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JAL-3210 Barebones gradle/buildship/eclipse. See README
[jalview.git] / help / html / calculations / pairwise.html
diff --git a/help/html/calculations/pairwise.html b/help/html/calculations/pairwise.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 1090253..0000000
--- a/help/html/calculations/pairwise.html
+++ /dev/null
@@ -1,58 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
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- * 
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- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>Pairwise Alignment</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong>
-  </p>
-  <p>
-    This calculation is performed on the selected sequences only. Java
-    is not the fastest language in the world and aligning more than a
-    handful of sequences will take a fair amount of time. <br> For
-    each pair of sequences the best global alignment is found using
-    BLOSUM62 as the scoring matrix. The scores reported are the raw
-    scores. The sequences are aligned using a dynamic programming
-    technique and using the following gap penalties :
-  </p>
-  <p>
-    Gap open : 12 <br> Gap extend : 2
-  </p>
-  <p>When you select the pairwise alignment option, a new window
-    will come up which displays the alignments in a text format, for
-    example:</p>
-  <p>
-  <pre>
-    FER1_SPIOL/5-13 TTMMGMAT<br />
-                    |. .. ||<br />
-    FER1_MESCR/5-15 TAALSGAT
-    </pre>
-  shows the aligned sequences, where '|' links identical residues, and
-  (for peptide) '.' links residues that have a positive PAM250 score.
-  <p>The window also shows information about the alignment such as
-    alignment score, length and percentage identity between the
-    sequences.</p>
-  <p>A button is also provided to allow you to view the sequences as
-    an alignment.</p>
-</body>
-</html>