JAL-3130 incorporating feature/JAL-3063jaxbNoCastor and new script utils/jdeps_jlink_...
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / FeatureSettings.java
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
deleted file mode 100644 (file)
index fa75e76..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,462 +0,0 @@
-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
- */
-
-package jalview.schemabinding.version2;
-
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
-//---------------------------------/
-
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
-
-/**
- * Class FeatureSettings.
- * 
- * @version $Revision$ $Date$
- */
-public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _settingList.
-   */
-  private java.util.Vector _settingList;
-
-  /**
-   * Field _groupList.
-   */
-  private java.util.Vector _groupList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public FeatureSettings()
-  {
-    super();
-    this._settingList = new java.util.Vector();
-    this._groupList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vGroup
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addGroup(final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._groupList.addElement(vGroup);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vGroup
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addGroup(final int index,
-          final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._groupList.add(index, vGroup);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSetting
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSetting(
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._settingList.addElement(vSetting);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSetting
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addSetting(final int index,
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._settingList.add(index, vSetting);
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateGroup.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Group
-   *         elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateGroup()
-  {
-    return this._groupList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateSetting.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Setting
-   *         elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateSetting()
-  {
-    return this._settingList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method getGroup.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Group at the given
-   *         index
-   */
-  public jalview.schemabinding.version2.Group getGroup(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._groupList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getGroup: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.schemabinding.version2.Group) _groupList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getGroup.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.schemabinding.version2.Group[] getGroup()
-  {
-    jalview.schemabinding.version2.Group[] array = new jalview.schemabinding.version2.Group[0];
-    return (jalview.schemabinding.version2.Group[]) this._groupList
-            .toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getGroupCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getGroupCount()
-  {
-    return this._groupList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method getSetting.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Setting at the
-   *         given index
-   */
-  public jalview.schemabinding.version2.Setting getSetting(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (jalview.schemabinding.version2.Setting) _settingList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getSetting.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public jalview.schemabinding.version2.Setting[] getSetting()
-  {
-    jalview.schemabinding.version2.Setting[] array = new jalview.schemabinding.version2.Setting[0];
-    return (jalview.schemabinding.version2.Setting[]) this._settingList
-            .toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getSettingCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getSettingCount()
-  {
-    return this._settingList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllGroup()
-  {
-    this._groupList.clear();
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void removeAllSetting()
-  {
-    this._settingList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeGroup.
-   * 
-   * @param vGroup
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeGroup(
-          final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)
-  {
-    boolean removed = _groupList.remove(vGroup);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeGroupAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.schemabinding.version2.Group removeGroupAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._groupList.remove(index);
-    return (jalview.schemabinding.version2.Group) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeSetting.
-   * 
-   * @param vSetting
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeSetting(
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)
-  {
-    boolean removed = _settingList.remove(vSetting);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeSettingAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public jalview.schemabinding.version2.Setting removeSettingAt(
-          final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._settingList.remove(index);
-    return (jalview.schemabinding.version2.Setting) obj;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vGroup
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setGroup(final int index,
-          final jalview.schemabinding.version2.Group vGroup)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._groupList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setGroup: Index value '" + index
-              + "' not in range [0.." + (this._groupList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._groupList.set(index, vGroup);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vGroupArray
-   */
-  public void setGroup(
-          final jalview.schemabinding.version2.Group[] vGroupArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _groupList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vGroupArray.length; i++)
-    {
-      this._groupList.add(vGroupArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vSetting
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setSetting(final int index,
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting vSetting)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._settingList.set(index, vSetting);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vSettingArray
-   */
-  public void setSetting(
-          final jalview.schemabinding.version2.Setting[] vSettingArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _settingList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vSettingArray.length; i++)
-    {
-      this._settingList.add(vSettingArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings
-   */
-  public static jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings) Unmarshaller
-            .unmarshal(
-                    jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings.class,
-                    reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
-
-}