JAL-3091 known defect in whats new for Java 10 issues: JAL-3103 JAL-3102
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index d7a93c6..248db1a 100755 (executable)
 </head>
 <body>
   <p>
-    <strong>What's new ?</strong>
+    <strong>What's new in Jalview 2.10.5 ?</strong>
   </p>
+  <p>Jalview 2.10.5 is a minor release that includes critical
+    patches for users working with Ensembl, and RNA secondary structure
+    annotation.</p>
+  <ul>
+    <li>Jalview's default memory limit increased to 1G. If you have
+      problems starting Jalview 2.10.5 and you have 1G or less
+      physical memory on your machine, you will need to <a
+      href="memory.html#memsetting">reduce the memory</a> allocated to
+      Jalview.
+    </li>
+    <li>EPS, PNG and SVG export now includes hidden sequence
+      markers, and representative sequences are marked in bold.</li>
+    <li>Ensembl Client updated for Ensembl Rest API v7.<br />The
+      latest Ensembl API is not backwards compatible with earlier
+      versions of Jalview, so if you require Ensembl functionality you
+      will need to install this release.
+    </li>
+    <li>Improved support for VIENNA extended dot-bracket notation
+      for RNA secondary structure</li>
+    <li>Positional and selected region highlighting in VARNA
+      'trimmed sequence' view now more reliable</li>
+  </ul>
   <p>
-    Jalview 2.9.1 is the next major release in the Jalview 2.9 series. Full details are in the
-    <a href="releases.html#Jalview.2.9.1">Jalview 2.9.1 Release Notes</a>.
+    The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
+      href="releases.html#Jalview.2.10.5">2.10.5 Release Notes</a>. The
+    majority of improvement in 2.10.5 are due to Jalview users
+    contacting us via the jalview-discuss email list. Thanks to everyone
+    who took the time to do this !
   </p>
   <p>
-    <strong>Highlights in Jalview 2.9.1</strong>
+    <strong>Jalview and Java 10</strong>
+  </p>
+  <p>This release addresses a critical bug for OSX users who are
+    running Jalview with Java 10 which can prevent files being saved
+    correctly through the 'Save As' dialog box.</p>
+    <em>Known Issues</em>
   <ul>
+    <li>OSX: The 'Save As' dialog for Jalview's Groovy Console
+      remains affected: the workaround is to create a new file outside
+      of Jalview and then select it when saving your groovy script. We
+      hope to address this in the next major release.</li>
+    <li>OSX: Jalview only displays old news feed items</li>
+    <li>OSX: Users may have to manually configure a web browser
+      helper application ('/usr/bin/open' can be used in the Connections
+      Preferences panel to open URLs with your default browser).</li>
   </ul>
-
 </body>
 </html>