git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Formatting
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SequenceNode.java
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
index c40f746..943751e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*\r
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
- * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  *\r
  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
@@ -20,130 +20,130 @@ package jalview.datamodel;
 \r
 import java.awt.*;\r
 \r
-\r
 /**\r
  * DOCUMENT ME!\r
  *\r
  * @author $author$\r
  * @version $Revision$\r
  */\r
-public class SequenceNode extends BinaryNode\r
+public class SequenceNode\r
+    extends BinaryNode\r
 {\r
-    /** DOCUMENT ME!! */\r
-    public float dist;\r
-\r
-    /** DOCUMENT ME!! */\r
-    public int count;\r
-\r
-    /** DOCUMENT ME!! */\r
-    public float height;\r
-\r
-    /** DOCUMENT ME!! */\r
-    public float ycount;\r
-\r
-    /** DOCUMENT ME!! */\r
-    public Color color = Color.black;\r
-\r
-    /** DOCUMENT ME!! */\r
-    public boolean dummy = false;\r
-    private boolean placeholder = false;\r
-\r
-    /**\r
-     * Creates a new SequenceNode object.\r
-     */\r
-    public SequenceNode()\r
-    {\r
-        super();\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Creates a new SequenceNode object.\r
-     *\r
-     * @param val DOCUMENT ME!\r
-     * @param parent DOCUMENT ME!\r
-     * @param dist DOCUMENT ME!\r
-     * @param name DOCUMENT ME!\r
-     */\r
-    public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, float dist, String name)\r
-    {\r
-        super(val, parent, name);\r
-        this.dist = dist;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * Creates a new SequenceNode object.\r
-     *\r
-     * @param val DOCUMENT ME!\r
-     * @param parent DOCUMENT ME!\r
-     * @param name DOCUMENT ME!\r
-     * @param dist DOCUMENT ME!\r
-     * @param bootstrap DOCUMENT ME!\r
-     * @param dummy DOCUMENT ME!\r
-     */\r
-    public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, String name,\r
-        float dist, int bootstrap, boolean dummy)\r
-    {\r
-        super(val, parent, name);\r
-        this.dist = dist;\r
-        this.bootstrap = bootstrap;\r
-        this.dummy = dummy;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * @param dummy true if node is created for the representation of polytomous trees\r
-     */\r
-    public boolean isDummy()\r
-    {\r
-        return dummy;\r
-    }\r
-\r
-    /* @param placeholder is true if the sequence refered to in the\r
-     *  element node is not actually present in the associated alignment\r
-     */\r
-    public boolean isPlaceholder()\r
+  /** DOCUMENT ME!! */\r
+  public float dist;\r
+\r
+  /** DOCUMENT ME!! */\r
+  public int count;\r
+\r
+  /** DOCUMENT ME!! */\r
+  public float height;\r
+\r
+  /** DOCUMENT ME!! */\r
+  public float ycount;\r
+\r
+  /** DOCUMENT ME!! */\r
+  public Color color = Color.black;\r
+\r
+  /** DOCUMENT ME!! */\r
+  public boolean dummy = false;\r
+  private boolean placeholder = false;\r
+\r
+  /**\r
+   * Creates a new SequenceNode object.\r
+   */\r
+  public SequenceNode()\r
+  {\r
+    super();\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * Creates a new SequenceNode object.\r
+   *\r
+   * @param val DOCUMENT ME!\r
+   * @param parent DOCUMENT ME!\r
+   * @param dist DOCUMENT ME!\r
+   * @param name DOCUMENT ME!\r
+   */\r
+  public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, float dist, String name)\r
+  {\r
+    super(val, parent, name);\r
+    this.dist = dist;\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * Creates a new SequenceNode object.\r
+   *\r
+   * @param val DOCUMENT ME!\r
+   * @param parent DOCUMENT ME!\r
+   * @param name DOCUMENT ME!\r
+   * @param dist DOCUMENT ME!\r
+   * @param bootstrap DOCUMENT ME!\r
+   * @param dummy DOCUMENT ME!\r
+   */\r
+  public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, String name,\r
+                      float dist, int bootstrap, boolean dummy)\r
+  {\r
+    super(val, parent, name);\r
+    this.dist = dist;\r
+    this.bootstrap = bootstrap;\r
+    this.dummy = dummy;\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * @param dummy true if node is created for the representation of polytomous trees\r
+   */\r
+  public boolean isDummy()\r
+  {\r
+    return dummy;\r
+  }\r
+\r
+  /* @param placeholder is true if the sequence refered to in the\r
+   *  element node is not actually present in the associated alignment\r
+   */\r
+  public boolean isPlaceholder()\r
+  {\r
+    return placeholder;\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * DOCUMENT ME!\r
+   *\r
+   * @param newstate DOCUMENT ME!\r
+   *\r
+   * @return DOCUMENT ME!\r
+   */\r
+  public boolean setDummy(boolean newstate)\r
+  {\r
+    boolean oldstate = dummy;\r
+    dummy = newstate;\r
+\r
+    return oldstate;\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * DOCUMENT ME!\r
+   *\r
+   * @param Placeholder DOCUMENT ME!\r
+   */\r
+  public void setPlaceholder(boolean Placeholder)\r
+  {\r
+    this.placeholder = Placeholder;\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * ascends the tree but doesn't stop until a non-dummy node is discovered.\r
+   * This will probably break if the tree is a mixture of BinaryNodes and SequenceNodes.\r
+   */\r
+  public SequenceNode AscendTree()\r
+  {\r
+    SequenceNode c = this;\r
+\r
+    do\r
     {\r
-        return placeholder;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * DOCUMENT ME!\r
-     *\r
-     * @param newstate DOCUMENT ME!\r
-     *\r
-     * @return DOCUMENT ME!\r
-     */\r
-    public boolean setDummy(boolean newstate)\r
-    {\r
-        boolean oldstate = dummy;\r
-        dummy = newstate;\r
-\r
-        return oldstate;\r
+      c = (SequenceNode) c.parent();\r
     }\r
+    while ( (c != null) && c.dummy);\r
 \r
-    /**\r
-     * DOCUMENT ME!\r
-     *\r
-     * @param Placeholder DOCUMENT ME!\r
-     */\r
-    public void setPlaceholder(boolean Placeholder)\r
-    {\r
-        this.placeholder = Placeholder;\r
-    }\r
-\r
-    /**\r
-     * ascends the tree but doesn't stop until a non-dummy node is discovered.\r
-     * This will probably break if the tree is a mixture of BinaryNodes and SequenceNodes.\r
-     */\r
-    public SequenceNode AscendTree()\r
-    {\r
-        SequenceNode c = this;\r
-\r
-        do\r
-        {\r
-            c = (SequenceNode) c.parent();\r
-        }\r
-        while ((c != null) && c.dummy);\r
-\r
-        return c;\r
-    }\r
+    return c;\r
+  }\r
 }\r