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JAL-3210 Barebones gradle/buildship/eclipse. See README
[jalview.git] / help / html / features / bioJsonFormat.html
diff --git a/help/html/features/bioJsonFormat.html b/help/html/features/bioJsonFormat.html
deleted file mode 100644 (file)
index 59b4936..0000000
--- a/help/html/features/bioJsonFormat.html
+++ /dev/null
@@ -1,82 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3
- * of the License, or (at your option) any later version.
- *  
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>BioJSON in Jalview</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>BioJSON support in Jalview</strong>
-  </p>
-  <p>BioJSON is a JavaScript Object Notation (JSON) specification
-    for the representation and exchange of multiple sequence alignment
-    data.</p>
-  <p>
-    Jalview 2.9 includes support for reading and writing BioJSON v1.0
-    data directly, or embedded in HTML documents. It can also generate
-    HTML pages which employ the <a href="biojsmsa.html">BioJS MSA
-      viewer</a> for interactive display of BioJSON data.
-  </p>
-  <p>
-    <strong>Finding out more about BioJSON</strong>
-  </p>
-  <p>
-    The BioJSON specification is published at <a
-      href="http://jalview.github.io/biojson/">http://jalview.github.io/biojson/</a>.
-  </p>
-  <p>
-    <em>Import of BioJSON data from HTML pages</em>
-  </p>
-  <p>When importing embedded data in an HTML document, Jalview
-    searches for a hidden (usually) input or div element named
-    "seqData":</p>
-  <pre>
-    <code>&lt;div name="seqData" id="seqData" style="display: none;"&gt;#valid BioJSON data#&lt;/div&gt;</code>
-  </pre>
-  <strong>OR</strong>
-  <pre>
-    <code>&lt;input type="hidden" id="seqData" name="seqData" value='#valid BioJSON data#'/&gt;</code>
-  </pre>
-  <p>Jalview can also import BioJSON data directly.</p>
-
-  <p>
-    <strong>Jalview's Support for BioJSON v1.0</strong>
-  </p>
-  <p>BioJSON exports of an alignment view include the following
-    additional data:</p>
-  <ul>
-    <li>Alignment Annotations</li>
-    <li>Alignment Features</li>
-    <li>Alignment Sequences</li>
-    <li>Color Scheme</li>
-    <li>Hidden Columns</li>
-    <li>Hidden Sequences</li>
-    <li>Sequence Groups</li>
-  </ul>
-  <p>The following data are NOT currently preserved on export:</p>
-  <ul>
-    <li>Alignment Reference sequences</li>
-    <li>Representative sequence groups</li>
-    <li>Trees</li>
-    <li>3D Structures</li>
-  </ul>
-</body>
-</html>