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JAL-3210 Barebones gradle/buildship/eclipse. See README
[jalview.git] / help / html / calculations / referenceseq.html
diff --git a/help/html/calculations/referenceseq.html b/help/html/calculations/referenceseq.html
deleted file mode 100644 (file)
index 7c0e3dc..0000000
--- a/help/html/calculations/referenceseq.html
+++ /dev/null
@@ -1,71 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>Reference Sequences</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>Reference Sequence Alignment Views</strong>
-  </p>
-  <p>Many alignment analysis tasks concern a query, or reference
-    sequence. For instance, when searching for sequences from other
-    organisms that are similar to a newly sequenced gene, or when
-    searching for structurally similar sequences for use in homology
-    modelling.</p>
-  <p>
-    <strong>What happens when a reference sequence is defined ?</strong>
-  </p>
-  <p>The reference sequence for an alignment is indicated by its ID
-    being shown in bold. In addition:</p>
-  <ul>
-    <li><strong>Reference sequence numbering</strong>. Instead of
-      column numbers, the alignment ruler shows the reference sequence
-      positions at each column. At each tick mark, either the reference
-      sequence symbol and position is given, or the column number when a
-      gap is present at that position in the reference sequence.</li>
-    <li><strong>Format&#8594;Show unconserved</strong> highlights
-      mutations with respect to the reference sequence, rather than the
-      alignment's consensus sequence.</li>
-  </ul>
-  <p>
-    <strong>Defining the reference sequence</strong>
-  </p>
-  <p>Each alignment view can have its own reference sequence.</p>
-  <ul>
-    <li><strong>Manually assigning a reference sequence</strong><br />
-      A sequence can be marked as the reference sequence by
-      right-clicking on its ID to open the popup menu, and selecting the
-      "<strong>(Sequence ID)&#8594;Mark as Reference</strong>" entry.</li>
-    <li><strong>Defining a reference when importing
-        annotation</strong><br />Jalview automatically assigns a reference
-      sequence when importing analysis results, such as those returned
-      from <a href="../webServices/jnet.html">JPred</a> . A reference
-      sequence can also be assigned via the <a
-      href="../features/annotationsFormat.html#refsandviews">SET_REF</a>
-      command in an alignment annotation file.</li>
-  </ul>
-  <p>
-    <em>Reference sequence based alignment visualisation was
-      introduced in Jalview 2.9, and support for storage and retrieval
-      of reference sequence views in 2.10.</em>
-  </p>
-</html>