*/
package jalview.schemes;
-import jalview.analysis.scoremodels.FeatureScoreModel;
-import jalview.analysis.scoremodels.PIDScoreModel;
-import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
-
import java.awt.Color;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
public class ResidueProperties
{
- public static Hashtable<String, ScoreModelI> scoreMatrices = new Hashtable<String, ScoreModelI>();
-
// Stores residue codes/names and colours and other things
public static final int[] aaIndex; // aaHash version 2.1.1 and below
// public static final double hydmax = 1.38;
// public static final double hydmin = -2.53;
- private static final int[][] BLOSUM62 = {
- { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
- -2, 0, -2, -1, 0, -4 },
- { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
- -2, -3, -1, 0, -1, -4 },
- { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2,
- -3, 3, 0, -1, -4 },
- { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
- -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
- { 0, -3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1,
- -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4 },
- { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,
- -2, 0, 3, -1, -4 },
- { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
- -2, 1, 4, -1, -4 },
- { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
- -3, -3, -1, -2, -1, -4 },
- { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
- 2, -3, 0, 0, -1, -4 },
- { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
- -1, 3, -3, -3, -1, -4 },
- { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
- -1, 1, -4, -3, -1, -4 },
- { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
- -2, -2, 0, 1, -1, -4 },
- { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
- -1, 1, -3, -1, -1, -4 },
- { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
- 3, -1, -3, -3, -1, -4 },
- { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,
- -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4 },
- { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,
- -2, 0, 0, 0, -4 },
- { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
- -2, 0, -1, -1, 0, -4 },
- { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,
- 11, 2, -3, -4, -3, -2, -4 },
- { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2,
- 2, 7, -1, -3, -2, -1, -4 },
- { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
- -1, 4, -3, -2, -1, -4 },
- { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
- -3, -3, 4, 1, -1, -4 },
- { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,
- -2, 1, 4, -1, -4 },
- { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0,
- -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4 },
- { -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
- -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1 }, };
-
- static final int[][] PAM250 = {
- { 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6, -3,
- 0, 0, 0, 0, -8 },
- { -2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2, -4,
- -2, -1, 0, -1, -8 },
- { 0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4, -2, -2,
- 2, 1, 0, -8 },
- { 0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7, -4,
- -2, 3, 3, -1, -8 },
- { -2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2,
- -8, 0, -2, -4, -5, -3, -8 },
- { 0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5, -4,
- -2, 1, 3, -1, -8 },
- { 0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7, -4,
- -2, 3, 3, -1, -8 },
- { 1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7, -5,
- -1, 0, 0, -1, -8 },
- { -1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3, 0,
- -2, 1, 2, -1, -8 },
- { -1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
- -1, 4, -2, -2, -1, -8 },
- { -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
- -1, 2, -3, -3, -1, -8 },
- { -1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3, -4,
- -2, 1, 0, -1, -8 },
- { -1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4,
- -2, 2, -2, -2, -1, -8 },
- { -3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0,
- 7, -1, -4, -5, -2, -8 },
- { 1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6, -5,
- -1, -1, 0, -1, -8 },
- { 1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2, -3,
- -1, 0, 0, 0, -8 },
- { 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5, -3,
- 0, 0, -1, 0, -8 },
- { -6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5,
- 17, 0, -6, -5, -6, -4, -8 },
- { -3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
- 10, -2, -3, -4, -2, -8 },
- { 0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
- -2, 4, -2, -2, -1, -8 },
- { 0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5, -3,
- -2, 3, 2, -1, -8 },
- { 0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6, -4,
- -2, 2, 3, -1, -8 },
- { 0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
- -2, -1, -1, -1, -1, -8 },
- { -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
- -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1 }, };
// not currently used
// public static final Map<String, Color> ssHash = new Hashtable<String,
* Color.white, // R Color.white, // Y Color.white, // N Color.white, // Gap
*/
- // JBPNote: patch matrix for T/U equivalence when working with DNA or RNA.
- // Will equate sequences if working with mixed nucleotide sets.
- // treats T and U identically. R and Y weak equivalence with AG and CTU.
- // N matches any other base weakly
- //
- static final int[][] DNA = { { 10, -8, -8, -8, -8, 1, 1, 1, -8, 1, 1 }, // A
- { -8, 10, -8, -8, -8, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // C
- { -8, -8, 10, -8, -8, 1, 1, 1, -8, 1, 1 }, // G
- { -8, -8, -8, 10, 10, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // T
- { -8, -8, -8, 10, 10, 1, 1, -8, 1, 1, 1 }, // U
- { 1, 1, 1, 1, 1, 10, 0, 0, 0, 1, 1 }, // I
- { 1, 1, 1, 1, 1, 0, 10, 0, 0, 1, 1 }, // X
- { 1, -8, 1, -8, -8, 0, 0, 10, -8, 1, 1 }, // R
- { -8, 1, -8, 1, 1, 0, 0, -8, 10, 1, 1 }, // Y
- { 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 10, 1 }, // N
- { 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1 }, // -
- };
- /**
- * register matrices in list
- */
- static
- {
- scoreMatrices.put("BLOSUM62", new ScoreMatrix("BLOSUM62", BLOSUM62, 0));
- scoreMatrices.put("PAM250", new ScoreMatrix("PAM250", PAM250, 0));
- scoreMatrices.put("DNA", new ScoreMatrix("DNA", DNA, 1));
- }
-
public static List<String> STOP = Arrays.asList("TGA", "TAA", "TAG");
public static String START = "ATG";
propMatrixPos[i][i] = maxP;
propMatrixEpos[i][i] = maxEP;
}
- // JAL-1512 comment out physicochemical score matrices for 2.8.1 release
- // scoreMatrices.put("Conservation Pos", new
- // ScoreMatrix("Conservation Pos",propMatrixPos,0));
- // scoreMatrices.put("Conservation Both", new
- // ScoreMatrix("Conservation Both",propMatrixF,0));
- // scoreMatrices.put("Conservation EnhPos", new
- // ScoreMatrix("Conservation EnhPos",propMatrixEpos,0));
- scoreMatrices.put("PID", new PIDScoreModel());
- scoreMatrices.put("Displayed Features", new FeatureScoreModel());
}
private ResidueProperties()
return aa3Hash;
}
- public static int[][] getDNA()
- {
- return ResidueProperties.DNA;
- }
-
- public static int[][] getBLOSUM62()
- {
- return ResidueProperties.BLOSUM62;
- }
-
- public static int getPAM250(String A1, String A2)
- {
- return getPAM250(A1.charAt(0), A2.charAt(0));
- }
-
- public static int getBLOSUM62(char c1, char c2)
- {
- int pog = 0;
-
- try
- {
- int a = aaIndex[c1];
- int b = aaIndex[c2];
-
- pog = ResidueProperties.BLOSUM62[a][b];
- } catch (Exception e)
- {
- // System.out.println("Unknown residue in " + A1 + " " + A2);
- }
-
- return pog;
- }
-
public static String codonTranslate(String lccodon)
{
String cdn = codonHash2.get(lccodon.toUpperCase());
return cdn;
}
- public static int[][] getDefaultPeptideMatrix()
- {
- return ResidueProperties.getBLOSUM62();
- }
-
- public static int[][] getDefaultDnaMatrix()
- {
- return ResidueProperties.getDNA();
- }
-
- /**
- * get a ScoreMatrix based on its string name
- *
- * @param pwtype
- * @return matrix in scoreMatrices with key pwtype or null
- */
- public static ScoreMatrix getScoreMatrix(String pwtype)
- {
- Object val = scoreMatrices.get(pwtype);
- if (val != null && val instanceof ScoreMatrix)
- {
- return (ScoreMatrix) val;
- }
- return null;
- }
-
- /**
- * get a ScoreModel based on its string name
- *
- * @param pwtype
- * @return scoremodel of type pwtype or null
- */
- public static ScoreModelI getScoreModel(String pwtype)
- {
- return scoreMatrices.get(pwtype);
- }
-
- public static int getPAM250(char c, char d)
- {
- int a = aaIndex[c];
- int b = aaIndex[d];
-
- int pog = ResidueProperties.PAM250[a][b];
-
- return pog;
- }
-
public static Hashtable<String, String> toDssp3State;
static
{
git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff