JAL-2189 format help
[jalview.git] / help / html / webServices / RNAalifold.html
index 432e0a6..36e43aa 100644 (file)
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     Gruber, and Peter F. Stadler, <em>RNAalifold: Improved
       consensus structure prediction for RNA alignments</em> (BMC
     Bioinformatics, 9:474, 2008). Download the paper at <a
-      href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474"
-    >http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474</a>.
+      href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474">http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/474</a>.
   </p>
   <p>
     <strong>Running RNAalifold from Jalview</strong><br />
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     <Strong>RNAalifold prediction parameters</Strong> <br /> JABAWS and
     Jalview only provide access to a selection of the RNAalifold
     arguments. For a full description, see the documentation at <a
-      href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html"
-    >http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html</a>.
+      href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html">http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAalifold.html</a>.
   </p>
   <p>
     <strong>Supported Arguments which give alternate structures</strong>
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     Calculate an MEA structure where the expected Accuracy is computed
     from the base pair probabilities. A more detailed description can be
     found in the <strong>RNAfold</strong> program documentation at <a
-      href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html"
-    >http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html</a>.
+      href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html">http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html</a>.
   </p>
   <p>
     <strong>Example RNAalifold Structure Annotation rows</strong>