclipseSetup {
   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
   dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 }
 
-task jalviewjsSyncLib (type: Sync) {
+
+task jalviewjsSyncAllLibs (type: Sync) {
   dependsOn jalviewjsSitePath
-  dependsOn jalviewjsTransferUnzipLib
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipAllLibs
   def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}")
+  inputFiles += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}")
   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 
   from inputFiles
@@ -1502,25 +1572,6 @@ task jalviewjsSyncLib (type: Sync) {
   inputs.files inputFiles
 }
 
-task jalviewjsSyncCore (type: Sync) {
-  dependsOn jalviewjsSitePath
-  dependsOn "jalviewjsBuildAllCores"
-  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}")
-  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
-
-  from inputFiles
-  into outputDir
-  def outputFiles = []
-  rename { filename ->
-    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
-    null
-  }
-  preserve {
-    include "**"
-  }
-  outputs.files outputFiles
-  inputs.files inputFiles
-}
 
 task jalviewjsSyncResources (type: Sync) {
   dependsOn jalviewjsSitePath
@@ -1541,6 +1592,7 @@ task jalviewjsSyncResources (type: Sync) {
   inputs.files inputFiles
 }
 
+
 task jalviewjsSyncSiteResources (type: Sync) {
   dependsOn jalviewjsSitePath
   def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_site_resource_dir}")
@@ -1560,6 +1612,7 @@ task jalviewjsSyncSiteResources (type: Sync) {
   inputs.files inputFiles
 }
 
+
 task jalviewjsSyncBuildProperties (type: Sync) {
   dependsOn jalviewjsSitePath
   dependsOn createBuildProperties
@@ -1580,6 +1633,7 @@ task jalviewjsSyncBuildProperties (type: Sync) {
   inputs.files inputFiles
 }
 
+
 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
   dependsOn eclipseSetup
   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
@@ -1600,6 +1654,7 @@ task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
   }
 }
 
+
 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
   dependsOn jalviewjsEclipseSetup 
   dependsOn jalviewjsProjectImport
@@ -1669,6 +1724,35 @@ DEBUG: ${eclipseDebug}
   outputs.upToDateWhen( { file("${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}${jalviewjs_server_resource}").exists() } )
 }
 
+
+task jalviewjsNoTranspileSyncCore (type: Sync) {
+  dependsOn jalviewjsSitePath
+  dependsOn "jalviewjsNoTranspileBuildAllCores"
+  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}")
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
+
+  from inputFiles
+  into outputDir
+  def outputFiles = []
+  rename { filename ->
+    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
+    null
+  }
+  preserve {
+    include "**"
+  }
+  outputs.files outputFiles
+  inputs.files inputFiles
+}
+
+
+task jalviewjsSyncCore (type: Sync) {
+  dependsOn jalviewjsTranspile
+  dependsOn jalviewjsNoTranspileSyncCore
+  dependsOn "jalviewjsBuildAllCores"
+}
+
+
 // this Copy version of TransferSiteJs will delete anything else in the target dir
 task jalviewjsCopyTransferSiteJs(type: Copy) {
   dependsOn jalviewjsTranspile
@@ -1676,8 +1760,9 @@ task jalviewjsCopyTransferSiteJs(type: Copy) {
   into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 }
 
+
 // this Sync version of TransferSite is used by buildship to keep the website automatically up to date when a file changes
-task jalviewjsSyncTransferSiteJs(type: Sync) {
+task jalviewjsNoTranspileSyncTransferSiteJs(type: Sync) {
   from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
   include "**/*.*"
   into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
@@ -1686,26 +1771,37 @@ task jalviewjsSyncTransferSiteJs(type: Sync) {
   }
 }
 
-jalviewjsSyncLib.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
+jalviewjsSyncAllLibs.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
 jalviewjsSyncResources.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
 jalviewjsSyncSiteResources.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
 jalviewjsSyncBuildProperties.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
 
-jalviewjsSyncLib.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
-jalviewjsSyncResources.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
-jalviewjsSyncSiteResources.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
-jalviewjsSyncBuildProperties.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
+jalviewjsSyncAllLibs.mustRunAfter jalviewjsNoTranspileSyncTransferSiteJs
+jalviewjsSyncResources.mustRunAfter jalviewjsNoTranspileSyncTransferSiteJs
+jalviewjsSyncSiteResources.mustRunAfter jalviewjsNoTranspileSyncTransferSiteJs
+jalviewjsSyncBuildProperties.mustRunAfter jalviewjsNoTranspileSyncTransferSiteJs
+
+
+task jalviewjsNoTranspilePrepareSite {
+  dependsOn jalviewjsSyncAllLibs
+  dependsOn jalviewjsSyncResources
+  dependsOn jalviewjsSyncSiteResources
+  dependsOn jalviewjsSyncBuildProperties
+  dependsOn jalviewjsNoTranspileSyncCore
+}
+
 
 task jalviewjsPrepareSite {
   group "JalviewJS"
   description "Prepares the website folder including unzipping files and copying resources"
-  dependsOn jalviewjsSyncLib
+  dependsOn jalviewjsSyncAllLibs
   dependsOn jalviewjsSyncResources
   dependsOn jalviewjsSyncSiteResources
   dependsOn jalviewjsSyncBuildProperties
   dependsOn jalviewjsSyncCore
 }
 
+
 task jalviewjsBuildSite {
   group "JalviewJS"
   description "Builds the whole website including transpiled code"
@@ -1713,15 +1809,18 @@ task jalviewjsBuildSite {
   dependsOn jalviewjsPrepareSite
 }
 
+
 task cleanJalviewjsSite {
   doFirst {
     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}"
+    delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}"
     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
   }
 }
 
+
 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
   group "JalviewJS"
   description "Creates a tar.gz file for the website"
@@ -1741,6 +1840,7 @@ task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
   inputs.dir("${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}")
 }
 
+
 task jalviewjsServer {
   group "JalviewJS"
   def filename = "jalviewjsTest.html"
@@ -1780,6 +1880,7 @@ task jalviewjsServer {
   outputs.upToDateWhen({false})
 }
 
+
 task cleanJalviewjsAll {
   group "JalviewJS"
   description "Delete all configuration and build artifacts to do with JalviewJS build"
@@ -1798,6 +1899,7 @@ task cleanJalviewjsAll {
   outputs.upToDateWhen( { false } )
 }
 
+
 task jalviewjs {
   group "JalviewJS"
   description "Build the site"
@@ -1805,46 +1907,53 @@ task jalviewjs {
 }
 
 
+
 task jalviewjsIDE_CopyTransferSiteJs(type: Copy) {
   from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
   into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 }
 
+
 task jalviewjsIDE_j2sFile {
   group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Creates the .j2s file"
   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 }
 
+
 task jalviewjsIDE_AssembleSite {
   group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Assembles the Eclipse transpiled site and unzips supporting zipfiles"
   dependsOn jalviewjsIDE_CopyTransferSiteJs
-  dependsOn jalviewjsPrepareSite
+  dependsOn jalviewjsNoTranspilePrepareSite
 }
 
+
 task jalviewjsIDE_SiteClean {
   group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Deletes the Eclipse transpiled site"
   dependsOn cleanJalviewjsSite
 }
 
+
 task jalviewjsIDE_Server {
   group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Starts a webserver on localhost to test the website"
   dependsOn jalviewjsServer
 }
 
+
 // buildship runs this at import
 task eclipseSynchronizationTask {
   dependsOn eclipseSetup
   dependsOn jalviewjsIDE_j2sFile
 }
 
+
 // buildship runs this at build time
 task eclipseAutoBuildTask {
-  dependsOn jalviewjsSyncTransferSiteJs
-  dependsOn jalviewjsPrepareSite
+  dependsOn jalviewjsNoTranspileSyncTransferSiteJs
+  dependsOn jalviewjsNoTranspilePrepareSite
 }
 
 
@@ -1881,7 +1990,7 @@ def jalviewjsCallCore(FileCollection list, String prefixFile, String suffixFile,
       t.replaceAll("Class__","Clazz._")
       coreFile.append( t )
     } else {
-      msg = "...file "+f.getPath()+" does not exist, skipping"
+      msg = "...file '"+f.getPath()+"' does not exist, skipping"
       println(msg)
       logOutFile.append(msg+"\n")
     }
@@ -1927,30 +2036,13 @@ def jalviewjsCallCore(FileCollection list, String prefixFile, String suffixFile,
   logOutFile.append(msg+"\n")
 }
 
-task jalviewjsBuildJMolCore {
-  dependsOn jalviewjsTranspile
-  dependsOn jalviewjsTransferUnzipLib
-  dependsOn jalviewjsSitePath
-
-  def j2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
-  def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
-  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
-  def prefixFile = "${jsDir}/core/coretop2.js"
-  def suffixFile = "${jsDir}/core/corebottom2.js"
-
-  inputs.file prefixFile
-  inputs.file suffixFile
 
-
-}
-
-task jalviewjsBuildStevesoftCore {
-  dependsOn jalviewjsTranspile
-  dependsOn jalviewjsTransferUnzipLib
+task jalviewjsNoTranspileBuildAllCores {
   dependsOn jalviewjsSitePath
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
 
   def j2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
-  def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
+  def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
   def prefixFile = "${jsDir}/core/coretop2.js"
   def suffixFile = "${jsDir}/core/corebottom2.js"
@@ -1958,61 +2050,74 @@ task jalviewjsBuildStevesoftCore {
   inputs.file prefixFile
   inputs.file suffixFile
 
+  def classlistFiles = []
+  // add the classlists found int the jalviewjs_classlists_dir
+  fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_classlists_dir}", include: "*.txt").each {
+    file ->
+    def name = file.getName() - ".txt"
+    classlistFiles += [
+      'file': file,
+      'name': name
+    ]
+  }
 
-}
-
-task jalviewjsBuildClasslistCores {
-  group "JalviewJS"
-  description "Build the core js lib closures listed in the classlists dir"
+  // _jmol and _jalview cores. Add any other peculiar classlist.txt files here
+  classlistFiles += [ 'file': file("${jalviewDir}/${jalviewjs_classlist_jmol}"), 'name': "_jvjmol" ]
+  classlistFiles += [ 'file': file("${jalviewDir}/${jalviewjs_classlist_jalview}"), 'name': "_jalview" ]
 
-  dependsOn jalviewjsSitePath
-  dependsOn jalviewjsTransferUnzipLib
-  dependsOn jalviewjsTranspile
+  def classlists = []
 
-  def j2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
-  def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
-  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
-  def prefixFile = "${jsDir}/core/coretop2.js"
-  def suffixFile = "${jsDir}/core/corebottom2.js"
+  classlistFiles.each {
+    hash ->
 
-  inputs.file prefixFile
-  inputs.file suffixFile
-
-  def classlists = []
-  fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_classlists_dir}", include: "*.txt").each {
-    file ->
-    def name = file.getName() - ".txt"
+    def file = hash['file']
+    if (! file.exists()) {
+      println("...classlist file '"+file.getPath()+"' does not exist, skipping")
+      return false // this is a "continue" in groovy .each closure
+    }
+    def name = hash['name']
+    if (name == null) {
+      name = file.getName() - ".txt"
+    }
 
     def filelist = []
     file.eachLine {
       line ->
-      filelist += line
+        filelist += line
     }
     def list = fileTree(dir: j2sDir, includes: filelist)
 
-    def coreFileName = "core${name}.js"
-    def jsfile = "${outputDir}/${coreFileName}"
-    def coreZFileName = "core${name}.z.js"
-    def zjsfile = "${outputDir}/${coreZFileName}"
+    def jsfile = "${outputDir}/core${name}.js"
+    def zjsfile = "${outputDir}/core${name}.z.js"
 
     classlists += [
-      'jsfile': jsfile,
-      'zjsfile': zjsfile,
-      'list': list
+    'jsfile': jsfile,
+    'zjsfile': zjsfile,
+    'list': list
     ]
 
     inputs.file(file)
     inputs.files(list)
     outputs.file(jsfile)
     outputs.file(zjsfile)
-  } 
-
+  }
+  
+  // _stevesoft core. add any cores without a classlist here (and the inputs and outputs)
+  def stevesoftClasslist = [
+    'jsfile': "${outputDir}/core_stevesoft.js",
+    'zjsfile': "${outputDir}/core_stevesoft.z.js",
+    'list': fileTree(dir: j2sDir, include: "com/stevesoft/pat/**/*.js")
+  ]
+  classlists += stevesoftClasslist
+  inputs.files(stevesoftClasslist['list'])
+  outputs.file(stevesoftClasslist['jsfile'])
+  outputs.file(stevesoftClasslist['zjsfile'])
 
   doFirst {
     def logOutFile = file("${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_closure_stdout}")
     logOutFile.getParentFile().mkdirs()
     logOutFile.createNewFile()
-    logOutFile.write(getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")+" jalviewjsBuildAllCores\n----\n")
+    logOutFile.write(getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")+" jalviewjsNoTranspileBuildAllCores\n----\n")
 
     classlists.each {
       jalviewjsCallCore(it.list, prefixFile, suffixFile, it.jsfile, it.zjsfile, logOutFile, jalviewjs_j2s_to_console.equals("true"))
@@ -2021,12 +2126,25 @@ task jalviewjsBuildClasslistCores {
 
 }
 
+
+jalviewjsNoTranspileBuildAllCores.mustRunAfter jalviewjsTranspile
+
+
 task jalviewjsBuildAllCores {
-  dependsOn jalviewjsBuildJMolCore
-  dependsOn jalviewjsBuildStevesoftCore
-  dependsOn jalviewjsBuildClasslistCores
+  group "JalviewJS"
+  description "Build the core js lib closures listed in the classlists dir"
+  dependsOn jalviewjsTranspile
+  dependsOn jalviewjsNoTranspileBuildAllCores
 }
 
+
+task jalviewjsIDE_BuildAllCores {
+  group "00 JalviewJS in Eclipse"
+  description "Build the core js lib closures listed in the classlists dir"
+  dependsOn jalviewjsNoTranspileBuildAllCores
+}
+
+
 task jalviewjsPublishCoreTemplate {
   dependsOn jalviewjsBuildAllCores
 }