Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into bug/JAL-2830_editManglesDatase...
[jalview.git] / getdown / src / getdown / core / src / main / java / com / threerings / getdown / data / Application.java
diff --git a/getdown/src/getdown/core/src/main/java/com/threerings/getdown/data/Application.java b/getdown/src/getdown/core/src/main/java/com/threerings/getdown/data/Application.java
new file mode 100644 (file)
index 0000000..0de5c8a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,1963 @@
+//
+// Getdown - application installer, patcher and launcher
+// Copyright (C) 2004-2018 Getdown authors
+// https://github.com/threerings/getdown/blob/master/LICENSE
+
+package com.threerings.getdown.data;
+
+import java.io.*;
+import java.lang.reflect.Method;
+import java.net.MalformedURLException;
+import java.net.Proxy;
+import java.net.URL;
+import java.net.URLClassLoader;
+import java.net.URLConnection;
+import java.net.URLEncoder;
+import java.nio.channels.FileChannel;
+import java.nio.channels.FileLock;
+import java.nio.channels.OverlappingFileLockException;
+import java.security.*;
+import java.security.cert.Certificate;
+import java.util.*;
+import java.util.concurrent.*;
+import java.util.regex.Matcher;
+import java.util.regex.Pattern;
+import java.util.zip.GZIPInputStream;
+import com.sun.management.OperatingSystemMXBean;
+import java.lang.management.ManagementFactory;
+
+import jalview.bin.MemorySetting;
+
+import com.threerings.getdown.util.*;
+// avoid ambiguity with java.util.Base64 which we can't use as it's 1.8+
+import com.threerings.getdown.util.Base64;
+
+import com.threerings.getdown.data.EnvConfig;
+import com.threerings.getdown.data.EnvConfig.Note;
+
+import static com.threerings.getdown.Log.log;
+import static java.nio.charset.StandardCharsets.UTF_8;
+
+/**
+ * Parses and provide access to the information contained in the <code>getdown.txt</code>
+ * configuration file.
+ */
+public class Application
+{
+    /** The name of our configuration file. */
+    public static final String CONFIG_FILE = "getdown.txt";
+
+    /** The name of our target version file. */
+    public static final String VERSION_FILE = "version.txt";
+
+    /** System properties that are prefixed with this string will be passed through to our
+     * application (minus this prefix). */
+    public static final String PROP_PASSTHROUGH_PREFIX = "app.";
+
+    /** Suffix used for control file signatures. */
+    public static final String SIGNATURE_SUFFIX = ".sig";
+
+    /** A special classname that means 'use -jar code.jar' instead of a classname. */
+    public static final String MANIFEST_CLASS = "manifest";
+
+    /** Used to communicate information about the UI displayed when updating the application. */
+    public static final class UpdateInterface
+    {
+        /**
+         * The major steps involved in updating, along with some arbitrary percentages
+         * assigned to them, to mark global progress.
+         */
+        public enum Step
+        {
+            UPDATE_JAVA(10),
+            VERIFY_METADATA(15, 65, 95),
+            DOWNLOAD(40),
+            PATCH(60),
+            VERIFY_RESOURCES(70, 97),
+            REDOWNLOAD_RESOURCES(90),
+            UNPACK(98),
+            LAUNCH(99);
+
+            /** What is the final percent value for this step? */
+            public final List<Integer> defaultPercents;
+
+            /** Enum constructor. */
+            Step (int... percents)
+            {
+                this.defaultPercents = intsToList(percents);
+            }
+        }
+
+        /** The human readable name of this application. */
+        public final String name;
+
+        /** A background color, just in case. */
+        public final int background;
+
+        /** Background image specifiers for `RotatingBackgrounds`. */
+        public final List<String> rotatingBackgrounds;
+
+        /** The error background image for `RotatingBackgrounds`. */
+        public final String errorBackground;
+
+        /** The paths (relative to the appdir) of images for the window icon. */
+        public final List<String> iconImages;
+
+        /** The path (relative to the appdir) to a single background image. */
+        public final String backgroundImage;
+
+        /** The path (relative to the appdir) to the progress bar image. */
+        public final String progressImage;
+
+        /** The dimensions of the progress bar. */
+        public final Rectangle progress;
+
+        /** The color of the progress text. */
+        public final int progressText;
+
+        /** The color of the progress bar. */
+        public final int progressBar;
+
+        /** The dimensions of the status display. */
+        public final Rectangle status;
+
+        /** The color of the status text. */
+        public final int statusText;
+
+        /** The color of the text shadow. */
+        public final int textShadow;
+
+        /** Where to point the user for help with install errors. */
+        public final String installError;
+
+        /** The dimensions of the patch notes button. */
+        public final Rectangle patchNotes;
+
+        /** The patch notes URL. */
+        public final String patchNotesUrl;
+
+        /** Whether window decorations are hidden for the UI. */
+        public final boolean hideDecorations;
+
+        /** Whether progress text should be hidden or not. */
+        public final boolean hideProgressText;
+
+        /** The minimum number of seconds to display the GUI. This is to prevent the GUI from
+          * flashing up on the screen and immediately disappearing, which can be confusing to the
+          * user. */
+        public final int minShowSeconds;
+
+        /** The global percentages for each step. A step may have more than one, and
+         * the lowest reasonable one is used if a step is revisited. */
+        public final Map<Step, List<Integer>> stepPercentages;
+
+        /** Generates a string representation of this instance. */
+        @Override
+        public String toString ()
+        {
+            return "[name=" + name + ", bg=" + background + ", bg=" + backgroundImage +
+                ", pi=" + progressImage + ", prect=" + progress + ", pt=" + progressText +
+                ", pb=" + progressBar + ", srect=" + status + ", st=" + statusText +
+                ", shadow=" + textShadow + ", err=" + installError + ", nrect=" + patchNotes +
+                ", notes=" + patchNotesUrl + ", stepPercentages=" + stepPercentages +
+                ", hideProgressText" + hideProgressText + ", minShow=" + minShowSeconds + "]";
+        }
+
+        public UpdateInterface (Config config)
+        {
+            this.name = config.getString("ui.name");
+            this.progress = config.getRect("ui.progress", new Rectangle(5, 5, 300, 15));
+            this.progressText = config.getColor("ui.progress_text", Color.BLACK);
+            this.hideProgressText =  config.getBoolean("ui.hide_progress_text");
+            this.minShowSeconds = config.getInt("ui.min_show_seconds", 5);
+            this.progressBar = config.getColor("ui.progress_bar", 0x6699CC);
+            this.status = config.getRect("ui.status", new Rectangle(5, 25, 500, 100));
+            this.statusText = config.getColor("ui.status_text", Color.BLACK);
+            this.textShadow = config.getColor("ui.text_shadow", Color.CLEAR);
+            this.hideDecorations = config.getBoolean("ui.hide_decorations");
+            this.backgroundImage = config.getString("ui.background_image");
+            // default to black or white bg color, depending on the brightness of the progressText
+            int defaultBackground = (0.5f < Color.brightness(this.progressText)) ?
+                Color.BLACK : Color.WHITE;
+            this.background = config.getColor("ui.background", defaultBackground);
+            this.progressImage = config.getString("ui.progress_image");
+            this.rotatingBackgrounds = stringsToList(
+                config.getMultiValue("ui.rotating_background"));
+            this.iconImages = stringsToList(config.getMultiValue("ui.icon"));
+            this.errorBackground = config.getString("ui.error_background");
+
+            // On an installation error, where do we point the user.
+            String installError = config.getUrl("ui.install_error", null);
+            this.installError = (installError == null) ?
+                "m.default_install_error" : MessageUtil.taint(installError);
+
+            // the patch notes bits
+            this.patchNotes = config.getRect("ui.patch_notes", new Rectangle(5, 50, 112, 26));
+            this.patchNotesUrl = config.getUrl("ui.patch_notes_url", null);
+
+            // step progress percentage (defaults and then customized values)
+            EnumMap<Step, List<Integer>> stepPercentages = new EnumMap<>(Step.class);
+            for (Step step : Step.values()) {
+                stepPercentages.put(step, step.defaultPercents);
+            }
+            for (UpdateInterface.Step step : UpdateInterface.Step.values()) {
+                String spec = config.getString("ui.percents." + step.name());
+                if (spec != null) {
+                    try {
+                        stepPercentages.put(step, intsToList(StringUtil.parseIntArray(spec)));
+                    } catch (Exception e) {
+                        log.warning("Failed to parse percentages for " + step + ": " + spec);
+                    }
+                }
+            }
+            this.stepPercentages = Collections.unmodifiableMap(stepPercentages);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Used by {@link #verifyMetadata} to communicate status in circumstances where it needs to
+     * take network actions.
+     */
+    public static interface StatusDisplay
+    {
+        /** Requests that the specified status message be displayed. */
+        public void updateStatus (String message);
+    }
+
+    /**
+     * Contains metadata for an auxiliary resource group.
+     */
+    public static class AuxGroup {
+        public final String name;
+        public final List<Resource> codes;
+        public final List<Resource> rsrcs;
+
+        public AuxGroup (String name, List<Resource> codes, List<Resource> rsrcs) {
+            this.name = name;
+            this.codes = Collections.unmodifiableList(codes);
+            this.rsrcs = Collections.unmodifiableList(rsrcs);
+        }
+    }
+
+    /** The proxy that should be used to do HTTP downloads. This must be configured prior to using
+      * the application instance. Yes this is a public mutable field, no I'm not going to create a
+      * getter and setter just to pretend like that's not the case. */
+    public Proxy proxy = Proxy.NO_PROXY;
+
+    /**
+     * Creates an application instance which records the location of the <code>getdown.txt</code>
+     * configuration file from the supplied application directory.
+     *
+     */
+    public Application (EnvConfig envc) {
+        _envc = envc;
+        _config = getLocalPath(envc.appDir, CONFIG_FILE);
+    }
+
+    /**
+     * Returns the configured application directory.
+     */
+    public File getAppDir () {
+        return _envc.appDir;
+    }
+
+    /**
+     * Returns whether the application should cache code resources prior to launching the
+     * application.
+     */
+    public boolean useCodeCache ()
+    {
+        return _useCodeCache;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the number of days a cached code resource is allowed to stay unused before it
+     * becomes eligible for deletion.
+     */
+    public int getCodeCacheRetentionDays ()
+    {
+        return _codeCacheRetentionDays;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the configured maximum concurrent downloads. Used to cap simultaneous downloads of
+     * app files from its hosting server.
+     */
+    public int maxConcurrentDownloads () {
+        return _maxConcDownloads;
+    }
+
+    /**
+     * Returns a resource that refers to the application configuration file itself.
+     */
+    public Resource getConfigResource ()
+    {
+        try {
+            return createResource(CONFIG_FILE, Resource.NORMAL);
+        } catch (Exception e) {
+            throw new RuntimeException("Invalid appbase '" + _vappbase + "'.", e);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Returns a list of the code {@link Resource} objects used by this application.
+     */
+    public List<Resource> getCodeResources ()
+    {
+        return _codes;
+    }
+
+    /**
+     * Returns a list of the non-code {@link Resource} objects used by this application.
+     */
+    public List<Resource> getResources ()
+    {
+        return _resources;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the digest of the given {@code resource}.
+     */
+    public String getDigest (Resource resource)
+    {
+        return _digest.getDigest(resource);
+    }
+
+    /**
+     * Returns a list of all the active {@link Resource} objects used by this application (code and
+     * non-code).
+     */
+    public List<Resource> getAllActiveResources ()
+    {
+        List<Resource> allResources = new ArrayList<>();
+        allResources.addAll(getActiveCodeResources());
+        allResources.addAll(getActiveResources());
+        return allResources;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the auxiliary resource group with the specified name, or null.
+     */
+    public AuxGroup getAuxGroup (String name)
+    {
+        return _auxgroups.get(name);
+    }
+
+    /**
+     * Returns the set of all auxiliary resource groups defined by the application. An auxiliary
+     * resource group is a collection of resource files that are not downloaded unless a group
+     * token file is present in the application directory.
+     */
+    public Iterable<AuxGroup> getAuxGroups ()
+    {
+        return _auxgroups.values();
+    }
+
+    /**
+     * Returns true if the specified auxgroup has been "activated", false if not. Non-activated
+     * groups should be ignored, activated groups should be downloaded and patched along with the
+     * main resources.
+     */
+    public boolean isAuxGroupActive (String auxgroup)
+    {
+        Boolean active = _auxactive.get(auxgroup);
+        if (active == null) {
+            // TODO: compare the contents with the MD5 hash of the auxgroup name and the client's
+            // machine ident
+            active = getLocalPath(auxgroup + ".dat").exists();
+            _auxactive.put(auxgroup, active);
+        }
+        return active;
+    }
+
+    /**
+     * Returns all main code resources and all code resources from active auxiliary resource groups.
+     */
+    public List<Resource> getActiveCodeResources ()
+    {
+        ArrayList<Resource> codes = new ArrayList<>();
+        codes.addAll(getCodeResources());
+        for (AuxGroup aux : getAuxGroups()) {
+            if (isAuxGroupActive(aux.name)) {
+                codes.addAll(aux.codes);
+            }
+        }
+        return codes;
+    }
+
+    /**
+     * Returns all resources indicated to contain native library files (.dll, .so, etc.).
+     */
+    public List<Resource> getNativeResources ()
+    {
+        List<Resource> natives = new ArrayList<>();
+        for (Resource resource: _resources) {
+            if (resource.isNative()) {
+                natives.add(resource);
+            }
+        }
+        return natives;
+    }
+
+    /**
+     * Returns all non-code resources and all resources from active auxiliary resource groups.
+     */
+    public List<Resource> getActiveResources ()
+    {
+        ArrayList<Resource> rsrcs = new ArrayList<>();
+        rsrcs.addAll(getResources());
+        for (AuxGroup aux : getAuxGroups()) {
+            if (isAuxGroupActive(aux.name)) {
+                rsrcs.addAll(aux.rsrcs);
+            }
+        }
+        return rsrcs;
+    }
+
+    /**
+     * Returns a resource that can be used to download a patch file that will bring this
+     * application from its current version to the target version.
+     *
+     * @param auxgroup the auxiliary resource group for which a patch resource is desired or null
+     * for the main application patch resource.
+     */
+    public Resource getPatchResource (String auxgroup)
+    {
+        if (_targetVersion <= _version) {
+            log.warning("Requested patch resource for up-to-date or non-versioned application",
+                "cvers", _version, "tvers", _targetVersion);
+            return null;
+        }
+
+        String infix = (auxgroup == null) ? "" : ("-" + auxgroup);
+        String pfile = "patch" + infix + _version + ".dat";
+        try {
+            URL remote = new URL(createVAppBase(_targetVersion), encodePath(pfile));
+            return new Resource(pfile, remote, getLocalPath(pfile), Resource.NORMAL);
+        } catch (Exception e) {
+            log.warning("Failed to create patch resource path",
+                "pfile", pfile, "appbase", _appbase, "tvers", _targetVersion, "error", e);
+            return null;
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Returns a resource for a zip file containing a Java VM that can be downloaded to use in
+     * place of the installed VM (in the case where the VM that launched Getdown does not meet the
+     * application's version requirements) or null if no VM is available for this platform.
+     */
+    public Resource getJavaVMResource ()
+    {
+        if (StringUtil.isBlank(_javaLocation)) {
+            return null;
+        }
+
+        String extension = (_javaLocation.endsWith(".tgz"))?".tgz":".jar";
+        String vmfile = LaunchUtil.LOCAL_JAVA_DIR + extension;
+               log.info("vmfile is '"+vmfile+"'");
+               System.out.println("vmfile is '"+vmfile+"'");
+        try {
+            URL remote = new URL(createVAppBase(_targetVersion), encodePath(_javaLocation));
+            log.info("Attempting to fetch jvm at "+remote.toString());
+            System.out.println("Attempting to fetch jvm at "+remote.toString());
+            return new Resource(vmfile, remote, getLocalPath(vmfile),
+                                EnumSet.of(Resource.Attr.UNPACK, Resource.Attr.CLEAN));
+        } catch (Exception e) {
+            log.warning("Failed to create VM resource", "vmfile", vmfile, "appbase", _appbase,
+                "tvers", _targetVersion, "javaloc", _javaLocation, "error", e);
+            System.out.println("Failed to create VM resource: vmfile="+vmfile+", appbase="+_appbase+
+                ", tvers="+_targetVersion+", javaloc="+_javaLocation+", error="+e);
+            return null;
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Returns a resource that can be used to download an archive containing all files belonging to
+     * the application.
+     */
+    public Resource getFullResource ()
+    {
+        String file = "full";
+        try {
+            URL remote = new URL(createVAppBase(_targetVersion), encodePath(file));
+            return new Resource(file, remote, getLocalPath(file), Resource.NORMAL);
+        } catch (Exception e) {
+            log.warning("Failed to create full resource path",
+                "file", file, "appbase", _appbase, "tvers", _targetVersion, "error", e);
+            return null;
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Returns the URL to use to report an initial download event. Returns null if no tracking
+     * start URL was configured for this application.
+     *
+     * @param event the event to be reported: start, jvm_start, jvm_complete, complete.
+     */
+    public URL getTrackingURL (String event)
+    {
+        try {
+            String suffix = _trackingURLSuffix == null ? "" : _trackingURLSuffix;
+            String ga = getGATrackingCode();
+            return _trackingURL == null ? null :
+                HostWhitelist.verify(new URL(_trackingURL + encodePath(event + suffix + ga)));
+        } catch (MalformedURLException mue) {
+            log.warning("Invalid tracking URL", "path", _trackingURL, "event", event, "error", mue);
+            return null;
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Returns the URL to request to report that we have reached the specified percentage of our
+     * initial download. Returns null if no tracking request was configured for the specified
+     * percentage.
+     */
+    public URL getTrackingProgressURL (int percent)
+    {
+        if (_trackingPcts == null || !_trackingPcts.contains(percent)) {
+            return null;
+        }
+        return getTrackingURL("pct" + percent);
+    }
+
+    /**
+     * Returns the name of our tracking cookie or null if it was not set.
+     */
+    public String getTrackingCookieName ()
+    {
+        return _trackingCookieName;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the name of our tracking cookie system property or null if it was not set.
+     */
+    public String getTrackingCookieProperty ()
+    {
+        return _trackingCookieProperty;
+    }
+
+    /**
+     * Instructs the application to parse its {@code getdown.txt} configuration and prepare itself
+     * for operation. The application base URL will be parsed first so that if there are errors
+     * discovered later, the caller can use the application base to download a new {@code
+     * getdown.txt} file and try again.
+     *
+     * @return a {@code Config} instance that contains information from the config file.
+     *
+     * @exception IOException thrown if there is an error reading the file or an error encountered
+     * during its parsing.
+     */
+    public Config init (boolean checkPlatform)
+        throws IOException
+    {
+        Config config = null;
+        File cfgfile = _config;
+        Config.ParseOpts opts = Config.createOpts(checkPlatform);
+        try {
+            // if we have a configuration file, read the data from it
+            if (cfgfile.exists()) {
+                config = Config.parseConfig(_config, opts);
+            }
+            // otherwise, try reading data from our backup config file; thanks to funny windows
+            // bullshit, we have to do this backup file fiddling in case we got screwed while
+            // updating getdown.txt during normal operation
+            else if ((cfgfile = getLocalPath(CONFIG_FILE + "_old")).exists()) {
+                config = Config.parseConfig(cfgfile, opts);
+            }
+            // otherwise, issue a warning that we found no getdown file
+            else {
+                log.info("Found no getdown.txt file", "appdir", getAppDir());
+            }
+        } catch (Exception e) {
+            log.warning("Failure reading config file", "file", _config, e);
+        }
+        
+        // see if there's an override config from locator file
+        Config locatorConfig = createLocatorConfig(opts);
+        
+        // merge the locator file config into config (or replace config with)
+        if (locatorConfig != null) {
+          if (config == null || locatorConfig.getBoolean(LOCATOR_FILE_EXTENSION+"_replace")) {
+            config = locatorConfig;
+          } else {
+            config.mergeConfig(locatorConfig, locatorConfig.getBoolean(LOCATOR_FILE_EXTENSION+"_merge"));
+          }
+        }
+
+        // if we failed to read our config file, check for an appbase specified via a system
+        // property; we can use that to bootstrap ourselves back into operation
+        if (config == null) {
+            String appbase = _envc.appBase;
+            log.info("Using 'appbase' from bootstrap config", "appbase", appbase);
+            Map<String, Object> cdata = new HashMap<>();
+            cdata.put("appbase", appbase);
+            config = new Config(cdata);
+        }
+
+        // first determine our application base, this way if anything goes wrong later in the
+        // process, our caller can use the appbase to download a new configuration file
+        _appbase = config.getString("appbase");
+        
+        // see if locatorConfig override
+        if (locatorConfig != null && !StringUtil.isBlank(locatorConfig.getString("appbase"))) {
+          _appbase = locatorConfig.getString("appbase");
+        }
+        
+        if (_appbase == null) {
+            throw new RuntimeException("m.missing_appbase");
+        }
+
+        // check if we're overriding the domain in the appbase
+        _appbase = SysProps.overrideAppbase(_appbase);
+
+        // make sure there's a trailing slash
+        if (!_appbase.endsWith("/")) {
+            _appbase = _appbase + "/";
+        }
+
+        // extract our version information
+        _version = config.getLong("version", -1L);
+
+        // if we are a versioned deployment, create a versioned appbase
+        try {
+            _vappbase = createVAppBase(_version);
+        } catch (MalformedURLException mue) {
+            String err = MessageUtil.tcompose("m.invalid_appbase", _appbase);
+            throw (IOException) new IOException(err).initCause(mue);
+        }
+
+        // check for a latest config URL
+        String latest = config.getString("latest");
+        if (latest != null) {
+            if (latest.startsWith(_appbase)) {
+                latest = _appbase + latest.substring(_appbase.length());
+            } else {
+                latest = SysProps.replaceDomain(latest);
+            }
+            try {
+                _latest = HostWhitelist.verify(new URL(latest));
+            } catch (MalformedURLException mue) {
+                log.warning("Invalid URL for latest attribute.", mue);
+            }
+        }
+
+        String appPrefix = _envc.appId == null ? "" : (_envc.appId + ".");
+
+        // determine our application class name (use app-specific class _if_ one is provided)
+        _class = config.getString("class");
+        if (appPrefix.length() > 0) {
+            _class = config.getString(appPrefix + "class", _class);
+        }
+        if (_class == null) {
+            throw new IOException("m.missing_class");
+        }
+
+        // determine whether we want strict comments
+        _strictComments = config.getBoolean("strict_comments");
+
+        // check to see if we're using a custom java.version property and regex
+        _javaVersionProp = config.getString("java_version_prop", _javaVersionProp);
+        _javaVersionRegex = config.getString("java_version_regex", _javaVersionRegex);
+
+        // check to see if we require a particular JVM version and have a supplied JVM
+        _javaMinVersion = config.getLong("java_version", _javaMinVersion);
+        // we support java_min_version as an alias of java_version; it better expresses the check
+        // that's going on and better mirrors java_max_version
+        _javaMinVersion = config.getLong("java_min_version", _javaMinVersion);
+        // check to see if we require a particular max JVM version and have a supplied JVM
+        _javaMaxVersion = config.getLong("java_max_version", _javaMaxVersion);
+        // check to see if we require a particular JVM version and have a supplied JVM
+        _javaExactVersionRequired = config.getBoolean("java_exact_version_required");
+
+        // this is a little weird, but when we're run from the digester, we see a String[] which
+        // contains java locations for all platforms which we can't grok, but the digester doesn't
+        // need to know about that; when we're run in a real application there will be only one!
+        Object javaloc = config.getRaw("java_location");
+        if (javaloc instanceof String) {
+            _javaLocation = (String)javaloc;
+        }
+
+        // determine whether we have any tracking configuration
+        _trackingURL = config.getString("tracking_url");
+
+        // check for tracking progress percent configuration
+        String trackPcts = config.getString("tracking_percents");
+        if (!StringUtil.isBlank(trackPcts)) {
+            _trackingPcts = new HashSet<>();
+            for (int pct : StringUtil.parseIntArray(trackPcts)) {
+                _trackingPcts.add(pct);
+            }
+        } else if (!StringUtil.isBlank(_trackingURL)) {
+            _trackingPcts = new HashSet<>();
+            _trackingPcts.add(50);
+        }
+
+        // Check for tracking cookie configuration
+        _trackingCookieName = config.getString("tracking_cookie_name");
+        _trackingCookieProperty = config.getString("tracking_cookie_property");
+
+        // Some app may need an extra suffix added to the tracking URL
+        _trackingURLSuffix = config.getString("tracking_url_suffix");
+
+        // Some app may need to generate google analytics code
+        _trackingGAHash = config.getString("tracking_ga_hash");
+
+        // clear our arrays as we may be reinitializing
+        _codes.clear();
+        _resources.clear();
+        _auxgroups.clear();
+        _jvmargs.clear();
+        _appargs.clear();
+        _txtJvmArgs.clear();
+
+        // parse our code resources
+        if (config.getMultiValue("code") == null &&
+            config.getMultiValue("ucode") == null) {
+            throw new IOException("m.missing_code");
+        }
+        parseResources(config, "code", Resource.NORMAL, _codes);
+        parseResources(config, "ucode", Resource.UNPACK, _codes);
+
+        // parse our non-code resources
+        parseResources(config, "resource", Resource.NORMAL, _resources);
+        parseResources(config, "uresource", Resource.UNPACK, _resources);
+        parseResources(config, "xresource", Resource.EXEC, _resources);
+        parseResources(config, "presource", Resource.PRELOAD, _resources);
+        parseResources(config, "nresource", Resource.NATIVE, _resources);
+
+        // parse our auxiliary resource groups
+        for (String auxgroup : config.getList("auxgroups")) {
+            ArrayList<Resource> codes = new ArrayList<>();
+            parseResources(config, auxgroup + ".code", Resource.NORMAL, codes);
+            parseResources(config, auxgroup + ".ucode", Resource.UNPACK, codes);
+            ArrayList<Resource> rsrcs = new ArrayList<>();
+            parseResources(config, auxgroup + ".resource", Resource.NORMAL, rsrcs);
+            parseResources(config, auxgroup + ".xresource", Resource.EXEC, rsrcs);
+            parseResources(config, auxgroup + ".uresource", Resource.UNPACK, rsrcs);
+            parseResources(config, auxgroup + ".presource", Resource.PRELOAD, rsrcs);
+            parseResources(config, auxgroup + ".nresource", Resource.NATIVE, rsrcs);
+            _auxgroups.put(auxgroup, new AuxGroup(auxgroup, codes, rsrcs));
+        }
+
+        // transfer our JVM arguments (we include both "global" args and app_id-prefixed args)
+        String[] jvmargs = config.getMultiValue("jvmarg");
+        addAll(jvmargs, _jvmargs);
+        if (appPrefix.length() > 0) {
+            jvmargs = config.getMultiValue(appPrefix + "jvmarg");
+            addAll(jvmargs, _jvmargs);
+        }
+
+        // see if a percentage of physical memory option exists
+        int jvmmempc = config.getInt("jvmmempc", -1);
+        // app_id prefixed setting overrides
+        if (appPrefix.length() > 0) {
+            jvmmempc = config.getInt(appPrefix + "jvmmempc", jvmmempc);
+        }
+        if (0 <= jvmmempc && jvmmempc <= 100) {
+          
+          long maxMemLong = -1;
+
+          try
+          {
+            maxMemLong = MemorySetting.memPercent(jvmmempc);
+          } catch (Exception e)
+          {
+            e.printStackTrace();
+          } catch (Throwable t)
+          {
+            t.printStackTrace();
+          }
+
+          if (maxMemLong > 0)
+          {
+            
+            String[] maxMemHeapArg = new String[]{"-Xmx"+Long.toString(maxMemLong)};
+            // remove other max heap size arg
+            ARG: for (int i = 0; i < _jvmargs.size(); i++) {
+              if (_jvmargs.get(i) instanceof java.lang.String && _jvmargs.get(i).startsWith("-Xmx")) {
+                _jvmargs.remove(i);
+              }
+            }
+            addAll(maxMemHeapArg, _jvmargs);
+            
+          }
+
+        } else if (jvmmempc != -1) {
+          System.out.println("'jvmmempc' value must be in range 0 to 100 (read as '"+Integer.toString(jvmmempc)+"')");
+        }
+
+        // get the set of optimum JVM arguments
+        _optimumJvmArgs = config.getMultiValue("optimum_jvmarg");
+
+        // transfer our application arguments
+        String[] appargs = config.getMultiValue(appPrefix + "apparg");
+        addAll(appargs, _appargs);
+
+        // add the launch specific application arguments
+        _appargs.addAll(_envc.appArgs);
+        
+        // look for custom arguments
+        fillAssignmentListFromPairs("extra.txt", _txtJvmArgs);
+
+        // determine whether we want to allow offline operation (defaults to false)
+        _allowOffline = config.getBoolean("allow_offline");
+
+        // look for a debug.txt file which causes us to run in java.exe on Windows so that we can
+        // obtain a thread dump of the running JVM
+        _windebug = getLocalPath("debug.txt").exists();
+
+        // whether to cache code resources and launch from cache
+        _useCodeCache = config.getBoolean("use_code_cache");
+        _codeCacheRetentionDays = config.getInt("code_cache_retention_days", 7);
+
+        // maximum simultaneous downloads
+        _maxConcDownloads = Math.max(1, config.getInt("max_concurrent_downloads",
+                                                      SysProps.threadPoolSize()));
+
+        // extract some info used to configure our child process on macOS
+        _dockName = config.getString("ui.name");
+        _dockIconPath = config.getString("ui.mac_dock_icon", "../desktop.icns");
+
+        return config;
+    }
+
+    /**
+     * Adds strings of the form pair0=pair1 to collector for each pair parsed out of pairLocation.
+     */
+    protected void fillAssignmentListFromPairs (String pairLocation, List<String> collector)
+    {
+        File pairFile = getLocalPath(pairLocation);
+        if (pairFile.exists()) {
+            try {
+                List<String[]> args = Config.parsePairs(pairFile, Config.createOpts(false));
+                for (String[] pair : args) {
+                    if (pair[1].length() == 0) {
+                        collector.add(pair[0]);
+                    } else {
+                        collector.add(pair[0] + "=" + pair[1]);
+                    }
+                }
+            } catch (Throwable t) {
+                log.warning("Failed to parse '" + pairFile + "': " + t);
+            }
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Returns a URL from which the specified path can be fetched. Our application base URL is
+     * properly versioned and combined with the supplied path.
+     */
+    public URL getRemoteURL (String path)
+        throws MalformedURLException
+    {
+        return new URL(_vappbase, encodePath(path));
+    }
+
+    /**
+     * Returns the local path to the specified resource.
+     */
+    public File getLocalPath (String path)
+    {
+        return getLocalPath(getAppDir(), path);
+    }
+
+    /**
+     * Returns true if we either have no version requirement, are running in a JVM that meets our
+     * version requirements or have what appears to be a version of the JVM that meets our
+     * requirements.
+     */
+    public boolean haveValidJavaVersion ()
+    {
+        // if we're doing no version checking, then yay!
+        if (_javaMinVersion == 0 && _javaMaxVersion == 0) return true;
+
+        try {
+            // parse the version out of the java.version (or custom) system property
+            long version = SysProps.parseJavaVersion(_javaVersionProp, _javaVersionRegex);
+
+            log.info("Checking Java version", "current", version,
+                     "wantMin", _javaMinVersion, "wantMax", _javaMaxVersion);
+
+            // if we have an unpacked VM, check the 'release' file for its version
+            Resource vmjar = getJavaVMResource();
+            if (vmjar != null && vmjar.isMarkedValid()) {
+                File vmdir = new File(getAppDir(), LaunchUtil.LOCAL_JAVA_DIR);
+                File relfile = new File(vmdir, "release");
+                if (!relfile.exists()) {
+                    log.warning("Unpacked JVM missing 'release' file. Assuming valid version.");
+                    return true;
+                }
+
+                long vmvers = VersionUtil.readReleaseVersion(relfile, _javaVersionRegex);
+                if (vmvers == 0L) {
+                    log.warning("Unable to read version from 'release' file. Assuming valid.");
+                    return true;
+                }
+
+                version = vmvers;
+                log.info("Checking version of unpacked JVM [vers=" + version + "].");
+            }
+
+            if (_javaExactVersionRequired) {
+                if (version == _javaMinVersion) return true;
+                else {
+                    log.warning("An exact Java VM version is required.", "current", version,
+                                "required", _javaMinVersion);
+                    return false;
+                }
+            }
+
+            boolean minVersionOK = (_javaMinVersion == 0) || (version >= _javaMinVersion);
+            boolean maxVersionOK = (_javaMaxVersion == 0) || (version <= _javaMaxVersion);
+            return minVersionOK && maxVersionOK;
+
+        } catch (RuntimeException re) {
+            // if we can't parse the java version we're in weird land and should probably just try
+            // our luck with what we've got rather than try to download a new jvm
+            log.warning("Unable to parse VM version, hoping for the best",
+                        "error", re, "needed", _javaMinVersion);
+            return true;
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Checks whether the app has a set of "optimum" JVM args that we wish to try first, detecting
+     * whether the launch is successful and, if necessary, trying again without the optimum
+     * arguments.
+     */
+    public boolean hasOptimumJvmArgs ()
+    {
+        return _optimumJvmArgs != null;
+    }
+
+    /**
+     * Returns true if the app should attempt to run even if we have no Internet connection.
+     */
+    public boolean allowOffline ()
+    {
+        return _allowOffline;
+    }
+
+    /**
+     * Attempts to redownload the <code>getdown.txt</code> file based on information parsed from a
+     * previous call to {@link #init}.
+     */
+    public void attemptRecovery (StatusDisplay status)
+        throws IOException
+    {
+        status.updateStatus("m.updating_metadata");
+        downloadConfigFile();
+    }
+
+    /**
+     * Downloads and replaces the <code>getdown.txt</code> and <code>digest.txt</code> files with
+     * those for the target version of our application.
+     */
+    public void updateMetadata ()
+        throws IOException
+    {
+        try {
+            // update our versioned application base with the target version
+            _vappbase = createVAppBase(_targetVersion);
+        } catch (MalformedURLException mue) {
+            String err = MessageUtil.tcompose("m.invalid_appbase", _appbase);
+            throw (IOException) new IOException(err).initCause(mue);
+        }
+
+        try {
+            // now re-download our control files; we download the digest first so that if it fails,
+            // our config file will still reference the old version and re-running the updater will
+            // start the whole process over again
+            downloadDigestFiles();
+            downloadConfigFile();
+
+        } catch (IOException ex) {
+            // if we are allowing offline execution, we want to allow the application to run in its
+            // current form rather than aborting the entire process; to do this, we delete the
+            // version.txt file and "trick" Getdown into thinking that it just needs to validate
+            // the application as is; next time the app runs when connected to the internet, it
+            // will have to rediscover that it needs updating and reattempt to update itself
+            if (_allowOffline) {
+                log.warning("Failed to update digest files.  Attempting offline operaton.", ex);
+                if (!FileUtil.deleteHarder(getLocalPath(VERSION_FILE))) {
+                    log.warning("Deleting version.txt failed.  This probably isn't going to work.");
+                }
+            } else {
+                throw ex;
+            }
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Invokes the process associated with this application definition.
+     *
+     * @param optimum whether or not to include the set of optimum arguments (as opposed to falling
+     * back).
+     */
+    public Process createProcess (boolean optimum)
+        throws IOException
+    {
+        ArrayList<String> args = new ArrayList<>();
+
+        // reconstruct the path to the JVM
+        args.add(LaunchUtil.getJVMPath(getAppDir(), _windebug || optimum));
+
+        // check whether we're using -jar mode or -classpath mode
+        boolean dashJarMode = MANIFEST_CLASS.equals(_class);
+
+        // add the -classpath arguments if we're not in -jar mode
+        ClassPath classPath = PathBuilder.buildClassPath(this);
+        if (!dashJarMode) {
+            args.add("-classpath");
+            args.add(classPath.asArgumentString());
+        }
+
+        // we love our Mac users, so we do nice things to preserve our application identity
+        if (LaunchUtil.isMacOS()) {
+            args.add("-Xdock:icon=" + getLocalPath(_dockIconPath).getAbsolutePath());
+            args.add("-Xdock:name=" + _dockName);
+        }
+
+        // pass along our proxy settings
+        String proxyHost;
+        if ((proxyHost = System.getProperty("http.proxyHost")) != null) {
+            args.add("-Dhttp.proxyHost=" + proxyHost);
+            args.add("-Dhttp.proxyPort=" + System.getProperty("http.proxyPort"));
+            args.add("-Dhttps.proxyHost=" + proxyHost);
+            args.add("-Dhttps.proxyPort=" + System.getProperty("http.proxyPort"));
+        }
+
+        // add the marker indicating the app is running in getdown
+        args.add("-D" + Properties.GETDOWN + "=true");
+
+        // set the native library path if we have native resources
+        // @TODO optional getdown.txt parameter to set addCurrentLibraryPath to true or false?
+        ClassPath javaLibPath = PathBuilder.buildLibsPath(this, true);
+        if (javaLibPath != null) {
+            args.add("-Djava.library.path=" + javaLibPath.asArgumentString());
+        }
+
+        // pass along any pass-through arguments
+        for (Map.Entry<Object, Object> entry : System.getProperties().entrySet()) {
+            String key = (String)entry.getKey();
+            if (key.startsWith(PROP_PASSTHROUGH_PREFIX)) {
+                key = key.substring(PROP_PASSTHROUGH_PREFIX.length());
+                args.add("-D" + key + "=" + entry.getValue());
+            }
+        }
+
+        // add the JVM arguments
+        for (String string : _jvmargs) {
+            args.add(processArg(string));
+        }
+
+        // add the optimum arguments if requested and available
+        if (optimum && _optimumJvmArgs != null) {
+            for (String string : _optimumJvmArgs) {
+                args.add(processArg(string));
+            }
+        }
+
+        // add the arguments from extra.txt (after the optimum ones, in case they override them)
+        for (String string : _txtJvmArgs) {
+            args.add(processArg(string));
+        }
+
+        // if we're in -jar mode add those arguments, otherwise add the app class name
+        if (dashJarMode) {
+            args.add("-jar");
+            args.add(classPath.asArgumentString());
+        } else {
+            args.add(_class);
+        }
+
+        // almost finally check the startup file arguments
+        for (File f : _startupFiles) {
+          _appargs.add(f.getAbsolutePath());
+          break; // Only add one file to open
+        }
+        
+        // check if one arg with recognised extension
+        if ( _appargs.size() == 1 && _appargs.get(0) != null ) {
+          String filename = _appargs.get(0);
+          String ext = null;
+          int j = filename.lastIndexOf('.');
+          if (j > -1) {
+            ext = filename.substring(j+1);
+          }
+          if (LOCATOR_FILE_EXTENSION.equals(ext.toLowerCase())) {
+            // this file extension should have been dealt with in Getdown class
+          } else {
+            _appargs.add(0, "-open");
+          }
+        }
+
+        // finally add the application arguments
+        for (String string : _appargs) {
+            args.add(processArg(string));
+        }
+        
+        String[] envp = createEnvironment();
+        String[] sargs = args.toArray(new String[args.size()]);
+        log.info("Running " + StringUtil.join(sargs, "\n  "));
+
+        return Runtime.getRuntime().exec(sargs, envp, getAppDir());
+    }
+
+    /**
+     * If the application provided environment variables, combine those with the current
+     * environment and return that in a style usable for {@link Runtime#exec(String, String[])}.
+     * If the application didn't provide any environment variables, null is returned to just use
+     * the existing environment.
+     */
+    protected String[] createEnvironment ()
+    {
+        List<String> envvar = new ArrayList<>();
+        fillAssignmentListFromPairs("env.txt", envvar);
+        if (envvar.isEmpty()) {
+            log.info("Didn't find any custom environment variables, not setting any.");
+            return null;
+        }
+
+        List<String> envAssignments = new ArrayList<>();
+        for (String assignment : envvar) {
+            envAssignments.add(processArg(assignment));
+        }
+        for (Map.Entry<String, String> environmentEntry : System.getenv().entrySet()) {
+            envAssignments.add(environmentEntry.getKey() + "=" + environmentEntry.getValue());
+        }
+        String[] envp = envAssignments.toArray(new String[envAssignments.size()]);
+        log.info("Environment " + StringUtil.join(envp, "\n "));
+        return envp;
+    }
+
+    /**
+     * Runs this application directly in the current VM.
+     */
+    public void invokeDirect () throws IOException
+    {
+        ClassPath classPath = PathBuilder.buildClassPath(this);
+        URL[] jarUrls = classPath.asUrls();
+
+        // create custom class loader
+        URLClassLoader loader = new URLClassLoader(jarUrls, ClassLoader.getSystemClassLoader()) {
+            @Override protected PermissionCollection getPermissions (CodeSource code) {
+                Permissions perms = new Permissions();
+                perms.add(new AllPermission());
+                return perms;
+            }
+        };
+        Thread.currentThread().setContextClassLoader(loader);
+
+        log.info("Configured URL class loader:");
+        for (URL url : jarUrls) log.info("  " + url);
+
+        // configure any system properties that we can
+        for (String jvmarg : _jvmargs) {
+            if (jvmarg.startsWith("-D")) {
+                jvmarg = processArg(jvmarg.substring(2));
+                int eqidx = jvmarg.indexOf("=");
+                if (eqidx == -1) {
+                    log.warning("Bogus system property: '" + jvmarg + "'?");
+                } else {
+                    System.setProperty(jvmarg.substring(0, eqidx), jvmarg.substring(eqidx+1));
+                }
+            }
+        }
+
+        // pass along any pass-through arguments
+        Map<String, String> passProps = new HashMap<>();
+        for (Map.Entry<Object, Object> entry : System.getProperties().entrySet()) {
+            String key = (String)entry.getKey();
+            if (key.startsWith(PROP_PASSTHROUGH_PREFIX)) {
+                key = key.substring(PROP_PASSTHROUGH_PREFIX.length());
+                passProps.put(key, (String)entry.getValue());
+            }
+        }
+        // we can't set these in the above loop lest we get a ConcurrentModificationException
+        for (Map.Entry<String, String> entry : passProps.entrySet()) {
+            System.setProperty(entry.getKey(), entry.getValue());
+        }
+
+        // prepare our app arguments
+        String[] args = new String[_appargs.size()];
+        for (int ii = 0; ii < args.length; ii++) args[ii] = processArg(_appargs.get(ii));
+
+        try {
+            log.info("Loading " + _class);
+            Class<?> appclass = loader.loadClass(_class);
+            Method main = appclass.getMethod("main", EMPTY_STRING_ARRAY.getClass());
+            log.info("Invoking main({" + StringUtil.join(args, ", ") + "})");
+            main.invoke(null, new Object[] { args });
+        } catch (Exception e) {
+            log.warning("Failure invoking app main", e);
+        }
+    }
+
+    /** Replaces the application directory and version in any argument. */
+    protected String processArg (String arg)
+    {
+        arg = arg.replace("%APPDIR%", getAppDir().getAbsolutePath());
+        arg = arg.replace("%VERSION%", String.valueOf(_version));
+
+        // if this argument contains %ENV.FOO% replace those with the associated values looked up
+        // from the environment
+        if (arg.contains(ENV_VAR_PREFIX)) {
+            StringBuffer sb = new StringBuffer();
+            Matcher matcher = ENV_VAR_PATTERN.matcher(arg);
+            while (matcher.find()) {
+                String varName = matcher.group(1), varValue = System.getenv(varName);
+                String repValue = varValue == null ? "MISSING:"+varName : varValue;
+                matcher.appendReplacement(sb, Matcher.quoteReplacement(repValue));
+            }
+            matcher.appendTail(sb);
+            arg = sb.toString();
+        }
+
+        return arg;
+    }
+
+    /**
+     * Loads the <code>digest.txt</code> file and verifies the contents of both that file and the
+     * <code>getdown.text</code> file. Then it loads the <code>version.txt</code> and decides
+     * whether or not the application needs to be updated or whether we can proceed to verification
+     * and execution.
+     *
+     * @return true if the application needs to be updated, false if it is up to date and can be
+     * verified and executed.
+     *
+     * @exception IOException thrown if we encounter an unrecoverable error while verifying the
+     * metadata.
+     */
+    public boolean verifyMetadata (StatusDisplay status)
+        throws IOException
+    {
+        log.info("Verifying application: " + _vappbase);
+        log.info("Version: " + _version);
+        log.info("Class: " + _class);
+
+        // this will read in the contents of the digest file and validate itself
+        try {
+            _digest = new Digest(getAppDir(), _strictComments);
+        } catch (IOException ioe) {
+            log.info("Failed to load digest: " + ioe.getMessage() + ". Attempting recovery...");
+        }
+
+        // if we have no version, then we are running in unversioned mode so we need to download
+        // our digest.txt file on every invocation
+        if (_version == -1) {
+            // make a note of the old meta-digest, if this changes we need to revalidate all of our
+            // resources as one or more of them have also changed
+            String olddig = (_digest == null) ? "" : _digest.getMetaDigest();
+            try {
+                status.updateStatus("m.checking");
+                downloadDigestFiles();
+                _digest = new Digest(getAppDir(), _strictComments);
+                if (!olddig.equals(_digest.getMetaDigest())) {
+                    log.info("Unversioned digest changed. Revalidating...");
+                    status.updateStatus("m.validating");
+                    clearValidationMarkers();
+                }
+            } catch (IOException ioe) {
+                log.warning("Failed to refresh non-versioned digest: " +
+                            ioe.getMessage() + ". Proceeding...");
+            }
+        }
+
+        // regardless of whether we're versioned, if we failed to read the digest from disk, try to
+        // redownload the digest file and give it another good college try; this time we allow
+        // exceptions to propagate up to the caller as there is nothing else we can do
+        if (_digest == null) {
+            status.updateStatus("m.updating_metadata");
+            downloadDigestFiles();
+            _digest = new Digest(getAppDir(), _strictComments);
+        }
+
+        // now verify the contents of our main config file
+        Resource crsrc = getConfigResource();
+        if (!_digest.validateResource(crsrc, null)) {
+            status.updateStatus("m.updating_metadata");
+            // attempt to redownload both of our metadata files; again we pass errors up to our
+            // caller because there's nothing we can do to automatically recover
+            downloadConfigFile();
+            downloadDigestFiles();
+            _digest = new Digest(getAppDir(), _strictComments);
+            // revalidate everything if we end up downloading new metadata
+            clearValidationMarkers();
+            // if the new copy validates, reinitialize ourselves; otherwise report baffling hoseage
+            if (_digest.validateResource(crsrc, null)) {
+                init(true);
+            } else {
+                log.warning(CONFIG_FILE + " failed to validate even after redownloading. " +
+                            "Blindly forging onward.");
+            }
+        }
+
+        // start by assuming we are happy with our version
+        _targetVersion = _version;
+
+        // if we are a versioned application, read in the contents of the version.txt file
+        // and/or check the latest config URL for a newer version
+        if (_version != -1) {
+            File vfile = getLocalPath(VERSION_FILE);
+            long fileVersion = VersionUtil.readVersion(vfile);
+            if (fileVersion != -1) {
+                _targetVersion = fileVersion;
+            }
+
+            if (_latest != null) {
+                try (InputStream in = ConnectionUtil.open(proxy, _latest, 0, 0).getInputStream();
+                     InputStreamReader reader = new InputStreamReader(in, UTF_8);
+                     BufferedReader bin = new BufferedReader(reader)) {
+                    for (String[] pair : Config.parsePairs(bin, Config.createOpts(false))) {
+                        if (pair[0].equals("version")) {
+                            _targetVersion = Math.max(Long.parseLong(pair[1]), _targetVersion);
+                            if (fileVersion != -1 && _targetVersion > fileVersion) {
+                                // replace the file with the newest version
+                                try (FileOutputStream fos = new FileOutputStream(vfile);
+                                     PrintStream out = new PrintStream(fos)) {
+                                    out.println(_targetVersion);
+                                }
+                            }
+                            break;
+                        }
+                    }
+                } catch (Exception e) {
+                    log.warning("Unable to retrieve version from latest config file.", e);
+                }
+            }
+        }
+
+        // finally let the caller know if we need an update
+        return _version != _targetVersion;
+    }
+
+    /**
+     * Verifies the code and media resources associated with this application. A list of resources
+     * that do not exist or fail the verification process will be returned. If all resources are
+     * ready to go, null will be returned and the application is considered ready to run.
+     *
+     * @param obs a progress observer that will be notified of verification progress. NOTE: this
+     * observer may be called from arbitrary threads, so if you update a UI based on calls to it,
+     * you have to take care to get back to your UI thread.
+     * @param alreadyValid if non-null a 1 element array that will have the number of "already
+     * validated" resources filled in.
+     * @param unpacked a set to populate with unpacked resources.
+     * @param toInstall a list into which to add resources that need to be installed.
+     * @param toDownload a list into which to add resources that need to be downloaded.
+     */
+    public void verifyResources (
+        ProgressObserver obs, int[] alreadyValid, Set<Resource> unpacked,
+        Set<Resource> toInstall, Set<Resource> toDownload)
+        throws InterruptedException
+    {
+        // resources are verified on background threads supplied by the thread pool, and progress
+        // is reported by posting runnable actions to the actions queue which is processed by the
+        // main (UI) thread
+        ExecutorService exec = Executors.newFixedThreadPool(SysProps.threadPoolSize());
+        final BlockingQueue<Runnable> actions = new LinkedBlockingQueue<Runnable>();
+        final int[] completed = new int[1];
+
+        long start = System.currentTimeMillis();
+
+        // obtain the sizes of the resources to validate
+        List<Resource> rsrcs = getAllActiveResources();
+        long[] sizes = new long[rsrcs.size()];
+        long totalSize = 0;
+        for (int ii = 0; ii < sizes.length; ii++) {
+            totalSize += sizes[ii] = rsrcs.get(ii).getLocal().length();
+        }
+        final ProgressObserver fobs = obs;
+        // as long as we forward aggregated progress updates to the UI thread, having multiple
+        // threads update a progress aggregator is "mostly" thread-safe
+        final ProgressAggregator pagg = new ProgressAggregator(new ProgressObserver() {
+            public void progress (final int percent) {
+                actions.add(new Runnable() {
+                    public void run () {
+                        fobs.progress(percent);
+                    }
+                });
+            }
+        }, sizes);
+
+        final int[] fAlreadyValid = alreadyValid;
+        final Set<Resource> toInstallAsync = new ConcurrentSkipListSet<>(toInstall);
+        final Set<Resource> toDownloadAsync = new ConcurrentSkipListSet<>();
+        final Set<Resource> unpackedAsync = new ConcurrentSkipListSet<>();
+
+        for (int ii = 0; ii < sizes.length; ii++) {
+            final Resource rsrc = rsrcs.get(ii);
+            final int index = ii;
+            exec.execute(new Runnable() {
+                public void run () {
+                    verifyResource(rsrc, pagg.startElement(index), fAlreadyValid,
+                                   unpackedAsync, toInstallAsync, toDownloadAsync);
+                    actions.add(new Runnable() {
+                        public void run () {
+                            completed[0] += 1;
+                        }
+                    });
+                }
+            });
+        }
+
+        while (completed[0] < rsrcs.size()) {
+            // we should be getting progress completion updates WAY more often than one every
+            // minute, so if things freeze up for 60 seconds, abandon ship
+            Runnable action = actions.poll(60, TimeUnit.SECONDS);
+            action.run();
+        }
+
+        exec.shutdown();
+
+        toInstall.addAll(toInstallAsync);
+        toDownload.addAll(toDownloadAsync);
+        unpacked.addAll(unpackedAsync);
+
+        long complete = System.currentTimeMillis();
+        log.info("Verified resources", "count", rsrcs.size(), "size", (totalSize/1024) + "k",
+                 "duration", (complete-start) + "ms");
+    }
+
+    private void verifyResource (Resource rsrc, ProgressObserver obs, int[] alreadyValid,
+                                 Set<Resource> unpacked,
+                                 Set<Resource> toInstall, Set<Resource> toDownload) {
+        if (rsrc.isMarkedValid()) {
+            if (alreadyValid != null) {
+                alreadyValid[0]++;
+            }
+            obs.progress(100);
+            return;
+        }
+
+        try {
+            if (_digest.validateResource(rsrc, obs)) {
+                // if the resource has a _new file, add it to to-install list
+                if (rsrc.getLocalNew().exists()) {
+                    toInstall.add(rsrc);
+                    return;
+                }
+                rsrc.applyAttrs();
+                unpacked.add(rsrc);
+                rsrc.markAsValid();
+                return;
+            }
+
+        } catch (Exception e) {
+            log.info("Failure verifying resource. Requesting redownload...",
+                     "rsrc", rsrc, "error", e);
+
+        } finally {
+            obs.progress(100);
+        }
+        toDownload.add(rsrc);
+    }
+
+    /**
+     * Unpacks the resources that require it (we know that they're valid).
+     *
+     * @param unpacked a set of resources to skip because they're already unpacked.
+     */
+    public void unpackResources (ProgressObserver obs, Set<Resource> unpacked)
+        throws InterruptedException
+    {
+        List<Resource> rsrcs = getActiveResources();
+
+        // remove resources that we don't want to unpack
+        for (Iterator<Resource> it = rsrcs.iterator(); it.hasNext(); ) {
+            Resource rsrc = it.next();
+            if (!rsrc.shouldUnpack() || unpacked.contains(rsrc)) {
+                it.remove();
+            }
+        }
+
+        // obtain the sizes of the resources to unpack
+        long[] sizes = new long[rsrcs.size()];
+        for (int ii = 0; ii < sizes.length; ii++) {
+            sizes[ii] = rsrcs.get(ii).getLocal().length();
+        }
+
+        ProgressAggregator pagg = new ProgressAggregator(obs, sizes);
+        for (int ii = 0; ii < sizes.length; ii++) {
+            Resource rsrc = rsrcs.get(ii);
+            ProgressObserver pobs = pagg.startElement(ii);
+            try {
+                rsrc.unpack();
+            } catch (IOException ioe) {
+                log.warning("Failure unpacking resource", "rsrc", rsrc, ioe);
+            }
+            pobs.progress(100);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Clears all validation marker files.
+     */
+    public void clearValidationMarkers ()
+    {
+        clearValidationMarkers(getAllActiveResources().iterator());
+    }
+
+    /**
+     * Returns the version number for the application.  Should only be called after successful
+     * return of verifyMetadata.
+     */
+    public long getVersion ()
+    {
+        return _version;
+    }
+
+    /**
+     * Creates a versioned application base URL for the specified version.
+     */
+    protected URL createVAppBase (long version)
+        throws MalformedURLException
+    {
+        String url = version < 0 ? _appbase : _appbase.replace("%VERSION%", "" + version);
+        return HostWhitelist.verify(new URL(url));
+    }
+
+    /**
+     * Clears all validation marker files for the resources in the supplied iterator.
+     */
+    protected void clearValidationMarkers (Iterator<Resource> iter)
+    {
+        while (iter.hasNext()) {
+            iter.next().clearMarker();
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Downloads a new copy of CONFIG_FILE.
+     */
+    protected void downloadConfigFile ()
+        throws IOException
+    {
+        downloadControlFile(CONFIG_FILE, 0);
+    }
+
+    /**
+     * @return true if gettingdown.lock was unlocked, already locked by this application or if
+     * we're not locking at all.
+     */
+    public synchronized boolean lockForUpdates ()
+    {
+        if (_lock != null && _lock.isValid()) {
+            return true;
+        }
+        try {
+            _lockChannel = new RandomAccessFile(getLocalPath("gettingdown.lock"), "rw").getChannel();
+        } catch (FileNotFoundException e) {
+            log.warning("Unable to create lock file", "message", e.getMessage(), e);
+            return false;
+        }
+        try {
+            _lock = _lockChannel.tryLock();
+        } catch (IOException e) {
+            log.warning("Unable to create lock", "message", e.getMessage(), e);
+            return false;
+        } catch (OverlappingFileLockException e) {
+            log.warning("The lock is held elsewhere in this JVM", e);
+            return false;
+        }
+        log.info("Able to lock for updates: " + (_lock != null));
+        return _lock != null;
+    }
+
+    /**
+     * Release gettingdown.lock
+     */
+    public synchronized void releaseLock ()
+    {
+        if (_lock != null) {
+            log.info("Releasing lock");
+            try {
+                _lock.release();
+            } catch (IOException e) {
+                log.warning("Unable to release lock", "message", e.getMessage(), e);
+            }
+            try {
+                _lockChannel.close();
+            } catch (IOException e) {
+                log.warning("Unable to close lock channel", "message", e.getMessage(), e);
+            }
+            _lockChannel = null;
+            _lock = null;
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Downloads the digest files and validates their signature.
+     * @throws IOException
+     */
+    protected void downloadDigestFiles ()
+        throws IOException
+    {
+        for (int version = 1; version <= Digest.VERSION; version++) {
+            downloadControlFile(Digest.digestFile(version), version);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Downloads a new copy of the specified control file, optionally validating its signature.
+     * If the download is successful, moves it over the old file on the filesystem.
+     *
+     * <p> TODO: Switch to PKCS #7 or CMS.
+     *
+     * @param sigVersion if {@code 0} no validation will be performed, if {@code > 0} then this
+     * should indicate the version of the digest file being validated which indicates which
+     * algorithm to use to verify the signature. See {@link Digest#VERSION}.
+     */
+    protected void downloadControlFile (String path, int sigVersion)
+        throws IOException
+    {
+        File target = downloadFile(path);
+
+        if (sigVersion > 0) {
+            if (_envc.certs.isEmpty()) {
+                log.info("No signing certs, not verifying digest.txt", "path", path);
+
+            } else {
+                File signatureFile = downloadFile(path + SIGNATURE_SUFFIX);
+                byte[] signature = null;
+                try (FileInputStream signatureStream = new FileInputStream(signatureFile)) {
+                    signature = StreamUtil.toByteArray(signatureStream);
+                } finally {
+                    FileUtil.deleteHarder(signatureFile); // delete the file regardless
+                }
+
+                byte[] buffer = new byte[8192];
+                int length, validated = 0;
+                for (Certificate cert : _envc.certs) {
+                    try (FileInputStream dataInput = new FileInputStream(target)) {
+                        Signature sig = Signature.getInstance(Digest.sigAlgorithm(sigVersion));
+                        sig.initVerify(cert);
+                        while ((length = dataInput.read(buffer)) != -1) {
+                            sig.update(buffer, 0, length);
+                        }
+
+                        if (!sig.verify(Base64.decode(signature, Base64.DEFAULT))) {
+                            log.info("Signature does not match", "cert", cert.getPublicKey());
+                            continue;
+                        } else {
+                            log.info("Signature matches", "cert", cert.getPublicKey());
+                            validated++;
+                        }
+
+                    } catch (IOException ioe) {
+                        log.warning("Failure validating signature of " + target + ": " + ioe);
+
+                    } catch (GeneralSecurityException gse) {
+                        // no problem!
+
+                    }
+                }
+
+                // if we couldn't find a key that validates our digest, we are the hosed!
+                if (validated == 0) {
+                    // delete the temporary digest file as we know it is invalid
+                    FileUtil.deleteHarder(target);
+                    throw new IOException("m.corrupt_digest_signature_error");
+                }
+            }
+        }
+
+        // now move the temporary file over the original
+        File original = getLocalPath(path);
+        if (!FileUtil.renameTo(target, original)) {
+            throw new IOException("Failed to rename(" + target + ", " + original + ")");
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Download a path to a temporary file, returning a {@link File} instance with the path
+     * contents.
+     */
+    protected File downloadFile (String path)
+        throws IOException
+    {
+        File target = getLocalPath(path + "_new");
+
+        URL targetURL = null;
+        try {
+            targetURL = getRemoteURL(path);
+        } catch (Exception e) {
+            log.warning("Requested to download invalid control file",
+                "appbase", _vappbase, "path", path, "error", e);
+            throw (IOException) new IOException("Invalid path '" + path + "'.").initCause(e);
+        }
+
+        log.info("Attempting to refetch '" + path + "' from '" + targetURL + "'.");
+
+        // stream the URL into our temporary file
+        URLConnection uconn = ConnectionUtil.open(proxy, targetURL, 0, 0);
+        // we have to tell Java not to use caches here, otherwise it will cache any request for
+        // same URL for the lifetime of this JVM (based on the URL string, not the URL object);
+        // if the getdown.txt file, for example, changes in the meanwhile, we would never hear
+        // about it; turning off caches is not a performance concern, because when Getdown asks
+        // to download a file, it expects it to come over the wire, not from a cache
+        uconn.setUseCaches(false);
+        uconn.setRequestProperty("Accept-Encoding", "gzip");
+        try (InputStream fin = uconn.getInputStream()) {
+            String encoding = uconn.getContentEncoding();
+            boolean gzip = "gzip".equalsIgnoreCase(encoding);
+            try (InputStream fin2 = (gzip ? new GZIPInputStream(fin) : fin)) {
+                try (FileOutputStream fout = new FileOutputStream(target)) {
+                    StreamUtil.copy(fin2, fout);
+                }
+            }
+        }
+
+        return target;
+    }
+
+    /** Helper function for creating {@link Resource} instances. */
+    protected Resource createResource (String path, EnumSet<Resource.Attr> attrs)
+        throws MalformedURLException
+    {
+        return new Resource(path, getRemoteURL(path), getLocalPath(path), attrs);
+    }
+
+    /** Helper function to add all values in {@code values} (if non-null) to {@code target}. */
+    protected static void addAll (String[] values, List<String> target) {
+        if (values != null) {
+            for (String value : values) {
+                target.add(value);
+            }
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Make an immutable List from the specified int array.
+     */
+    public static List<Integer> intsToList (int[] values)
+    {
+        List<Integer> list = new ArrayList<>(values.length);
+        for (int val : values) {
+            list.add(val);
+        }
+        return Collections.unmodifiableList(list);
+    }
+
+    /**
+     * Make an immutable List from the specified String array.
+     */
+    public static List<String> stringsToList (String[] values)
+    {
+        return values == null ? null : Collections.unmodifiableList(Arrays.asList(values));
+    }
+
+    /** Used to parse resources with the specified name. */
+    protected void parseResources (Config config, String name, EnumSet<Resource.Attr> attrs,
+                                   List<Resource> list)
+    {
+        String[] rsrcs = config.getMultiValue(name);
+        if (rsrcs == null) {
+            return;
+        }
+        for (String rsrc : rsrcs) {
+            try {
+                list.add(createResource(rsrc, attrs));
+            } catch (Exception e) {
+                log.warning("Invalid resource '" + rsrc + "'. " + e);
+            }
+        }
+    }
+
+    /** Possibly generates and returns a google analytics tracking cookie. */
+    protected String getGATrackingCode ()
+    {
+        if (_trackingGAHash == null) {
+            return "";
+        }
+        long time = System.currentTimeMillis() / 1000;
+        if (_trackingStart == 0) {
+            _trackingStart = time;
+        }
+        if (_trackingId == 0) {
+            int low = 100000000, high = 1000000000;
+            _trackingId = low + _rando.nextInt(high-low);
+        }
+        StringBuilder cookie = new StringBuilder("&utmcc=__utma%3D").append(_trackingGAHash);
+        cookie.append(".").append(_trackingId);
+        cookie.append(".").append(_trackingStart).append(".").append(_trackingStart);
+        cookie.append(".").append(time).append(".1%3B%2B");
+        cookie.append("__utmz%3D").append(_trackingGAHash).append(".");
+        cookie.append(_trackingStart).append(".1.1.");
+        cookie.append("utmcsr%3D(direct)%7Cutmccn%3D(direct)%7Cutmcmd%3D(none)%3B");
+        int low = 1000000000, high = 2000000000;
+        cookie.append("&utmn=").append(_rando.nextInt(high-low));
+        return cookie.toString();
+    }
+
+    /**
+     * Encodes a path for use in a URL.
+     */
+    protected static String encodePath (String path)
+    {
+        try {
+            // we want to keep slashes because we're encoding an entire path; also we need to turn
+            // + into %20 because web servers don't like + in paths or file names, blah
+            return URLEncoder.encode(path, "UTF-8").replace("%2F", "/").replace("+", "%20");
+        } catch (UnsupportedEncodingException ue) {
+            log.warning("Failed to URL encode " + path + ": " + ue);
+            return path;
+        }
+    }
+
+    protected File getLocalPath (File appdir, String path)
+    {
+        return new File(appdir, path);
+    }
+
+    public static void setStartupFilesFromParameterString(String p) {
+      // multiple files *might* be passed in as space separated quoted filenames
+      String q = "\"";
+      if (!StringUtil.isBlank(p)) {
+        String[] filenames;
+        // split quoted params or treat as single string array
+        if (p.startsWith(q) && p.endsWith(q)) {
+          // this fails if, e.g.
+          // p=q("stupidfilename\" " "otherfilename")
+          // let's hope no-one ever ends a filename with '" '
+          filenames = p.substring(q.length(),p.length()-q.length()).split(q+" "+q);
+        } else {
+          // single unquoted filename
+          filenames = new String[]{p};
+        }
+
+        // check for locator file.  Only allow one locator file to be double clicked (if multiple files opened, ignore locator files)
+        String locatorFilename = filenames.length >= 1 ? filenames[0] : null;
+        if (
+                !StringUtil.isBlank(locatorFilename)
+                && locatorFilename.toLowerCase().endsWith("."+Application.LOCATOR_FILE_EXTENSION)
+                ) {
+          setLocatorFile(locatorFilename);
+          // remove the locator filename from the filenames array
+          String[] otherFilenames = new String[filenames.length - 1];
+          System.arraycopy(filenames, 1, otherFilenames, 0, otherFilenames.length);
+          filenames = otherFilenames;
+        }
+
+        for (int i = 0; i < filenames.length; i++) {
+          String filename = filenames[i];
+          // skip any other locator files in a multiple file list
+          if (! filename.toLowerCase().endsWith("."+Application.LOCATOR_FILE_EXTENSION)) {
+            addStartupFile(filename);
+          }
+        }
+      }
+    }
+    
+    public static void setLocatorFile(String filename) {
+      _locatorFile = new File(filename);
+    }
+    
+    public static void addStartupFile(String filename) {
+      _startupFiles.add(new File(filename));
+    }
+    
+    private Config createLocatorConfig(Config.ParseOpts opts) {
+      if (_locatorFile == null) {
+        return null;
+      }
+      
+      Config locatorConfig = null;
+      
+      try {
+        Config tmpConfig = null;
+        if (_locatorFile.exists()) {
+          tmpConfig = Config.parseConfig(_locatorFile,  opts);
+        } else {
+          log.warning("Given locator file does not exist", "file", _locatorFile);
+        }
+        
+        // appbase is sanitised in HostWhitelist
+        Map<String, Object> tmpData = new HashMap<>();
+        for (Map.Entry<String, Object> entry : tmpConfig.getData().entrySet()) {
+          String key = entry.getKey();
+          Object value = entry.getValue();
+          String mkey = key.indexOf('.') > -1 ? key.substring(key.indexOf('.') + 1) : key;
+          if (Config.allowedReplaceKeys.contains(mkey) || Config.allowedMergeKeys.contains(mkey)) {
+            tmpData.put(key, value);
+          }
+        }
+        locatorConfig = new Config(tmpData);
+        
+      } catch (Exception e) {
+        log.warning("Failure reading locator file",  "file", _locatorFile, e);
+      }
+      
+      log.info("Returning locatorConfig", locatorConfig);
+      
+      return locatorConfig;
+    }
+    
+    protected final EnvConfig _envc;
+    protected File _config;
+    protected Digest _digest;
+
+    protected long _version = -1;
+    protected long _targetVersion = -1;
+    protected String _appbase;
+    protected URL _vappbase;
+    protected URL _latest;
+    protected String _class;
+    protected String _dockName;
+    protected String _dockIconPath;
+    protected boolean _strictComments;
+    protected boolean _windebug;
+    protected boolean _allowOffline;
+    protected int _maxConcDownloads;
+
+    protected String _trackingURL;
+    protected Set<Integer> _trackingPcts;
+    protected String _trackingCookieName;
+    protected String _trackingCookieProperty;
+    protected String _trackingURLSuffix;
+    protected String _trackingGAHash;
+    protected long _trackingStart;
+    protected int _trackingId;
+
+    protected String _javaVersionProp = "java.version";
+    protected String _javaVersionRegex = "(\\d+)(?:\\.(\\d+)(?:\\.(\\d+)(_\\d+)?)?)?";
+    protected long _javaMinVersion, _javaMaxVersion;
+    protected boolean _javaExactVersionRequired;
+    protected String _javaLocation;
+
+    protected List<Resource> _codes = new ArrayList<>();
+    protected List<Resource> _resources = new ArrayList<>();
+
+    protected boolean _useCodeCache;
+    protected int _codeCacheRetentionDays;
+
+    protected Map<String,AuxGroup> _auxgroups = new HashMap<>();
+    protected Map<String,Boolean> _auxactive = new HashMap<>();
+
+    protected List<String> _jvmargs = new ArrayList<>();
+    protected List<String> _appargs = new ArrayList<>();
+
+    protected String[] _optimumJvmArgs;
+
+    protected List<String> _txtJvmArgs = new ArrayList<>();
+
+    /** If a warning has been issued about not being able to set modtimes. */
+    protected boolean _warnedAboutSetLastModified;
+
+    /** Locks gettingdown.lock in the app dir. Held the entire time updating is going on.*/
+    protected FileLock _lock;
+
+    /** Channel to the file underlying _lock.  Kept around solely so the lock doesn't close. */
+    protected FileChannel _lockChannel;
+
+    protected Random _rando = new Random();
+
+    protected static final String[] EMPTY_STRING_ARRAY = new String[0];
+
+    protected static final String ENV_VAR_PREFIX = "%ENV.";
+    protected static final Pattern ENV_VAR_PATTERN = Pattern.compile("%ENV\\.(.*?)%");
+    protected static File _locatorFile;
+    protected static List<File> _startupFiles = new ArrayList<>();
+    public static final String LOCATOR_FILE_EXTENSION = "jvl";
+}