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JAL-1925 update source version in license
[jalview.git] / help / html / features / bioJsonFormat.html
diff --git a/help/html/features/bioJsonFormat.html b/help/html/features/bioJsonFormat.html
index a91955b..8916020 100644 (file)
--- a/help/html/features/bioJsonFormat.html
+++ b/help/html/features/bioJsonFormat.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
+ * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -20,33 +20,64 @@
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  -->
 <head>
-<title>BioJSON-1.0</title>
+<title>BioJSON in Jalviwe</title>
 </head>
 <body>
-       <h1>BioJSON</h1>
-       BioJSON is a standardise JavaScript Object Notation (JSON) format for exchange of Bio-informatics Sequence Alignment data.      
-       BioJSON-1.0 schema/documentation is available at <a href="#">http://www.jalview.org/builds/develop/examples/biojson-doc/</a>.
-       You can keep up to date with BioJSON development and latest news at <a href="#">https://github.com/jalview/biojson/wiki</a>.
-       
-       <h2>Features supported</h2>
-       Export/Import of the following alignment elements are supported in BioJSON-1.0:
-       <ul>
-               <li>Alignment Annotations</li>
-               <li>Alignment Features</li>
-               <li>Alignment Sequences</li>
-               <li>Color Scheme</li>
-               <li>Hidden Columns</li>
-               <li>Hidden Sequences</li>
-               <li>Sequence Groups</li>
-       </ul>
+  <p>
+    <strong>BioJSON support in Jalview</strong>
+  </p>
+  <p>BioJSON is a JavaScript Object Notation (JSON) specification
+    for the representation and exchange of multiple sequence alignment
+    data.</p>
+  <p>
+    Jalview 2.9 includes support for reading and writing BioJSON v1.0
+    data directly, or embedded in HTML documents. It can also generate
+    HTML pages which employ the <a href="biojsmsa.html">BioJS MSA
+      viewer</a> for interactive display of BioJSON data.
+  </p>
+  <p>
+    <strong>Finding out more about BioJSON</strong>
+  </p>
+  <p>
+    The BioJSON specification is published at <a
+      href="http://jalview.github.io/biojson/"
+    >http://jalview.github.io/biojson/</a>.
+  </p>
+  <p>
+    <em>Import of BioJSON data from HTML pages</em>
+  </p>
+  <p>When importing embedded data in an HTML document, Jalview
+    searches for a hidden (usually) input or div element named
+    "seqData":</p>
+  <pre>
+    <code>&lt;div name="seqData" id="seqData" style="display: none;"&gt;#valid BioJSON data#&lt;/div&gt;</code>
+  </pre>
+  <strong>OR</strong>
+  <pre>
+    <code>&lt;input type="hidden" id="seqData" name="seqData" value='#valid BioJSON data#'/&gt;</code>
+  </pre>
+  <p>Jalview can also import BioJSON data directly.</p>
 
-       <h2>Features not yet supported</h2>
-       Export/Import of the following alignment elements are not supported in BioJSON-1.0:
-       <ul>
-               <li>Reference sequence</li>
-               <li>Representative sequence</li>
-               <li>Trees</li>
-               <li>3D Structures</li>
-       </ul>
+  <p>
+    <strong>Jalview's Support for BioJSON v1.0</strong>
+  </p>
+  <p>BioJSON exports of an alignment view include the following
+    additional data:</p>
+  <ul>
+    <li>Alignment Annotations</li>
+    <li>Alignment Features</li>
+    <li>Alignment Sequences</li>
+    <li>Color Scheme</li>
+    <li>Hidden Columns</li>
+    <li>Hidden Sequences</li>
+    <li>Sequence Groups</li>
+  </ul>
+  <p>The following data are NOT currently preserved on export:</p>
+  <ul>
+    <li>Alignment Reference sequences</li>
+    <li>Representative sequence groups</li>
+    <li>Trees</li>
+    <li>3D Structures</li>
+  </ul>
 </body>
 </html>