Merge branch 'features/JAL-1767pcaInProject' into bug/JAL-3171_maintain_datasets_acro...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / DoubleVector.java
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/DoubleVector.java b/src/jalview/schemabinding/version2/DoubleVector.java
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c4d8ff5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,288 @@
+/*
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
+ */
+
+package jalview.schemabinding.version2;
+
+//---------------------------------/
+//- Imported classes and packages -/
+//---------------------------------/
+
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
+
+/**
+ * Class DoubleVector.
+ * 
+ * @version $Revision$ $Date$
+ */
+public class DoubleVector implements java.io.Serializable
+{
+
+  // --------------------------/
+  // - Class/Member Variables -/
+  // --------------------------/
+
+  /**
+   * Field _vList.
+   */
+  private java.util.Vector _vList;
+
+  // ----------------/
+  // - Constructors -/
+  // ----------------/
+
+  public DoubleVector()
+  {
+    super();
+    this._vList = new java.util.Vector();
+  }
+
+  // -----------/
+  // - Methods -/
+  // -----------/
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param vV
+   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
+   */
+  public void addV(final double vV)
+          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+  {
+    this._vList.addElement(new java.lang.Double(vV));
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param index
+   * @param vV
+   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
+   */
+  public void addV(final int index, final double vV)
+          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+  {
+    this._vList.add(index, new java.lang.Double(vV));
+  }
+
+  /**
+   * Method enumerateV.
+   * 
+   * @return an Enumeration over all double elements
+   */
+  public java.util.Enumeration enumerateV()
+  {
+    return this._vList.elements();
+  }
+
+  /**
+   * Method getV.
+   * 
+   * @param index
+   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
+   * @return the value of the double at the given index
+   */
+  public double getV(final int index)
+          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+  {
+    // check bounds for index
+    if (index < 0 || index >= this._vList.size())
+    {
+      throw new IndexOutOfBoundsException("getV: Index value '" + index
+              + "' not in range [0.." + (this._vList.size() - 1) + "]");
+    }
+
+    return ((java.lang.Double) _vList.get(index)).doubleValue();
+  }
+
+  /**
+   * Method getV.Returns the contents of the collection in an Array.
+   * 
+   * @return this collection as an Array
+   */
+  public double[] getV()
+  {
+    int size = this._vList.size();
+    double[] array = new double[size];
+    java.util.Iterator iter = _vList.iterator();
+    for (int index = 0; index < size; index++)
+    {
+      array[index] = ((java.lang.Double) iter.next()).doubleValue();
+    }
+    return array;
+  }
+
+  /**
+   * Method getVCount.
+   * 
+   * @return the size of this collection
+   */
+  public int getVCount()
+  {
+    return this._vList.size();
+  }
+
+  /**
+   * Method isValid.
+   * 
+   * @return true if this object is valid according to the schema
+   */
+  public boolean isValid()
+  {
+    try
+    {
+      validate();
+    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
+    {
+      return false;
+    }
+    return true;
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param out
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   */
+  public void marshal(final java.io.Writer out)
+          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    Marshaller.marshal(this, out);
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param handler
+   * @throws java.io.IOException
+   *           if an IOException occurs during marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   */
+  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+          throws java.io.IOException,
+          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    Marshaller.marshal(this, handler);
+  }
+
+  /**
+   */
+  public void removeAllV()
+  {
+    this._vList.clear();
+  }
+
+  /**
+   * Method removeV.
+   * 
+   * @param vV
+   * @return true if the object was removed from the collection.
+   */
+  public boolean removeV(final double vV)
+  {
+    boolean removed = _vList.remove(new java.lang.Double(vV));
+    return removed;
+  }
+
+  /**
+   * Method removeVAt.
+   * 
+   * @param index
+   * @return the element removed from the collection
+   */
+  public double removeVAt(final int index)
+  {
+    java.lang.Object obj = this._vList.remove(index);
+    return ((java.lang.Double) obj).doubleValue();
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param index
+   * @param vV
+   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
+   */
+  public void setV(final int index, final double vV)
+          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
+  {
+    // check bounds for index
+    if (index < 0 || index >= this._vList.size())
+    {
+      throw new IndexOutOfBoundsException("setV: Index value '" + index
+              + "' not in range [0.." + (this._vList.size() - 1) + "]");
+    }
+
+    this._vList.set(index, new java.lang.Double(vV));
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @param vVArray
+   */
+  public void setV(final double[] vVArray)
+  {
+    // -- copy array
+    _vList.clear();
+
+    for (int i = 0; i < vVArray.length; i++)
+    {
+      this._vList.add(new java.lang.Double(vVArray[i]));
+    }
+  }
+
+  /**
+   * Method unmarshal.
+   * 
+   * @param reader
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.DoubleVector
+   */
+  public static jalview.schemabinding.version2.DoubleVector unmarshal(
+          final java.io.Reader reader)
+          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
+          org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    return (jalview.schemabinding.version2.DoubleVector) Unmarshaller
+            .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.DoubleVector.class,
+                    reader);
+  }
+
+  /**
+   * 
+   * 
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
+   */
+  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
+  {
+    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+    validator.validate(this);
+  }
+
+}