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[jalview.git] / src / jalview / binding / CompoundMatcher.java
diff --git a/src/jalview/binding/CompoundMatcher.java b/src/jalview/binding/CompoundMatcher.java
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index a2d1048..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,368 +0,0 @@
-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
- */
-
-package jalview.binding;
-
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
-//---------------------------------/
-
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
-
-/**
- * Class CompoundMatcher.
- * 
- * @version $Revision$ $Date$
- */
-public class CompoundMatcher implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * If true, matchers are AND-ed, if false they are OR-ed
-   */
-  private boolean _and;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _and
-   */
-  private boolean _has_and;
-
-  /**
-   * Field _matcherSetList.
-   */
-  private java.util.Vector _matcherSetList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public CompoundMatcher()
-  {
-    super();
-    this._matcherSetList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vMatcherSet
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addMatcherSet(final jalview.binding.MatcherSet vMatcherSet)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check for the maximum size
-    if (this._matcherSetList.size() >= 2)
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "addMatcherSet has a maximum of 2");
-    }
-
-    this._matcherSetList.addElement(vMatcherSet);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vMatcherSet
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addMatcherSet(final int index,
-          final jalview.binding.MatcherSet vMatcherSet)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check for the maximum size
-    if (this._matcherSetList.size() >= 2)
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "addMatcherSet has a maximum of 2");
-    }
-
-    this._matcherSetList.add(index, vMatcherSet);
-  }
-
-  /**
-   */
-  public void deleteAnd()
-  {
-    this._has_and = false;
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateMatcherSet.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.binding.MatcherSet elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateMatcherSet()
-  {
-    return this._matcherSetList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'and'. The field 'and' has the following
-   * description: If true, matchers are AND-ed, if false they are OR-ed
-   * 
-   * @return the value of field 'And'.
-   */
-  public boolean getAnd()
-  {
-    return this._and;
-  }
-
-  /**
-   * Method getMatcherSet.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.binding.MatcherSet at the given index
-   */
-  public jalview.binding.MatcherSet getMatcherSet(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._matcherSetList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "getMatcherSet: Index value '" + index + "' not in range [0.."
-                      + (this._matcherSetList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.binding.MatcherSet) _matcherSetList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getMatcherSet.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.binding.MatcherSet[] getMatcherSet()
-  {
-    jalview.binding.MatcherSet[] array = new jalview.binding.MatcherSet[0];
-    return (jalview.binding.MatcherSet[]) this._matcherSetList
-            .toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getMatcherSetCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getMatcherSetCount()
-  {
-    return this._matcherSetList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method hasAnd.
-   * 
-   * @return true if at least one And has been added
-   */
-  public boolean hasAnd()
-  {
-    return this._has_and;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'and'. The field 'and' has the following
-   * description: If true, matchers are AND-ed, if false they are OR-ed
-   * 
-   * @return the value of field 'And'.
-   */
-  public boolean isAnd()
-  {
-    return this._and;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   */
-  public void removeAllMatcherSet()
-  {
-    this._matcherSetList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeMatcherSet.
-   * 
-   * @param vMatcherSet
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeMatcherSet(
-          final jalview.binding.MatcherSet vMatcherSet)
-  {
-    boolean removed = _matcherSetList.remove(vMatcherSet);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeMatcherSetAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.binding.MatcherSet removeMatcherSetAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._matcherSetList.remove(index);
-    return (jalview.binding.MatcherSet) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'and'. The field 'and' has the following
-   * description: If true, matchers are AND-ed, if false they are OR-ed
-   * 
-   * @param and
-   *          the value of field 'and'.
-   */
-  public void setAnd(final boolean and)
-  {
-    this._and = and;
-    this._has_and = true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vMatcherSet
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setMatcherSet(final int index,
-          final jalview.binding.MatcherSet vMatcherSet)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._matcherSetList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "setMatcherSet: Index value '" + index + "' not in range [0.."
-                      + (this._matcherSetList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._matcherSetList.set(index, vMatcherSet);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vMatcherSetArray
-   */
-  public void setMatcherSet(
-          final jalview.binding.MatcherSet[] vMatcherSetArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _matcherSetList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vMatcherSetArray.length; i++)
-    {
-      this._matcherSetList.add(vMatcherSetArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.binding.CompoundMatcher
-   */
-  public static jalview.binding.CompoundMatcher unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.binding.CompoundMatcher) Unmarshaller
-            .unmarshal(jalview.binding.CompoundMatcher.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
-
-}