git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge branch 'JAL-1360_Branch' into Release_2_8_2_Branch
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / user.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/user.html b/help/html/colourSchemes/user.html
index 5774306..5eacca9 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/user.html
+++ b/help/html/colourSchemes/user.html
@@ -21,22 +21,31 @@
  -->
 <head><title>User Defined Colours</title></head>
 <body>
-<p><em>User Defined Colours</em></p>
-<p><img src="userDefined.gif" width="719" height="368"> </p>
+<p><strong>User Defined Colours</strong></p>
+<p><img src="userDefined_java6.gif" width="815" height="402"> </p>
 <p>You may define any number of new colour schemes, each with a unique name. <br>
   <br>
-  Each of the residues in a new colour scheme may be assigned a new user defined 
-  colour. <br>
-  <br>
-  Click &quot;Apply&quot; or &quot;OK&quot; to set your new colours on the active 
-  alignment window. </p>
-<p>Click &quot;Cancel&quot; to undo your changes if you pressed the &quot;Apply&quot; 
-  button. <br>
-  <br>
-  If you save your colour scheme with a unique name the colour scheme name will 
-  be added to the &quot;Colour&quot; menu on each new alignment window.<br>
+  Each of the residues in a colour scheme may be assigned any chosen colour. <br>
+  Select one or more residues, then select the desired colour.<br/>
+  Use Ctrl-click to select multiple residues, or click then Shift-click to select a block.<br/>
+  Note that the currently selected buttons are highlighted by a lighter text colour.
+  <p>
+  The <strong>Case Sensitive</strong> option allows you to choose distinct colours for upper and
+  lower case residue codes.
+  <p>
+  Click <strong>Apply</strong> or <strong>OK</strong> to set your new colours on the active 
+  alignment window.<br/>
+   Click <strong>Cancel</strong> to undo your changes if you pressed the <strong>Apply</strong> 
+  button.
+  </p>
+  If you save your colour scheme with a unique name, the colour scheme name will 
+  be added to the <strong>Colour</strong> menu on each new alignment window.<br>
   <br>
   Any saved colour schemes will be automatically loaded the next time you use 
-  Jalview.</p>
+  Jalview.
+  <br><br>
+  <em>Note: the screenshot shows the appearance when running Java version 6. For Java 7 (from Jalview 2.8.2) only the Swatches colour chooser is
+  currently supported (for reasons of available screen space).</em>
+  <p/>
 </body>
 </html>