git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-1925 update source version in license
[jalview.git] / examples / exampleFeatures.txt
diff --git a/examples/exampleFeatures.txt b/examples/exampleFeatures.txt
index ed69412..27e4d46 100755 (executable)
--- a/examples/exampleFeatures.txt
+++ b/examples/exampleFeatures.txt
@@ -1,6 +1,6 @@
 #-------------------------------------------------------------------------------
-# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
-# Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
+# Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
 # 
 # This file is part of Jalview.
 # 
@@ -14,6 +14,7 @@
 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
 # 
 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+# The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
 #-------------------------------------------------------------------------------
 ST-TURN-IIL    705b23
 GAMMA-TURN-CLASSIC     788763
@@ -23,7 +24,7 @@ BETA-BULGE    1dc451
 Pfam   dc206a
 PHOSPHORYLATION (S)    b974a5
 PHOSPHORYLATION (Y)    7d3881
-Cath   93b1d2
+Cath   93b1d1
 ASX-TURN-IR    4ccc6e
 BETA-BULGE-LOOP-5      4066da
 CATMAT-4       4dc465
@@ -43,70 +44,70 @@ BETA-TURN-IIL       8b5b50
 ST-MOTIF       ac25a1
 
 STARTGROUP     uniprot
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      44      44      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      44      44      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_CAPAA       -1      3       93      Cath
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_CAPAN       -1      45      140     Cath
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_SOLLC      -1      45      140     Cath
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q93XJ9_SOLTU    -1      45      140     Cath
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      96      96      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      96      96      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_PEA        -1      50      145     Cath
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 63_13</a></html>       Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q7XA98_TRIPR    -1      53      148     Cath
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 59_13</a></html>       FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_MESCR      -1      49      144     Cath
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      89      89      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      94      94      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      97      97      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      89      89      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      94      94      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      97      97      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 58_13</a></html>       FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_SPIOL      -1      48      143     Cath
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      47      47      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      47      47      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER3_RAPSA      -1      3       93      Cath
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_BRANA       -1      2       96      Cath
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER2_ARATH      -1      50      145     Cath
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_11</a></html>       Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q93Z60_ARATH    -1      52      118     Cath
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      96      96      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      99      99      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      96      96      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      99      99      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_MAIZE      -1      50      145     Cath
 <html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 52_12</a></html>       O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam