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Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into feature/JAL-2587
[jalview.git] / help / html / calculations / calculations.html
diff --git a/help/html/calculations/calculations.html b/help/html/calculations/calculations.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c194cd9
--- /dev/null
+++ b/help/html/calculations/calculations.html
@@ -0,0 +1,55 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>The Alignment Calculations Dialog</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>The Alignment Calculations Dialog</strong>
+  </p>
+  <img
+    alt="Alignment Calculations dialog box - opened via Calculations->Tree or PCA..."
+    src="calculatedialog.png" width="350" height="241">
+  <p>
+    The <strong>Calculations Dialog</strong> (shown above) is opened via
+    the <strong>Calculations&#8594;Calculate Tree or PCA...</strong>
+    menu entry.
+  </p>
+  <p>
+    It allows you to select the type of alignment analysis calculation (<a
+      href="pca.html">PCA</a> or <a href="tree.html">Tree</a>), and the
+    sequence similarity score model that will be used to perform the
+    analysis.
+  </p>
+  <p>
+    <strong>Adding additional score models</strong><br />Jalview can
+    import substitution matrices in both <a
+      href="http://www.genome.jp/aaindex/aaindex_help.html">AAindex</a>
+    and NCBI format (see e.g. <a
+      href="http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/</a>).
+    In Jalview 2.10.2, the easiest way to import new models is to drag
+    the score model file onto any alignment window. See the <a
+      href="scorematrices.html">Substitution Matrices Documentation</a>
+    for more information.
+  </p>
+</body>
+</html>