git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
New help
[jalview.git] / help / html / features / pdbviewer.html
diff --git a/help/html/features/pdbviewer.html b/help/html/features/pdbviewer.html
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..a35fe5f
--- /dev/null
+++ b/help/html/features/pdbviewer.html
@@ -0,0 +1,41 @@
+<html>\r
+<head><title>PDB Viewer</title></head>\r
+<body>\r
+<p><strong>Viewing PDB Structures</strong></p>\r
+<p>Jalview has a simple 3D structure viewer which can load PDB files and associate \r
+  the structure with a sequence in an alignment. </p>\r
+<p>There are 2 ways to load and associate a PDB file into Jalview application.</p>\r
+<ul>\r
+  <li>Select &quot;<a href="seqfeatures.html">Sequence Features</a>&quot; from \r
+    the &quot;View&quot; menu. This will attempt to match your sequences with \r
+    the Uniprot database first by name, then by sequence. The same process will \r
+    make note of any PDB files associated with each sequence. </li>\r
+  <li>Select &quot;<a href="seqfetch.html">Fetch Sequence</a>&quot; from an alignment \r
+    window or from the main desktop &quot;File&quot; menu. In the popup window \r
+    which appears, select PDB as the database and enter your known PDB id. If \r
+    you know which chain you wish to retrieve, append the chain id after a colon \r
+    eg 1GAQ:B</li>\r
+</ul>\r
+<p>Note the applet can only load PDB files by copying and pasting the text into \r
+  the popup window which appears when &quot;Show PDB Structure&quot; is selected \r
+  after right clicking on a sequence name.</p>\r
+<p>To see a particular structure, right click on a sequence name and from the \r
+  popup menu select &quot;Sequence -&gt; View PDB Entry&quot;. </p>\r
+<p>The PDB Structure viewer will perform a pairwise alignment of your sequence \r
+  and each PDB chain sequence. To view the results of the mapping, select &quot;File \r
+  -&gt; View Mapping&quot; from the structure viewer window. </p>\r
+<p>Moving the mouse over the structure will highlight the residue in the alignment \r
+  window, and vice versa.</p>\r
+<p><em>Tips for Viewing Structures</em></p>\r
+<ul>\r
+  <li>Colour By Sequence follows the exact colours of the alignment window, including \r
+    sequence features. Thus you can easily view Uniprot sequence features, eg \r
+    helix or metal binding sites on both the alignment and structure viewer.</li>\r
+  <li>Deselect Colours-&gt;Show All Chains in order to view only the mapped chain. \r
+  </li>\r
+  <li>Use Wireframe, without depthcue, and without Z Buffering in order to accelerate \r
+    the rendering of the structure. </li>\r
+  <li>You can save an image of your structure as a PNG or EPS file.</li>\r
+</ul>\r
+</body>\r
+</html>\r