Merge branch 'features/JAL-2393customMatrices' into develop

[jalview.git] / resources / scoreModel / blosum80.scm

diff --git a/resources/scoreModel/blosum80.scm b/resources/scoreModel/blosum80.scm
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8153d3b
--- /dev/null
+++ b/resources/scoreModel/blosum80.scm
@@ -0,0 +1,32 @@
+#
+# Source: http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?aaindex:HENS920103
+#
+H HENS920103
+D BLOSUM80 substitution matrix (Henikoff-Henikoff, 1992)
+R PMID:1438297
+A Henikoff, S. and Henikoff, J.G.
+T Amino acid substitution matrices from protein blocks
+J Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 10915-10919 (1992)
+* matrix in 1/3 Bit Units
+M rows = ARNDCQEGHILKMFPSTWYV, cols = ARNDCQEGHILKMFPSTWYV
+      7.
+     -3.      9.
+     -3.     -1.      9.
+     -3.     -3.      2.     10.
+     -1.     -6.     -5.     -7.     13.
+     -2.      1.      0.     -1.     -5.      9.
+     -2.     -1.     -1.      2.     -7.      3.      8.
+      0.     -4.     -1.     -3.     -6.     -4.     -4.      9.
+     -3.      0.      1.     -2.     -7.      1.      0.     -4.     12.
+     -3.     -5.     -6.     -7.     -2.     -5.     -6.     -7.     -6.      7.
+     -3.     -4.     -6.     -7.     -3.     -4.     -6.     -7.     -5.      2.      6.
+     -1.      3.      0.     -2.     -6.      2.      1.     -3.     -1.     -5.     -4.      8.
+     -2.     -3.     -4.     -6.     -3.     -1.     -4.     -5.     -4.      2.      3.     -3.      9.
+     -4.     -5.     -6.     -6.     -4.     -5.     -6.     -6.     -2.     -1.      0.     -5.      0.     10.
+     -1.     -3.     -4.     -3.     -6.     -3.     -2.     -5.     -4.     -5.     -5.     -2.     -4.     -6.     12.
+      2.     -2.      1.     -1.     -2.     -1.     -1.     -1.     -2.     -4.     -4.     -1.     -3.     -4.     -2.      7.
+      0.     -2.      0.     -2.     -2.     -1.     -2.     -3.     -3.     -2.     -3.     -1.     -1.     -4.     -3.      2.      8.
+     -5.     -5.     -7.     -8.     -5.     -4.     -6.     -6.     -4.     -5.     -4.     -6.     -3.      0.     -7.     -6.     -5.     16.
+     -4.     -4.     -4.     -6.     -5.     -3.     -5.     -6.      3.     -3.     -2.     -4.     -3.      4.     -6.     -3.     -3.      3.     11.
+     -1.     -4.     -5.     -6.     -2.     -4.     -4.     -6.     -5.      4.      1.     -4.      1.     -2.     -4.     -3.      0.     -5.     -3.      7.
+//