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JAL-1925 update source version in license
[jalview.git] / help / html / calculations / pairwise.html
diff --git a/help/html/calculations/pairwise.html b/help/html/calculations/pairwise.html
index 2891f1e..b9113fb 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/pairwise.html
+++ b/help/html/calculations/pairwise.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
+ * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -19,22 +19,30 @@
  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  -->
-<head><title>Pairwise Alignment</title></head>
+<head>
+<title>Pairwise Alignment</title>
+</head>
 <body>
-<p><strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong></p>
-<p>This calculation is performed on the selected sequences only. Java is not the
-  fastest language in the world and aligning more than a handful of sequences
-  will take a fair amount of time. <br>
-  For each pair of sequences the best global alignment is found using BLOSUM62
-  as the scoring matrix. The scores reported are the raw scores. The sequences
-  are aligned using a dynamic programming technique and using the following gap
-  penalties : </p>
-<p>Gap open : 12 <br>
-  Gap extend : 2 </p>
-<p>When you select the pairwise alignment option a new window will come up which
-  will display the alignments in a text format as they are calculated. Also displayed
-  is information about the alignment such as alignment score, length and percentage
-  identity between the sequences.</p>
-<p>&nbsp; </p>
+  <p>
+    <strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong>
+  </p>
+  <p>
+    This calculation is performed on the selected sequences only. Java
+    is not the fastest language in the world and aligning more than a
+    handful of sequences will take a fair amount of time. <br> For
+    each pair of sequences the best global alignment is found using
+    BLOSUM62 as the scoring matrix. The scores reported are the raw
+    scores. The sequences are aligned using a dynamic programming
+    technique and using the following gap penalties :
+  </p>
+  <p>
+    Gap open : 12 <br> Gap extend : 2
+  </p>
+  <p>When you select the pairwise alignment option a new window will
+    come up which will display the alignments in a text format as they
+    are calculated. Also displayed is information about the alignment
+    such as alignment score, length and percentage identity between the
+    sequences.</p>
+  <p>&nbsp;</p>
 </body>
 </html>