Merge branch 'feature/JAL-3141_backupfiles_for211' into develop
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / JalviewUserColours.java
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
deleted file mode 100644 (file)
index c8d52ac..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,505 +0,0 @@
-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
- */
-
-package jalview.schemabinding.version2;
-
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
-//---------------------------------/
-
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
-
-/**
- * Class JalviewUserColours.
- * 
- * @version $Revision$ $Date$
- */
-public class JalviewUserColours implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _schemeName.
-   */
-  private java.lang.String _schemeName;
-
-  /**
-   * Jalview colour scheme document version.
-   * 
-   */
-  private java.lang.String _version;
-
-  /**
-   * Field _colourList.
-   */
-  private java.util.Vector _colourList;
-
-  /**
-   * Field _filterList.
-   */
-  private java.util.Vector _filterList;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public JalviewUserColours()
-  {
-    super();
-    this._colourList = new java.util.Vector();
-    this._filterList = new java.util.Vector();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vColour
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addColour(final Colour vColour)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._colourList.addElement(vColour);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vColour
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addColour(final int index, final Colour vColour)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._colourList.add(index, vColour);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vFilter
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addFilter(final Filter vFilter)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._filterList.addElement(vFilter);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vFilter
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void addFilter(final int index, final Filter vFilter)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    this._filterList.add(index, vFilter);
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateColour.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all Colour elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateColour()
-  {
-    return this._colourList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method enumerateFilter.
-   * 
-   * @return an Enumeration over all Filter elements
-   */
-  public java.util.Enumeration enumerateFilter()
-  {
-    return this._filterList.elements();
-  }
-
-  /**
-   * Method getColour.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the Colour at the given index
-   */
-  public Colour getColour(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._colourList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "getColour: Index value '" + index + "' not in range [0.."
-                      + (this._colourList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (Colour) _colourList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getColour.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public Colour[] getColour()
-  {
-    Colour[] array = new Colour[0];
-    return (Colour[]) this._colourList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getColourCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getColourCount()
-  {
-    return this._colourList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Method getFilter.
-   * 
-   * @param index
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   * @return the value of the Filter at the given index
-   */
-  public Filter getFilter(final int index)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._filterList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "getFilter: Index value '" + index + "' not in range [0.."
-                      + (this._filterList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    return (Filter) _filterList.get(index);
-  }
-
-  /**
-   * Method getFilter.Returns the contents of the collection in an Array.
-   * <p>
-   * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
-   * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
-   * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
-   * 
-   * @return this collection as an Array
-   */
-  public Filter[] getFilter()
-  {
-    Filter[] array = new Filter[0];
-    return (Filter[]) this._filterList.toArray(array);
-  }
-
-  /**
-   * Method getFilterCount.
-   * 
-   * @return the size of this collection
-   */
-  public int getFilterCount()
-  {
-    return this._filterList.size();
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'schemeName'.
-   * 
-   * @return the value of field 'SchemeName'.
-   */
-  public java.lang.String getSchemeName()
-  {
-    return this._schemeName;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'version'. The field 'version' has the following
-   * description: Jalview colour scheme document version.
-   * 
-   * 
-   * @return the value of field 'Version'.
-   */
-  public java.lang.String getVersion()
-  {
-    return this._version;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   */
-  public void removeAllColour()
-  {
-    this._colourList.clear();
-  }
-
-  /**
-   */
-  public void removeAllFilter()
-  {
-    this._filterList.clear();
-  }
-
-  /**
-   * Method removeColour.
-   * 
-   * @param vColour
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeColour(final Colour vColour)
-  {
-    boolean removed = _colourList.remove(vColour);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeColourAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public Colour removeColourAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._colourList.remove(index);
-    return (Colour) obj;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeFilter.
-   * 
-   * @param vFilter
-   * @return true if the object was removed from the collection.
-   */
-  public boolean removeFilter(final Filter vFilter)
-  {
-    boolean removed = _filterList.remove(vFilter);
-    return removed;
-  }
-
-  /**
-   * Method removeFilterAt.
-   * 
-   * @param index
-   * @return the element removed from the collection
-   */
-  public Filter removeFilterAt(final int index)
-  {
-    java.lang.Object obj = this._filterList.remove(index);
-    return (Filter) obj;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vColour
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setColour(final int index, final Colour vColour)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._colourList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "setColour: Index value '" + index + "' not in range [0.."
-                      + (this._colourList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._colourList.set(index, vColour);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vColourArray
-   */
-  public void setColour(final Colour[] vColourArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _colourList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vColourArray.length; i++)
-    {
-      this._colourList.add(vColourArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param index
-   * @param vFilter
-   * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *           if the index given is outside the bounds of the collection
-   */
-  public void setFilter(final int index, final Filter vFilter)
-          throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-  {
-    // check bounds for index
-    if (index < 0 || index >= this._filterList.size())
-    {
-      throw new IndexOutOfBoundsException(
-              "setFilter: Index value '" + index + "' not in range [0.."
-                      + (this._filterList.size() - 1) + "]");
-    }
-
-    this._filterList.set(index, vFilter);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param vFilterArray
-   */
-  public void setFilter(final Filter[] vFilterArray)
-  {
-    // -- copy array
-    _filterList.clear();
-
-    for (int i = 0; i < vFilterArray.length; i++)
-    {
-      this._filterList.add(vFilterArray[i]);
-    }
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'schemeName'.
-   * 
-   * @param schemeName
-   *          the value of field 'schemeName'.
-   */
-  public void setSchemeName(final java.lang.String schemeName)
-  {
-    this._schemeName = schemeName;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'version'. The field 'version' has the following
-   * description: Jalview colour scheme document version.
-   * 
-   * 
-   * @param version
-   *          the value of field 'version'.
-   */
-  public void setVersion(final java.lang.String version)
-  {
-    this._version = version;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours
-   */
-  public static jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) Unmarshaller
-            .unmarshal(
-                    jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours.class,
-                    reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
-
-}