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JAL-3210 Barebones gradle/buildship/eclipse. See README
[jalview.git] / help / html / io / modellerpir.html
diff --git a/help/html/io/modellerpir.html b/help/html/io/modellerpir.html
deleted file mode 100755 (executable)
index d6157fb..0000000
--- a/help/html/io/modellerpir.html
+++ /dev/null
@@ -1,73 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3
- * of the License, or (at your option) any later version.
- *  
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>Modeller PIR Format IO</title>
-</head>
-<body>
-  <p>
-    <strong>Modeller PIR Format IO</strong>
-  </p>
-  <p>
-    The homology modelling program, <a
-      href="http://salilab.org/modeller/">Modeller</a> uses a
-    special form of the PIR format where information about sequence
-    numbering and chain codes are written into the 'description' line
-    between the PIR protein tag and the protein alignment entry:
-  </p>
-  <pre>&gt;P1;Q93Z60_ARATH
-sequence:Q93Z60_ARATH:1:.:118:.:.
-----MASTALSSAIVSTSFLRRQQTPISLRSLPFANT-QSLFGLKS-STARGGRVTAMATYKVKFITPEGEQ
-EVECEEDVYVLDAAEEAGLDLPYSCRAGSCSSCAGKVVSGSIDQSD------QSFLD-D-------------
----------------------*
-&gt;P1;PDB|1FER|_
-structureX:1FER:1:.:105:.:.
-----------------------------------------------------AFVVTDNCIKCKY---TDCV
-EV-CPVDCFY----EGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEVWPNITEK
-KDPLPDAEDWDGVKGKLQHLE*
-</pre>
-  <p>Jalview will attempt to parse any PIR entries conforming to the
-    Modeller/PIR format, in order to extract the sequence start and end
-    numbering and (possibly) a PDB file reference. The description line
-    information is always stored in the sequence description string - so
-    no information is lost if this parsing process fails.</p>
-  <p>
-    The 'Modeller Output' flag in the 'Output' tab of the Jalview <a
-      href="../features/preferences.html">Preferences dialog
-      box</a> controls whether Jalview will also output MODELLER style PIR
-    files. In this case, any existing 'non-modeller PIR' header
-    information in the description string of an alignment is appended to
-    an automatically generated modeller description line for that
-    sequence.
-  </p>
-  <p>The general format used for generating the Modeller/PIR
-    sequence description line is shown below :
-  <pre>&gt;P1;<em>Primary_Sequence_ID</em>
-<em>sequence or structureX</em>:<em>pdb-reference if
-  available</em>:<em>start residue</em>:<em>start chain code</em>:<em>end
-  residue</em>:<em>end chain code</em>:. <em>description text</em>
-  </pre>
-  The first field is either sequence or structureX, depending upon the
-  presence of a PDB database ID for the sequence. If the protein has no
-  PDB reference, then the chain code is not specified, unless one
-  already existed when the sequence was imported into Jalview.
-</body>
-</html>