JAL-3141 Reformatted code in eclipse
[jalview.git] / src / jalview / jbgui / GPreferences.java
index 58737ee..43b521a 100755 (executable)
@@ -36,7 +36,6 @@ import java.awt.Component;
 import java.awt.Dimension;
 import java.awt.FlowLayout;
 import java.awt.Font;
-import java.awt.FontMetrics;
 import java.awt.GridBagConstraints;
 import java.awt.GridBagLayout;
 import java.awt.GridLayout;
@@ -49,9 +48,8 @@ import java.awt.event.KeyEvent;
 import java.awt.event.KeyListener;
 import java.awt.event.MouseAdapter;
 import java.awt.event.MouseEvent;
-import java.util.ArrayList;
-import java.util.Map;
 import java.util.HashMap;
+import java.util.Map;
 
 import javax.swing.AbstractCellEditor;
 import javax.swing.BorderFactory;
@@ -279,7 +277,6 @@ public class GPreferences extends JPanel
 
   protected JCheckBox sortByTree = new JCheckBox();
 
-
   /*
    * Web Services tab
    */
@@ -533,11 +530,8 @@ public class GPreferences extends JPanel
     embbedBioJSON.setText(MessageManager.getString("label.embbed_biojson"));
     embbedBioJSON.setBounds(new Rectangle(228, 200, 250, 23));
 
-
     TitledBorder backupFilesBorder = new TitledBorder(
-            MessageManager
-                    .getString("label.backup_files"));
-
+            MessageManager.getString("label.backup_files"));
 
     jPanel11.add(jLabel1);
     jPanel11.add(blcjv);
@@ -1070,14 +1064,13 @@ public class GPreferences extends JPanel
         hiddenColour_actionPerformed(hiddenColour);
       }
     });
-    
+
     useLegacyGap = new JCheckBox(
             MessageManager.getString("label.ov_legacy_gap"));
     useLegacyGap.setFont(LABEL_FONT);
     useLegacyGap.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
     useLegacyGap.setVerticalTextPosition(SwingConstants.TOP);
-    gapLabel = new JLabel(
-            MessageManager.getString("label.gap_colour"));
+    gapLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.gap_colour"));
     gapLabel.setFont(LABEL_FONT);
     gapLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
     gapLabel.setVerticalTextPosition(SwingConstants.TOP);
@@ -1700,8 +1693,8 @@ public class GPreferences extends JPanel
   private JPanel initBackupsTab()
   {
     JPanel backupsTab = new JPanel();
-    backupsTab.setBorder(new TitledBorder(MessageManager
-          .getString("label.backup_files")));
+    backupsTab.setBorder(new TitledBorder(
+            MessageManager.getString("label.backup_files")));
     backupsTab.setLayout(new GridBagLayout());
 
     GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
@@ -1717,8 +1710,8 @@ public class GPreferences extends JPanel
 
     gbc.weightx = 0.5;
     enableBackupFiles.setFont(LABEL_FONT_BOLD);
-    enableBackupFiles.setText(
-            MessageManager.getString("label.enable_backupfiles"));
+    enableBackupFiles
+            .setText(MessageManager.getString("label.enable_backupfiles"));
     enableBackupFiles.addActionListener(new ActionListener()
     {
       @Override
@@ -1739,8 +1732,8 @@ public class GPreferences extends JPanel
     gbc.gridx = 1;
     gbc.weightx = 1.0;
     gbc.gridheight = 2;
-    //gbc.anchor = GridBagConstraints.NORTHEAST;
-    //gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
+    // gbc.anchor = GridBagConstraints.NORTHEAST;
+    // gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
     backupsTab.add(exampleFilesPanel, gbc);
 
     gbc.gridx = 0;
@@ -1764,7 +1757,7 @@ public class GPreferences extends JPanel
     // whole examples panel next row
     gbc.gridy = 3;
     backupsTab.add(exampleFilesPanel, gbc);
-
+    
     // fill empty space
     gbc.gridy = 4;
     gbc.weighty = 1.0;
@@ -1775,44 +1768,52 @@ public class GPreferences extends JPanel
     return backupsTab;
   }
 
-  private final IntKeyStringValueEntry[] backupfilesPresetEntries = 
-  {
-    new IntKeyStringValueEntry(1, MessageManager.getString("label.default")),
-    new IntKeyStringValueEntry(2, MessageManager.getString("label.single_file")),
-    new IntKeyStringValueEntry(3, MessageManager.getString("label.keep_everything")),
-    new IntKeyStringValueEntry(4, MessageManager.getString("label.rolled_backups")),
-    // ...
-    // IMPORTANT, keep "Custom" entry with key 0 (even though it appears last)
-    new IntKeyStringValueEntry(0, MessageManager.getString("label.custom"))
-  };
+  private final IntKeyStringValueEntry[] backupfilesPresetEntries = {
+      new IntKeyStringValueEntry(1,
+              MessageManager.getString("label.default")),
+      new IntKeyStringValueEntry(2,
+              MessageManager.getString("label.single_file")),
+      new IntKeyStringValueEntry(3,
+              MessageManager.getString("label.keep_everything")),
+      new IntKeyStringValueEntry(4,
+              MessageManager.getString("label.rolled_backups")),
+      // ...
+      // IMPORTANT, keep "Custom" entry with key 0 (even though it appears last)
+      new IntKeyStringValueEntry(0,
+              MessageManager.getString("label.custom")) };
 
   private final Map<Integer, BackupFilesPresetEntry> backupfilesPresetEntriesValues = new HashMap<Integer, BackupFilesPresetEntry>()
-  {{
-      put(1, new BackupFilesPresetEntry(".v"+BackupFiles.NUM_PLACEHOLDER, 3, false, false, 4, false));
+  {
+    {
+      put(1, new BackupFilesPresetEntry(".v" + BackupFiles.NUM_PLACEHOLDER,
+              3, false, false, 4, false));
       put(2, new BackupFilesPresetEntry("~", 1, false, false, 1, false));
-      put(3, new BackupFilesPresetEntry(".v"+BackupFiles.NUM_PLACEHOLDER, 3, false, true, 10, true));
-      put(4, new BackupFilesPresetEntry("_bak."+BackupFiles.NUM_PLACEHOLDER, 1, true, false, 9, false));
-  }};
+      put(3, new BackupFilesPresetEntry(".v" + BackupFiles.NUM_PLACEHOLDER,
+              3, false, true, 10, true));
+      put(4, new BackupFilesPresetEntry(
+              "_bak." + BackupFiles.NUM_PLACEHOLDER, 1, true, false, 9,
+              false));
+    }
+  };
 
   private JPanel initBackupsTabPresetsPanel()
   {
-    presetsPanel.setBorder(new TitledBorder(
-            MessageManager.getString("label.presets")));
+    presetsPanel.setBorder(
+            new TitledBorder(MessageManager.getString("label.presets")));
 
     for (int i = 0; i < backupfilesPresetEntries.length; i++)
     {
-        backupfilesPresetsCombo.addItem(backupfilesPresetEntries[i]);
+      backupfilesPresetsCombo.addItem(backupfilesPresetEntries[i]);
     }
 
     backupfilesPresetsCombo.addActionListener(new ActionListener()
-        {
-            @Override
-            public void actionPerformed(ActionEvent e)
-            {
-              backupsTabUpdatePresets();
-            }
-        }
-    );
+    {
+      @Override
+      public void actionPerformed(ActionEvent e)
+      {
+        backupsTabUpdatePresets();
+      }
+    });
 
     presetsPanel.add(backupfilesPresetsCombo);
     return presetsPanel;
@@ -1820,21 +1821,25 @@ public class GPreferences extends JPanel
 
   private void backupsTabUpdatePresets()
   {
-    IntKeyStringValueEntry entry = (IntKeyStringValueEntry) backupfilesPresetsCombo.getSelectedItem();
+    IntKeyStringValueEntry entry = (IntKeyStringValueEntry) backupfilesPresetsCombo
+            .getSelectedItem();
     int key = entry.getKey();
     String value = entry.getValue();
-    boolean custom = key==0;
+    boolean custom = key == 0;
 
     if (custom)
     {
-      //backupsSetCustomOptions();
-    } else
+      // backupsSetCustomOptions();
+    }
+    else
     {
       if (backupfilesPresetEntriesValues.containsKey(key))
       {
         backupsSetOptions(backupfilesPresetEntriesValues.get(key));
-      } else {
-        System.out.println("Preset '"+value+"' not implemented yet");
+      }
+      else
+      {
+        System.out.println("Preset '" + value + "' not implemented yet");
       }
     }
 
@@ -1845,23 +1850,24 @@ public class GPreferences extends JPanel
   protected int getComboIntStringKey(JComboBox c)
   {
     IntKeyStringValueEntry e = (IntKeyStringValueEntry) c.getSelectedItem();
-    return e!=null?e.getKey():0;
+    return e != null ? e.getKey() : 0;
   }
 
-  protected void setComboIntStringKey(JComboBox<IntKeyStringValueEntry> c, int key)
+  protected void setComboIntStringKey(JComboBox<IntKeyStringValueEntry> c,
+          int key)
   {
-      for (int i=0; i < c.getItemCount(); i++)
+    for (int i = 0; i < c.getItemCount(); i++)
+    {
+      IntKeyStringValueEntry e = c.getItemAt(i);
+      int k = e.getKey();
+      String v = e.getValue();
+      if (e.getKey() == key)
       {
-          IntKeyStringValueEntry e = c.getItemAt(i);
-          int k = e.getKey();
-          String v = e.getValue();
-          if (e.getKey() == key)
-          {
-              c.setSelectedIndex(i);
-              break;
-          }
+        c.setSelectedIndex(i);
+        break;
       }
-      backupsTabUpdatePresets();
+    }
+    backupsTabUpdatePresets();
   }
 
   private JPanel initBackupsTabSuffixPanel()
@@ -1875,8 +1881,8 @@ public class GPreferences extends JPanel
     suffixTemplateLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
     suffixTemplateLabel.setFont(LABEL_FONT);
 
-    final String tooltip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
-            .getString("label.suffix_template_tooltip"));
+    final String tooltip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
+            MessageManager.getString("label.suffix_template_tooltip"));
     suffixTemplate.setToolTipText(tooltip);
     suffixTemplate.addActionListener(new ActionListener()
     {
@@ -1933,8 +1939,7 @@ public class GPreferences extends JPanel
     };
     setIntegerSpinner(suffixDigitsSpinner, defaultmin, defaultmax, 3, c);
 
-    suffixReverse.setLabels(
-            MessageManager.getString("label.reverse_roll"),
+    suffixReverse.setLabels(MessageManager.getString("label.reverse_roll"),
             MessageManager.getString("label.increment_index"));
     suffixReverse.addActionListener(new ActionListener()
     {
@@ -1956,15 +1961,15 @@ public class GPreferences extends JPanel
     sgbc.weightx = 1.0;
     sgbc.weighty = 0.0;
     sgbc.fill = GridBagConstraints.NONE;
-    suffixPanel.add(suffixTemplateLabel,sgbc);
-    
+    suffixPanel.add(suffixTemplateLabel, sgbc);
+
     sgbc.gridx = 1;
     sgbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
     suffixPanel.add(suffixTemplate, sgbc);
-    
+
     // second row (number of digits spinner)
     sgbc.gridy = 1;
-    
+
     sgbc.gridx = 0;
     sgbc.fill = GridBagConstraints.NONE;
     suffixPanel.add(suffixDigitsLabel, sgbc);
@@ -2088,7 +2093,7 @@ public class GPreferences extends JPanel
     jp.add(backupfilesConfirmDelete.getTrueButton());
     jp.add(backupfilesConfirmDelete.getFalseButton());
     keepfilesPanel.add(jp, kgbc);
-    
+
     return keepfilesPanel;
   }
 
@@ -2096,17 +2101,18 @@ public class GPreferences extends JPanel
   {
     String title = MessageManager.getString("label.example_filenames");
     TitledBorder tb = new TitledBorder(title);
-    //tb.setTitleFont(LABEL_FONT);
+    // tb.setTitleFont(LABEL_FONT);
     exampleFilesPanel.setBorder(tb);
     exampleFilesPanel.setLayout(new GridBagLayout());
 
-    //inordinately difficult to get this titledborder the right size for the title
+    // inordinately difficult to get this titledborder the right size for the
+    // title
 
     backupfilesExampleLabel.setEditable(false);
     backupfilesExampleLabel.setPreferredSize(new Dimension(280, 85));
     backupfilesExampleLabel.setAlignmentX(LEFT_ALIGNMENT);
     backupfilesExampleLabel.setAlignmentY(TOP_ALIGNMENT);
-    
+
     backupfilesExampleLabel.setFont(LABEL_FONT_ITALIC);
     backupfilesExampleLabel
             .setBackground(exampleFilesPanel.getBackground());
@@ -2133,13 +2139,15 @@ public class GPreferences extends JPanel
 
     String suffix = suffixTemplate.getText();
     int digits = 3;
-    try {
+    try
+    {
       suffixDigitsSpinner.commitEdit();
       digits = (Integer) suffixDigitsSpinner.getValue();
       digits = digits < 1 ? 1 : digits;
     } catch (Exception e)
     {
-      System.out.println("Failed casting (Integer) suffixTemplateSpinner.getValue()");
+      System.out.println(
+              "Failed casting (Integer) suffixTemplateSpinner.getValue()");
     }
     boolean reverse = suffixReverse.isSelected();
     boolean keepAll = backupfilesKeepAll.isSelected();
@@ -2195,7 +2203,7 @@ public class GPreferences extends JPanel
             String newest = MessageManager.getString("label.braced_newest");
             if (newest != null && newest.length() > 0)
             {
-              exampleSB.append(" "+newest);
+              exampleSB.append(" " + newest);
             }
           }
           else if (index == max)
@@ -2203,7 +2211,7 @@ public class GPreferences extends JPanel
             String oldest = MessageManager.getString("label.braced_oldest");
             if (oldest != null && oldest.length() > 0)
             {
-              exampleSB.append(" "+oldest);
+              exampleSB.append(" " + oldest);
             }
           }
         }
@@ -2248,7 +2256,7 @@ public class GPreferences extends JPanel
             String oldest = MessageManager.getString("label.braced_oldest");
             if (oldest != null && oldest.length() > 0)
             {
-              exampleSB.append(" "+oldest);
+              exampleSB.append(" " + oldest);
             }
           }
           else if (index == max)
@@ -2256,7 +2264,7 @@ public class GPreferences extends JPanel
             String newest = MessageManager.getString("label.braced_newest");
             if (newest != null && newest.length() > 0)
             {
-              exampleSB.append(" "+newest);
+              exampleSB.append(" " + newest);
             }
           }
         }
@@ -2330,12 +2338,12 @@ public class GPreferences extends JPanel
 
   protected void backupsCustomOptionsSetEnabled(boolean enabled)
   {
-      backupsOptionsSetEnabled(enabled, false);
+    backupsOptionsSetEnabled(enabled, false);
   }
 
   protected void backupsOptionsSetEnabled(boolean enabled)
   {
-      backupsOptionsSetEnabled(enabled, true);
+    backupsOptionsSetEnabled(enabled, true);
   }
 
   protected void backupsOptionsSetEnabled(boolean enabled, boolean all)
@@ -2343,11 +2351,11 @@ public class GPreferences extends JPanel
 
     if (all)
     {
-        presetsPanel.setEnabled(enabled);
-        exampleFilesPanel.setEnabled(enabled);
+      presetsPanel.setEnabled(enabled);
+      exampleFilesPanel.setEnabled(enabled);
 
-        backupfilesPresetsCombo.setEnabled(enabled);
-        backupfilesExampleLabel.setEnabled(enabled);
+      backupfilesPresetsCombo.setEnabled(enabled);
+      backupfilesExampleLabel.setEnabled(enabled);
     }
     suffixPanel.setEnabled(enabled);
     keepfilesPanel.setEnabled(enabled);
@@ -2366,7 +2374,9 @@ public class GPreferences extends JPanel
     }
   }
 
-  protected void backupsSetOptions(String suffix, int digits, boolean reverse, boolean keepAll, int rollMax, boolean confirmDelete)
+  protected void backupsSetOptions(String suffix, int digits,
+          boolean reverse, boolean keepAll, int rollMax,
+          boolean confirmDelete)
   {
     suffixTemplate.setText(suffix);
     suffixDigitsSpinner.setValue(digits);
@@ -2378,7 +2388,8 @@ public class GPreferences extends JPanel
 
   protected void backupsSetOptions(BackupFilesPresetEntry p)
   {
-    backupsSetOptions(p.suffix, p.digits, p.reverse, p.keepAll, p.rollMax, p.confirmDelete);
+    backupsSetOptions(p.suffix, p.digits, p.reverse, p.keepAll, p.rollMax,
+            p.confirmDelete);
   }
 
   protected void autoIdWidth_actionPerformed()
@@ -2567,37 +2578,51 @@ public class GPreferences extends JPanel
   }
 }
 
-class IntKeyStringValueEntry {
+class IntKeyStringValueEntry
+{
   int k;
+
   String v;
+
   public IntKeyStringValueEntry(int k, String v)
   {
     this.k = k;
     this.v = v;
   }
+
   @Override
   public String toString()
   {
     return this.getValue();
   }
+
   public int getKey()
   {
     return k;
   }
+
   public String getValue()
   {
     return v;
   }
 }
 
-class BackupFilesPresetEntry {
+class BackupFilesPresetEntry
+{
   String suffix;
+
   int digits;
+
   boolean reverse;
+
   boolean keepAll;
+
   int rollMax;
+
   boolean confirmDelete;
-  public BackupFilesPresetEntry(String suffix, int digits, boolean reverse, boolean keepAll, int rollMax, boolean confirmDelete)
+
+  public BackupFilesPresetEntry(String suffix, int digits, boolean reverse,
+          boolean keepAll, int rollMax, boolean confirmDelete)
   {
     this.suffix = suffix;
     this.digits = digits;