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JAL-3035 remove DAS UI documentation
[jalview.git] / help / html / features / dassettings.html
diff --git a/help/html/features/dassettings.html b/help/html/features/dassettings.html
deleted file mode 100644 (file)
index 9600070..0000000
--- a/help/html/features/dassettings.html
+++ /dev/null
@@ -1,74 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3
- * of the License, or (at your option) any later version.
- *  
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>DAS Settings</title>
-</head>
-
-<body>
-  <p>
-    <strong>DAS Settings</strong>
-  </p>
-  <p>
-    Jalview can retrieve sequences and features from many <a
-      href="http://biodas.org/">DAS</a> sources. The DAS sources
-    that it uses are discovered and selected <em>via</em> the DAS
-    settings panel, opened either from the <a
-      href="featuresettings.html">View&#8594;Feature Settings</a> dialog
-    box from the alignment window's menu bar, or the <a
-      href="featuresettings.html">Tools&#8594;Preferences</a>
-    dialog box opened from the Desktop menu bar.
-  </p>
-  <p>
-    <img src="das.gif">
-  <p>The available sources are listed in the table using each
-    source's Nickname as its identifier. Clicking on a source's entry in
-    the table reveals more information about that service in the panel
-    to the right. Select the tickbox in the &quot;Use Source&quot;
-    column for a source to add it to the set Jalview queries for
-    alignment and sequence features.</p>
-  <p>You can filter the visible DAS sources by authority, type and
-    &quot;label&quot;. You should read the DAS documentation to
-    understand more about these values.
-  <p>
-    <strong>Updating the list of sources</strong>
-  </p>
-  <p>
-    When the DAS Settings panel is first opened, and when the <strong>'Refresh
-      source'</strong> buton is pressed, a list of DAS sources is retrieved from
-    the DAS registry URL. Note that the registry hosted at
-    http://www.dasregistry.org/das/ was retired at the start of 2015. An
-    alternative service is currently hosted at
-    http://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/das/. To connect to this
-    service, ensure your .jalview_properties file includes the following
-    line:<br> <b>DAS_REGISTRY_URL=http\://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/das/</b>
-  </p>
-  <p>
-    <strong>Adding your own DAS Sources</strong>
-  </p>
-  <p>You can add your own DAS source to the list by clicking the
-    &quot;Add Local Source&quot; button. Enter the URL and nickname of
-    your additional service. It should be noted that Jalview 2.1 will
-    not query additional sources for more information, but this will be
-    implemented in future editions.
-  <p>&nbsp;
-</body>
-</html>