JAL-4090 JAL-4160 JAL-4274 image export dimensions and scale factor configurable...
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index b51f463..2365cf3 100644 (file)
@@ -21,7 +21,9 @@ channel: "release"
 - <!-- JAL-4086 --> Highlight aligned positions on all associated structures when mousing over a column
 
 - <!-- JAL-4221 --> sequence descriptions are updated from database reference sources if not already defined
+- <!-- JAL-4273 --> Visible adjuster marks to grab and adjust annotation panel height and id width
 
+- <!-- JAL-4274 --> Command line options and configurable bitmap export preferences for height, width and scale factor
 
 ### Improved support for working with computationally determined models
 
@@ -48,6 +50,11 @@ channel: "release"
 
 ### Other improvements
 
+
+- <!-- JAL-4250 --> Secondary structure annotation glyphs are rendered anti-aliasing when enabled
+- <!-- JAL-325 --> Helix and Sheet glyphs vertically centered with respect to grey coil secondary structure annotation track
+- <!-- JAL-4253 --> Lower line of the sequence group border does not align with vertical and background residue box
+- <!-- JAL-4250 --> Updated JFreeSVG (https://www.jfree.org/jfreesvg) from 2.1 to 3.4.3
 - <!-- JAL-3119 --> Name of alignment and view included in overview window's title
 - <!-- JAL-4213 --> "add reference annotation" add all positions in reference annotation tracks, not just positions in the currently highlighted columns/selection range
 - <!-- JAL-4119 --> EMBL-EBI SIFTS file downloads now use split directories
@@ -75,6 +82,7 @@ known issue ? <!-- JAL-4127   --> 'Reload' for a jalview project results in all wi
 
 - <!-- JAL-4167 --> Create separate gradle test task for some tests
 - <!-- JAL-4111 --> Allow gradle build to create suffixed DEVELOP-... builds with channel appbase
+- <!-- JAL-4243 --> Jalview bio.tools description maintained under jalview's git repo and bundled with source release
 
 ## Issues Resolved
 - <!-- JAL-2961 --> Jmol view not always centred on structures when multiple structures are viewed
@@ -100,7 +108,7 @@ known issue ? <!-- JAL-4127 --> 'Reload' for a jalview project results in all wi
 - <!-- JAL-4178 --> Cannot cancel structure view open action once it has been started via the structure chooser dialog
 - <!-- JAL-4142 --> Example project's multiple views do not open in distinct locations when eXpand views is used to show them all separately
 - <!-- JAL-4165 --> Missing last letter when copying consensus sequence from alignment if first column is hidden
-
+- <!-- JAL-4261 --> Last sequence ID in alignment not shown and annotation labels are misaligned in HTML export