git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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JAL-3210 Barebones gradle/buildship/eclipse. See README
[jalview.git] / help / html / features / biojsmsa.html
diff --git a/help/html/features/biojsmsa.html b/help/html/features/biojsmsa.html
deleted file mode 100644 (file)
index f3b6816..0000000
--- a/help/html/features/biojsmsa.html
+++ /dev/null
@@ -1,58 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- *Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- *Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- *
- *This file is part of Jalview.
- *
- *Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- *modify it under the terms of the GNU General Public License 
- *as published by the Free Software Foundation, either version 3
- *of the License, or (at your option) any later version.
- * 
- *Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- *WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- *of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- *PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- *
- *You should have received a copy of the GNU General Public License
- *along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- *The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
--->
-<title>BioJS MSA Viewer Export</title>
-<body>
-  <p>
-    <strong>Exporting Alignments for viewing with the BioJS MSA
-      Viewer</strong>
-  </p>
-  <p>
-    Since Jalview 2.9, HTML files can be generated from an alignment
-    within the Jalview desktop application that show the alignment in an
-    interactive viewer called 'BioJS-MSA'. These pages embed Jalview's
-    alignment data as <a href="bioJsonFormat.html">BioJSON</a>, which
-    can be imported back into Jalview, and also interpreted by the BioJS
-    MSA viewer. The BioJS MSA Viewer is a full-featured JavaScript based
-    multiple sequence alignment visualisation system created by a
-    community of biological data visualisation developers, and is
-    developed independently of Jalview.
-  </p>
-  <p>
-    To find out more about the BioJS MSA Viewer, please go to <a
-      href="http://msa.biojs.net/">http://msa.biojs.net/</a>.
-  </p>
-
-  <p>
-    <strong>Making sure your BioJS MSA export uses the latest
-      BioJS MSA Viewer</strong>
-  </p>
-  <p>In order to allow Jalview to export data with the latest
-    version of the MSA viewer, the Jalview Desktop will download
-    templates for HTML export from our public GitHub Repository.
-    Normally, this should happen without you needing to do anything, but
-    if you do encounter problems, then please get in contact via the
-    jalview-discuss mailing list, or file a bug report.</p>
-  <p>Templates are downloaded to a directory called
-    '.biojs_templates' in your user's home storage space (e.g.
-    ~/.biojs_templates).</p>
-</body>
-</html>