Merge branch 'Jalview-JS/develop' into merge/Ben_trying_out_JSdevelop_with_develop
[jalview.git] / build.gradle
index 902b896..0117ffc 100644 (file)
@@ -2,6 +2,7 @@ import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Output
 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Library
+import java.security.MessageDigest
 
 import groovy.transform.ExternalizeMethods
 
@@ -17,27 +18,7 @@ plugins {
   id 'eclipse'
   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
   id 'com.install4j.gradle' version '7.0.9'
-}
-
-// local build environment properties
-def localProps = "${jalviewDir}/local.properties"
-if (file(localProps).exists()) {
-  try {
-    def p = new Properties()
-    def localPropsFIS = new FileInputStream(localProps)
-    p.load(localPropsFIS)
-    localPropsFIS.close()
-    p.each {
-      key, val -> 
-        def over = getProperty(key) != null
-        setProperty(key, val)
-        if (over) {
-          println("Overriding property '${key}' with local.properties value '${val}'")
-        }
-    }
-  } catch (Exception e) {
-    System.out.println("Exception reading local.properties")
-  }
+  id 'com.dorongold.task-tree' version '1.4' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
 }
 
 repositories {
@@ -53,118 +34,176 @@ dependencies {
   compile 'org.apache.commons:commons-compress:1.18'
 }
 
-mainClassName = launcherClass
-def cloverInstrDir = file("${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}")
-def classes = "${jalviewDir}/${classesDir}"
 
-if (clover.equals("true")) {
-  use_clover = true
-  classes = "${buildDir}/${cloverClassesDir}"
-} else {
-  use_clover = false
-  classes = "${jalviewDir}/${classesDir}"
+// in ext the values are cast to Object. Ensure string values are cast as String (and not GStringImpl) for later use
+def string(Object o) {
+  return o.toString()
 }
 
-// configure classpath/args for j8/j11 compilation
-
-def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
-def libDir
-def libDistDir
-def compile_source_compatibility
-def compile_target_compatibility
 
 ext {
-  getdownWebsiteDir = "${jalviewDir}/${getdown_website_dir}/${JAVA_VERSION}"
-  getdownDir = ""
+  jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
+  jalviewDirRelativePath = jalviewDir
+
+  // local build environment properties
+  def localProps = "${jalviewDirAbsolutePath}/local.properties"
+  if (file(localProps).exists()) {
+    try {
+      def p = new Properties()
+      def localPropsFIS = new FileInputStream(localProps)
+      p.load(localPropsFIS)
+      localPropsFIS.close()
+      p.each {
+        key, val -> 
+          def over = getProperty(key) != null
+          setProperty(key, val)
+          if (over) {
+            println("Overriding property '${key}' with local.properties value '${val}'")
+          }
+      }
+    } catch (Exception e) {
+      System.out.println("Exception reading local.properties")
+    }
+  }
+
+  // this property set when running Eclipse headlessly
+  j2sHeadlessBuildProperty = string("net.sf.j2s.core.headlessbuild")
+  // this property set by Eclipse
+  eclipseApplicationProperty = string("eclipse.application")
+  // CHECK IF RUNNING FROM WITHIN ECLIPSE
+  def eclipseApplicationPropertyVal = System.properties[eclipseApplicationProperty]
+  IN_ECLIPSE = eclipseApplicationPropertyVal != null && eclipseApplicationPropertyVal.startsWith("org.eclipse.ui.")
+  // BUT WITHOUT THE HEADLESS BUILD PROPERTY SET
+  if (System.properties[j2sHeadlessBuildProperty].equals("true")) {
+    println("Setting IN_ECLIPSE to ${IN_ECLIPSE} as System.properties['${j2sHeadlessBuildProperty}'] == '${System.properties[j2sHeadlessBuildProperty]}'")
+    IN_ECLIPSE = false
+  }
+  if (IN_ECLIPSE) {
+    println("WITHIN ECLIPSE IDE")
+  } else {
+    println("HEADLESS BUILD")
+  }
+  /* *-/
+  System.properties.sort { it.key }.each {
+    key, val -> println("SYSTEM PROPERTY ${key}='${val}'")
+  }
+  /-* *-/
+  if (false && IN_ECLIPSE) {
+    jalviewDir = jalviewDirAbsolutePath
+  }
+  */
+
+  // essentials
+  bareSourceDir = string(source_dir)
+  sourceDir = string("${jalviewDir}/${bareSourceDir}")
+  resourceDir = string("${jalviewDir}/${resource_dir}")
+  bareTestSourceDir = string(test_source_dir)
+  testSourceDir = string("${jalviewDir}/${bareTestSourceDir}")
+
+  // clover
+  cloverInstrDir = file("${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}")
+  classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
+  if (clover.equals("true")) {
+    use_clover = true
+    classesDir = string("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
+  } else {
+    use_clover = false
+    classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
+  }
+
+  classes = classesDir
+
+  getdownWebsiteDir = string("${jalviewDir}/${getdown_website_dir}/${JAVA_VERSION}")
+  getdownDir = string("")
   reportRsyncCmd = false
   buildDist = true
-  buildProperties = buildPropertiesFile
-  getdownLauncher = "${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher}"
+  buildProperties = build_properties_file
+  getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher}")
   switch (CHANNEL) {
 
     case "BUILD":
     // TODO: get bamboo build artifact URL for getdown artifacts
     getdown_channel_base = bamboo_channelbase
-    getdown_channel_name = "${bamboo_planKey}/${JAVA_VERSION}"
-    getdown_app_base = "${bamboo_channelbase}/${bamboo_planKey}${bamboo_getdown_channel_suffix}/${JAVA_VERSION}"
+    getdown_channel_name = string("${bamboo_planKey}/${JAVA_VERSION}")
+    getdown_app_base = string("${bamboo_channelbase}/${bamboo_planKey}${bamboo_getdown_channel_suffix}/${JAVA_VERSION}")
     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
-    buildProperties = "${jalviewDir}/${classesDir}/${buildPropertiesFile}"
+    buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
     break
 
     case "RELEASE":
     getdown_channel_name = CHANNEL.toLowerCase()
-    getdownDir = "${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}"
-    getdown_app_base = "${getdown_channel_base}/${getdownDir}"
+    getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
+    getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
     getdown_app_dir = getdown_app_dir_release
-    buildProperties = "${jalviewDir}/${classesDir}/${buildPropertiesFile}"
+    buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
     reportRsyncCommand = true
     break
 
     case "ARCHIVE":
     getdown_channel_name = CHANNEL.toLowerCase()+"/${JALVIEW_VERSION}"
-    getdownDir = "${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}"
-    getdown_app_base = "${getdown_channel_base}/${getdownDir}"
+    getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
+    getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
       print "Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution"
       exit
     } else {
-      packageDir = "${ARCHIVEDIR}/${packageDir}"
-      buildProperties = "${ARCHIVEDIR}/${classesDir}/${buildPropertiesFile}"
+      packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
+      buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
       buildDist = false
     }
     reportRsyncCommand = true
     break
 
     case "ARCHIVELOCAL":
-    getdown_channel_name = "archive/${JALVIEW_VERSION}"
-    getdownDir = "${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}"
+    getdown_channel_name = string("archive/${JALVIEW_VERSION}")
+    getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
     getdown_app_base = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}").exists()) {
       print "Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution"
       exit
     } else {
-      packageDir = "${ARCHIVEDIR}/${packageDir}"
-      buildProperties = "${ARCHIVEDIR}/${classesDir}/${buildPropertiesFile}"
+      packageDir = string("${ARCHIVEDIR}/${packageDir}")
+      buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
       buildDist = false
     }
     reportRsyncCommand = true
-    getdownLauncher = "${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}"
+    getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
     break
 
     case "DEVELOP":
     getdown_channel_name = CHANNEL.toLowerCase()
-    getdownDir = "${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}"
-    getdown_app_base = "${getdown_channel_base}/${getdownDir}"
+    getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
+    getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
-    buildProperties = "${jalviewDir}/${classesDir}/${buildPropertiesFile}"
+    buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
     reportRsyncCommand = true
     break
 
     case "TEST-RELEASE":
     getdown_channel_name = CHANNEL.toLowerCase()
-    getdownDir = "${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}"
-    getdown_app_base = "${getdown_channel_base}/${getdownDir}"
+    getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
+    getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
-    buildProperties = "${jalviewDir}/${classesDir}/${buildPropertiesFile}"
+    buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
     reportRsyncCommand = true
     break
 
     case ~/^SCRATCH(|-[-\w]*)$/:
     getdown_channel_name = CHANNEL
-    getdownDir = "${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}"
-    getdown_app_base = "${getdown_channel_base}/${getdownDir}"
+    getdownDir = string("${getdown_channel_name}/${JAVA_VERSION}")
+    getdown_app_base = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
-    buildProperties = "${jalviewDir}/${classesDir}/${buildPropertiesFile}"
+    buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
     reportRsyncCommand = true
     break
 
     case "LOCAL":
     getdown_app_base = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
     getdown_app_dir = getdown_app_dir_alt
-    buildProperties = "${jalviewDir}/${classesDir}/${buildPropertiesFile}"
-    getdownLauncher = "${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}"
+    buildProperties = string("${classesDir}/${build_properties_file}")
+    getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
     break
 
     default: // something wrong specified
@@ -174,88 +213,126 @@ ext {
 
   }
 
-  getdownAppDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_app_dir}"
+  getdownAppDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_app_dir}")
   //getdownJ11libDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_j11lib_dir}"
-  getdownResourceDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_resource_dir}"
-  getdownInstallDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_install_dir}"
-  getdownFilesDir = "${jalviewDir}/${getdown_files_dir}/${JAVA_VERSION}/"
-  getdownFilesInstallDir = "${getdownFilesDir}/${getdown_install_dir}"
+  getdownResourceDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_resource_dir}")
+  getdownInstallDir = string("${getdownWebsiteDir}/${getdown_install_dir}")
+  getdownFilesDir = string("${jalviewDir}/${getdown_files_dir}/${JAVA_VERSION}/")
+  getdownFilesInstallDir = string("${getdownFilesDir}/${getdown_install_dir}")
   /* compile without modules -- using classpath libraries
   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11modDir}", include: ["*.jar"])
   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
   */
-  gitHash = ""
-  gitBranch = ""
+  gitHash = string("")
+  gitBranch = string("")
 
   println("Using a ${CHANNEL} profile.")
-}
 
-def JAVA_INTEGER_VERSION
-def additional_compiler_args = []
-// these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
-def getdown_alt_java_min_version
-def getdown_alt_java_max_version
-// this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
-def getdown_alt_multi_java_location
-// this property is for the Java library used in eclipse
-def eclipse_java_runtime_name
-if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
-  JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
-  //libDir = j8libDir
-  libDir = j11libDir
-  libDistDir = j8libDir
-  compile_source_compatibility = 1.8
-  compile_target_compatibility = 1.8
-  getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java8_min_version
-  getdown_alt_java_max_version = getdown_alt_java8_max_version
-  getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java8_txt_multi_java_location
-  eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
-} else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
-  JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
-  libDir = j11libDir
-  libDistDir = j11libDir
-  compile_source_compatibility = 11
-  compile_target_compatibility = 11
-  getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
-  getdown_alt_java_max_version = getdown_alt_java11_max_version
-  getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
-  eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
-  /* compile without modules -- using classpath libraries
-  additional_compiler_args += [
-  '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
-  '--add-modules', j11modules
-  ]
-  */
-} else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
-  JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
-  libDir = j11libDir
-  libDistDir = j11libDir
-  compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
-  compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
-  getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
-  getdown_alt_java_max_version = getdown_alt_java11_max_version
-  getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
-  eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
-  /* compile without modules -- using classpath libraries
-  additional_compiler_args += [
-  '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
-  '--add-modules', j11modules
-  ]
-  */
-} else {
-  throw new GradleException("JAVA_VERSION=${JAVA_VERSION} not currently supported by Jalview")
+  additional_compiler_args = []
+  // configure classpath/args for j8/j11 compilation
+  if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
+    JAVA_INTEGER_VERSION = string("8")
+    //libDir = j8libDir
+    libDir = j11libDir
+    libDistDir = j8libDir
+    compile_source_compatibility = 1.8
+    compile_target_compatibility = 1.8
+    // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
+    getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java8_min_version
+    getdown_alt_java_max_version = getdown_alt_java8_max_version
+    // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
+    getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java8_txt_multi_java_location
+    // this property is for the Java library used in eclipse
+    eclipse_java_runtime_name = string("JavaSE-1.8")
+  } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
+    JAVA_INTEGER_VERSION = string("11")
+    libDir = j11libDir
+    libDistDir = j11libDir
+    compile_source_compatibility = 11
+    compile_target_compatibility = 11
+    getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
+    getdown_alt_java_max_version = getdown_alt_java11_max_version
+    getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
+    eclipse_java_runtime_name = string("JavaSE-11")
+    /* compile without modules -- using classpath libraries
+    additional_compiler_args += [
+    '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
+    '--add-modules', j11modules
+    ]
+     */
+  } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
+    JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
+    libDir = j11libDir
+    libDistDir = j11libDir
+    compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
+    compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
+    getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
+    getdown_alt_java_max_version = getdown_alt_java11_max_version
+    getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
+    eclipse_java_runtime_name = string("JavaSE-11")
+    /* compile without modules -- using classpath libraries
+    additional_compiler_args += [
+    '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
+    '--add-modules', j11modules
+    ]
+     */
+  } else {
+    throw new GradleException("JAVA_VERSION=${JAVA_VERSION} not currently supported by Jalview")
+  }
+
+
+  // for install4j
+  macosJavaVMDir = string("${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/macos-jre${JAVA_VERSION}/jre")
+  macosJavaVMTgz = string("${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/macos-jre${JAVA_VERSION}.tar.gz")
+  windowsJavaVMDir = string("${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/windows-jre${JAVA_VERSION}/jre")
+  windowsJavaVMTgz = string("${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/windows-jre${JAVA_VERSION}.tar.gz")
+  install4jDir = string("${jalviewDir}/${install4jResourceDir}")
+  install4jConfFileName = string("jalview-installers-java${JAVA_VERSION}.install4j")
+  install4jConfFile = string("${install4jDir}/${install4jConfFileName}")
+
+
+  buildingHTML = string("${jalviewDir}/${docDir}/building.html")
+  helpFile = string("${classesDir}/${help_dir}/help.jhm")
+  helpParentDir = string("${jalviewDir}/${help_parent_dir}")
+  helpDir = string("${help_dir}")
+  helpSourceDir = string("${helpParentDir}/${helpDir}")
+
+
+  relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
+  jalviewjsBuildDir = string("${relativeBuildDir}/jalviewjs")
+  jalviewjsSiteDir = string("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}")
+  if (IN_ECLIPSE) {
+    jalviewjsTransferSiteJsDir = string(jalviewjsSiteDir)
+  } else {
+    jalviewjsTransferSiteJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_js")
+  }
+  jalviewjsTransferSiteLibDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_lib")
+  jalviewjsTransferSiteSwingJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_swingjs")
+  jalviewjsTransferSiteCoreDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_core")
+  jalviewjsJalviewCoreHtmlFile = string("")
+  jalviewjsJalviewCoreName = string(jalviewjs_core_name)
+  jalviewjsCoreClasslists = []
+  jalviewjsJalviewTemplateName = string(jalviewjs_name)
+  jalviewjsJ2sSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
+  jalviewjsJ2sProps = null
+
+  eclipseWorkspace = null
+  eclipseBinary = string("")
+  eclipseVersion = string("")
+  eclipseDebug = false
+  // ENDEXT
 }
 
-sourceSets {
 
+sourceSets {
   main {
     java {
-      srcDirs "${jalviewDir}/${sourceDir}"
-      outputDir = file("${classes}")
+      srcDirs sourceDir
+      outputDir = file(classesDir)
     }
 
     resources {
-      srcDirs "${jalviewDir}/${resourceDir}"
+      srcDirs resourceDir
     }
 
     jar.destinationDir = file("${jalviewDir}/${packageDir}")
@@ -286,7 +363,7 @@ sourceSets {
 
   test {
     java {
-      srcDirs "${jalviewDir}/${testSourceDir}"
+      srcDirs testSourceDir
       outputDir = file("${jalviewDir}/${testOutputDir}")
     }
 
@@ -310,6 +387,7 @@ sourceSets {
   }
 }
 
+
 // clover bits
 dependencies {
   if (use_clover) {
@@ -318,6 +396,7 @@ dependencies {
   }
 }
 
+
 configurations {
   cloverRuntime
   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
@@ -352,21 +431,23 @@ eclipse {
         def removeTheseToo = []
         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedSrcPath = new HashMap<>();
         cp.entries.each { entry ->
+          // This conditional removes all src classpathentries that a) have already been added or b) aren't "src" or "test".
+          // e.g. this removes the resources dir being copied into bin/main, bin/test AND bin/clover
+          // we add the resources and help/help dirs in as libs afterwards (see below)
           if (entry.kind == 'src') {
-            if (alreadyAddedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == sourceDir || entry.path == testSourceDir)) {
+            if (alreadyAddedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == bareSourceDir || entry.path == bareTestSourceDir)) {
               removeTheseToo += entry
             } else {
               alreadyAddedSrcPath.putAt(entry.path, true)
             }
           }
+
         }
         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 
-        if (file("${jalviewDir}/${eclipse_bin_dir}/main").isDirectory()) {
-          cp.entries += new Output("${eclipse_bin_dir}/main")
-        }
-        if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
-          cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
+        //cp.entries += new Output("${eclipse_bin_dir}/main")
+        if (file(helpSourceDir).isDirectory()) {
+          cp.entries += new Library(fileReference(helpSourceDir))
         }
         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
           cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
@@ -377,8 +458,8 @@ eclipse {
         sourceSets.main.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.each {
           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
-            // don't add dirs to classpath
-            return
+            // don't add dirs to classpath, especially if they don't exist
+            return false // groovy "continue" in .any closure
           }
           def itPath = it.toString()
           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
@@ -395,12 +476,13 @@ eclipse {
         }
 
         //fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["test*/*.jar"]).each {
-        sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.each {
+        sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
             // don't add dirs to classpath
-            return false // groovy "break" in .each closure
+            return false // groovy "continue" in .any closure
           }
+
           def itPath = it.toString()
           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
@@ -445,15 +527,19 @@ eclipse {
     }
 
   } // jdt
-  
-  synchronizationTasks "eclipseSynchronizationTask"
-  autoBuildTasks "eclipseAutoBuildTask"
 
+  if (IN_ECLIPSE) {
+    // Don't want these to be activated if in headless build
+    synchronizationTasks "eclipseSynchronizationTask"
+    autoBuildTasks "eclipseAutoBuildTask"
+
+  }
 }
 
+
 task cloverInstr() {
   // only instrument source, we build test classes as normal
-  inputs.files files (sourceSets.main.allJava) // , fileTree(dir:"$jalviewDir/$testSourceDir", include: ["**/*.java"]))
+  inputs.files files (sourceSets.main.allJava) // , fileTree(dir: testSourceDir, include: ["**/*.java"]))
   outputs.dir cloverInstrDir
 
   doFirst {
@@ -490,7 +576,6 @@ task cloverReport {
     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
   }
 }
-
 // end clover bits
 
 
@@ -505,6 +590,7 @@ compileJava {
 
 }
 
+
 compileTestJava {
   if (use_clover) {
     dependsOn compileCloverJava
@@ -532,12 +618,14 @@ compileCloverJava {
   classpath += configurations.cloverRuntime
 }
 
+
 clean {
   doFirst {
     delete sourceSets.main.java.outputDir
   }
 }
 
+
 cleanTest {
   doFirst {
     delete sourceSets.test.java.outputDir
@@ -545,12 +633,14 @@ cleanTest {
   }
 }
 
+
 // format is a string like date.format("dd MMMM yyyy")
 def getDate(format) {
   def date = new Date()
   return date.format(format)
 }
 
+
 task setGitVals {
   def hashStdOut = new ByteArrayOutputStream()
   exec {
@@ -566,34 +656,36 @@ task setGitVals {
     ignoreExitValue true
   }
 
-  project.ext.gitHash = hashStdOut.toString().trim()
-  project.ext.gitBranch = branchStdOut.toString().trim()
+  gitHash = hashStdOut.toString().trim()
+  gitBranch = branchStdOut.toString().trim()
 
   outputs.upToDateWhen { false }
 }
 
+
 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
   dependsOn setGitVals
-  inputs.dir("${jalviewDir}/${sourceDir}")
-  inputs.dir("${classes}")
-  inputs.dir("${jalviewDir}/${resourceDir}")
+  inputs.dir(sourceDir)
+  inputs.dir(resourceDir)
+  file(buildProperties).getParentFile().mkdirs()
   outputFile (buildProperties)
   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
   property "BUILD_DATE", getDate("HH:mm:ss dd MMMM yyyy")
   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
-  property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+project.ext.gitHash+" ["+project.ext.gitBranch+"]"
+  property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+gitHash+" ["+gitBranch+"]"
   outputs.file(outputFile)
 }
 
-def buildingHTML = "${jalviewDir}/${docDir}/building.html"
+
 task cleanBuildingHTML(type: Delete) {
   doFirst {
     delete buildingHTML
   }
 }
 
+
 task convertBuildingMD(type: Exec) {
   dependsOn cleanBuildingHTML
   def buildingMD = "${jalviewDir}/${docDir}/building.md"
@@ -617,7 +709,7 @@ task convertBuildingMD(type: Exec) {
         commandLine pandoc, '-s', '-o', buildingHTML, '--metadata', 'pagetitle="Building Jalview from Source"', '--toc', '-H', css, buildingMD
     } else {
         println("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
-        throw new StopExecutionException()
+        throw new StopExecutionException("Cannot find pandoc. Skipping convert building.md to HTML")
     }
   }
 
@@ -628,30 +720,38 @@ task convertBuildingMD(type: Exec) {
   outputs.file(buildingHTML)
 }
 
+
 clean {
   doFirst {
     delete buildingHTML
   }
 }
 
+
 task syncDocs(type: Sync) {
   dependsOn convertBuildingMD
-  def syncDir = "${classes}/${docDir}"
+  def syncDir = "${classesDir}/${docDir}"
   from fileTree("${jalviewDir}/${docDir}")
   into syncDir
 
 }
 
-def helpFile = "${classes}/${helpDir}/help.jhm"
 
 task copyHelp(type: Copy) {
-  def inputDir = "${jalviewDir}/${helpParentDir}/${helpDir}"
-  def outputDir = "${classes}/${helpDir}"
+  def inputDir = helpSourceDir
+  def outputDir = "${classesDir}/${helpDir}"
   from(inputDir) {
     exclude '**/*.gif'
     exclude '**/*.jpg'
     exclude '**/*.png'
-    filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['Version-Rel': JALVIEW_VERSION,'Year-Rel': getDate("yyyy")])
+    filter(ReplaceTokens,
+      beginToken: '$$',
+      endToken: '$$',
+      tokens: [
+        'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
+        'Year-Rel': getDate("yyyy")
+      ]
+    )
   }
   from(inputDir) {
     include '**/*.gif'
@@ -665,21 +765,24 @@ task copyHelp(type: Copy) {
   outputs.dir(outputDir)
 }
 
+
 task syncLib(type: Sync) {
-  def syncDir = "${classes}/${libDistDir}"
+  def syncDir = "${classesDir}/${libDistDir}"
   from fileTree("${jalviewDir}/${libDistDir}")
   into syncDir
 }
 
+
 task syncResources(type: Sync) {
-  from "${jalviewDir}/${resourceDir}"
+  from resourceDir
   include "**/*.*"
-  into "${classes}"
+  into "${classesDir}"
   preserve {
     include "**"
   }
 }
 
+
 task prepare {
   dependsOn syncResources
   dependsOn syncDocs
@@ -713,17 +816,18 @@ test {
 
 }
 
+
 task buildIndices(type: JavaExec) {
   dependsOn copyHelp
   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
-  workingDir = "${classes}/${helpDir}"
+  workingDir = "${classesDir}/${helpDir}"
   def argDir = "html"
   args = [ argDir ]
   inputs.dir("${workingDir}/${argDir}")
 
-  outputs.dir("${classes}/doc")
-  outputs.dir("${classes}/help")
+  outputs.dir("${classesDir}/doc")
+  outputs.dir("${classesDir}/help")
   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS")
   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/OFFSETS")
@@ -732,6 +836,7 @@ task buildIndices(type: JavaExec) {
   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/TMAP")
 }
 
+
 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
   options.fork = true
   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
@@ -744,6 +849,7 @@ task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/BufferedLineReader.class")
 }
 
+
 task linkCheck(type: JavaExec) {
   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 
@@ -751,8 +857,8 @@ task linkCheck(type: JavaExec) {
   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
   main = "HelpLinksChecker"
   workingDir = jalviewDir
-  def help = "${classes}/${helpDir}"
-  args = [ "${classes}/${helpDir}", "-nointernet" ]
+  def help = "${classesDir}/${helpDir}"
+  args = [ "${classesDir}/${helpDir}", "-nointernet" ]
 
   def outFOS = new FileOutputStream(helpLinksCheckerOutFile, false) // false == don't append
   def errFOS = outFOS
@@ -763,13 +869,13 @@ task linkCheck(type: JavaExec) {
     outFOS,
     errorOutput)
 
-  inputs.dir("${classes}/${helpDir}")
+  inputs.dir("${classesDir}/${helpDir}")
   outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
 }
 
 // import the pubhtmlhelp target
 ant.properties.basedir = "${jalviewDir}"
-ant.properties.helpBuildDir = "${jalviewDirAbsolutePath}/${classes}/${helpDir}"
+ant.properties.helpBuildDir = "${jalviewDirAbsolutePath}/${classes_dir}/${helpDir}"
 ant.importBuild "${utilsDir}/publishHelp.xml"
 
 
@@ -800,15 +906,17 @@ jar {
   exclude "**/*.jar"
   exclude "**/*.jar.*"
 
-  inputs.dir("${classes}")
+  inputs.dir(classesDir)
   outputs.file("${jalviewDir}/${packageDir}/${archiveName}")
 }
 
+
 task copyJars(type: Copy) {
-  from fileTree(dir: "${classes}", include: "**/*.jar").files
+  from fileTree(dir: classesDir, include: "**/*.jar").files
   into "${jalviewDir}/${packageDir}"
 }
 
+
 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 task syncJars(type: Sync) {
   from fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDistDir}", include: "**/*.jar").files
@@ -818,6 +926,7 @@ task syncJars(type: Sync) {
   }
 }
 
+
 task makeDist {
   group = "build"
   description = "Put all required libraries in dist"
@@ -830,6 +939,7 @@ task makeDist {
   outputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
 }
 
+
 task cleanDist {
   dependsOn cleanPackageDir
   dependsOn cleanTest
@@ -853,6 +963,7 @@ shadowJar {
   minimize()
 }
 
+
 task getdownWebsite() {
   group = "distribution"
   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
@@ -862,19 +973,19 @@ task getdownWebsite() {
 
   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
   def getdownTextString = ""
-  def getdownResourceDir = project.ext.getdownResourceDir
-  def getdownAppDir = project.ext.getdownAppDir
+  def getdownResourceDir = getdownResourceDir
+  def getdownAppDir = getdownAppDir
   def getdownResourceFilenames = []
 
   doFirst {
     // clean the getdown website and files dir before creating getdown folders
-    delete project.ext.getdownWebsiteDir
-    delete project.ext.getdownFilesDir
+    delete getdownWebsiteDir
+    delete getdownFilesDir
 
     copy {
       from buildProperties
-      rename(buildPropertiesFile, getdown_build_properties)
-      into project.ext.getdownAppDir
+      rename(build_properties_file, getdown_build_properties)
+      into getdownAppDir
     }
     getdownWebsiteResourceFilenames += "${getdown_app_dir}/${getdown_build_properties}"
 
@@ -928,7 +1039,7 @@ task getdownWebsite() {
     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
       copy {
         from filename
-        into project.ext.getdownResourceDir
+        into getdownResourceDir
       }
     }
 
@@ -947,7 +1058,7 @@ task getdownWebsite() {
       getdownTextString += line
       copy {
         from f.getPath()
-        into project.ext.getdownAppDir
+        into getdownAppDir
       }
     }
 
@@ -961,7 +1072,7 @@ task getdownWebsite() {
     getdownTextString += line
     copy {
     from f.getPath()
-    into project.ext.getdownJ11libDir
+    into getdownJ11libDir
     }
     }
     }
@@ -972,16 +1083,16 @@ task getdownWebsite() {
     getdownTextString += "resource = ${getdown_launcher_new}\n"
     getdownTextString += "class = ${mainClass}\n"
 
-    def getdown_txt = file("${project.ext.getdownWebsiteDir}/getdown.txt")
+    def getdown_txt = file("${getdownWebsiteDir}/getdown.txt")
     getdown_txt.write(getdownTextString)
 
-    def launch_jvl = file("${project.ext.getdownWebsiteDir}/${getdown_launch_jvl}")
+    def launch_jvl = file("${getdownWebsiteDir}/${getdown_launch_jvl}")
     launch_jvl.write("appbase="+props.get("getdown_txt_appbase"))
 
     copy {
       from getdownLauncher
       rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher_new)
-      into project.ext.getdownWebsiteDir
+      into getdownWebsiteDir
     }
 
     copy {
@@ -989,7 +1100,7 @@ task getdownWebsite() {
       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
       }
-      into project.ext.getdownWebsiteDir
+      into getdownWebsiteDir
     }
 
     if (! (CHANNEL.startsWith("ARCHIVE") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP"))) {
@@ -1022,17 +1133,18 @@ task getdownWebsite() {
 
     copy {
       from getdownResourceDir
-      into "${project.ext.getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
+      into "${getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
     }
   }
 
   if (buildDist) {
     inputs.dir("${jalviewDir}/${packageDir}")
   }
-  outputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
-  outputs.dir(project.ext.getdownFilesDir)
+  outputs.dir(getdownWebsiteDir)
+  outputs.dir(getdownFilesDir)
 }
 
+
 task getdownDigest(type: JavaExec) {
   group = "distribution"
   description = "Digest the getdown website folder"
@@ -1041,11 +1153,12 @@ task getdownDigest(type: JavaExec) {
     classpath = files("${getdownWebsiteDir}/${getdown_launcher}")
   }
   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
-  args project.ext.getdownWebsiteDir
-  inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
-  outputs.file("${project.ext.getdownWebsiteDir}/digest2.txt")
+  args getdownWebsiteDir
+  inputs.dir(getdownWebsiteDir)
+  outputs.file("${getdownWebsiteDir}/digest2.txt")
 }
 
+
 task getdown() {
   group = "distribution"
   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
@@ -1068,13 +1181,15 @@ task getdown() {
   }
 }
 
+
 clean {
   doFirst {
-    delete project.ext.getdownWebsiteDir
-    delete project.ext.getdownFilesDir
+    delete getdownWebsiteDir
+    delete getdownFilesDir
   }
 }
 
+
 install4j {
   def install4jHomeDir = "/opt/install4j"
   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
@@ -1095,49 +1210,57 @@ install4j {
   }
 }
 
-def install4jConf
-def macosJavaVMDir
-def macosJavaVMTgz
-def windowsJavaVMDir
-def windowsJavaVMTgz
-def install4jDir = "${jalviewDir}/${install4jResourceDir}"
-def install4jConfFile = "jalview-installers-java${JAVA_VERSION}.install4j"
-install4jConf = "${install4jDir}/${install4jConfFile}"
 
 task copyInstall4jTemplate(type: Copy) {
-  macosJavaVMDir = "${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/macos-jre${JAVA_VERSION}/jre"
-  macosJavaVMTgz = "${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/macos-jre${JAVA_VERSION}.tar.gz"
-  windowsJavaVMDir = "${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/windows-jre${JAVA_VERSION}/jre"
-  windowsJavaVMTgz = "${System.env.HOME}/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/windows-jre${JAVA_VERSION}.tar.gz"
   from (install4jDir) {
     include install4jTemplate
-    rename (install4jTemplate, install4jConfFile)
-    filter(ReplaceTokens, beginToken: '', endToken: '', tokens: ['9999999999': JAVA_VERSION])
-    filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$',
-    tokens: [
-    'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
-    'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
-    'VERSION': JALVIEW_VERSION,
-    'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
-    'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
-    'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
-    'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
-    'INSTALL4JINFOPLISTFILEASSOCIATIONS': install4jInfoPlistFileAssociations,
-    'COPYRIGHT_MESSAGE': install4jCopyrightMessage,
-    'MACOS_BUNDLE_ID': install4jMacOSBundleId,
-    'GETDOWN_RESOURCE_DIR': getdown_resource_dir,
-    'GETDOWN_DIST_DIR': getdown_app_dir,
-    'GETDOWN_ALT_DIR': getdown_app_dir_alt,
-    'GETDOWN_INSTALL_DIR': getdown_install_dir
-    ]
+    rename (install4jTemplate, install4jConfFileName)
+    filter(ReplaceTokens,
+      beginToken: '',
+      endToken: '',
+      tokens: [
+        '9999999999': JAVA_VERSION
+      ]
+    )
+    filter(ReplaceTokens,
+      beginToken: '$$',
+      endToken: '$$',
+      tokens: [
+        'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
+        'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
+        'VERSION': JALVIEW_VERSION,
+        'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir,
+        'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz,
+        'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir,
+        'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz,
+        'INSTALL4JINFOPLISTFILEASSOCIATIONS': install4jInfoPlistFileAssociations,
+        'COPYRIGHT_MESSAGE': install4jCopyrightMessage,
+        'MACOS_BUNDLE_ID': install4jMacOSBundleId,
+        'GETDOWN_RESOURCE_DIR': getdown_resource_dir,
+        'GETDOWN_DIST_DIR': getdown_app_dir,
+        'GETDOWN_ALT_DIR': getdown_app_dir_alt,
+        'GETDOWN_INSTALL_DIR': getdown_install_dir
+      ]
     )
-    if (OSX_KEYPASS=="") {
-      filter(ReplaceTokens, beginToken: 'codeSigning macEnabled="', endToken: '"', tokens: ['true':'codeSigning macEnabled="false"'])
-      filter(ReplaceTokens, beginToken: 'runPostProcessor="true" ',endToken: 'Processor', tokens: ['post':'runPostProcessor="false" postProcessor'])
+    if (OSX_KEYPASS == "") {
+      filter(ReplaceTokens,
+        beginToken: 'codeSigning macEnabled="',
+        endToken: '"',
+        tokens: [
+          'true': 'codeSigning macEnabled="false"'
+        ]
+      )
+      filter(ReplaceTokens,
+        beginToken: 'runPostProcessor="true" ',
+        endToken: 'Processor',
+        tokens: [
+          'post': 'runPostProcessor="false" postProcessor'
+        ]
+      )
     }
   }
   into install4jDir
-  outputs.files(install4jConf)
+  outputs.files(install4jConfFile)
 
   doLast {
     // include file associations in installer
@@ -1147,7 +1270,7 @@ task copyInstall4jTemplate(type: Copy) {
       flags: "s",
       match: '<action name="EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE".*?</action>',
       replace: installerFileAssociationsXml,
-      file: install4jConf
+      file: install4jConfFile
     )
     /*
     // include uninstaller applescript app files in dmg
@@ -1157,18 +1280,26 @@ task copyInstall4jTemplate(type: Copy) {
     flags: "s",
     match: '<file name="UNINSTALL_OLD_JALVIEW_APP_REPLACED_IN_GRADLE" file=.*?>',
     replace: installerDMGUninstallerXml,
-    file: install4jConf
+    file: install4jConfFile
     )
      */
   }
 }
 
+
+clean {
+  doFirst {
+    delete install4jConfFile
+  }
+}
+
+
 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
   group = "distribution"
   description = "Create the install4j installers"
   dependsOn getdown
   dependsOn copyInstall4jTemplate
-  projectFile = file(install4jConf)
+  projectFile = file(install4jConfFile)
   variables = [majorVersion: version.substring(2, 11), build: 001, OSX_KEYSTORE: OSX_KEYSTORE, JSIGN_SH: JSIGN_SH]
   destination = "${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/${JAVA_VERSION}"
   buildSelected = true
@@ -1181,18 +1312,13 @@ task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
     println("Using projectFile "+projectFile)
   }
 
-  inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
-  inputs.file(install4jConf)
+  inputs.dir(getdownWebsiteDir)
+  inputs.file(install4jConfFile)
   inputs.dir(macosJavaVMDir)
   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
   outputs.dir("${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/${JAVA_VERSION}")
 }
 
-clean {
-  doFirst {
-    delete install4jConf
-  }
-}
 
 task sourceDist (type: Tar) {
   
@@ -1240,49 +1366,54 @@ task sourceDist (type: Tar) {
   from(jalviewDir) {
     exclude (EXCLUDE_FILES)
     include (PROCESS_FILES)
-    filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['Version-Rel': JALVIEW_VERSION,'Year-Rel': getDate("yyyy")])
+    filter(ReplaceTokens,
+      beginToken: '$$',
+      endToken: '$$',
+      tokens: [
+        'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
+        'Year-Rel': getDate("yyyy")
+      ]
+    )
   }
   from(jalviewDir) {
     exclude (EXCLUDE_FILES)
     exclude (PROCESS_FILES)
-  exclude ("appletlib")
-  exclude ("**/*locales")
-  exclude ("*locales/**")
-  exclude ("utils/InstallAnywhere")
+    exclude ("appletlib")
+    exclude ("**/*locales")
+    exclude ("*locales/**")
+    exclude ("utils/InstallAnywhere")
 
     exclude (getdown_files_dir)
-  exclude (getdown_website_dir)
+    exclude (getdown_website_dir)
 
-  // exluding these as not using jars as modules yet
-  exclude ("${j11modDir}/**/*.jar")
-}
-//  from (jalviewDir) {
-//    // explicit includes for stuff that seemed to not get included
-//    include(fileTree("test/**/*."))
-//    exclude(EXCLUDE_FILES)
-//    exclude(PROCESS_FILES)
-//  }
+    // exluding these as not using jars as modules yet
+    exclude ("${j11modDir}/**/*.jar")
+  }
+  //  from (jalviewDir) {
+  //    // explicit includes for stuff that seemed to not get included
+  //    include(fileTree("test/**/*."))
+  //    exclude(EXCLUDE_FILES)
+  //    exclude(PROCESS_FILES)
+  //  }
 }
 
+
 task helppages  {
   dependsOn copyHelp
   dependsOn pubhtmlhelp
   
-  inputs.dir("${classes}/${helpDir}")
-  outputs.dir("${helpOutputDir}")
+  inputs.dir("${classesDir}/${helpDir}")
+  outputs.dir("${buildDir}/distributions/${helpDir}")
 }
 
-def jalviewjsBuildDir
-def jalviewjsSiteDir
-def jalviewjsTransferSiteDir
-task jalviewjsSitePath {
-  def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
-  jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
-  jalviewjsSiteDir = "${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}"
-  jalviewjsTransferSiteDir = "${jalviewjsBuildDir}/tmp/site"
+
+task j2sSetHeadlessBuild {
+  doFirst {
+    IN_ECLIPSE = false
+  }
 }
 
-def eclipseWorkspace
+
 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
   def propKey = "jalviewjs_eclipse_workspace"
   def propVal = null
@@ -1297,16 +1428,17 @@ task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
   def eclipseWsDir = propVal
   def props = new Properties()
 
+  def writeProps = true
   if (( eclipseWsDir == null || !file(eclipseWsDir).exists() ) && propsFile.exists()) {
     def ins = new FileInputStream(propsFileName)
     props.load(ins)
     ins.close()
     if (props.getProperty(propKey, null) != null) {
       eclipseWsDir = props.getProperty(propKey)
+      writeProps = false
     }
   }
 
-  def writeProps = false
   if (eclipseWsDir == null || !file(eclipseWsDir).exists()) {
     def tempDir = File.createTempDir()
     eclipseWsDir = tempDir.getAbsolutePath()
@@ -1315,6 +1447,14 @@ task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
   eclipseWorkspace = file(eclipseWsDir)
 
   doFirst {
+    // do not run a headless transpile when we claim to be in Eclipse
+    if (IN_ECLIPSE) {
+      println("Skipping task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
+      throw new StopExecutionException("Not running headless transpile whilst IN_ECLIPSE is '${IN_ECLIPSE}'")
+    } else {
+      println("Running task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
+    }
+
     if (writeProps) {
       props.setProperty(propKey, eclipseWsDir)
       propsFile.parentFile.mkdirs()
@@ -1322,20 +1462,20 @@ task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
       props.store(bytes, null)
       def propertiesString = bytes.toString()
       propsFile.text = propertiesString
+      print("NEW ")
+    } else {
+      print("EXISTING ")
     }
 
     println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
   }
 
-  inputs.property(propKey, eclipseWsDir)
+  //inputs.property(propKey, eclipseWsDir) // eclipseWsDir only gets set once this task runs, so will be out-of-date
   outputs.file(propsFileName)
+  outputs.upToDateWhen { eclipseWorkspace.exists() && propsFile.exists() }
 }
 
 
-def eclipseBinary
-def eclipseVersion
-def eclipseDebug = false
-def eclipseVersionSuffix = ""
 task jalviewjsEclipsePaths {
   def eclipseProduct
 
@@ -1349,7 +1489,7 @@ task jalviewjsEclipsePaths {
     eclipseProduct = "${eclipseRoot}/Contents/Eclipse/.eclipseproduct"
   } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
     if (file("${eclipseRoot}/eclipse").isDirectory() && file("${eclipseRoot}/eclipse/.eclipseproduct").exists()) {
-      eclipseRoot += "/eclipse"
+      eclipseRoot += "/eclipse.exe"
     }
     eclipseBinary = "${eclipseRoot}/eclipse"
     eclipseProduct = "${eclipseRoot}/.eclipseproduct"
@@ -1361,7 +1501,7 @@ task jalviewjsEclipsePaths {
     eclipseProduct = "${eclipseRoot}/.eclipseproduct"
   }
 
-  eclipseVersion = "4.12" // default
+  eclipseVersion = "4.13" // default
   def assumedVersion = true
   if (file(eclipseProduct).exists()) {
     def fis = new FileInputStream(eclipseProduct)
@@ -1371,57 +1511,32 @@ task jalviewjsEclipsePaths {
     fis.close()
     assumedVersion = false
   }
-  /*
-  String[] v = eclipseVersion.split("\\.")
-  def v0 = Integer.valueOf(v[0])
-  def v1 = Integer.valueOf(v[1])
-  if (v0 < 4 || ( v0 == 4 && v1 < 13 )) {
-    eclipseVersionSuffix = "_4.12"
-  } else {
-    eclipseVersionSuffix = "_4.13"
-  }
-  */
-
   
   def propKey = "eclipse_debug"
   eclipseDebug = (project.hasProperty(propKey) && project.getProperty(propKey).equals("true"))
 
   doFirst {
+    // do not run a headless transpile when we claim to be in Eclipse
+    if (IN_ECLIPSE) {
+      println("Skipping task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
+      throw new StopExecutionException("Not running headless transpile whilst IN_ECLIPSE is '${IN_ECLIPSE}'")
+    } else {
+      println("Running task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
+    }
+
     if (!assumedVersion) {
       println("ECLIPSE VERSION=${eclipseVersion}")
     }
   }
 }
 
+
 task eclipseSetup {
   dependsOn eclipseProject
   dependsOn eclipseClasspath
   dependsOn eclipseJdt
 }
 
-/* using the Copy task below
-task OLDjalviewjsEclipseCopyDropins {
-  dependsOn jalviewjsEclipsePaths
-  dependsOn jalviewjsCleanEclipse
-  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_eclipse_dropins_dir}", include: "*.jar")
-  inputFiles += file(jalviewjs_j2s_plugin)
-  def outputDir = "${buildDir}/jalviewjs
-
-  inputs.files inputFiles
-  inputFiles.each { file ->
-    outputs.file("${outputDir}/${file.name}")
-  }
-
-  doLast {
-    inputFiles.each { file ->
-      copy {
-        from file
-        into outputDir
-      }
-    }
-  }
-}
-*/
 
 // this version (type: Copy) will delete anything in the eclipse dropins folder that isn't in fromDropinsDir
 task jalviewjsEclipseCopyDropins(type: Copy) {
@@ -1435,6 +1550,7 @@ task jalviewjsEclipseCopyDropins(type: Copy) {
   into outputDir
 }
 
+
 // this eclipse -clean doesn't actually work
 task jalviewjsCleanEclipse(type: Exec) {
   dependsOn eclipseSetup
   def inputByteStream = new ByteArrayInputStream(inputString.getBytes())
   standardInput = inputByteStream
 }
+
 /* not really working yet
 jalviewjsEclipseCopyDropins.finalizedBy jalviewjsCleanEclipse
 */
 
-task jalviewjsUnzipFiles {
-  dependsOn jalviewjsSitePath
 
+task jalviewjsTransferUnzipSwingJs {
+  def file_zip = "${jalviewDir}/${jalviewjs_swingjs_zip}"
+
+  doLast {
+    copy {
+      from zipTree(file_zip)
+      into "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}"
+    }
+  }
+
+  inputs.file file_zip
+  outputs.dir "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}"
+}
+
+
+task jalviewjsTransferUnzipLib {
   def zipFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_libjs_dir}", include: "*.zip")
-  zipFiles += "${jalviewDir}/${jalviewjs_swingjs_zip}"
 
   doLast {
     zipFiles.each { file_zip -> 
       copy {
         from zipTree(file_zip)
-        into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
+        into "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}"
       }
     }
   }
 
   inputs.files zipFiles
-  outputs.dir "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
+  outputs.dir "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}"
+}
+
+
+task jalviewjsTransferUnzipAllLibs {
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipLib
 }
 
+
 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
   group "JalviewJS"
   description "Create the .j2s file from the j2s.* properties"
 
-  dependsOn jalviewjsSitePath
-
-  outputFile ("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
-  def j2s_props = project.properties.findAll { it.key.startsWith("j2s.") }.sort { it.key }
+  jalviewjsJ2sProps = project.properties.findAll { it.key.startsWith("j2s.") }.sort { it.key }
   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
   def setSiteDir = false
-  j2s_props.each { prop, val ->
+  jalviewjsJ2sProps.each { prop, val ->
     if (val != null) {
       if (prop == siteDirProperty) {
         if (!(val.startsWith('/') || val.startsWith("file://") )) {
-          val = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}/${val}"
+          val = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}/${val}"
         }
         setSiteDir = true
       }
       property(prop,val)
     }
     if (!setSiteDir) { // default site location, don't override specifically set property
-      property(siteDirProperty,"${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}")
+      property(siteDirProperty,"${jalviewDirRelativePath}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}")
     }
   }
-  inputs.properties(j2s_props)
-  outputs.file(outputFile)
+  outputFile = jalviewjsJ2sSettingsFileName
+
+  if (! IN_ECLIPSE) {
+    inputs.properties(jalviewjsJ2sProps)
+    outputs.file(jalviewjsJ2sSettingsFileName)
+  }
 }
 
+
 task jalviewjsEclipseSetup {
   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
   dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 }
 
+
+task jalviewjsSyncAllLibs (type: Sync) {
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipAllLibs
+  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}")
+  inputFiles += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}")
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
+
+  from inputFiles
+  into outputDir
+  def outputFiles = []
+  rename { filename ->
+    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
+    null
+  }
+  preserve {
+    include "**"
+  }
+  outputs.files outputFiles
+  inputs.files inputFiles
+}
+
+
 task jalviewjsSyncResources (type: Sync) {
-  dependsOn jalviewjsSitePath
-  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${resourceDir}")
+  def inputFiles = fileTree(dir: resourceDir)
   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 
   from inputFiles
@@ -1530,8 +1690,8 @@ task jalviewjsSyncResources (type: Sync) {
   inputs.files inputFiles
 }
 
+
 task jalviewjsSyncSiteResources (type: Sync) {
-  dependsOn jalviewjsSitePath
   def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_site_resource_dir}")
   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 
@@ -1549,34 +1709,85 @@ task jalviewjsSyncSiteResources (type: Sync) {
   inputs.files inputFiles
 }
 
+
+task jalviewjsSyncBuildProperties (type: Sync) {
+  dependsOn createBuildProperties
+  def inputFiles = [file(buildProperties)]
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
+
+  from inputFiles
+  into outputDir
+  def outputFiles = []
+  rename { filename ->
+    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
+    null
+  }
+  preserve {
+    include "**"
+  }
+  outputs.files outputFiles
+  inputs.files inputFiles
+}
+
+
 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
   dependsOn eclipseSetup
   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 
-  def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
+  doFirst {
+    // do not run a headless import when we claim to be in Eclipse
+    if (IN_ECLIPSE) {
+      println("Skipping task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
+      throw new StopExecutionException("Not running headless import whilst IN_ECLIPSE is '${IN_ECLIPSE}'")
+    } else {
+      println("Running task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
+    }
+  }
+
+  //def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
+  def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview"
   executable(eclipseBinary)
   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
   if (eclipseDebug) {
     args += "-debug"
   }
   args += [ "--launcher.appendVmargs", "-vmargs", "-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}" ]
+  if (!IN_ECLIPSE) {
+    args += [ "-D${j2sHeadlessBuildProperty}=true" ]
+  }
 
   inputs.file("${jalviewDir}/.project")
-  outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
+  outputs.upToDateWhen { 
+    file(projdir).exists()
+  }
 }
 
+
 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
   dependsOn jalviewjsEclipseSetup 
   dependsOn jalviewjsProjectImport
   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 
+  doFirst {
+    // do not run a headless transpile when we claim to be in Eclipse
+    if (IN_ECLIPSE) {
+      println("Skipping task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
+      throw new StopExecutionException("Not running headless transpile whilst IN_ECLIPSE is '${IN_ECLIPSE}'")
+    } else {
+      println("Running task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
+    }
+  }
+
   executable(eclipseBinary)
   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-${jalviewjs_eclipse_build_arg}", eclipse_project_name ])
   if (eclipseDebug) {
     args += "-debug"
   }
   args += [ "--launcher.appendVmargs", "-vmargs", "-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}" ]
+  if (!IN_ECLIPSE) {
+    args += [ "-D${j2sHeadlessBuildProperty}=true" ]
+  }
 
   def stdout
   def stderr
@@ -1584,7 +1795,7 @@ task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
     stdout = new ByteArrayOutputStream()
     stderr = new ByteArrayOutputStream()
 
-    def logOutFileName = "${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"
+    def logOutFileName = "${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_transpile_stdout}"
     def logOutFile = file(logOutFileName)
     logOutFile.createNewFile()
     logOutFile.text = """ROOT: ${jalviewjs_eclipse_root}
@@ -1595,10 +1806,6 @@ DEBUG: ${eclipseDebug}
 ----
 """
     def logOutFOS = new FileOutputStream(logOutFile, true) // true == append
-    //def logErrFileName = "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"
-    //def logErrFile = file(logFileName)
-    //logErrFile.createNewFile()
-    //def logErrFOS = new FileErrputStream(logErrFile, false)
     // combine stdout and stderr
     def logErrFOS = logOutFOS
 
@@ -1626,24 +1833,300 @@ DEBUG: ${eclipseDebug}
   doLast {
     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
       // j2s did not complete transpile
-      throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log file '${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}'")
+      //throw new TaskExecutionException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log file '${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_transpile_stdout}'")
+      throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log file '${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_transpile_stdout}'")
     }
   }
 
   inputs.dir("${jalviewDir}/${sourceDir}")
-  outputs.dir("${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}")
-  outputs.upToDateWhen( { file("${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}${jalviewjs_server_resource}").exists() } )
+  outputs.dir("${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}")
+  outputs.upToDateWhen( { file("${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}${jalviewjs_server_resource}").exists() } )
+}
+
+
+def jalviewjsCallCore(String name, FileCollection list, String prefixFile, String suffixFile, String jsfile, String zjsfile, File logOutFile, Boolean logOutConsole) {
+
+  def stdout = new ByteArrayOutputStream()
+  def stderr = new ByteArrayOutputStream()
+
+  def coreFile = file(jsfile)
+  def msg = ""
+  msg = "Creating core for ${name}...\nGenerating ${jsfile}"
+  println(msg)
+  logOutFile.createNewFile()
+  logOutFile.append(msg+"\n")
+
+  def coreTop = file(prefixFile)
+  def coreBottom = file(suffixFile)
+  coreFile.getParentFile().mkdirs()
+  coreFile.createNewFile()
+  coreFile.write( coreTop.text )
+  list.each {
+    f ->
+    if (f.exists()) {
+      def t = f.text
+      t.replaceAll("Clazz\\.([^_])","Clazz_${1}")
+      coreFile.append( t )
+    } else {
+      msg = "...file '"+f.getPath()+"' does not exist, skipping"
+      println(msg)
+      logOutFile.append(msg+"\n")
+    }
+  }
+  coreFile.append( coreBottom.text )
+
+  msg = "Generating ${zjsfile}"
+  println(msg)
+  logOutFile.append(msg+"\n")
+  def logOutFOS = new FileOutputStream(logOutFile, true) // true == append
+  def logErrFOS = logOutFOS
+
+  javaexec {
+    classpath = files(["${jalviewDir}/tools/closure_compiler.jar"])
+    args = [ "--js", jsfile, "--js_output_file", zjsfile ]
+    maxHeapSize = "2g"
+
+    msg = "\nRunning '"+commandLine.join(' ')+"'\n"
+    println(msg)
+    logOutFile.append(msg+"\n")
+
+    if (logOutConsole) {
+      standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
+        new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
+          logOutFOS,
+          stdout),
+        standardOutput)
+        errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
+          new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
+            logErrFOS,
+            stderr),
+          errorOutput)
+    } else {
+      standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
+        logOutFOS,
+        stdout)
+        errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
+          logErrFOS,
+          stderr)
+    }
+  }
+  msg = "--"
+  println(msg)
+  logOutFile.append(msg+"\n")
 }
 
-task jalviewjsCopyTransferSite(type: Copy) {
+
+task jalviewjsBuildAllCores {
+  group "JalviewJS"
+  description "Build the core js lib closures listed in the classlists dir"
   dependsOn jalviewjsTranspile
-  from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}"
+  dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
+
+  def j2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
+  def swingJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
+  def libJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
+  def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
+  def prefixFile = "${jsDir}/core/coretop2.js"
+  def suffixFile = "${jsDir}/core/corebottom2.js"
+
+  inputs.file prefixFile
+  inputs.file suffixFile
+
+  def classlistFiles = []
+  // add the classlists found int the jalviewjs_classlists_dir
+  fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_classlists_dir}", include: "*.txt").each {
+    file ->
+    def name = file.getName() - ".txt"
+    classlistFiles += [
+      'file': file,
+      'name': name
+    ]
+  }
+
+  // _jmol and _jalview cores. Add any other peculiar classlist.txt files here
+  //classlistFiles += [ 'file': file("${jalviewDir}/${jalviewjs_classlist_jmol}"), 'name': "_jvjmol" ]
+  classlistFiles += [ 'file': file("${jalviewDir}/${jalviewjs_classlist_jalview}"), 'name': jalviewjsJalviewCoreName ]
+
+  jalviewjsCoreClasslists = []
+
+  classlistFiles.each {
+    hash ->
+
+    def file = hash['file']
+    if (! file.exists()) {
+      println("...classlist file '"+file.getPath()+"' does not exist, skipping")
+      return false // this is a "continue" in groovy .each closure
+    }
+    def name = hash['name']
+    if (name == null) {
+      name = file.getName() - ".txt"
+    }
+
+    def filelist = []
+    file.eachLine {
+      line ->
+        filelist += line
+    }
+    def list = fileTree(dir: j2sDir, includes: filelist)
+
+    def jsfile = "${outputDir}/core${name}.js"
+    def zjsfile = "${outputDir}/core${name}.z.js"
+
+    jalviewjsCoreClasslists += [
+      'jsfile': jsfile,
+      'zjsfile': zjsfile,
+      'list': list,
+      'name': name
+    ]
+
+    inputs.file(file)
+    inputs.files(list)
+    outputs.file(jsfile)
+    outputs.file(zjsfile)
+  }
+  
+  // _stevesoft core. add any cores without a classlist here (and the inputs and outputs)
+  def stevesoftClasslistName = "_stevesoft"
+  def stevesoftClasslist = [
+    'jsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.js",
+    'zjsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.z.js",
+    'list': fileTree(dir: j2sDir, include: "com/stevesoft/pat/**/*.js"),
+    'name': stevesoftClasslistName
+  ]
+  jalviewjsCoreClasslists += stevesoftClasslist
+  inputs.files(stevesoftClasslist['list'])
+  outputs.file(stevesoftClasslist['jsfile'])
+  outputs.file(stevesoftClasslist['zjsfile'])
+
+  // _all core
+  def allClasslistName = "_all"
+  def allJsFiles = fileTree(dir: j2sDir, include: "**/*.js")
+  allJsFiles += fileTree(
+    dir: libJ2sDir,
+    include: "**/*.js",
+    excludes: [
+      // these exlusions are files that the closure-compiler produces errors for. Should fix them
+      "**/org/jmol/jvxl/readers/IsoIntersectFileReader.js",
+      "**/org/jmol/export/JSExporter.js"
+    ]
+  )
+  allJsFiles += fileTree(
+    dir: swingJ2sDir,
+    include: "**/*.js",
+    excludes: [
+      // these exlusions are files that the closure-compiler produces errors for. Should fix them
+      "**/sun/misc/Unsafe.js",
+      "**/swingjs/jquery/jquery-editable-select.js",
+      "**/swingjs/jquery/j2sComboBox.js",
+      "**/sun/misc/FloatingDecimal.js"
+    ]
+  )
+  def allClasslist = [
+    'jsfile': "${outputDir}/core${allClasslistName}.js",
+    'zjsfile': "${outputDir}/core${allClasslistName}.z.js",
+    'list': allJsFiles,
+    'name': allClasslistName
+  ]
+  jalviewjsCoreClasslists += allClasslist
+  inputs.files(allClasslist['list'])
+  outputs.file(allClasslist['jsfile'])
+  outputs.file(allClasslist['zjsfile'])
+
+  doFirst {
+    def logOutFile = file("${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_closure_stdout}")
+    logOutFile.getParentFile().mkdirs()
+    logOutFile.createNewFile()
+    logOutFile.write(getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")+" jalviewjsBuildAllCores\n----\n")
+
+    jalviewjsCoreClasslists.each {
+      jalviewjsCallCore(it.name, it.list, prefixFile, suffixFile, it.jsfile, it.zjsfile, logOutFile, jalviewjs_j2s_to_console.equals("true"))
+    }
+  }
+
+}
+
+
+def jalviewjsPublishCoreTemplate(String coreName, String templateName, File inputFile, String outputFile) {
+  copy {
+    from inputFile
+    into file(outputFile).getParentFile()
+    rename { filename ->
+      if (filename.equals(inputFile.getName())) {
+        return file(outputFile).getName()
+      }
+      return null
+    }
+    filter(ReplaceTokens,
+      beginToken: '_',
+      endToken: '_',
+      tokens: [
+        'MAIN': '"'+mainClass+'"',
+        'CODE': "null",
+        'NAME': jalviewjsJalviewTemplateName+" [core ${coreName}]",
+        'COREKEY': jalviewjs_core_key,
+        'CORENAME': coreName
+      ]
+    )
+  }
+}
+
+
+task jalviewjsPublishCoreTemplates {
+  dependsOn jalviewjsBuildAllCores
+  def inputFileName = "${jalviewDir}/${j2s_coretemplate_html}"
+  def inputFile = file(inputFileName)
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
+
+  def outputFiles = []
+  jalviewjsCoreClasslists.each { cl ->
+    def outputFile = "${outputDir}/${jalviewjsJalviewTemplateName}_${cl.name}.html"
+    cl['outputfile'] = outputFile
+    outputFiles += outputFile
+  }
+
+  doFirst {
+    jalviewjsCoreClasslists.each { cl ->
+      jalviewjsPublishCoreTemplate(cl.name, jalviewjsJalviewTemplateName, inputFile, cl.outputfile)
+    }
+  }
+  inputs.file(inputFile)
+  outputs.files(outputFiles)
+}
+
+
+task jalviewjsSyncCore (type: Sync) {
+  dependsOn jalviewjsBuildAllCores
+  dependsOn jalviewjsPublishCoreTemplates
+  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}")
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
+
+  from inputFiles
+  into outputDir
+  def outputFiles = []
+  rename { filename ->
+    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
+    null
+  }
+  preserve {
+    include "**"
+  }
+  outputs.files outputFiles
+  inputs.files inputFiles
+}
+
+
+// this Copy version of TransferSiteJs will delete anything else in the target dir
+task jalviewjsCopyTransferSiteJs(type: Copy) {
+  dependsOn jalviewjsTranspile
+  from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
   into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 }
 
-// this Sync version is used by buildship to keep the website automatically up to date when a file changes
-task jalviewjsSyncTransferSite(type: Sync) {
-  from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}"
+
+// this Sync version of TransferSite is used by buildship to keep the website automatically up to date when a file changes
+task jalviewjsSyncTransferSiteJs(type: Sync) {
+  from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
   include "**/*.*"
   into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
   preserve {
@@ -1651,37 +2134,48 @@ task jalviewjsSyncTransferSite(type: Sync) {
   }
 }
 
-jalviewjsUnzipFiles.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSite
-jalviewjsSyncResources.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSite
-jalviewjsSyncSiteResources.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSite
 
-jalviewjsUnzipFiles.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSite
-jalviewjsSyncResources.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSite
-jalviewjsSyncSiteResources.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSite
+jalviewjsSyncAllLibs.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
+jalviewjsSyncResources.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
+jalviewjsSyncSiteResources.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
+jalviewjsSyncBuildProperties.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
+
+jalviewjsSyncAllLibs.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
+jalviewjsSyncResources.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
+jalviewjsSyncSiteResources.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
+jalviewjsSyncBuildProperties.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
+
 
 task jalviewjsPrepareSite {
   group "JalviewJS"
   description "Prepares the website folder including unzipping files and copying resources"
-  dependsOn jalviewjsSitePath
-  dependsOn jalviewjsUnzipFiles
+  dependsOn jalviewjsSyncAllLibs
   dependsOn jalviewjsSyncResources
   dependsOn jalviewjsSyncSiteResources
+  dependsOn jalviewjsSyncBuildProperties
+  dependsOn jalviewjsSyncCore
 }
 
+
 task jalviewjsBuildSite {
   group "JalviewJS"
   description "Builds the whole website including transpiled code"
-  dependsOn jalviewjsCopyTransferSite
+  dependsOn jalviewjsCopyTransferSiteJs
   dependsOn jalviewjsPrepareSite
 }
 
+
 task cleanJalviewjsSite {
   doFirst {
-    delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}"
+    delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
+    delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}"
+    delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}"
+    delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
   }
 }
 
+
 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
   group "JalviewJS"
   description "Creates a tar.gz file for the website"
@@ -1701,11 +2195,11 @@ task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
   inputs.dir("${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}")
 }
 
+
 task jalviewjsServer {
   group "JalviewJS"
   def filename = "jalviewjsTest.html"
   description "Starts a webserver on localhost to test the website. See ${filename} to access local site on most recently used port."
-  dependsOn jalviewjsSitePath
   def htmlFile = "${jalviewDirAbsolutePath}/${filename}"
   doLast {
 
@@ -1714,32 +2208,42 @@ task jalviewjsServer {
     def start = port
     def running = false
     def url
+    def jalviewjsServer
     while(port < start+1000 && !running) {
       try {
         def doc_root = new File("${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsSiteDir}")
-        def jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
+        jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
         running = true
         url = jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)
         println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.")
         println("Go to "+url+" . Run  gradle --stop  to stop (kills all gradle daemons).")
         println("For debug: "+url+"?j2sdebug")
-
-        file(htmlFile).text = """
-        <p><a href="${url}">Jalview JS Test. &lt;${url}&gt;</a></p>
-        <p><a href="${url}?j2sdebug">Jalview JS Test with debug. &lt;${url}?j2sdebug&lt;</a></p>
-        """
-
+        println("For verbose: "+url+"?j2sverbose")
       } catch (Exception e) {
         port++;
       }
     }
+    def htmlText = """
+      <p><a href="${url}">JalviewJS Test. &lt;${url}&gt;</a></p>
+      <p><a href="${url}?j2sdebug">JalviewJS Test with debug. &lt;${url}?j2sdebug&gt;</a></p>
+      <p><a href="${url}?j2sverbose">JalviewJS Test with verbose. &lt;${url}?j2sdebug&gt;</a></p>
+      """
+    jalviewjsCoreClasslists.each { cl ->
+      def urlcore = jalviewjsServer.getResourceUrl(file(cl.outputfile).getName())
+      htmlText += """
+      <p><a href="${urlcore}">${jalviewjsJalviewTemplateName} [core ${cl.name}]. &lt;${urlcore}&gt;</a></p>
+      """
+      println("For core ${cl.name}: "+urlcore)
+    }
 
+    file(htmlFile).text = htmlText
   }
 
   outputs.file(htmlFile)
   outputs.upToDateWhen({false})
 }
 
+
 task cleanJalviewjsAll {
   group "JalviewJS"
   description "Delete all configuration and build artifacts to do with JalviewJS build"
@@ -1758,51 +2262,132 @@ task cleanJalviewjsAll {
   outputs.upToDateWhen( { false } )
 }
 
-task jalviewjs {
-  group "JalviewJS"
-  description "Build the site"
-  dependsOn jalviewjsBuildSite
-}
 
+task jalviewjsIDE_checkJ2sPlugin {
+  group "00 JalviewJS in Eclipse"
+  description "Compare the swingjs/net.sf.j2s.core.jar file with the Eclipse IDE's plugin version (found in the 'dropins' dir)"
 
-task jalviewjsIDE_CopyTransferSite(type: Copy) {
-  from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}"
-  into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
+  doFirst {
+    def j2sPlugin = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_plugin}")
+    def j2sPluginFile = file(j2sPlugin)
+    def eclipseHome = System.properties["eclipse.home.location"]
+    def copyPlugin = jalviewjs_eclipseIDE_auto_copy_j2s_plugin == "true"
+    def doCopy = false
+    if (eclipseHome == null || ! IN_ECLIPSE) {
+      throw new StopExecutionException("Cannot find running Eclipse home from System.properties['eclipse.home.location']. Skipping J2S Plugin Check.")
+    }
+    def eclipseJ2sPlugin = "${eclipseHome}/dropins/${j2sPluginFile.getName()}"
+    def eclipseJ2sPluginFile = file(eclipseJ2sPlugin)
+    if (!eclipseJ2sPluginFile.exists()) {
+      def msg = "Eclipse J2S Plugin is not installed"
+      println(msg)
+      if (! copyPlugin) {
+        throw new GradleException(msg)
+      }
+      doCopy = true
+    }
+
+    def digest = MessageDigest.getInstance("MD5")
+
+    digest.update(j2sPluginFile.text.bytes)
+    def j2sPluginMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16).padLeft(32, '0')
+
+    digest.update(eclipseJ2sPluginFile.text.bytes)
+    def eclipseJ2sPluginMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16).padLeft(32, '0')
+     
+    if (j2sPluginMd5 != eclipseJ2sPluginMd5) {
+      def msg = "WARNING! Eclipse J2S Plugin '${eclipseJ2sPlugin}' is different to this commit's version '${j2sPlugin}'"
+      println(msg)
+      if (! copyPlugin) {
+        throw new StopExecutionException(msg)
+      }
+      doCopy = true
+    }
+
+    if (doCopy) {
+      def msg = "WARNING! Auto-copying this commit's j2s plugin version '${j2sPlugin}' to Eclipse J2S Plugin '${eclipseJ2sPlugin}'\n         May require an Eclipse restart"
+      println(msg)
+      copy {
+        from j2sPlugin
+        eclipseJ2sPluginFile.getParentFile().mkdirs()
+        into eclipseJ2sPluginFile.getParent()
+      }
+    } else {
+      def msg = "Eclipse J2S Plugin is the same as '${j2sPlugin}'"
+      println(msg)
+    }
+  }
 }
 
-task jalviewjsIDE_j2s {
+
+task jalviewjsIDE_j2sFile {
   group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Creates the .j2s file"
   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 }
 
+
+task jalviewjsIDE_SyncCore {
+  group "00 JalviewJS in Eclipse"
+  description "Build the core js lib closures listed in the classlists dir and publish core html from template"
+  dependsOn jalviewjsSyncCore
+}
+
+
+task jalviewjsIDE_PrepareSite {
+  group "00 JalviewJS in Eclipse"
+  description "Sync libs and resources to site dir, but not closure cores"
+  dependsOn jalviewjsSyncAllLibs
+  dependsOn jalviewjsSyncResources
+  dependsOn jalviewjsSyncSiteResources
+  dependsOn jalviewjsSyncBuildProperties
+}
+
+
 task jalviewjsIDE_AssembleSite {
   group "00 JalviewJS in Eclipse"
-  description "Assembles the Eclipse transpiled site and unzips supporting zipfiles"
-  dependsOn jalviewjsIDE_CopyTransferSite
+  description "Assembles unzipped supporting zipfiles, resources, site resources and closure cores into the Eclipse transpiled site"
   dependsOn jalviewjsPrepareSite
 }
 
+
 task jalviewjsIDE_SiteClean {
   group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Deletes the Eclipse transpiled site"
   dependsOn cleanJalviewjsSite
 }
 
+
 task jalviewjsIDE_Server {
   group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Starts a webserver on localhost to test the website"
   dependsOn jalviewjsServer
 }
 
-// buildship runs this at import
+
+// buildship runs this at import or gradle refresh
 task eclipseSynchronizationTask {
-  dependsOn eclipseSetup
-  dependsOn jalviewjsIDE_j2s
+  //dependsOn eclipseSetup
+  dependsOn jalviewjsIDE_j2sFile
+  dependsOn jalviewjsIDE_checkJ2sPlugin
 }
 
-// buildship runs this at build time
+
+// buildship runs this at build time or project refresh
 task eclipseAutoBuildTask {
-  dependsOn jalviewjsSyncTransferSite
-  dependsOn jalviewjsPrepareSite
+  //dependsOn jalviewjsIDE_checkJ2sPlugin
+  dependsOn jalviewjsIDE_PrepareSite
+}
+
+
+
+
+
+
+
+
+task jalviewjs {
+  group "JalviewJS"
+  description "Build the site"
+  dependsOn jalviewjsBuildSite
 }