JAL-1764 add structure view type attribute to project schema
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / Setting.java
index 2dfe6fe..5408c63 100644 (file)
@@ -1,27 +1,14 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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- *  
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ * This class was automatically generated with 
+ * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
+ * Schema.
+ * $Id$
  */
+
 package jalview.schemabinding.version2;
 
-//---------------------------------/
-//- Imported classes and packages -/
+  //---------------------------------/
+ //- Imported classes and packages -/
 //---------------------------------/
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
@@ -32,671 +19,667 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * 
  * @version $Revision$ $Date$
  */
-public class Setting implements java.io.Serializable
-{
-
-  // --------------------------/
-  // - Class/Member Variables -/
-  // --------------------------/
-
-  /**
-   * Field _type.
-   */
-  private java.lang.String _type;
-
-  /**
-   * Field _colour.
-   */
-  private int _colour;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _colour
-   */
-  private boolean _has_colour;
-
-  /**
-   * Field _display.
-   */
-  private boolean _display;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _display
-   */
-  private boolean _has_display;
-
-  /**
-   * Field _order.
-   */
-  private float _order;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _order
-   */
-  private boolean _has_order;
-
-  /**
-   * Optional minimum colour for graduated feature colour
-   * 
-   */
-  private int _mincolour;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _mincolour
-   */
-  private boolean _has_mincolour;
-
-  /**
-   * threshold value for graduated feature colour
-   * 
-   */
-  private float _threshold;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _threshold
-   */
-  private boolean _has_threshold;
-
-  /**
-   * threshold type for graduated feature colour
-   * 
-   */
-  private int _threshstate;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _threshstate
-   */
-  private boolean _has_threshstate;
-
-  /**
-   * Field _max.
-   */
-  private float _max;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _max
-   */
-  private boolean _has_max;
-
-  /**
-   * Field _min.
-   */
-  private float _min;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _min
-   */
-  private boolean _has_min;
-
-  /**
-   * Field _colourByLabel.
-   */
-  private boolean _colourByLabel;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _colourByLabel
-   */
-  private boolean _has_colourByLabel;
-
-  /**
-   * Field _autoScale.
-   */
-  private boolean _autoScale;
-
-  /**
-   * keeps track of state for field: _autoScale
-   */
-  private boolean _has_autoScale;
-
-  // ----------------/
-  // - Constructors -/
-  // ----------------/
-
-  public Setting()
-  {
-    super();
-  }
-
-  // -----------/
-  // - Methods -/
-  // -----------/
-
-  /**
-     */
-  public void deleteAutoScale()
-  {
-    this._has_autoScale = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteColour()
-  {
-    this._has_colour = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteColourByLabel()
-  {
-    this._has_colourByLabel = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteDisplay()
-  {
-    this._has_display = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteMax()
-  {
-    this._has_max = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteMin()
-  {
-    this._has_min = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteMincolour()
-  {
-    this._has_mincolour = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteOrder()
-  {
-    this._has_order = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteThreshold()
-  {
-    this._has_threshold = false;
-  }
-
-  /**
-     */
-  public void deleteThreshstate()
-  {
-    this._has_threshstate = false;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'autoScale'.
-   * 
-   * @return the value of field 'AutoScale'.
-   */
-  public boolean getAutoScale()
-  {
-    return this._autoScale;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colour'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Colour'.
-   */
-  public int getColour()
-  {
-    return this._colour;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.
-   */
-  public boolean getColourByLabel()
-  {
-    return this._colourByLabel;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'display'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Display'.
-   */
-  public boolean getDisplay()
-  {
-    return this._display;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'max'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Max'.
-   */
-  public float getMax()
-  {
-    return this._max;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'min'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Min'.
-   */
-  public float getMin()
-  {
-    return this._min;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'mincolour'. The field 'mincolour' has the
-   * following description: Optional minimum colour for graduated feature colour
-   * 
-   * 
-   * @return the value of field 'Mincolour'.
-   */
-  public int getMincolour()
-  {
-    return this._mincolour;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'order'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Order'.
-   */
-  public float getOrder()
-  {
-    return this._order;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'threshold'. The field 'threshold' has the
-   * following description: threshold value for graduated feature colour
-   * 
-   * 
-   * @return the value of field 'Threshold'.
-   */
-  public float getThreshold()
-  {
-    return this._threshold;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'threshstate'. The field 'threshstate' has the
-   * following description: threshold type for graduated feature colour
-   * 
-   * 
-   * @return the value of field 'Threshstate'.
-   */
-  public int getThreshstate()
-  {
-    return this._threshstate;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'type'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Type'.
-   */
-  public java.lang.String getType()
-  {
-    return this._type;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasAutoScale.
-   * 
-   * @return true if at least one AutoScale has been added
-   */
-  public boolean hasAutoScale()
-  {
-    return this._has_autoScale;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasColour.
-   * 
-   * @return true if at least one Colour has been added
-   */
-  public boolean hasColour()
-  {
-    return this._has_colour;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasColourByLabel.
-   * 
-   * @return true if at least one ColourByLabel has been added
-   */
-  public boolean hasColourByLabel()
-  {
-    return this._has_colourByLabel;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasDisplay.
-   * 
-   * @return true if at least one Display has been added
-   */
-  public boolean hasDisplay()
-  {
-    return this._has_display;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasMax.
-   * 
-   * @return true if at least one Max has been added
-   */
-  public boolean hasMax()
-  {
-    return this._has_max;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasMin.
-   * 
-   * @return true if at least one Min has been added
-   */
-  public boolean hasMin()
-  {
-    return this._has_min;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasMincolour.
-   * 
-   * @return true if at least one Mincolour has been added
-   */
-  public boolean hasMincolour()
-  {
-    return this._has_mincolour;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasOrder.
-   * 
-   * @return true if at least one Order has been added
-   */
-  public boolean hasOrder()
-  {
-    return this._has_order;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasThreshold.
-   * 
-   * @return true if at least one Threshold has been added
-   */
-  public boolean hasThreshold()
-  {
-    return this._has_threshold;
-  }
-
-  /**
-   * Method hasThreshstate.
-   * 
-   * @return true if at least one Threshstate has been added
-   */
-  public boolean hasThreshstate()
-  {
-    return this._has_threshstate;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'autoScale'.
-   * 
-   * @return the value of field 'AutoScale'.
-   */
-  public boolean isAutoScale()
-  {
-    return this._autoScale;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'colourByLabel'.
-   * 
-   * @return the value of field 'ColourByLabel'.
-   */
-  public boolean isColourByLabel()
-  {
-    return this._colourByLabel;
-  }
-
-  /**
-   * Returns the value of field 'display'.
-   * 
-   * @return the value of field 'Display'.
-   */
-  public boolean isDisplay()
-  {
-    return this._display;
-  }
-
-  /**
-   * Method isValid.
-   * 
-   * @return true if this object is valid according to the schema
-   */
-  public boolean isValid()
-  {
-    try
-    {
-      validate();
-    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
-    {
-      return false;
-    }
-    return true;
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param out
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void marshal(final java.io.Writer out)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, out);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @param handler
-   * @throws java.io.IOException
-   *           if an IOException occurs during marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   */
-  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
-          throws java.io.IOException,
-          org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    Marshaller.marshal(this, handler);
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'autoScale'.
-   * 
-   * @param autoScale
-   *          the value of field 'autoScale'.
-   */
-  public void setAutoScale(final boolean autoScale)
-  {
-    this._autoScale = autoScale;
-    this._has_autoScale = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'colour'.
-   * 
-   * @param colour
-   *          the value of field 'colour'.
-   */
-  public void setColour(final int colour)
-  {
-    this._colour = colour;
-    this._has_colour = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'colourByLabel'.
-   * 
-   * @param colourByLabel
-   *          the value of field 'colourByLabel'.
-   */
-  public void setColourByLabel(final boolean colourByLabel)
-  {
-    this._colourByLabel = colourByLabel;
-    this._has_colourByLabel = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'display'.
-   * 
-   * @param display
-   *          the value of field 'display'.
-   */
-  public void setDisplay(final boolean display)
-  {
-    this._display = display;
-    this._has_display = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'max'.
-   * 
-   * @param max
-   *          the value of field 'max'.
-   */
-  public void setMax(final float max)
-  {
-    this._max = max;
-    this._has_max = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'min'.
-   * 
-   * @param min
-   *          the value of field 'min'.
-   */
-  public void setMin(final float min)
-  {
-    this._min = min;
-    this._has_min = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'mincolour'. The field 'mincolour' has the
-   * following description: Optional minimum colour for graduated feature colour
-   * 
-   * 
-   * @param mincolour
-   *          the value of field 'mincolour'.
-   */
-  public void setMincolour(final int mincolour)
-  {
-    this._mincolour = mincolour;
-    this._has_mincolour = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'order'.
-   * 
-   * @param order
-   *          the value of field 'order'.
-   */
-  public void setOrder(final float order)
-  {
-    this._order = order;
-    this._has_order = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'threshold'. The field 'threshold' has the
-   * following description: threshold value for graduated feature colour
-   * 
-   * 
-   * @param threshold
-   *          the value of field 'threshold'.
-   */
-  public void setThreshold(final float threshold)
-  {
-    this._threshold = threshold;
-    this._has_threshold = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'threshstate'. The field 'threshstate' has the
-   * following description: threshold type for graduated feature colour
-   * 
-   * 
-   * @param threshstate
-   *          the value of field 'threshstate'.
-   */
-  public void setThreshstate(final int threshstate)
-  {
-    this._threshstate = threshstate;
-    this._has_threshstate = true;
-  }
-
-  /**
-   * Sets the value of field 'type'.
-   * 
-   * @param type
-   *          the value of field 'type'.
-   */
-  public void setType(final java.lang.String type)
-  {
-    this._type = type;
-  }
-
-  /**
-   * Method unmarshal.
-   * 
-   * @param reader
-   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *           marshaling
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Settin
-   */
-  public static jalview.schemabinding.version2.Setting unmarshal(
-          final java.io.Reader reader)
-          throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
-          org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    return (jalview.schemabinding.version2.Setting) Unmarshaller.unmarshal(
-            jalview.schemabinding.version2.Setting.class, reader);
-  }
-
-  /**
-   * 
-   * 
-   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *           if this object is an invalid instance according to the schema
-   */
-  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-  {
-    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
-    validator.validate(this);
-  }
+public class Setting implements java.io.Serializable {
+
+
+      //--------------------------/
+     //- Class/Member Variables -/
+    //--------------------------/
+
+    /**
+     * Field _type.
+     */
+    private java.lang.String _type;
+
+    /**
+     * Field _colour.
+     */
+    private int _colour;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _colour
+     */
+    private boolean _has_colour;
+
+    /**
+     * Field _display.
+     */
+    private boolean _display;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _display
+     */
+    private boolean _has_display;
+
+    /**
+     * Field _order.
+     */
+    private float _order;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _order
+     */
+    private boolean _has_order;
+
+    /**
+     * Optional minimum colour
+     *  for graduated feature
+     *  colour
+     *  
+     */
+    private int _mincolour;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _mincolour
+     */
+    private boolean _has_mincolour;
+
+    /**
+     * threshold value for
+     *  graduated feature colour
+     *  
+     */
+    private float _threshold;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _threshold
+     */
+    private boolean _has_threshold;
+
+    /**
+     * threshold type for
+     *  graduated feature colour
+     *  
+     */
+    private int _threshstate;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _threshstate
+     */
+    private boolean _has_threshstate;
+
+    /**
+     * Field _max.
+     */
+    private float _max;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _max
+     */
+    private boolean _has_max;
+
+    /**
+     * Field _min.
+     */
+    private float _min;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _min
+     */
+    private boolean _has_min;
+
+    /**
+     * Field _colourByLabel.
+     */
+    private boolean _colourByLabel;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _colourByLabel
+     */
+    private boolean _has_colourByLabel;
+
+    /**
+     * Field _autoScale.
+     */
+    private boolean _autoScale;
+
+    /**
+     * keeps track of state for field: _autoScale
+     */
+    private boolean _has_autoScale;
+
+
+      //----------------/
+     //- Constructors -/
+    //----------------/
+
+    public Setting() {
+        super();
+    }
+
+
+      //-----------/
+     //- Methods -/
+    //-----------/
+
+    /**
+     */
+    public void deleteAutoScale(
+    ) {
+        this._has_autoScale= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteColour(
+    ) {
+        this._has_colour= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteColourByLabel(
+    ) {
+        this._has_colourByLabel= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteDisplay(
+    ) {
+        this._has_display= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteMax(
+    ) {
+        this._has_max= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteMin(
+    ) {
+        this._has_min= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteMincolour(
+    ) {
+        this._has_mincolour= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteOrder(
+    ) {
+        this._has_order= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteThreshold(
+    ) {
+        this._has_threshold= false;
+    }
+
+    /**
+     */
+    public void deleteThreshstate(
+    ) {
+        this._has_threshstate= false;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'autoScale'.
+     * 
+     * @return the value of field 'AutoScale'.
+     */
+    public boolean getAutoScale(
+    ) {
+        return this._autoScale;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colour'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Colour'.
+     */
+    public int getColour(
+    ) {
+        return this._colour;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.
+     */
+    public boolean getColourByLabel(
+    ) {
+        return this._colourByLabel;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'display'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Display'.
+     */
+    public boolean getDisplay(
+    ) {
+        return this._display;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'max'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Max'.
+     */
+    public float getMax(
+    ) {
+        return this._max;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'min'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Min'.
+     */
+    public float getMin(
+    ) {
+        return this._min;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'mincolour'. The field
+     * 'mincolour' has the following description: Optional minimum
+     * colour
+     *  for graduated feature
+     *  colour
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'Mincolour'.
+     */
+    public int getMincolour(
+    ) {
+        return this._mincolour;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'order'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Order'.
+     */
+    public float getOrder(
+    ) {
+        return this._order;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'threshold'. The field
+     * 'threshold' has the following description: threshold value
+     * for
+     *  graduated feature colour
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'Threshold'.
+     */
+    public float getThreshold(
+    ) {
+        return this._threshold;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'threshstate'. The field
+     * 'threshstate' has the following description: threshold type
+     * for
+     *  graduated feature colour
+     *  
+     * 
+     * @return the value of field 'Threshstate'.
+     */
+    public int getThreshstate(
+    ) {
+        return this._threshstate;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'type'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Type'.
+     */
+    public java.lang.String getType(
+    ) {
+        return this._type;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasAutoScale.
+     * 
+     * @return true if at least one AutoScale has been added
+     */
+    public boolean hasAutoScale(
+    ) {
+        return this._has_autoScale;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasColour.
+     * 
+     * @return true if at least one Colour has been added
+     */
+    public boolean hasColour(
+    ) {
+        return this._has_colour;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasColourByLabel.
+     * 
+     * @return true if at least one ColourByLabel has been added
+     */
+    public boolean hasColourByLabel(
+    ) {
+        return this._has_colourByLabel;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasDisplay.
+     * 
+     * @return true if at least one Display has been added
+     */
+    public boolean hasDisplay(
+    ) {
+        return this._has_display;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasMax.
+     * 
+     * @return true if at least one Max has been added
+     */
+    public boolean hasMax(
+    ) {
+        return this._has_max;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasMin.
+     * 
+     * @return true if at least one Min has been added
+     */
+    public boolean hasMin(
+    ) {
+        return this._has_min;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasMincolour.
+     * 
+     * @return true if at least one Mincolour has been added
+     */
+    public boolean hasMincolour(
+    ) {
+        return this._has_mincolour;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasOrder.
+     * 
+     * @return true if at least one Order has been added
+     */
+    public boolean hasOrder(
+    ) {
+        return this._has_order;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasThreshold.
+     * 
+     * @return true if at least one Threshold has been added
+     */
+    public boolean hasThreshold(
+    ) {
+        return this._has_threshold;
+    }
+
+    /**
+     * Method hasThreshstate.
+     * 
+     * @return true if at least one Threshstate has been added
+     */
+    public boolean hasThreshstate(
+    ) {
+        return this._has_threshstate;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'autoScale'.
+     * 
+     * @return the value of field 'AutoScale'.
+     */
+    public boolean isAutoScale(
+    ) {
+        return this._autoScale;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'colourByLabel'.
+     * 
+     * @return the value of field 'ColourByLabel'.
+     */
+    public boolean isColourByLabel(
+    ) {
+        return this._colourByLabel;
+    }
+
+    /**
+     * Returns the value of field 'display'.
+     * 
+     * @return the value of field 'Display'.
+     */
+    public boolean isDisplay(
+    ) {
+        return this._display;
+    }
+
+    /**
+     * Method isValid.
+     * 
+     * @return true if this object is valid according to the schema
+     */
+    public boolean isValid(
+    ) {
+        try {
+            validate();
+        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
+            return false;
+        }
+        return true;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param out
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void marshal(
+            final java.io.Writer out)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, out);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param handler
+     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
+     * marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     */
+    public void marshal(
+            final org.xml.sax.ContentHandler handler)
+    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        Marshaller.marshal(this, handler);
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'autoScale'.
+     * 
+     * @param autoScale the value of field 'autoScale'.
+     */
+    public void setAutoScale(
+            final boolean autoScale) {
+        this._autoScale = autoScale;
+        this._has_autoScale = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'colour'.
+     * 
+     * @param colour the value of field 'colour'.
+     */
+    public void setColour(
+            final int colour) {
+        this._colour = colour;
+        this._has_colour = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'colourByLabel'.
+     * 
+     * @param colourByLabel the value of field 'colourByLabel'.
+     */
+    public void setColourByLabel(
+            final boolean colourByLabel) {
+        this._colourByLabel = colourByLabel;
+        this._has_colourByLabel = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'display'.
+     * 
+     * @param display the value of field 'display'.
+     */
+    public void setDisplay(
+            final boolean display) {
+        this._display = display;
+        this._has_display = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'max'.
+     * 
+     * @param max the value of field 'max'.
+     */
+    public void setMax(
+            final float max) {
+        this._max = max;
+        this._has_max = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'min'.
+     * 
+     * @param min the value of field 'min'.
+     */
+    public void setMin(
+            final float min) {
+        this._min = min;
+        this._has_min = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'mincolour'. The field 'mincolour'
+     * has the following description: Optional minimum colour
+     *  for graduated feature
+     *  colour
+     *  
+     * 
+     * @param mincolour the value of field 'mincolour'.
+     */
+    public void setMincolour(
+            final int mincolour) {
+        this._mincolour = mincolour;
+        this._has_mincolour = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'order'.
+     * 
+     * @param order the value of field 'order'.
+     */
+    public void setOrder(
+            final float order) {
+        this._order = order;
+        this._has_order = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'threshold'. The field 'threshold'
+     * has the following description: threshold value for
+     *  graduated feature colour
+     *  
+     * 
+     * @param threshold the value of field 'threshold'.
+     */
+    public void setThreshold(
+            final float threshold) {
+        this._threshold = threshold;
+        this._has_threshold = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'threshstate'. The field
+     * 'threshstate' has the following description: threshold type
+     * for
+     *  graduated feature colour
+     *  
+     * 
+     * @param threshstate the value of field 'threshstate'.
+     */
+    public void setThreshstate(
+            final int threshstate) {
+        this._threshstate = threshstate;
+        this._has_threshstate = true;
+    }
+
+    /**
+     * Sets the value of field 'type'.
+     * 
+     * @param type the value of field 'type'.
+     */
+    public void setType(
+            final java.lang.String type) {
+        this._type = type;
+    }
+
+    /**
+     * Method unmarshal.
+     * 
+     * @param reader
+     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
+     * null or if any SAXException is thrown during marshaling
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Settin
+     */
+    public static jalview.schemabinding.version2.Setting unmarshal(
+            final java.io.Reader reader)
+    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        return (jalview.schemabinding.version2.Setting) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Setting.class, reader);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
+     * object is an invalid instance according to the schema
+     */
+    public void validate(
+    )
+    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
+        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
+        validator.validate(this);
+    }
 
 }