git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Formatted source
[jalview.git] / src / jalview / binding / JalviewModelSequence2.java
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2.java b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2.java
index 0cf1942..add536e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2.java
@@ -4,7 +4,6 @@
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
-\r
 /*\r
 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
@@ -23,24 +22,26 @@
 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
 */\r
-\r
 package jalview.binding;\r
 \r
-  //---------------------------------/\r
- //- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
+import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
+\r
+import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
+//---------------------------------/\r
+//- Imported classes and packages -/\r
+//---------------------------------/\r
 import java.io.IOException;\r
 import java.io.Reader;\r
 import java.io.Serializable;\r
 import java.io.Writer;\r
+\r
 import java.util.Enumeration;\r
 import java.util.Vector;\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
+\r
 \r
 /**\r
  * Class JalviewModelSequence2.\r
@@ -48,10 +49,8 @@ import org.xml.sax.ContentHandler;
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
 public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {\r
-\r
-\r
-      //--------------------------/\r
-     //- Class/Member Variables -/\r
+    //--------------------------/\r
+    //- Class/Member Variables -/\r
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
@@ -59,33 +58,22 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      */\r
     private java.util.Vector _items;\r
 \r
-\r
-      //----------------/\r
-     //- Constructors -/\r
     //----------------/\r
-\r
+    //- Constructors -/\r
+    //----------------/\r
     public JalviewModelSequence2() {\r
         super();\r
         _items = new Vector();\r
-    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2()\r
-\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2()\r
+ //-----------/\r
 \r
-      //-----------/\r
-     //- Methods -/\r
-    //-----------/\r
-\r
-    /**\r
-     * Method addJalviewModelSequence2Item\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
-     * @param vJalviewModelSequence2Item\r
-     */\r
-    public void addJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+    public void addJalviewModelSequence2Item(\r
+        jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _items.addElement(vJalviewModelSequence2Item);\r
-    } //-- void addJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
+    }\r
+     //-- void addJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
 \r
     /**\r
      * Method addJalviewModelSequence2Item\r
@@ -95,11 +83,12 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @param vJalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public void addJalviewModelSequence2Item(int index, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+    public void addJalviewModelSequence2Item(int index,\r
+        jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         _items.insertElementAt(vJalviewModelSequence2Item, index);\r
-    } //-- void addJalviewModelSequence2Item(int, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
+    }\r
+     //-- void addJalviewModelSequence2Item(int, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
 \r
     /**\r
      * Method enumerateJalviewModelSequence2Item\r
@@ -108,10 +97,10 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return Enumeration\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateJalviewModelSequence2Item()\r
-    {\r
+    public java.util.Enumeration enumerateJalviewModelSequence2Item() {\r
         return _items.elements();\r
-    } //-- java.util.Enumeration enumerateJalviewModelSequence2Item()\r
+    }\r
+     //-- java.util.Enumeration enumerateJalviewModelSequence2Item()\r
 \r
     /**\r
      * Method getJalviewModelSequence2Item\r
@@ -121,16 +110,16 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @return JalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item getJalviewModelSequence2Item(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item getJalviewModelSequence2Item(\r
+        int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _items.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
 \r
         return (jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) _items.elementAt(index);\r
-    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item getJalviewModelSequence2Item(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item getJalviewModelSequence2Item(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method getJalviewModelSequence2Item\r
@@ -139,15 +128,17 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return JalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] getJalviewModelSequence2Item()\r
-    {\r
+    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] getJalviewModelSequence2Item() {\r
         int size = _items.size();\r
         jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] mArray = new jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[size];\r
+\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
             mArray[index] = (jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) _items.elementAt(index);\r
         }\r
+\r
         return mArray;\r
-    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] getJalviewModelSequence2Item()\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] getJalviewModelSequence2Item()\r
 \r
     /**\r
      * Method getJalviewModelSequence2ItemCount\r
@@ -156,10 +147,10 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return int\r
      */\r
-    public int getJalviewModelSequence2ItemCount()\r
-    {\r
+    public int getJalviewModelSequence2ItemCount() {\r
         return _items.size();\r
-    } //-- int getJalviewModelSequence2ItemCount()\r
+    }\r
+     //-- int getJalviewModelSequence2ItemCount()\r
 \r
     /**\r
      * Method isValid\r
@@ -168,16 +159,16 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean isValid()\r
-    {\r
+    public boolean isValid() {\r
         try {\r
             validate();\r
-        }\r
-        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
             return false;\r
         }\r
+\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid()\r
+    }\r
+     //-- boolean isValid()\r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
@@ -187,11 +178,11 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      * @param out\r
      */\r
     public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
+    }\r
+     //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
@@ -201,20 +192,20 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      * @param handler\r
      */\r
     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-\r
+        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
+    }\r
+     //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 \r
     /**\r
      * Method removeAllJalviewModelSequence2Item\r
      *\r
      */\r
-    public void removeAllJalviewModelSequence2Item()\r
-    {\r
+    public void removeAllJalviewModelSequence2Item() {\r
         _items.removeAllElements();\r
-    } //-- void removeAllJalviewModelSequence2Item()\r
+    }\r
+     //-- void removeAllJalviewModelSequence2Item()\r
 \r
     /**\r
      * Method removeJalviewModelSequence2Item\r
@@ -224,12 +215,14 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @return JalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item removeJalviewModelSequence2Item(int index)\r
-    {\r
+    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item removeJalviewModelSequence2Item(\r
+        int index) {\r
         java.lang.Object obj = _items.elementAt(index);\r
         _items.removeElementAt(index);\r
+\r
         return (jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) obj;\r
-    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item removeJalviewModelSequence2Item(int)\r
+    }\r
+     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item removeJalviewModelSequence2Item(int)\r
 \r
     /**\r
      * Method setJalviewModelSequence2Item\r
@@ -239,15 +232,17 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      * @param index\r
      * @param vJalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public void setJalviewModelSequence2Item(int index, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
-    {\r
+    public void setJalviewModelSequence2Item(int index,\r
+        jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _items.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
+\r
         _items.setElementAt(vJalviewModelSequence2Item, index);\r
-    } //-- void setJalviewModelSequence2Item(int, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
+    }\r
+     //-- void setJalviewModelSequence2Item(int, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
 \r
     /**\r
      * Method setJalviewModelSequence2Item\r
@@ -256,14 +251,16 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      *\r
      * @param jalviewModelSequence2ItemArray\r
      */\r
-    public void setJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] jalviewModelSequence2ItemArray)\r
-    {\r
+    public void setJalviewModelSequence2Item(\r
+        jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] jalviewModelSequence2ItemArray) {\r
         //-- copy array\r
         _items.removeAllElements();\r
+\r
         for (int i = 0; i < jalviewModelSequence2ItemArray.length; i++) {\r
             _items.addElement(jalviewModelSequence2ItemArray[i]);\r
         }\r
-    } //-- void setJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
+    }\r
+     //-- void setJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
 \r
     /**\r
      * Method unmarshal\r
@@ -274,20 +271,20 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      * @return Object\r
      */\r
     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
-        return (jalview.binding.JalviewModelSequence2) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence2.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
+            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        return (jalview.binding.JalviewModelSequence2) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence2.class,\r
+            reader);\r
+    }\r
+     //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 \r
     /**\r
      * Method validate\r
      *\r
      */\r
-    public void validate()\r
-        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
-    {\r
+    public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate()\r
-\r
+    }\r
+     //-- void validate()\r
 }\r